1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Биоорганическая химия
  4. T. 49, № 3, 2023

Биоорганическая химия, 2023, T. 49, № 3, стр. 285-290

Пространственная структура комплекса Fab-фрагмента моноклонального антитела LNKB-2 с антигенным нонапептидом интерлейкина-2 человека

Е. А. Горячева 1, *, И. В. Артемьев 1, Н. В. Плетнева 1, В. З. Плетнев 1

1 ФГБУН “Институт биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН,
117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10, Россия

* E-mail: goryacheva@ibch.ru

Поступила в редакцию 27.06.2022
После доработки 09.08.2022
Принята к публикации 12.08.2022

Аннотация

Рентгеноструктурным методом при разрешении 2.6 Å установлена пространственная структура антигенсвязывающего фрагмента (Fab) моноклонального антитела LNKB-2 в комплексе с синтетическим антигенным нонапептидом интерлейкина-2 человека (IL-2; Lys-Pro-Leu-Glu-Glu-Val-Leu-Asn-Leu-O) в кристаллической пространственной группе P212121. Пептид принимает несколько искаженную α-спиральную конформацию, близкую к таковой фрагмента 64–72 антигена IL-2. Четыре из шести гипервариабельных петель антигенсвязывающего сайта Fab-фрагмента участвуют в связывании нонапептида посредством водородных связей, солевых мостиков и гидрофобных взаимодействий, причем важную роль в распознавании антигена играют остатки Tyr антитела.

Ключевые слова: моноклональное антитело, Fab-фрагмент, антиген интерлейкина-2, пространственная структура, рентгеноструктурный анализ

Список литературы

  1. Sela-Culang I., Kunik V., Ofran Y. // Front. Immunol. 2013. V. 4. P. 302. https://doi.org/10.3389/fimmu.2013.00302

  2. Burkovitz A., Leiderman O., Sela-Culang I., Byk G., Ofran Y. // J. Immunol. 2013. V. 190. P. 2327–2334. https://doi.org/10.4049/jimmunol.1200757

  3. Kapingidza A.B., Kowal K., Chruszcz M. // Subcell. Biochem. 2020. V. 94. P. 465–497. https://doi.org/10.1007/978-3-030-41769-7_19

  4. King M.T., Brooks C.L. // Methods Mol. Biol. 2018. V. 1785. P. 13–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7841-0_2

  5. Smith K.A. // Science. 1988. V. 240. P. 1169–1176. https://doi.org/10.1126/science.3131876

  6. Smith K.A. // Curr. Opin. Immunol. 1992. V. 4. P. 271–276. https://doi.org/10.1016/0952-7915(92)90076-q

  7. Lunev V.E., Lukin Yu.V., Kazannykh N.V., Belyaev S.V., Zubov V.P., Nesmeyanov V.A. // Biomed. Sci. 1990. V. 1. P. 68–72.

  8. Фокин A.В., Афонин П.В., Михайлова И.Ю., Цыганник И.Н., Мареева Т.Ю., Несмеянов B.А., Пэнгборн В., Ли Н., Дюэкс В., Сижак Е., Плетнев В.З. // Биоорг. химия. 2000. Т. 26. С. 571–578. [Fokin A.V., Afonin P.V., Mikhailova I.Yu., Tsygannik I.N., Mareeva T.Yu., Nesmeyanov V.A., Pangborn W., Lee N., Duax W., Ciszak E., Pletnev V.Z. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2000. V. 39. P. 512–519.] https://doi.org/10.1007/BF02758622

  9. Плетнев В.З., Горячева Е.А., Цыганник И.Н., Несмеянов В.А., Плетнев С.В., Пэнгборн В., Дюэкс В. // Биоорг. химия. 2004. Т. 30. С. 466–469. [Pletnev V.Z., Goryacheva E.A., Tsygannik I.N., Nesmeyanov V.A., Pletnev S.V., Pangborn W., Daux W. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2004. V. 30. P. 417–420.] https://doi.org/10.1023/b:rubi.0000043783.73562.ef

  10. Afonin P.V., Fokin A.V., Tsygannik I.N., Mikhailova I.Yu., Onoprienko L.V., Mikhaleva I.I., Ivanov V.T., Mareeva T.Yu., Nesmeyanov V.A., Li N., Pangborn W.A., Duax W.L., Pletnev V.Z. // Protein Sci. 2001. V. 10. P. 1514–1521. https://doi.org/10.1110/ps.3101

  11. Kabat E.A., Wu T.T., Perry H.M., Gottesman K.S., Foeller C. // Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed. U.S. Department of Health and Human Services, Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, 1991.

  12. Оноприенко Л.В., Михалева И.И., Иванов В.Т., Войтенков Б.О., Окулов В.Б. // Биоорг. химия. 1996. Т. 22. С. 180–190. [Onoprienko L.V., Mikhaleva I.I., Ivanov V.T., Voitenkov B.O., Okulov V.B. // Russ. J. Bioorg. Chem. 1996. V. 22. P. 156–165.]

  13. Vagin A., Teplyakov A. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2010. V. 66. P. 22–25. https://doi.org/10.1107/S0907444909042589

  14. Murshudov G.N., Skubák P., Lebedev A.A., Pannu N.S., Steiner R.A., Nicholls R.A., Winn M.D., Long F., Vagin A.A. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2011. V. 67. P. 355–367. https://doi.org/10.1107/S0907444911001314

  15. Emsley P., Lohkamp B., Scott W.G., Cowtan K. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2010. V. 66. P. 486–501. https://doi.org/10.1107/S0907444910007493

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Биоорганическая химия

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал