Физика и химия стекла, 2019, T. 45, № 5, стр. 403-411
Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. Новые двухслойные кластеры-прекурсоры 0@(Na2Cd6)@(Na12Cd26) и 0@(Na3Cd6)@(Na6Cd35) для самосборки кристаллической структуры Na26Cd141–hP168
В. Я. Шевченко 1, *, В. А. Блатов 2, Г. Д. Илюшин 2, 3
1 Институт химии силикатов им. И.В. Гребенщикова РАН
199034 Санкт-Петербург, наб. Макарова, 2, Россия
2 Международный научно-исследовательский центр по теоретическому материаловедению,
Самарский государственный технический университет
443100 Самара, ул. Молодогвардейская, 244, Россия
3 Федеральный научно-исследовательский центр “Кристаллография и фотоника”
119333 Москва, Ленинский пр., 59, Россия
* E-mail: shevchenko@isc.nw.ru
Поступила в редакцию 14.02.19
После доработки 03.06.19
Принята к публикации 06.06.19
Аннотация
С помощью компьютерных методов (пакет программ ToposPro) осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование самосборки кристаллической структуры Na26Cd141–hP168 (пр. гр. Pbcm, a = 5.483, b = 24.519, c = 14.573 Å, V = 1895 Å3). Установлено 98 вариантов кластерного представления 3D атомной сетки с числом структурных единиц от 4 до 7. Установлены полиэдрические кластеры-прекурсоры К8 = 0@Na2Cd6 и К9 = 0@Na3Cd6 являющиеся темплатами, на поверхности которых происходит образование атомных оболочек из 38 и 41 атома. Состав двухслойных кластеров K46 = 0@(Na2Cd6)@(Na12Cd26) и K50 = 0@(Na3Cd6)@(Na6Cd35). Центры кластеров K46 и K50 занимают позиции 1a с симметрией 6/mmm и 2c с симметрией 6m2. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структур из нанокластеров-прекурсоров K46 и K50.
ВВЕДЕНИЕ
В двойных системах A–Cd, где A – Li, Na, K, Rb, и Cs установлена кристаллизация 11 интерметаллидов, среди которых встречаются как распространённые, так и уникальные типы кристаллических структур (табл. 1, [1–7]).
Таблица 1.
Соединение | Пр. гр. | Последова- тельность Уайкоффа |
Класс Пирсона |
Параметры элементарной ячейки в Å |
V, Å3 |
---|---|---|---|---|---|
LiCd3 [1] | P63/mmc | c | hP2 | 3.089, 3.089, 4.899 | 40.5 |
Li3Cd [1] | Fm-3m | a | cF4 | 4.259, 4.259, 4.259 | 77.3 |
Li2Cd2 [2] | Fd-3m | ba | cF16 | 6.702, 6.702, 6.702 | 301.0 |
Na2Cd11 [3] | Pm-3 | jihgfa | cP39 | 9.587, 9.587, 9.587 | 881.3 |
Na26Cd141 [4] | P6/mmm | rqpo4nm2 l2k2j2iedb |
hP167 | 21.306, 21.306, 9.625 | 3783.9 |
Na376Cd786 [5] | Fd-3m | ihg6fe5cb | cF1096 | 30.560, 30.560, 30.560 | 28 540.4 |
K0.37Cd2 [4] | I4/mcm | ha | tI12 | 9.169, 9.169, 2.878 | 241.9 |
K6Cd32 [6] | P4/nnc | k3f | tP56 | 9.150, 9.150, 11.590 | 970.3 |
KCd13 [6, 7] | Fm-3c | iba | cF112 | 13.792, 13.792, 13.792 | 2623.5 |
RbCd13 [6, 7] | Fm-3c | iba | cF112 | 13.844, 13.844, 13.844 | 2653.3 |
CsCd13 [6, 7] | Fm-3c | iba | cF112 | 13.890, 13.890, 13.890 | 2679.8 |
В двойной системе Na–Cd интерметаллид Na2Cd11-cP39 имеет единственного кристаллохимического аналога Mg2Zn11-cP39 [8]. В работе [9] для интерметаллида Na2Cd11-cP39 установлены каркас-образующие двухслойные кластеры K45 = = Cd@12(Cd12@32(Na12Cd20) и спейсеры в виде октаэдрических кластеров 0@Сd6.
Для уникальной по кристаллохимической сложности кристаллической структуры Na376Cd786-cF1144 (“NaCd2”, [7]) в [10] были установлены новые типы двухслойных нанокластеров на основе полиэдра Фриауфа Na(Na4Cd12) с составом К61 = = Na1@16(Na4Cd9)@44(Cd20Na24) и на основе икосаэдра Cd(Na6Cd6) состава К63 = = Cd@12(Cd6Na6)@50(Na18Cd32).
Интерметаллид Na26Cd141–hP168 [3] характеризуется большими значениями параметров гексагональной ячейки: a = b = 21.306, c = 9.625 Å, V = 3784 Å3, пр. гр. P6/mmm (no. 191) и 20 кристаллографически независимыми атомами с уникальной последовательностью Вайкоффа rqpo4nm2l2k2j2iedb.
В настоящей работе проведен геометрический и топологический анализ кристаллической структуры интерметаллида Na26Cd141 (пакет программ ToposPro [11]). Реконструирован симметрий и топологический код процессов самосборки 3D структуры из кластеров-прекурсоров K46 и K50 в виде: первичная цепь → микрослой → микрокаркас.
Работа продолжает исследования [9, 10, 12–20] в области моделирования процессов самоорганизации систем на супраполиэдрическом уровне и геометрического и топологического анализа кристаллических структур с применением современных компьютерных методов.
МЕТОДИКИ, ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ПРИ КОМПЬЮТЕРНОМ АНАЛИЗЕ
Геометрический и топологический анализы осуществляли с помощью комплекса программ ToposPro [11], позволяющего проводить многоцелевое исследование кристаллической структуры в автоматическом режиме, используя представление структур в виде “свернутых графов” (фактор-графов). Данные о функциональной роли атомов при образовании кристаллической структуры получены расчетом координационных последовательностей, т.е. наборов чисел {Nk}, где Nk – число атомов в k-ой координационной сфере данного атома.
Полученные значения координационных последовательностей атомов в 3D-сетках приведены в табл. 1, в которой выделено число соседних атомов в ближайшем окружении, т.е. в первой координационной сфере атома. Все атомы характеризуются различными наборами координационных последовательностей {Nk}, следовательно, все атомы топологически (и функционально) различны.
Алгоритм разложения в автоматическом режиме структуры любого интерметаллида, представленного в виде свернутого графа, на кластерные единицы основывается на следующих принципах. Структура образуется в результате самосборки из кластеров-прекурсоров. При этом кластеры-прекурсоры образуют каркас структуры, пустоты в котором заполняются кластерами-спейсерами (состоящими из небольшого числа атомов). Нанокластеры-прекурсоры не имеют общих внутренних атомов, но они могут иметь общие атомы на поверхности. Кластеры-прекурсоры занимают высокосимметричные позиции. Набор нанокластеров-прекурсоров и кластеров-спейсеров включает в себя все атомы структуры. Алгоритм реализован в комплексе программ ToposPro [11].
САМОСБОРКА КРИСТАЛЛИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ Na26Cd141–hP168
Использованный нами метод моделирования кристаллической структуры основан на определении иерархической последовательности ее самосборки в кристаллографическом пространстве [12–15]. На первом уровне самоорганизация системы определяется механизмом формирования первичной цепи структуры из нанокластеров 0-уровня, сформированных на темплатной стадии химической эволюции системы, далее – механизм самосборки из цепи слоя (2-ой уровень) и затем из слоя – трехмерного каркаса (3-й уровень).
Кристаллографические данные. Параметры гексагональной ячейки: a = b = 21.306, c = 9.625 Å, V = 3784 Å3.
Пространственная группа P6/mmm (no. 191) c элементами точечной симметрии: g = 6/mmm (1a, 1b), –6m2 (2c, 2d), 6mm (2e), mmm (3f, 3g), 3m (4h) и др. Порядок группы равен 24. Последовательность Вайкоффа для 20 кристаллографически независимых атомов имеет вид rqpo4nm2l2k2j2iedba. Атомы Na имеют КЧ = 14, 16 и 17, у атомов Сd КЧ = 8, 11, 12, 13 и 15 (табл. 2).
Таблица 2.
Атом | Локальное окружение |
Координационные последовательности |
---|---|---|
N1 N2 N3 N4 N5 | ||
Na1 | 1Na + 15Cd | 17 52 119 218 341 |
Na2 | 16Cd | 16 48 111 206 343 |
Na3 | 17Cd | 17 49 113 209 332 |
Na4 | 1Na + 13Cd | 14 50 128 218 374 |
Cd1 | 2Na + 10Cd | 12 48 116 218 344 |
Cd2 | 2Na + 10Cd | 12 47 113 198 335 |
Cd3 | 3Na + 10Cd | 13 51 114 211 332 |
Cd4 | 4Na + 8Cd | 12 50 118 214 333 |
Cd5 | 3Na + 9Cd | 12 47 112 196 325 |
Cd6 | 3Na + 9Cd | 12 46 106 199 320 |
Cd7 | 3Na + 8Cd | 12 49 110 208 334 |
Cd8 | 3Na + 9Cd | 12 48 109 202 337 |
Cd9 | 3Na + 10Cd | 13 49 114 217 345 |
Cd10 | 2Na + 10Cd | 12 48 114 214 340 |
Cd11 | 3Na + 9Cd | 12 46 104 197 320 |
Cd12 | 4Na + 8Cd | 12 49 111 198 336 |
Cd13 | 2Na + 9Cd | 11 44 101 201 348 |
Cd14 | 4Na + 9Cd | 13 53 114 214 347 |
Cd15 | 3Na + 12Cd | 15 54 110 207 339 |
Cd16 | 2Na + 6Cd | 8 44 116 224 344 |
Полиэдрические кластеры-прекурсоры К8 и К9. Установлены 98 вариантов кластерного представления 3D атомной сетки с числом структурных единиц от 4 до 7. Варианты кластерного представления 3D атомной сетки с минимальным и максимальным числом структурных единиц приведены в табл. 3.
Таблица 3.
4 структурные единицы |
---|
ZA1(1a)(2)(0@8@38) Cd15(0)(1) Cd12(1)(1@12) Cd8(1)(1@12) |
ZA1(1a)(2)(0@8@38) Cd15(1)(1@15) Cd12(1)(1@12) Cd8(1)(1@12) |
ZA1(1a)(2)(0@8@38) Na3(1)(1@17) Cd2(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA2(2c)(2)(0@9@41) ZA1(1a)(2)(0@8@38) Cd10(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(2)(0@6@38) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(2)(0@8@38) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(2)(0@6@38) ZA1(1a)(2)(0@8@38) Na2(0)(1) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(2)(0@6@38) ZA1(1a)(2)(0@8@38) Na2(1)(1@16) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(2)(0@6@38) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd6(1)(1@12) |
7 структурных единиц |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(1)(1@15) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(1)(1@15) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(0)(1) Cd1(1)(1@12) Cd6(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(1)(1@15) Cd1(1)(1@12) Cd6(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(0)(1) Cd2(1)(1@12) Cd6(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(1)(1@15) Cd2(1)(1@12) Cd6(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(0)(1) Cd12(1)(1@12) Cd8(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(0)(1) Cd12(1)(1@12) Cd8(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(1)(1@15) Cd12(1)(1@12) Cd8(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA2(2c)(1)(0@9) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(1)(1@15) Cd12(1)(1@12) Cd8(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(1)(1@15) Na2(1)(1@16) Cd1(0)(1) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(0)(1) Na2(1)(1@16) Cd1(0)(1) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(0)(1) Na2(1)(1@16) Cd1(0)(1) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(1)(1@15) Na2(1)(1@16) Cd1(0)(1) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(1)(1@15) Na2(0)(1) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(1)(1@15) Na2(0)(1) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(0)(1) Na2(1)(1@16) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(0)(1) Na2(1)(1@16) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(0)(1) Cd15(1)(1@15) Na2(1)(1@16) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
ZA3(3g)(1)(0@6) ZA1(1a)(1)(0@8) Cd16(1)(1@8) Cd15(1)(1@15) Na2(1)(1@16) Cd1(1)(1@12) Cd12(1)(1@12) |
Определены полиэдрические кластеры-прекурсоры К8 состава Na2Cd6 и К9 состава Na3Cd6 (рис. 1, табл. 4 и 5). Центры кластеров К8 и К9 занимают высокосимметричные позиции 1a с симметрией 6/mmm и 2c с симметрией –6m2.
Таблица 4.
Кластер K50 (0@9@41), ZA2 (2c, –6m2) | |
---|---|
Кластер 0@9 | 41-атомная оболочка |
6 Cd7 | 2 Cd15 |
3 Na2 | 3 Cd2 |
6 Cd3 | |
6 Cd5 | |
6 Cd6 | |
12 Cd8 | |
6 Na3 | |
Всего 50 атомов |
Таблица 5.
Кластер K46, (0@8@38), ZA1 (1a, 6/mmm) | |
---|---|
Кластер 0@8 | 38-атомная оболочка |
6 Cd4 | 2 Cd16 |
2 Na4 | 12 Cd3 |
12 Cd9 | |
12 Na1 | |
Всего 46 атомов |
Супраполиэдрические кластеры-прекурсоры К46 и К50. Кластеры-прекурсоры К8 и К9 являются темплатами, на поверхности которых происходит образование атомных оболочек из 38 и 41 атома (рис. 2). Состав двухслойных темплатированных кластеров K46 = 0@(Na2Cd6)@(Na12Cd26) и K50 = 0@(Na3Cd6)@(Na6Cd35).
Самосборка кристаллической структуры. 2D Слой. Образование слоя $S_{3}^{2}$ происходит при связывании кластеров K46 + 2K50 (рис. 3). Пустоты между кластерами занимают атомы Cd.
Самосборка каркаса. 3D каркасная структура $S_{3}^{3}$ формируется при связывании слоев в направлении оси Z (рис. 4). В 3D каркасе расстояние между эквивалентными 2D слоями определяет значение вектора c = 9.625 Å.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование кластерной самосборки кристаллической структуры Na26Cd141.
Установлены простейшие полиэдрические кластеры-прекурсоры К8 состава Na2Cd6 и К9 состава Na3Cd6 на поверхности которых происходит образование атомных оболочек из 38 и 41 атома. Состав двухслойных темплатированных кластеров K46 = 0@(Na2Cd6)@(Na12Cd26) и K50 = 0@(Na3Cd6)@(Na6Cd35).
Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структур из нанокластеров-прекурсоров K46 и K50 в виде: первичная цепь → слой → каркас. В больших пустотах 3D каркаса расположены атомы Cd.
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ № 19-02-00636) и Министерства науки и высшего образования в рамках выполнения работ по Государственному заданию ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН.
Список литературы
Zintl E., Schneider A. Konstitution der Lithium-Cadmium Legierungen (13. Mitteilung ueberMetalle und Legierungen) // Zeitschrift fuer Elektrochemie. 1935. V. 41. P. 294–297.
Schneider A., Heymer G. Die Temperaturabhaengigkeit der Molvolumina der Phasen Na Tl und LiCd // Zeitschrift fuer Anorganische und Allgemeine Chemie. 1956. V. 286. P. 118–135.
Mihajlov V., Roehr C. Cadmium-rich cadmides of the system Na/K/Cd // Zeitschrift fuer Anorganische und Allgemeine Chemie. 2010. V. 636. Number: 9–10 Pages: 1792–1802.
Todorov E., Sevov S.C. Intermetallic Frameworks: Synthesis, Characterization, and Bonding of K0.4Cd2 and Na26Cd141 // Inorg. Chem. 1998. V. 37. P. 6341–6345.
Samson S. Crystal structure of NaCd2 // Nature (London, U. K.). 1962. V. 195. P. 259–262.
Wendorff M., Roehr C. Polar binary Zn/Cd-rich intermetallics: Synthesis, crystal andelectronic structure of A (Zn/Cd)13 (A = alkali/alkaline earth) and Cs1.34 Zn16 // J. Alloys Compd. 2006. V. 421. P. 24–34.
Zintl E., Haucke E.Z. Elektrochem. Konstitution der intermetallischen Phasen NaZn13, KZn13, KCd13, RbCd13 und Cs Cd13 // Angew. Phys. Chem. 1938. V. 44. P. 104–111.
Inorganic crystal structure database (ICSD). Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ), Germany and US National Institute of Standard and Technology (NIST), USA.
Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Геометрический и топологический анализ икосаэдрических структур семейства Самсона Mg2Zn11 (сР39), K6Na15Tl18H (сР40) и Tm3In7Co9 (сР46): нанокластеры-прекурсоры, механизм самосборки и сверхструктурное упорядочение // Ж. неорганической химии. 2011. Т. 56. № 5. 729–737.
Shevchenko V.Ya., Blatov V.A., Ilyushin G.D. Intermetallic compounds of the NaCd2 family perceived as assemblies of nanoclusters // Struct. Chem. 2009. V. 20. № 6. P. 975–982.
Blatov V.A., Shevchenko A.P., Proserpio D.M. Applied Topological Analysis of Crystal Structures with the Program Package ToposPro // Cryst. Growth Des. 2014. V. 14. № 7. P. 3576–3585. http://topospro.com/.
Ilyushin G.D. Modeling of the Self-OrInnization Processes in Crystal-Forming Systems. Tetrahedral Metal Clusters and the Self-Assembly of Crystal Structures of Intermetallic Compounds // Crystallography Reports. 2017. V. 62. 5. P. 670–683.
Ilyushin G.D. Symmetry and Topology Code of the Cluster Self-Assembly of Intermetallic Compounds ${\text{A}}_{2}^{{[16]}}{\text{B}}_{4}^{{[12]}}$ of the Friauf Families Mg2Cu4 and Mg2Zn4 // Crystallography Reports. 2018. V. 63. 4. P. 543–552.
Blatov V.A., Ilyushin G.D., Proserpio D. M. Nanocluster model of intermetallic compounds with giant unit cells: β, β'–Mg2Al3 polymorphs // Inorg. Chem., 2010, V. 49. N 4, P. 1811–1818.
Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. М.: Едиториал УРСС. 2003. 376 с.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Симметрийный и топологический код (программа) кластерной самосборки икосаэдрических структур семейства NaZn13–cF112 и TRB66–cF1944 // Физ. и хим. стекла. 2015. V. 41. № 4. P. 341–351.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. Симметрийный и топологический код кластерной самосборки кристаллической структуры Na44Tl7 (“Na6Tl”) // Физ. и хим. стекла. 2017. Т. 43. Вып. 6. С. 563–72.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Симметрийный и топологический код кластерной самосборки кристаллической структуры e-Mg23Al30 из нанокластеров К63 // Физ. и хим. стекла. 2017. Т. 43. Вып. 6. С. 553–562.
Ilyushin G.D. Modeling of Self-Organization Processes in Crystal-Forming Systems: Symmetry and Topology Code for the Cluster Self-Assembly of Crystal Structures of Intermetallic Compounds. Russ // J. Inorg. Chem. 2017. V. 62. 13. P. 1730–1769.
Ilyushin G.D. The Crystal Chemistry of Intermetallic Lithium Compounds // Russian Journal of Inorganic Chemistry. Year 2018. V. 63. № 14. P. 1786–1799.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Физика и химия стекла