Физика и химия стекла, 2022, T. 48, № 6, стр. 657-665
Структурная химия интерметаллидов: геометрический и топологический анализ, икосаэдрические кластерные прекурсоры K45 = Hg@Hg12@Cs12Hg20 и K81 = Hg@Hg12@Hg32@Hg36 и самосборка кристаллических структур Cs6Hg40–cP46 и Cs12Hg162–cI174
В. Я. Шевченко 1, *, В. А. Блатов 2, Г. Д. Илюшин 3
1 Институт химии силикатов им. И.В. Гребенщикова РАН
199034 Санкт-Петербург, наб. Макарова 2, Россия
2 Межвузовский научно-исследовательский центр по теоретическому материаловедению,
Самарский технический университет
443011 Самара, ул. Молодогвардейская, 244, Россия
3 Федеральный научно-исследовательский центр “Кристаллография и фотоника”
119333 Москва, Ленинский пр. 59, Россия
* E-mail: shevchenko@isc.nw.ru
Поступила в редакцию 13.12.21
После доработки 03.02.22
Принята к публикации 05.08.22
- EDN: TKCNLV
- DOI: 10.31857/S013266512110067X
Аннотация
С помощью компьютерных методов (пакет программ ToposPro) осуществлен геометрический и топологический анализ и проведено моделирование самосборки кристаллических структур интерметаллидов Cs6Hg40-cP46, a = 10.913 Å, Pm-3n и Cs12Hg162-cI174, a = 16.557 Å, Im-3. Металлокластеры-прекурсоры определены с использованием алгоритма разложения структурных графов на кластерные структуры и путем построения базисной сетки структуры в виде графа, узлы которого соответствуют положению центров кластеров-прекурсоров ${\text{S}}_{3}^{0}$. В кристаллической структуре Cs6Hg40-cP46 установлены двухслойные икосаэдрические кластеры K45 = = Hg@Hg12@Cs12Hg20, а для кристаллической структуры Cs12Hg162-cI174 определены трехслойные икосаэдрические кластеры K81 = Hg@Hg12@Hg32@Hg36 с симметрией g = m-3 и Cs-спейсеры. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки кристаллических структур интерметаллидов из прекурсоров ${\text{S}}_{3}^{0}$ в виде: цепь ${\text{S}}_{3}^{1}$ → микрослой ${\text{S}}_{3}^{2}$ → микрокаркас ${\text{S}}_{3}^{3}$.
ВВЕДЕНИЕ
C участием атомов щелочных металлов A = Li, Na, K, Rb, Cs установлено образование около 350 кристаллических структур двойных интерметаллидов AnBm [1, 2]. Наиболее многочисленное семейство составляют 130 интерметаллидов LinBm, которым соответствуют 49 структурных типов. Наименее многочисленное семейство включает в себя 42 интерметаллида CsnBm, которым соответствуют 33 структурных типа. В пяти системах Сs–Au, Сs–Pt, Cs–Na, Cs–Rb образуется по одному интерметаллиду, в системе Cs–K – два интерметаллида. В системах Cs–M c M = Zn, Cd, Hg установлено образование семи различных структурных типов. В системах Cs–M c M = Ge, Sn, Pb десяти интерметаллидам соответствуют 6 структурных типов, а в системах Cs–M c M = Sb, Bi одиннадцати интерметаллидам соответствуют 9 структурных типов.
В системе Cs–Hg установлена кристаллизация пяти интерметаллидов CsnHgm с широкой областью изменения состава Hg : Cs = 1–13.5 [1, 2]. Из них четыре образуют кристаллохимические семейства Cs2Hg4-oI12 [3–5], Cs2Hg2-aP8 [3, 5, 6], Cs10Hg38-tI48 [5], Cs6Hg40-cP46 [7, 8]. Интерметаллид Cs12Hg162-cI174 [9] с наибольшим соотношением Hg/Cs = 13.5 кристаллохимических аналогов не имеет.
В работе [10] проведено моделирование самосборки кристаллических структур трех семейств: Cs2Hg4-oI12 (состоящего из 55 соединений), Cs2Hg2-aP8 (из трех соединений) и Cs10Hg38-tI48 (из двух соединений). Установлены тетраэдрические металлокластеры K4 = 0@4 в Cs2Hg2-cI2, октаэдрические металлокластеры K6 = 0@6 в Cs2Hg4 и новый полиэдрический металлокластер K21 = Cs@Cs4Hg16 в Cs10Hg38-tI48.
В настоящей работе с помощью компьютерных методов (пакет программ ToposPro [11]) осуществлен геометрический и топологический анализ и проведено моделирование самосборки кристаллических структур Cs6Hg40-cP46 и Cs12Hg162-cI174.
Работа продолжает исследования [10, 12–14] в области моделирования процессов самоорганизации систем на супраполиэдрическом уровне и геометрического и топологического анализа кристаллических структур интерметаллидов с применением компьютерных методов.
МЕТОДИКИ, ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ПРИ КОМПЬЮТЕРНОМ АНАЛИЗЕ
Геометрический и топологический анализ осуществляли с помощью комплекса программ ToposPro, позволяющего проводить исследование кристаллической структуры в автоматическом режиме, используя представление структур в виде “свернутых графов” (фактор-графов). Данные о функциональной роли атомов при образовании кристаллических структур получены расчетом топологических индексов (координационных последовательностей, точечных и вершинных символов).
Алгоритм разложения в автоматическом режиме структуры любого интерметаллида, представленного в виде свернутого графа, на кластерные единицы основывается на следующих принципах. Структура образуется в результате самосборки кластеров-прекурсоров. Кластеры-прекурсоры образуют каркас структуры, пустоты в котором заполняют спейсеры. Многослойные нанокластеры-прекурсоры не имеют общих внутренних атомов, но они могут иметь общие атомы на поверхности. Кластеры-прекурсоры занимают высокосимметричные позиции. Набор нанокластеров-прекурсоров и спейсеров включает в себя все атомы структуры.
Кристаллохимические и топологические данные интерметаллидов представлены в табл. 1.
Таблица 1.
Интерметаллид | Группа симметрии |
Атом | Локальное окружение | Координационные последовательности | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
N1 | N2 | N3 | N4 | N5 | ||||
Cs3Hg20-cP46 | Pm-3n (223) | Cs1 | 20Hg | 20 | 54 | 124 | 242 | 364 |
Hg1 | 12Hg | 12 | 32 | 120 | 206 | 332 | ||
Hg2 | 3Cs + 9Hg | 12 | 54 | 126 | 216 | 360 | ||
Hg3 | 3Cs + 9Hg | 12 | 56 | 114 | 248 | 362 | ||
Hg4 | 4Cs + 8Hg | 12 | 58 | 128 | 210 | 386 | ||
Cs12Hg162-cI174 | Im-3 (204) | Cs1 | 20Hg | 20 | 53 | 129 | 232 | 370 |
Hg1 | 2Cs + 10Hg | 12 | 56 | 119 | 218 | 338 | ||
Hg2 | 3Cs + 8Hg | 11 | 59 | 127 | 230 | 359 | ||
Hg3 | 15Hg | 15 | 51 | 117 | 213 | 351 | ||
Hg4 | 2Cs + 11Hg | 13 | 56 | 121 | 218 | 355 | ||
Hg5 | 1Cs + 11Hg | 12 | 49 | 115 | 207 | 346 | ||
Hg6 | 16Hg | 16 | 46 | 118 | 214 | 335 | ||
Hg7 | 12Hg | 12 | 68 | 92 | 240 | 362 |
СИММЕТРИЙНЫЙ И ТОПОЛОГИЧЕСКИЙ КОД (ПРОГРАММА) САМОСБОРКИ КРИСТАЛЛИЧЕСКИХ СТРУКТУР ИНТЕРМЕТАЛЛИДОВ
При моделировании кристаллической структуры определяется иерархическая последовательность ее самосборки в кристаллографическом пространстве, т.е. восстанавливается симметрийно-топологический код формирования макроструктуры в виде последовательности значимых элементарных событий, характеризующих самую короткую (быструю) программу конвергентной кластерной самосборки. Алгоритм самосборки трехмерной структуры происходит по универсальному принципу максимального (комплементарного) связывания кластеров-прекурсоров при переходе на более высокий уровень структурной самоорганизации системы.
Кристаллическая структура Cs6Hg40-cP46. Кристаллохимическое семейство состоит из Cs6Hg40 и Rb6Hg40. Параметры кубической ячейки Cs3Hg20: a = 10.913 Å, V = = 1299.67 Å3, Z = 2. Пространственная группа Pm-3n (№ 223) содержит элементы точечной симметрии и соответствующие им позиции Уайкоффа g = m-3 (2a), mmm (6b), –4m (6c, 6d), 32 (8e) и др.
Локальное окружение атомов и значения координационных последовательностей приведены в табл. 1. Координационное число (КЧ) атома Cs равно 20; координационный полиэдр имеет 20 вершин, 48 ребер и 30 граней. Для атома Hg1 значение КЧ = = 12 соответствует икосаэдрическому кластеру K13 = Hg@Hg12 с симметрией m-3 (рис. 1). 12 атомов Hg2 образуют оболочку икосаэдрического кластера K13 и в локальном окружении кроме центрального атома Hg1 находятся еще 11 атомов (3 атома Cs и 8 атомов Hg).
Установлены 11 вариантов кластерного представления кристаллической структуры Cs3Hg20-cP46 (табл. 2). Ниже рассмотрен наиболее быстрой вариант самосборки кристаллической структуры из образующихся в процессе формирования вторых оболочек кластеров K45 = 1@12@32 (рис. 2) в виде: первичная цепь → слой → каркас.
Таблица 2.
1 структурная единица |
---|
Hg1(2)(1@12@32) |
2 структурные единицы |
Hg1(0)(1) Cs1(1)(1@20) |
Hg1(1)(1@12) Cs1(1)(1@20) |
Hg1(0)(1) Hg4(1)(1@12) |
Hg1(1)(1@12) Hg4(1)(1@12) |
Hg1(0)(1) Hg3(1)(1@12) |
Hg1(1)(1@12) Hg3(1)(1@12) |
3 структурные единицы |
ZA1(6b)(1)(0@8) Hg1(1)(1@12) Hg3(0)(1) |
ZA1(6b)(1)(0@8) Hg1(0)(1) Hg3(0)(1) |
ZA1(6b)(1)(0@8) Hg1(0)(1) Hg3(1)(1@12) |
ZA1(6b)(1)(0@8) Hg1(1)(1@12) Hg3(1)(1@12) |
Супраполиэдрческий кластер-димер образуется в результате связывания темплатированных кластеров-прекурсоров K13 + K13 (рис. 3). На поверхности кластера K13 с участием атомов Hg3, Hg4, и Cs формируется оболочка из 32 атомов Cs12Hg20. Темплатированный кластер K45 имеет топологию известного кластера Бергмана и химический состав оболочек Hg@Hg12@Cs12Hg20 (табл. 3). Образование тетрамера ${\text{S}}_{3}^{2}$ происходит связыванием параллельно расположенных цепей в направлении оси Z (рис. 3). Микрокаркас структуры ${\text{S}}_{3}^{3}$ формируется при связывании тетрамеров ${\text{S}}_{3}^{2}$ + ${\text{S}}_{3}^{2}$.
Таблица 3.
Нанокластер Hg1(2)(1@12 @32) | |
---|---|
Икосаэдр Hg@Hg12 | Оболочка Сs12Hg20 |
1 Hg1 | 12 Cs1 |
12 Hg2 | 8 Hg3 |
12 Hg4 | |
(12, 30, 20) | (32, 84, 54) |
Всего 45 атомов |
Кристаллическая структура Cs12Hg162-cI174. Параметры кубической ячейки: a = = 16.557 Å, V = 4538.84 Å3, Z = 2 Cs6Hg81. Пространственная группа Im-3 (no. 204) содержит элементы точечной симметрии и соответствующие им позиции Уайкоффа g = = m-3 (2a), mmm (6b), –3 (4c), mm2 (12d, 12e), 32 (8e), 3 (16f) и др.
Локальное окружение атомов и значения координационных последовательностей приведены в табл. 1. Так же, как и в кристаллической структуре Cs3Hg20-cP46, атомы Cs имеют КЧ = 20, однако топология координационного полиэдра незначительно отличается: он содержит 20 вершин, 45 ребер и 27 граней. Для 7 атомов Hg установлены значения КЧ = 11, 12 (три атома), 13, 15 и 16.
На поверхности икосаэдра Hg@Hg12 (рис. 1) образуется 68-атомная двухслойная оболочка; состав оболочек кластера характеризуется последовательностью K81 = = Hg@Hg12@Hg32@Hg36 (рис. 4). Установлены 20 вариантов кластерного представления 3D атомной сетки с числом структурных единиц 2 (7 вариантов), 3 (10 вариантов), 4 (3 варианта) (табл. 4). Ниже рассмотрен наиболее быстрой вариант самосборки кристаллической структуры из трехслойных кластеров K81 в виде: первичная цепь → слой → → каркас (рис. 5).
Таблица 4.
2 структурные единицы |
---|
Hg7(2)(1@12@68) Cs1(0)(1) |
Hg7(2)(1@12@68) Cs1(1)(1@20) |
Hg7(0)(1) Hg4(1)(1@13) |
Hg7(1)(1@12) Hg4(1)(1@13) |
ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(2)(1@12@68) |
ZA2(8c)(2)(0@8@30) Hg7(0)(1) |
ZA2(8c)(2)(0@8@30) Hg7(1)(1@12) |
3 структурные единицы |
ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(0)(1) Hg4(1)(1@13) |
ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(1)(1@12) Hg4(1)(1@13) |
ZA2(8c)(2)(0@8@30) ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(0)(1) |
ZA2(8c)(2)(0@8@30) ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(1)(1@12) |
ZA2(8c)(1)(0@8) ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(2)(1@12@68) |
ZA2(8c)(1)(0@8) Hg7(2)(1@12@68) Cs1(0)(1) |
ZA2(8c)(1)(0@8) Hg7(1)(1@12) Cs1(1)(1@20) |
ZA2(8c)(1)(0@8) Hg7(2)(1@12@68) Cs1(1)(1@20) |
ZA2(8c)(1)(0@8) Hg7(0)(1) Hg4(1)(1@13) |
ZA2(8c)(1)(0@8) Hg7(1)(1@12) Hg4(1)(1@13) |
4 структурные единицы |
ZA2(8c)(1)(0@8) ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(1)(1@12) Hg4(0)(1) |
ZA2(8c)(1)(0@8) ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(0)(1) Hg4(1)(1@13) |
ZA2(8c)(1)(0@8) ZA1(6b)(1)(0@10) Hg7(1)(1@12) Hg4(1)(1@13) |
В элементарной ячейке центр кластера K81 расположен в позиции 2a с симметрией g = m-3. Первичная цепь ${\text{S}}_{3}^{1}$ формируется в результате связывания кластеров-прекурсоров K81 + K81 с участием атомов-спейсеров Cs (табл. 5, рис. 5). Расстояние между центрами кластеров соответствует половине диагонали элементарной ячейки. Образование микрослоя ${\text{S}}_{3}^{2}$ происходит связыванием параллельно расположенных цепей в направлении диагонали элементарной ячейки (рис. 5). Микрокаркас структуры ${\text{S}}_{3}^{3}$ формируется при связывании микрослоев ${\text{S}}_{3}^{2}$.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Проведен геометрический и топологический анализ кристаллических структур интерметаллидов Cs6Hg40-cP46, Pm-3n и Cs12Hg162-cI174, Im-3. В кристаллической структуре Cs6Hg40-cP46 установлены икосаэдрические кластеры K45 = = Hg@Hg12@Cs12Hg20 с симметрией m-3, а для кристаллической структуры Cs12Hg162-cI174 определены икосаэдрические кластеры K81 = Hg@Hg12@Hg32@Hg36 с симметрией m-3 и Cs-спейсеры. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки кристаллических структур интерметаллидов из прекурсоров ${\text{S}}_{3}^{0}$ в виде: цепь ${\text{S}}_{3}^{1}$ → микрослой ${\text{S}}_{3}^{2}$ → микрокаркас ${\text{S}}_{3}^{3}$.
Анализ самосборки кристаллической структуры выполнен при поддержке Минобрнауки РФ в рамках выполнения работ по государственному заданию ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН, нанокластерный анализ выполнен при поддержке Российского научного фонда (РНФ № 21-73-30019).
Список литературы
Inorganic crystal structure database (ICSD). Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ), Germany and US National Institute of Standard and Technology (NIST), USA.
P. Villars, K. Cenzual. Pearson’s Crystal Data-Crystal Structure Database for Inorganic Compounds (PCDIC) ASM International: Materials Park, OH.
Duwell E.J., Baenziger N.C. The crystal structures of KHg and KHg2 // Acta Crystallogr. 1955. V. 8. P. 705–710.
Deiseroth H.J., Strunck A., Bauhofer W. RbHg2 und CsHg2, Darstellung, Kristallstruktur, elektrische Leitfaehigkeit // Z. Anorg. Allg. Chem. 1988. V. 558. P. 128–136.
Deiseroth H.J., Strunck A. Quadratische Hg4-Cluster in der Verbindung CsHg // Angewandte Chemie. 1987. V. 99. P. 701–702.
Deiseroth H.J., Strunck A., Bauhofer W. CsHg, eine ungewoehnliche Variante der Cs Cl – Struktur. Darstellung, Kristallstruktur und physikalische Eigenschaften // Z. Anorg. Allg. Chem. 1989. V. 575. P. 31–38.
Biehl E., Deiseroth H.J. Eine neue, geordnete Defektvariante des Ba Al4-Strukturtyps // Z. Anorg. Allg. Chem.1999. V. 625. P. 389–394.
Todorov E., Sevov S.C. Synthesis and structure of the alkali metal amalgams A3 Hg20 (A= Rb, Cs), K3Hg11, Cs5 Hg19, and A7 Hg31 (A = K, Rb) // Journal of Solid-State Chemistry. 2000. 149. P. 419–427.
Hoch C., Simon A. Cs2 Hg27, the mercury-richest amalgam with close relationship to the Bergman phases // Z. Anorg. Allg. Chem. 2008. V. 634. P. 853–856.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Интерметаллиды Cs2Hg2-aP8, Cs2Hg4-oI12, Cs10Hg38-tI48: Геометрический и топологический анализ, кластерные прекурсоры K4, K6, K21 и самосборка кристаллических структур // Физика и химия стекла. 2022. В печати.
Blatov V.A., Shevchenko A.P., Proserpio D.M. Applied Topological Analysis of Crystal Structures with the Program Package ToposPro // Cryst. Growth Des. 2014. V. 14. № 7. P. 3576–3585.
Blatov V.A., Ilyushin G.D., Proserpio D.M. Nanocluster model of intermetallic compounds with giant unit cells: β, β'-Mg2Al3 polymorphs // Inorg. Chem., 2010, V. 49. № 4. P. 1811–1818.
Ilyushin G.D. Theory of cluster self-organization of crystal-forming systems. Geometrical-topological modeling of nanocluster precursors with a hierarchical structure // Struct. Chem. 2012. V. 20. № 6. P. 975–1043.
Shevchenko V.Ya., Medrish I.V., Ilyushin G.D., Blatov V.A. From clusters to crystals: scale chemistry of intermetallics // Struct. Chem., 2019. V. 30. № 6. P. 2015–2027.
Ilyushin G.D. Intermetallic Compounds KnMm (M = Ag, Au, As, Sb, Bi, Ge, Sn, Pb): Geometrical and Topological Analysis, Cluster Precursors, and Self-Assembly of Crystal Structures // Crystallography Reports. 2020. V. 65. № 7. P. 1095–1105.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Физика и химия стекла