Записки Российского минералогического общества, 2022, T. 151, № 5, стр. 102-111
Водородные связи в параскородите и сравнительная устойчивость полиморфов Fe(AsO4)·2H2O
Д. чл. С. В. Кривовичев 1, 2, *
1 Центр наноматериаловедения, Кольский научный центр, Российская академия наук
184209 Апатиты, ул. Ферсмана, 14, Россия
2 Кафедра кристаллографии, Институт наук о Земле, Санкт-Петербургский государственный
университет
199034 Санкт-Петербург, Университетская наб., 7/9, Россия
* E-mail: s.krivovichev@ksc.ru
Поступила в редакцию 05.08.2022
После доработки 15.08.2022
Принята к публикации 20.08.2022
- EDN: TOUNWW
- DOI: 10.31857/S0869605522050057
Аннотация
Методом функционала плотности с использованием программного комплекса CRYSTAL14 оптимизированы позиции атомов водорода в кристаллической структуре параскородита Fe(AsO4)·2H2O. Показано, что с учетом водородной связи в структуре образуются асимметричные шестичленные циклы –Fe1–O1–H1…O3–As–O2– и восьмичленные циклы –Fe1–O1–H2…O2–Fe1–O2…H2–O1– c латеральной топологической симметрией. Расчет параметров структурной сложности скородита и параскородита и их сравнение с термодинамическими характеристиками показывает, что полиморфные модификации Fe(AsO4)·2H2O в целом соответствуют правилу Гольдсмита, согласно которому метастабильные переходные полиморфы структурно проще термодинамически стабильных фаз. Скородит является стабильной фазой, тогда как параскородит метастабилен, что согласуется с выводами, сделанными в ранних работах. Кристаллизация параскородита в природных условиях зон окисления рудных месторождений может происходить за счет высокой скорости процесса его нуклеации как метастабильной фазы, т.е. стабилизацией структуры за счет кинетических факторов.
1. ВВЕДЕНИЕ
Скородит Fe(AsO4)·2H2O – один из основных мышьяк-содержащих минералов, образующихся в зонах окисления рудных месторождений при разрушении арсенопирита (Majzlan et al., 2014). Этот минерал имеет важное экологическое значение как форма концентрации As в загрязненных почвах и отвалах горной промышленности. Благодаря своей низкой растворимости в водных растворах, скородит был предложен в качестве материала для иммобилизации мышьяка в условиях окружающей среды. Как минеральный вид скородит известен с начала 19-го века и был впервые описан А. Брейтгауптом (Breithaupt, 1818). В 1999 году чешские минералоги (Ondruš et al., 1999) сообщили об открытии диморфа скородита Fe(AsO4)·2H2O с гексагональной или тригональной симметрией, который получил название “параскородит”. Минерал был описан как переходная метастабильная фаза, образующаяся в зонах гипергенеза сульфидных месторождений при окислении арсенопирита. Кристаллическая структура параскородита была расшифрована Н. Перкиацци с соавторами (Perchiazzi et al., 2004) методом порошка; позиции атомов водорода определены не были. В процессе исследования авторами работы (Perchiazzi et al., 2004) было показано, что параскородит структурно отличен от скородита и обладает иной структурной топологией, причем последняя отличается от известных структурных топологий в минералах со структурными типами варисцита и метаварисцита (Кривовичев, 2006; Kolitsch et al., 2020). В связи с нашим продолжающимся интересом в области выяснения отношений между структурной сложностью и метастабильностью полиморфов минералов (Krivovichev, 2013, 2017, 2020; Krivovichev et al., 2017; Кривовичев, 2022), в данной работе представлены результаты расчета позиций атомов водорода в параскородите методом функционала плотности и проведен сравнительный анализ структурной сложности и термодинамической стабильности в полиморфной паре “скородит-параскородит”. Как будет показано, полиморфные модификации Fe(AsO4)·2H2O соответствуют правилу Гольдсмита (Goldsmith, 1953; Кривовичев, 2022), согласно которому кинетически стабилизированные метастабильные полиморфы обладают более простыми структурами по сравнению с термодинамически стабильными фазами.
2. МЕТОДЫ
Расчеты методом функционала плотности (DFT) проводились с использованием программного комплекса CRYSTAL14 (Dovesi et al., 2014). В расчетах использовались полноэлектронные базисы pob-TZVP (Peintinger et al., 2013) вместе с гибридным функционалом B3LYP. Для расчетов использовалась модель кристаллической структуры параскородита, полученная в работе (Perchiazzi et al., 2004): пространственная группа P$\bar {3}$c1, a = 8.9232, b = 9.9296 Å, Z = 6. Начальные позиции атомов водорода были определены из общих кристаллохимических принципов. Оптимизация геометрии проводилась при зафиксированных параметрах элементарной ячейки и координатах неводородных атомов. Сходимость по энергии при самосогласовании была установлена на значение 10–7 атомных единиц энергии. Результаты расчета координат атомов водорода (для сравнения приведены также координаты остальных атомов) приведены в табл. 1. Табл. 2 содержит геометрические параметры системы водородных связей в параскородите.
Таблица 1.
Атом | x | y | z |
---|---|---|---|
Неводородные атомы* | |||
As1 | 0.2735 | 0.0000 | 0.2500 |
Fe1 | 0.3333 | 0.6667 | 0.3070 |
Fe2 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 |
O1 | 0.8615 | 0.5046 | 0.0642 |
O2 | 0.4621 | 0.1664 | 0.2999 |
O3 | 0.2136 | 0.0695 | 0.1175 |
Атомы водорода** | |||
H1 | 0.8810 | 0.6228 | 0.0811 |
H2 | 0.8467 | 0.4882 | 0.9657 |
Таблица 2.
D–H | D–H [Å] | H–D–H [°] | H···A [Å] | D–H···A [°] | D···A [Å] | A |
---|---|---|---|---|---|---|
O1–H1 | 0.994 | 105.26 | 1.624 | 164.14 | 2.594 | O3 |
O1–H2 | 0.988 | 105.26 | 1.724 | 158.21 | 2.667 | O2 |
Расчеты параметров структурной сложности проводились по методу, предложенному в работах (Krivovichev, 2012, 2013) и развитому в работах (Hornfeck, 2020, 2022; Krivovichev et al., 2022). Согласно этому подходу, сложность кристаллической структуры можно оценить исходя из количеств шенноновской информации, приходящихся на атом или на приведенную элементарную ячейку, по следующим формулам:
(1)
$^{{{\text{str}}}}{{I}_{G}} = - \sum\limits_{i = 1}^k {{{p}_{i}}{{{\lg }}_{2}}{{p}_{i}}} \,\,\,\left( {{\text{бит/атом}}} \right),$(2)
$^{{{\text{str}}}}{{I}_{{G,total}}} = {v}{{\,}^{{{\text{str}}}}}{{I}_{G}} = - {v}\sum\limits_{i = 1}^k {{{p}_{i}}{{{\lg }}_{2}}{{p}_{i}}} \,\,\,\left( {{\text{бит/ячейку}}} \right),$В развитие предложенного нами подхода, В. Хорнфек (Hornfeck, 2020, 2022) предложил рассматривать наряду со структурной сложностью (он называет ее комбинаторной), оцениваемой по формулам (1)–(3), координационную сложность, основой для расчета которой служат числа степеней свободы для независимых атомных позиций (например, атом, находящийся в центре симметрии, имеет ноль степеней свободы, находящийся на простой оси симметрии – одну степень свободы, находящийся на зеркальной плоскости симметрии – две степени свободы). В. Хорнфек называет эти числа арностями по аналогии с математикой (в математике арность функции равна числу ее аргументов).
Пусть ai – арность i-й правильной системы точек. Тогда сумма арностей всех правильных систем обозначается как A:
Информационные содержания распределения арностей в кристаллической структуре рассчитываются из следующих уравнений (с.с. = степень свободы):
(5)
${{I}_{A}} = - \sum\limits_{i = 1}^k {p_{i}^{a}{{{\lg }}_{2}}p_{i}^{a}} \,\,\,\left( {{\text{бит/c}}{\text{.c}}{\text{.}}} \right),$(6)
${{I}_{{A,total}}} = A\,{{I}_{A}} = - A\sum\limits_{i = 1}^k {p_{i}^{a}{{{\lg }}_{2}}p_{i}^{a}} \,\,\,\left( {{\text{бит/ячейку}}} \right),$Как было показано нами в недавней работе (Krivovichev et al., 2022), расчет информационных содержаний арностей полезен при сравнении сложностей полиморфов с одинаковыми значениями структурной сложности (например, α- и β-кварца).
Параметры IA и IA,total В. Хорнфек называет параметрами координационной сложности (мы используем систему обозначений, принятую в нашей работе (Krivovichev et al., 2022), в отличии от оригинальной работы (Hornfeck, 2020)). Комбинируя структурную (комбинаторную) и координационную сложность, В. Хорнфек формулирует понятие конфигурационной сложности и вводит соответствующий параметр IGA, значение которого рассчитывается по формуле:
(8)
${{I}_{{GA}}} = I\left( {{v},A} \right) + \left( {{{I}_{{G,total}}} + {{I}_{{A,total}}}} \right){\text{/}}\left( {{v} + A} \right),$(9)
$I\left( {{v},A} \right) = \frac{{v}}{{{v} + A}}{{\lg }_{2}}\frac{{{v} + A}}{{v}} + \frac{A}{{{v} + A}}{{\lg }_{2}}\frac{{{v} + A}}{A}.$Полная конфигурационная сложность на приведенную ячейку получается из уравнения
Для расчета параметров структурной сложности использовался комплекс программ TOPOS (Blatov et al., 2014), параметры конфигурационной и координационной сложности рассчитывались вручную. Результаты расчетов приведены в табл. 3.
Таблица 3.
Параметр | Скородит | Параскородит | |
---|---|---|---|
Кристаллографические данные* | |||
Пространственная группа | Pcab | P$\bar {3}$c1 | P$\bar {3}$c1 |
a, Å | 8.937 | 8.9232 | 8.9327 |
b, Å | 10.278 | = a | = a |
c, Å | 9.996 | 9.9296 | 9.9391 |
V/Z, Å3 | 114.8 | 114.1 | 114.5 |
ρ, г/см3 | 3.339 | 3.358 | 3.212* |
Ссылка | Hawthorne, 1976 | Perchiazzi et al., 2004 | Ondruš et al., 1999 |
Параметры сложности | |||
v, атомы | 96 | 72 | |
A, с.с. | 36 | 17 | |
IG, бит/атом | 3.585 | 2.828 | |
IG,total, бит/ячейку | 344.156 | 203.627 | |
IGA, бит/(атом+с.с.) | 4.073 | 3.186 | |
IGA,total, бит/ячейку | 537.634 | 283.579 | |
Термодинамические параметры** | |||
Δf$H_{{298}}^{^\circ }$, кДж/моль | –1508.9 ± 2.9 | –1506.6 ± 2.9 | |
$S_{{298}}^{^\circ }$, Дж/(моль град) | 188.9 ± 2.1 | 188.0 | |
Δf$G_{{298}}^{^\circ }$, кДж/моль | –1284.8 ± 2.9 | –1282.5 |
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Общее описание структуры и системы водородных связей
Кристаллическая структура параскородита изображена на рис. 1, a в проекции вдоль оси c. Она принадлежит к уникальному среди минералов и неорганических соединений структурному типу и представляет собой окта-тетраэдрический каркас, составленный из центрированных катионами Fe3+ октаэдров и арсенатных тетраэдров. В структуре имеют место две кристаллографически независимые позиции Fe. Позиция Fe1 координирована шестью атомами кислорода арсенатных групп таким образом, что октаэдры Fe1O6 и тетраэдры AsO4, связываясь вершинами, образуют бесконечные цепочки, вытянутые вдоль оси c (рис. 1, б). Топология цепочек может описана с помощью графа (Krivovichev, 2005), показанного на рис. 1, в: в этом графе коричневые и темно-желтые вершины соответствуют координационным полиэдрам Fe и As. Такие цепочки характерны для кристаллических структур минералов и были обнаружены, например, в ферринатрите Na3[Fe3+(SO4)3](H2O)3 (Mereiter, 1976; Scordari, 1977), каатиалаите Fe(H2AsO4)3(H2O)5 (Raade et al., 1984), алюмококимбите AlFe(SO4)3(H2O)9 (Demartin et al., 2010a) и пиракмоните (NH4)3Fe(SO4)3 (Demartin et al., 2010b), а также в недавно описанном нами сульфате состава (K,Na)3Na3(Fe,Al)2(SO4)6 из горелых отвалов Челябинского угольного бассейна (Zolotarev et al., 2020). Окта-тетраэдрические цепочки соединяются друг с другом в каркас через октаэдры Fe2O3(H2O)3. Таким образом, позиция Fe1 координирована исключительно атомами кислорода арсенатных групп, тогда как позиция Fe2 связана с тремя кислородами арсенатных групп и тремя молекулами воды.
Конфигурация системы водородных связей в параскородите показана на рис. 2. В октаэдрах Fe2O3(H2O)3 три молекулы воды образуют треугольную грань, ориентированную параллельно плоскости (001). Противоположная треугольная грань образована тремя атомами O2 арсенатных групп. Молекулы H2O ориентированы таким образом, что атом H1 образует водородную связь с атомом O3, принадлежащем арсенатной группе, расположенной на одном уровне с октаэдром Fe2O3(H2O)3. С учетом водородной связи образуются асимметричные шестичленные циклы –Fe1–O1–H1…O3–As–O2–. Связь O1–H2 ориентирована в сторону соседнего октаэдра Fe2O3(H2O)3, причем образуется водородная связь H2…O2 к атому кислород а, мостиковому между тетраэдром AsO4 и указанным октаэдром. В результате такой конфигурации формируются восьмичленные циклы –Fe1–O1–H2…O2–Fe1–O2…H2–O1– c латеральной топологической симметрией.
3.2. Структурная сложность и стабильность полиморфных модификаций Fe(AsO4)·2H2O
Согласно эмпирическому правилу Гольдсмита (Goldsmith, 1953; Morse, Casey, 1988), метастабильные переходные фазы, возникающие в оствальдовских кристаллизационных каскадах, обладают меньшей структурной сложностью, чем их термодинамически стабильные полиморфы. Физическое обоснование этого принципа состоит в том, что более простые полиморфы, как правило, имеют меньшую плотность и (в большинстве случаев) меньшую поверхностную энергию, что понижает величину энергетического барьера нуклеации (Кривовичев, 2022). Структуры метастабильных фаз зачастую соответствуют структурам высокотемпературных модификаций, которые имеют тенденцию к упрощению за счет увеличения конфигурационного и вибрационного вкладов в общую термодинамическую энтропию. Эффективность этого эмпирического принципа была продемонстрирована на целом ряде минеральных систем (Morse, Casey, 1988; Krivovichev, 2013, 2017; Krivovichev et al., 2017; Plášil et al., 2017; Plášil, 2018; Majzlan et al., 2018; Huskić et al., 2019; Majzlan, 2020; Krivovichev, 2020). В табл. 3 приведены сравнительные кристаллографические, сложностные и термодинамические параметры скородита и параскородита, из анализа которых видно, что параскородит со структурной точки зрения более прост по сравнению со скородитом, причем это соотношение верно как для комбинаторной, так и для конфигурационной сложности. Величины термодинамических параметров показывают, что именно скородит является стабильной фазой, тогда как параскородит метастабилен, что согласуется с выводами, сделанными в работе (Ondruš et al., 1999). Сравнение значений плотности для двух полиморфов дает несколько противоречивые результаты, что связано с расхождениями в литературных данных касательно плотности параскородита. В оригинальном описании минерала (Ondruš et al., 1999) измеренные и рассчитанные значения плотности были указаны как 3.213 и 3.212 г/см3, соответственно, причем очевидно, что последнее значение было рассчитано исходя из эмпирической формулы ${\text{Fe}}_{{0.979}}^{{3 + }}$Al0.007[(AsO4)0.875(PO4)0.027(SO4)0.043(OH)0.166]·2.05H2O, указывающей на некоторую дефектность минерала в отношении тетраэдрических анионов. Вполне возможно, что эта дефектность является специфической особенностью параскородита и способствует его метастабильной кристаллизации как низкоплотной высокоэнтропийной структурно простой фазы (по сравнению со скородитом; следует заметить, что значение энтропии параскородита, приведенное в табл. 3, получено не путем экспериментальных изменений, а на основании теоретической оценки (Majzlan et al., 2012)). Нельзя исключить, что химическая дефектность вносит свой дополнительный вклад в упрощение структуры через конфигурационную энтропию смешения. Оценить условия предпочтительной кристаллизации параскородита представляется затруднительным ввиду отсутствия экспериментальных данных, но вполне возможно, что в сложных системах зон окисления сульфидных месторождений (в частности, при окислении арсенопирита) вполне могут создаться локальные условия повышенного пересыщения из-за колебаний температур и флуктуаций состава растворов. В этом случае образование параскородита будет поддерживаться высокой скоростью процесса его нуклеации как метастабильной фазы, т.е. стабилизацией структуры за счет кинетических факторов.
Интересно, что среди соединений состава M(TO4)·2H2O (M = Fe3+, Al, In, Sc; T = P, As) диморфизм достаточно распространен (Kolitsch et al., 2020). Однако, помимо полиморфа с ромбическим структурным типом скородита (в котором кристаллизуются, например, варисцит Al(PO4)·2H2O и штренгит Fe(PO4)·2H2O), второй полиморф имеет, как правило, моноклинную сингонию и структурную топологию, отличную от топологии параскородита (например, метаварисцит Al(PO4)·2H2O и фосфосидерит Fe(PO4)·2H2O). Как и в случае скородита и параскородита, топологии диморфов принципиально различны и переход между ними должен неизбежно включать топологическую реконструкцию, т.е. разрыв и перестройку системы химических связей внутри каркаса. А.В. Сергеева (2016) указывает, что в системе “варисцит–метаварисцит” ромбический варисцит является низкотемпературной фазой, тогда как моноклинный метаварисцит – высокотемпературной модификацией. Заметим, что такое соотношение противоречит общей тенденции, согласно которой высокотемпературные фазы обладают более высокой симметрией (Филатов, 2011). Однако, с точки зрения структурной сложности метаварисцит более прост (172.078 бит/ячейку) по сравнению с варисцитом (344.156 бит/ячейку), что объясняется более общим характером понятия структурной сложности по сравнению с понятием симметрии. Как высокотемпературный полиморф, метастабильный при обычных условиях, метаварисцит имеет более низкую плотность (2.535 г/см3) по сравнению с варисцитом (2.590 г/см3), что согласуется с общей тенденцией метастабильной кристаллизации кинетически стабилизированных низкоплотных модификаций (Кривовичев, 2022). То же имеет место и в отношении штренгита (ρ = 2.85 г/см3) и фосфосидерита (ρ = 2.72 г/см3), из которых второй представляет собой метастабильный полиморф с более простой структурой (Kolitsch et al., 2020).
Таким образом, как и близкие по составу минералы, полиморфные модификации Fe(AsO4)·2H2O (скородит и параскородит) в целом соответствуют правилу Гольдсмита, дополненному системой информационной оценки параметров структурной сложности.
Работа выполнялась при поддержке Российского научного фонда, грант 19-17-00038-П.
Список литературы
Кривовичев С.В. Кристаллохимия селенатов с минералоподобными структурами. IV. Кристаллическая структура Zn(SeO4)(H2O)2 – нового соединения со смешанным каркасом варисцитового типа // ЗРМО. 2006. Т. 135. № 5. С. 95–101.
Кривовичев С.В. Метастабильная кристаллизация и структурная сложность минералов // Докл. РАН. Науки о Земле. 2022 (в печати).
Сергеева А.В. К вопросу об образовании варисцита и метаварисцита. Фазовые равновесия в системе // ЗРМО. 2016. Т. 145. Вып. 6. С. 101–113.
Филатов С.К. Обобщенная концепция повышения симметрии кристаллов с ростом температуры // Кристаллогр. 2011. Т. 56. С. 1019–1028.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Записки Российского минералогического общества