Генетика, 2020, T. 56, № 12, стр. 1427-1434

Полиморфизм генов CYP2C9, CYP4F2, VKORC1 в популяции бурят

А. Ю. Самбялова 1*, Т. А. Баирова 1, Е. В. Беляева 1, О. А. Ершова 1, Д. С. Саргаева 2, С. И. Колесников 13

1 Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
664003 Иркутск, Россия

2 Республиканская клиническая больница им. Н.А. Семашко
670031 Улан-Удэ, Россия

3 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
119234 Москва, Россия

* E-mail: sambialova95@mail.ru

Поступила в редакцию 13.01.2020
После доработки 18.02.2020
Принята к публикации 05.03.2020

Аннотация

Охарактеризована распространенность генотипов и аллелей по полиморфным локусам rs1799853 (430C>T) и rs1057910 (A1075C) гена CYP2C9, rs2108622 (1347C>T) гена CYP4F2, rs9923231 (1639G>A) гена VKORC1 в популяции бурят. Выборка включала 197 человек, из них мужчин – 37.1% (n = 73), женщин – 62.9% (n = 124). Средний возраст обследованных – 57.51 ± 10.88 лет. Для идентификации генотипов по изученным полиморфным локусам использовали метод полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (РТ-ПЦР). Частота минорных аллелей *2,*3 гена CYP2C9 составила 2.03 и 3.05% соответственно. Аллель T гена CYP4F2 наблюдался с частотой 31.22%, частота обнаружения аллеля A гена VKORC1 составила 85.28%. Полученные данные по частоте аллелей изученных генов имеют значение для оптимизации фармакотерапии варфарина в популяции бурят.

Ключевые слова: полиморфизм, популяция, буряты, CYP2C9, CYP4F2, VKORC1.

DOI: 10.31857/S0016675820120127

Список литературы

  1. Гончарова И.А., Бабушкина Н.П., Минайчева Л.И. и др. Распространенность аллелей полиморфных вариантов Leu33Pro и Leu66Arg гена ITGB3 у жителей Сибирского региона // Генетика. 2013. Т. 49. № 8. С. 1008–1012. https://doi.org/10.7868/S0016675813070059

  2. Колесникова Л.И., Баирова Т.А., Первушина О.А., Гребенкина Л.А. Связь полиморфизма (192) Q>R гена параоксоназы с липидным профилем и компонентами перекисного окисления липидов и антиоксидантной защиты в популяциях русских и бурят Восточной Сибири // Генетика. 2015. Т. 51. № 2. С. 236–241. https://doi.org/10.7868/S0016675815020095

  3. Alomar M.J. Factors affecting the development of adverse drug reactions // Saudi Pharmaceutical J. 2014. V. 22. № 2. P. 83–94. https://doi.org/10.1016/j.jsps.2013.02.003

  4. Мустафина О.Е., Туктарова И.А., Каримов Д.Д. и др. Полиморфизм генов CYР2D6, CYP3A5 и CYP3A4 в популяциях русских, татар и башкир // Генетика. 2015. Т. 51. № 1. С. 109–119. https://doi.org/10.7868/S0016675815010087

  5. https://www.fda.gov/drugs/science-and-research-drugs/ table-pharmacogenomic-biomarkers-drug-labeling.

  6. Freedman M.D. Oral anticoagulants: pharmacodynamics, clinical indications and adverse effects // The J. Clin. Pharmacol. 1992. V. 32. № 3. P. 196–209. https://doi.org/10.1002/j.1552-4604.1992.tb03827.x

  7. Altshuler D., Donnelly P., International HapMap Consortium. A haplotype map of the human genome // Nature. 2005. V. 437. № 7063. P. 1299–1320. https://doi.org/10.1038/nature04226

  8. Sawyer S.L., Mukherjee N., Pakstis A.J. et al. Linkage disequilibrium patterns vary substantially among populations // Eur. J. Hum. Genet. 2005. V. 13. № 5. P. 677–686. https://doi.org/10.1038/sj.ejhg.5201368

  9. Makeeva O., Stepanov V., Puzyrev V. et al. Global pharmacogenetics: genetic substructure of Eurasian populations and its effect on variants of drug-metabolizing enzymes // Pharmacogenomics. 2008. V. 9. № 7. P. 847–868. https://doi.org/10.2217/14622416.9.7.847

  10. Сангадеева Д.Ц., Дайндоров Д.С., Пушкарев Б.С. и др. Частота генетического полиморфизма VKORC1 среди русских и бурят в Забайкальском крае // Медицина завтрашнего дня. 2017. С. 299–300.

  11. Sanderson S., Emery J., Higgins J. CYP2C9 gene variants, drug dose, and bleeding risk in warfarin-treated patients: A HuG Enet™ systematic review and meta-analysis // Genet. in Medicine. 2005. V. 7. № 2. P. 97–104.

  12. NIH. Genome Reference Consortium, The International Genome Sample Resource. Available online: http://www.1000genomes.org/.

  13. Аверин А.Н., Коренные малочисленные народы: динамика развития // Вестник БГУ. 2015. № 14. С. 70–75.

  14. Vasilyev F.F., Danilova D.A., Kaimonov V.S. et al. Frequency distribution of polymorphisms of CYP2C19, CYP2C9, VKORC1 and SLCO1B1 genes in the Yakut population // Res. in Pharmaceutical Sci. 2016. V. 11. № 3. P. 259–264.

  15. Korytina G., Kochetova O., Akhmadishina L. et al. Polymorphisms of cytochrome p450 genes in three ethnic groups from Russia // Balkan Med. J. 2012. V. 2012. № 3. P. 252–260. https://doi.org/10.1089/gtmb.2017.0036

  16. Корчагина Р.П., Осипова Л.П., Вавилова Н.А. и др. Генетический полиморфизм цитохрома P450 2C9, участвующего в метаболизме лекарственных препаратов, в популяциях коренных жителей Северной Сибири // Сиб. науч. мед. журн. 2011. Т. 31. № 6. С. 39–46.

  17. Лавринов П.А., Белова Н.И., Воробьева Н.А. Полиморфизмы гена VKORC1-1639 G/A и 1173 C/Т в популяции коренных жителей Ненецкого автономного округа // Уч. записки СПбГМУ им. И.П. Павлова. 2014. Т. 21. № 2. С. 33–36.

  18. Шуев Г.Н., Сычёв Д.А., Сулейманов С.Ш. и др. Сравнение частоты полиморфизмов генов CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, ABCB1, SLCO1B1 в этнических группах нанайцев и русских // Фармакогенетика и фармакогеномика. 2016. № 2. С. 12–18.

  19. Баирова Т.А., Новикова Е.А., Белялов Ф.И. и др. Распространенность полиморфизмов генов цитохромов Р450 – метаболизаторов варфарина – в Восточной Сибири // Acta Biomedica Sci. 2018. Т. 3. № 5. С. 39–48. https://doi.org/10.29413/ABS.2018-3.5.6

  20. Sychev D.A., Rozhkov A.V., Ananichuk A.V., Kazakov R.E. Evaluation of genotype-guided acenocoumarol dosing algorithms in Russian patients // Drug Metabolism and Personalized Therapy. 2017. V. 32. № 2. P. 109–114. https://doi.org/10.1515/dmpt-2016-0043

  21. Gaikovitch E.A., Cascorbi I., Mrozikiewicz P.M. et al. Polymorphisms of drug-metabolizing enzymes CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP1A1, NAT2 and of P-glycoprotein in a Russian population // Eur. J. Clin. Pharmacol. 2003. V. 59. № 4. P. 303–312. https://doi.org/10.1007/s00228-003-0606-2

  22. Батурин В.А., Царукян А.А., Колодийчук Е.В. Исследование полиморфизма гена CYP2C9 в этнических группах населения Ставропольского края // Мед. вестник Сев. Кавказа. 2014. Т. 9. № 1. С. 45–48.

  23. Dai D.P., Xu R.A., Hu L.M. et al. CYP2C9 polymorphism analysis in Han Chinese populations: building the largest allele frequency database // The Pharmacogenomics J. 2014. V. 14. № 1. P. 85–92. https://doi.org/10.1038/tpj.2013.2

  24. Li S., Zou Y., Wang X. et al. Warfarin dosage response related pharmacogenetics in Chinese population // PLoS One. 2015. V. 10. № 1. P. e0116463. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0116463

  25. Cen H.J., Zeng W.T., Leng X.Y. et al. CYP4F2 rs2108622: a minor significant genetic factor of warfarin dose in Han Chinese patients with mechanical heart valve replacement // Brit. J. Clin. Pharmacol. 2010. V. 70. № 2. P. 234–240. https://doi.org/10.1111/j.1365-2125.2010.03698.x

  26. Yoshizawa M., Hayashi H., Tashiro Y. et al. Effect of VKORC1–1639 G>A polymorphism, body weight, age, and serum albumin alterations on warfarin response in Japanese patients // Thrombosis Res. 2009. V. 124. № 2. P. 161–166. https://doi.org/10.1016/j.thromres.2008.11.011

  27. Sasano M., Ohno M., Fukuda Y. et al. Verification of pharmacogenomics-based algorithms to predict warfarin maintenance dose using registered data of Japanese patients // Eur. J. Clin. Pharmacol. 2019. V. 75. № 7. P. 901–911. https://doi.org/10.1007/s00228-019-02656-7

  28. Yoon Y.R., Shon J.H., Kim M.K. et al. Frequency of cytochrome P450 2C9 mutant alleles in a Korean population // Brit. J. Clin. Pharmacol. 2001. V. 51. № 3. P. 277–280. https://doi.org/10.1046/j.1365-2125.2001.00340.x

  29. Kim K.A., Song W.G., Lee H.M. et al. Multiplex pyrosequencing method to determine CYP2C9* 3, VKORC1* 2, and CYP4F2* 3 polymorphisms simultaneously: its application to a Korean population and comparisons with other ethnic groups // Mol. Biol. Reports. 2014. V. 41. № 11. P. 7305–7312. https://doi.org/10.1007/s11033-014-3617-4

  30. Wen M.S., Lee M., Chen J.J. et al. Prospective study of warfarin dosage requirements based on CYP2C9 and VKORC1 genotypes // Clin. Pharmacol. & Therapeutics. 2008. V. 84. № 1. P. 83–89. https://doi.org/10.1038/sj.clpt.6100453

  31. Lee M.M., Chen C.H., Chou C.H. et al. Genetic determinants of warfarin dosing in the Han-Chinese population // Pharmacogenomics. 2009. V. 10. № 12. P. 1905–1913. https://doi.org/10.2217/pgs.09.106

  32. Wattanachai N., Kaewmoongkun S., Pussadhamma B. et al. The impact of non-genetic and genetic factors on a stable warfarin dose in Thai patients // Eur. J. Clin. Pharmacology. 2017. V. 73. № 8. P. 973–980. https://doi.org/10.1007/s00228-017-2265-8

  33. Gan G.G., Phipps M.E., Lee M.M. et al. Contribution of VKORC1 and CYP2C9 polymorphisms in the interethnic variability of warfarin dose in Malaysian populations // Annals Hematology. 2011. V. 90. № 6. P. 635–641. https://doi.org/10.1007/s00277-010-1119-6

  34. Singh O., Sandanaraj E., Subramanian K. et al. Influence of CYP4F2 rs2108622 (V433M) on warfarin dose requirement in Asian patients // Drug Metabolism and Pharmacokinetics. 2011. V. 26. № 2. P. 130–136. https://doi.org/10.2133/dmpk.DMPK-10-RG-080

  35. Rusdiana T., Araki T., Nakamura T. et al. Responsiveness to low-dose warfarin associated with genetic variants of VKORC1, CYP2C9, CYP2C19, and CYP4F2 in an Indonesian population // Eur. J. Clin. Pharmacol. 2013. V. 69. № 3. P. 395–405. https://doi.org/10.1007/s00228-012-1356-9

  36. Suriapranata I.M., Tjong W.Y., Wang T. et al. Genetic factors associated with patient-specific warfarin dose in ethnic Indonesians // BMC Med. Genet. 2011. V. 12. № 1. P. 80–88. https://doi.org/10.1186/1471-2350-12-80

  37. Kumar D.K., Shewade D.G., Loriot M.A. et al. Effect of CYP2C9, VKORC1, CYP4F2 and GGCX genetic variants on warfarin maintenance dose and explicating a new pharmacogenetic algorithm in South Indian population // Eur. J. Clin. Pharmacol. 2014. V. 70. № 1. P. 47–56. https://doi.org/10.1007/s00228-013-1581-x

  38. Kumar D.K., Shewade D.G., Manjunath S. et al. Inter and intra ethnic variation of vitamin K epoxide reductase complex and cytochrome P450 4F2 genetic polymorphisms and their prevalence in South Indian population // Ind. J. Hum. Genet. 2013. V. 19. № 3. P. 301–310. https://doi.org/10.4103/0971-6866.120817

  39. Namazi S., Azarpira N., Hendijani F. et al. The impact of genetic polymorphisms and patient characteristics on warfarin dose requirements: a cross-sectional study in Iran // Clin. Therapeutics. 2010. V. 32. № 6. P. 1050–1060. https://doi.org/10.1016/j.clinthera.2010.06.010

  40. Khosropanah S., Faraji S.N., Habibi H. et al. Correlation between rs2108622 locus of CYP4F2 gene single nucleotide polymorphism and warfarin dosage in Iranian cardiovascular patients // Iran. J. Pharmaceutical Res.: IJPR. 2017. V. 16. № 3. P. 1238–1246.

  41. Kocael A., Eronat A.P., Tüzüner M.B. et al. Interpretation of the effect of CYP2C9, VKORC1 and CYP4F2 variants on warfarin dosing adjustment in Turkey // Mol. Biol. Reports. 2019. V. 46. № 2. P. 1825–1833. https://doi.org/10.1007/s11033-019-04634-9

  42. Спицына Н.Х., Бычковская Л.С., Макаров С.В. и др. Генетическая изменчивость селькупов Северо-Западной Сибири // Вестник МГУ. 2013. Т. 23. № 3. С. 120–126.

  43. Johnson J.A., Caudle K.E., Gong L. et al. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) guideline for pharmacogenetics-guided warfarin dosing: 2017 update // Clin. Pharmacol. & Therapeutics. 2017. V. 102. № 3. P. 397–404. https://doi.org/10.1002/cpt.668

  44. Alvarellos M.L., Sangkuhl K., Daneshjou R. et al. PharmGKB summary: very important pharmacogene information for CYP4F2 // Pharmacogenet. and Genomics. 2015. V. 25. № 1. P. 41–47. https://doi.org/10.1097/FPC.0000000000000100

  45. Caldwell M.D., Awad T., Johnson J.A. et al. CYP4F2 genetic variant alters required warfarin dose // Blood. 2008. V. 111. № 8. P. 4106–4112. https://doi.org/10.1182/blood-2007-11-122010

  46. D’Andrea G., D’Ambrosio R.L., Perna P. et al. A polymorphism in the VKORC1 gene is associated with an interindividual variability in the dose-anticoagulant effect of warfarin // Blood. 2005. V. 105. № 2. P. 645–649. https://doi.org/10.1182/blood-2004-06-2111

  47. Rieder M.J., Reiner A.P., Gage B.F. et al. Effect of VKORC1 haplotypes on transcriptional regulation and warfarin dose // New Engl. J. Med. 2005. V. 352. № 22. P. 2285–2293. https://doi.org/10.1056/NEJMoa044503

  48. Yuan H.Y., Chen J.J., Lee M.M. et al. A novel functional VKORC1 promoter polymorphism is associated with inter-individual and inter-ethnic differences in warfarin sensitivity // Hum. Mol. Genet. 2005. V. 14. № 13. P. 1745–1751. https://doi.org/10.1093/hmg/ddi180

  49. Gage B.F., Eby C., Johnson J.A. et al. Use of pharmacogenetic and clinical factors to predict the therapeutic dose of warfarin // Clin. Pharmacol. & Therapeutics. 2008. V. 84. № 3. P. 326–331. https://doi.org/10.1038/clpt.2008.10

  50. Sipeky C., Csongei V., Jaromi L. et al. Vitamin K epoxide reductase complex 1 (VKORC1) haplotypes in healthy Hungarian and Roma population samples // Pharmacogenomics. 2009. V. 10. № 6. P. 1025–1032. https://doi.org/10.2217/pgs.09.46

  51. Sipeky C., Lakner L., Szabo M. et al. Interethnic differences of CYP2C9 alleles in healthy Hungarian and Roma population samples: relationship to worldwide allelic frequencies // Blood Cells, Molecules, and Diseases. 2009. V. 43. № 3. P. 239–242. https://doi.org/10.1016/j.bcmd.2009.05.005

  52. Sipeky C., Weber A., Melegh B.I. et al. Interethnic variability of CYP4F2 (V433M) in admixed population of Roma and Hungarians // Environmental Toxicol. Pharmacol. 2015. V. 40. № 1. P. 280–283. https://doi.org/10.1016/j.etap.2015.05.008

Дополнительные материалы отсутствуют.