Генетика, 2020, T. 56, № 8, стр. 969-973
Картографический анализ случайного инбридинга и фамильной структуры населения Северной Осетии
Г. И. Ельчинова 1, *, В. В. Кадышев 1, З. К. Гетоева 2, М. Ю. Джаджиева 2, А. Б. Векшина 1, Ю. А. Ревазова 3, А. О. Лепешинская 1, Р. А. Зинченко 1, 4
1 Медико-генетический научный центр им. академика Н.П. Бочкова
115522 Москва, Россия
2 Республиканская детская клиническая больница
362003 Владикавказ, Россия
3 Федеральный научный центр гигиены им. Ф.Ф. Эрисмана
141000 Московская область, Мытищи, Россия
4 Национальный научно-исследовательский институт общественного здоровья
им. Н.А. Семашко
105064 Москва, Россия
* E-mail: elchinova@med-gen.ru
Поступила в редакцию 01.08.2019
После доработки 03.10.2019
Принята к публикации 16.10.2019
Аннотация
Проведен картографический анализ значений случайного инбридинга, полученного изонимным методом, а также параметров Барраи, рассматривающихся как расширение изонимного метода. Выявлено, что в Северной Осетии по изонимии обнаруживаются два противоположных экстремума с разной степенью выраженности – в Моздокском и Ирафском районах.
Сотрудниками лаборатории генетической эпидемиологии ФГБНУ “МГНЦ” почти четыре десятилетия проводятся комплексные генетико-эпидемиологические исследования населения России. За это время обследованы Костромская, Кировская, Архангельская, Брянская, Тверская, Ростовская области, Краснодарский край, Республики Адыгея, Чувашия, Удмуртия, Марий Эл, Башкирия, Татарстан, Карачаево-Черкесия. Результаты исследований широко представлены в открытой печати. В настоящее время проводится изучение Северной Осетии-Алании (РСО). Все работы идут в соответствии с разработанным протоколом [1]. Протокол включает в себя: 1) неоднократный выезд бригады врачей-генетиков в изучаемый регион для осмотра пациентов с предполагаемой наследственной патологией и забора крови для молекулярно-генетического подтверждения диагноза; 2) сбор популяционно-генетической и генетико-демографической информации как биологического так и небиологического характера из максимально возможного числа источников; 3) статистическая обработка имеющихся данных, в том числе и сегрегационный анализ. Одним из важнейших параметров популяционно-генетической структуры является значение случайного инбридинга. Его влияние на распространенность наследственной патологии подтверждено рядом отечественных и зарубежных исследователей.
Случайный инбридинг Райта [2] вычисляется как одна четвертая часть от суммы квадратов частот фамилий. Фамилия давно и успешно используется в качестве популяционно-генетического маркера как отечественными так и зарубежными авторами. В качестве расширения изонимного метода используются параметры Барраи [3].
Случайная изонимия рассчитана как Ir = $\sum {q_{{\text{i}}}^{2}} ,$ где qi – частота i-той фамилии в популяции. На основе Ir можно определить случайный инбридинг Fst = Ir/4 = $\sum {{{q_{{\text{i}}}^{2}} \mathord{\left/ {\vphantom {{q_{{\text{i}}}^{2}} 4}} \right. \kern-0em} 4}} .$ Индекс миграций рассчитан как ${v}$ = (1 – Ir)/[Ir(N – 1)], где N – число индивидов в популяции. Он будет равен 0, если все индивиды имеют одну фамилию, и 1, если все фамилии разные. Показатель разнообразия фамилий в популяции определяется из формулы а = N${v}$/(1 – ${v}$). Энтропия (мера априорной неопределенности) в распределении фамилий рассчитана по формуле: H = $ - \sum {{{q}_{{\text{i}}}}{{{\log }}_{2}}{{q}_{{\text{i}}}}.} $ Свойства энтропии легко понять из пограничных случаев: если в распределении имеется N индивидов и N фамилий, то H0 = log2N, а если все индивиды имеют одну фамилию, H = 0. Избыточность распределения фамилий рассчитывается по формуле R = 100(1 – H/H0). R = 100, когда все индивиды имеют одну фамилию, и R = 0, когда все имеют разные фамилии.
В табл. 1 представлены значения случайного инбридинга и параметров Барраи для популяций ранга район. На рис. 1 схематически изображено территориальное распределение параметров Барраи. Схематические карты построены по оригинальному алгоритму [4]. Все пять схем объединяет одна особенность – существенное отличие Моздокского р-на от остальных районов Северной Осетии.
Таблица 1.
Район | N | Fst | Ir | ${v}$ | a | H | R |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Владикавказ | 250 545 | 0.00029 | 0.00115 | 0.0035 | 869.3 | 11.55 | 35.6 |
Правобережный | 44 725 | 0.00058 | 0.00230 | 0.0097 | 438.2 | 9.87 | 36.1 |
Ардонский | 24 322 | 0.00069 | 0.00276 | 0.0149 | 366.6 | 9.60 | 34.1 |
Дигорский | 15 631 | 0.00088 | 0.00353 | 0.0181 | 287.7 | 9.02 | 35.3 |
Ирафский | 13 717 | 0.00120 | 0.00479 | 0.0152 | 211.0 | 8.50 | 38.2 |
Пригородный | 78 319 | 0.00101 | 0.00402 | 0.0032 | 248.5 | 9.62 | 40.8 |
Алагирский | 28 218 | 0.00076 | 0.00305 | 0.0116 | 330.3 | 9.30 | 37.1 |
Кировский | 20 779 | 0.00095 | 0.00380 | 0.0126 | 265.6 | 9.12 | 36.4 |
Моздокский | 57 057 | 0.00018 | 0.00071 | 0.0246 | 1441.0 | 11.80 | 25.3 |
В табл. 2 представлено средневзвешенное значение случайного инбридинга для популяций ранга сельсовет. На третьем этапе работ по нашему Протоколу могут потребоваться значения для популяций разного иерархического уровня, что и обусловило формирование значений в табл. 2. На рис. 2 изображено территориальное распределение значений из второго столбца табл. 2. Явно выявлены две противоположные особенности – Моздокский и Ирафский р-ны. При графическом анализе параметров Барраи (рис. 1) особенности Ирафского р-на менее выражены. Коэффициент корреляции между значениями случайного инбридинга для популяций разного иерархического уровня (“район” и “сельсовет”) в РСО составил 0.84 ± 0.22.
Таблица 2.
Район | Райцентр | Средневзвешенное значение | |
---|---|---|---|
район весь | сельское население без райцентра | ||
Правобережный | 0.00050 | 0.00133 | 0.00293 |
Ардонский | 0.00084 | 0.00216 | 0.00446 |
Дигорский | 0.00147 | 0.00202 | 0.00281 |
Ирафский | 0.00246 | 0.00491 | 0.00707 |
Пригородный | 0.00133 | 0.00277 | 0.00298 |
Алагирский | 0.00085 | 0.00240 | 0.00421 |
Кировский | 0.00142 | 0.00207 | 0.00258 |
Моздокский | 0.00014 | 0.00085 | 0.00154 |
Таким образом, показана дифференциация Северной Осетии по изонимии с антиэкстемумами в Моздокском и Ирафском р-нах. В качестве основной причины данного факта можно отметить полиэтничность Моздокского р-на (почти половина населения – русские, 10% осетин, кумыки, корейцы и пр.) и моноэтничность Ирафского (осетины-дигорцы) [5], а также различия в эндогамности этих районов [6].
Исследование выполнено при поддержке гранта РНФ № 17-15-01051 и государственного задания Министерства науки и высшего образования РФ.
Все процедуры, выполненные в исследовании с участием людей, соответствуют этическим стандартам институционального и/или национального комитета по исследовательской этике и Хельсинкской декларации 1964 г. и ее последующим изменениям или сопоставимым нормам этики. От каждого из включенных в исследование участников было получено информированное добровольное согласие. Настоящее генетико-эпидемиологическое исследование одобрено этическим комитетом ФГБНУ “МГНЦ” (протокол № 7 от 20.12.2017).
Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов.
Список литературы
Амелина С.С., Шокарев Р.А., Кривенцова Н.В. и др. Генетико-эпидемиологическое изучение Ростовской области // Медицинская генетика. 2005. Т. 4. № 8. С. 371–377.
Wright S. Coefficient of inbreeding and relationship // American Naturalist. 1922. V. 56. P. 330–338.
Barrai I., Formica G., Scapoli C. et al. Microevolution in Ferrara: Isonymy 1890–1990 // Ann. Human Biol. 1992. V. 19. № 4. P. 371–385.
Зинченко Р.А., Векшина А.Б., Игумнов П.С. и др. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2013660844 “GEN” от 20 ноября 2013 года / Правообладатель: ФГБНУ “МГНЦ”.
Ельчинова Г.И., Кадышев В.В., Гетоева З.К. и др. Брачная этническая ассортативность и метисация населения Северной Осетии (конец ХХ века) // Вестн. Моск. унив-та. Серия XXIII. Антропология. 2019. № 3. С. 77–81. https://doi.org/10.32521/2074-8132.2019.3.077-081
Ельчинова Г.И., Кадышев В.В., Гетоева З.К. и др. Эндогамность населения Северной Осетии (конец ХХ в.) // Генетика. 2020. Т. 56. № 7. C. 855–860. https://doi.org/10.31857/S0016675820070048
Дополнительные материалы отсутствуют.