Генетика, 2020, T. 56, № 8, стр. 969-973

Картографический анализ случайного инбридинга и фамильной структуры населения Северной Осетии

Г. И. Ельчинова 1*, В. В. Кадышев 1, З. К. Гетоева 2, М. Ю. Джаджиева 2, А. Б. Векшина 1, Ю. А. Ревазова 3, А. О. Лепешинская 1, Р. А. Зинченко 14

1 Медико-генетический научный центр им. академика Н.П. Бочкова
115522 Москва, Россия

2 Республиканская детская клиническая больница
362003 Владикавказ, Россия

3 Федеральный научный центр гигиены им. Ф.Ф. Эрисмана
141000 Московская область, Мытищи, Россия

4 Национальный научно-исследовательский институт общественного здоровья им. Н.А. Семашко
105064 Москва, Россия

* E-mail: elchinova@med-gen.ru

Поступила в редакцию 01.08.2019
После доработки 03.10.2019
Принята к публикации 16.10.2019

Полный текст (PDF)

Аннотация

Проведен картографический анализ значений случайного инбридинга, полученного изонимным методом, а также параметров Барраи, рассматривающихся как расширение изонимного метода. Выявлено, что в Северной Осетии по изонимии обнаруживаются два противоположных экстремума с разной степенью выраженности – в Моздокском и Ирафском районах.

Ключевые слова: картографический анализ, изонимный метод, Северная Осетия, случайный инбридинг, параметры Барраи.

Сотрудниками лаборатории генетической эпидемиологии ФГБНУ “МГНЦ” почти четыре десятилетия проводятся комплексные генетико-эпидемиологические исследования населения России. За это время обследованы Костромская, Кировская, Архангельская, Брянская, Тверская, Ростовская области, Краснодарский край, Республики Адыгея, Чувашия, Удмуртия, Марий Эл, Башкирия, Татарстан, Карачаево-Черкесия. Результаты исследований широко представлены в открытой печати. В настоящее время проводится изучение Северной Осетии-Алании (РСО). Все работы идут в соответствии с разработанным протоколом [1]. Протокол включает в себя: 1) неоднократный выезд бригады врачей-генетиков в изучаемый регион для осмотра пациентов с предполагаемой наследственной патологией и забора крови для молекулярно-генетического подтверждения диагноза; 2) сбор популяционно-генетической и генетико-демографической информации как биологического так и небиологического характера из максимально возможного числа источников; 3) статистическая обработка имеющихся данных, в том числе и сегрегационный анализ. Одним из важнейших параметров популяционно-генетической структуры является значение случайного инбридинга. Его влияние на распространенность наследственной патологии подтверждено рядом отечественных и зарубежных исследователей.

Случайный инбридинг Райта [2] вычисляется как одна четвертая часть от суммы квадратов частот фамилий. Фамилия давно и успешно используется в качестве популяционно-генетического маркера как отечественными так и зарубежными авторами. В качестве расширения изонимного метода используются параметры Барраи [3].

Случайная изонимия рассчитана как Ir = $\sum {q_{{\text{i}}}^{2}} ,$ где qi – частота i-той фамилии в популяции. На основе Ir можно определить случайный инбридинг Fst = Ir/4 = $\sum {{{q_{{\text{i}}}^{2}} \mathord{\left/ {\vphantom {{q_{{\text{i}}}^{2}} 4}} \right. \kern-0em} 4}} .$ Индекс миграций рассчитан как ${v}$ = (1 – Ir)/[Ir(N – 1)], где N – число индивидов в популяции. Он будет равен 0, если все индивиды имеют одну фамилию, и 1, если все фамилии разные. Показатель разнообразия фамилий в популяции определяется из формулы а = N${v}$/(1 – ${v}$). Энтропия (мера априорной неопределенности) в распределении фамилий рассчитана по формуле: H = $ - \sum {{{q}_{{\text{i}}}}{{{\log }}_{2}}{{q}_{{\text{i}}}}.} $ Свойства энтропии легко понять из пограничных случаев: если в распределении имеется N индивидов и N фамилий, то H0 = log2N, а если все индивиды имеют одну фамилию, H = 0. Избыточность распределения фамилий рассчитывается по формуле R = 100(1 – H/H0). R = 100, когда все индивиды имеют одну фамилию, и R = 0, когда все имеют разные фамилии.

В табл. 1 представлены значения случайного инбридинга и параметров Барраи для популяций ранга район. На рис. 1 схематически изображено территориальное распределение параметров Барраи. Схематические карты построены по оригинальному алгоритму [4]. Все пять схем объединяет одна особенность – существенное отличие Моздокского р-на от остальных районов Северной Осетии.

Таблица 1.  

Случайный инбридинг Райта и параметры Барраи для районов РСО

Район N Fst Ir ${v}$ a H R
Владикавказ 250 545 0.00029 0.00115 0.0035 869.3 11.55 35.6
Правобережный 44 725 0.00058 0.00230 0.0097 438.2 9.87 36.1
Ардонский 24 322 0.00069 0.00276 0.0149 366.6 9.60 34.1
Дигорский 15 631 0.00088 0.00353 0.0181 287.7 9.02 35.3
Ирафский 13 717 0.00120 0.00479 0.0152 211.0 8.50 38.2
Пригородный 78 319 0.00101 0.00402 0.0032 248.5 9.62 40.8
Алагирский 28 218 0.00076 0.00305 0.0116 330.3 9.30 37.1
Кировский 20 779 0.00095 0.00380 0.0126 265.6 9.12 36.4
Моздокский 57 057 0.00018 0.00071 0.0246 1441.0 11.80 25.3

Примечание. Fst – случайный инбридинг, Ir – случайная изонимия, ${v}$ – индекс миграций, а – показатель разнообразия фамилий, Н – энтропия, R – избыточность распределения фамилий.

Рис. 1.

Территориальное распределение параметров Барраи в РСО. В скобках указан интервал построения карт.

В табл. 2 представлено средневзвешенное значение случайного инбридинга для популяций ранга сельсовет. На третьем этапе работ по нашему Протоколу могут потребоваться значения для популяций разного иерархического уровня, что и обусловило формирование значений в табл. 2. На рис. 2 изображено территориальное распределение значений из второго столбца табл. 2. Явно выявлены две противоположные особенности – Моздокский и Ирафский р-ны. При графическом анализе параметров Барраи (рис. 1) особенности Ирафского р-на менее выражены. Коэффициент корреляции между значениями случайного инбридинга для популяций разного иерархического уровня (“район” и “сельсовет”) в РСО составил 0.84 ± 0.22.

Таблица 2.  

Значение случайного инбридинга для популяций ранга “сельсовет”

Район Райцентр Средневзвешенное значение
район весь сельское население без райцентра
Правобережный 0.00050 0.00133 0.00293
Ардонский 0.00084 0.00216 0.00446
Дигорский 0.00147 0.00202 0.00281
Ирафский 0.00246 0.00491 0.00707
Пригородный 0.00133 0.00277 0.00298
Алагирский 0.00085 0.00240 0.00421
Кировский 0.00142 0.00207 0.00258
Моздокский 0.00014 0.00085 0.00154
Рис. 2.

Территориальное распределение случайного инбридинга для популяций ранга “сельсовет”.

Таким образом, показана дифференциация Северной Осетии по изонимии с антиэкстемумами в Моздокском и Ирафском р-нах. В качестве основной причины данного факта можно отметить полиэтничность Моздокского р-на (почти половина населения – русские, 10% осетин, кумыки, корейцы и пр.) и моноэтничность Ирафского (осетины-дигорцы) [5], а также различия в эндогамности этих районов [6].

Исследование выполнено при поддержке гранта РНФ № 17-15-01051 и государственного задания Министерства науки и высшего образования РФ.

Все процедуры, выполненные в исследовании с участием людей, соответствуют этическим стандартам институционального и/или национального комитета по исследовательской этике и Хельсинкской декларации 1964 г. и ее последующим изменениям или сопоставимым нормам этики. От каждого из включенных в исследование участников было получено информированное добровольное согласие. Настоящее генетико-эпидемиологическое исследование одобрено этическим комитетом ФГБНУ “МГНЦ” (протокол № 7 от 20.12.2017).

Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов.

Список литературы

  1. Амелина С.С., Шокарев Р.А., Кривенцова Н.В. и др. Генетико-эпидемиологическое изучение Ростовской области // Медицинская генетика. 2005. Т. 4. № 8. С. 371–377.

  2. Wright S. Coefficient of inbreeding and relationship // American Naturalist. 1922. V. 56. P. 330–338.

  3. Barrai I., Formica G., Scapoli C. et al. Microevolution in Ferrara: Isonymy 1890–1990 // Ann. Human Biol. 1992. V. 19. № 4. P. 371–385.

  4. Зинченко Р.А., Векшина А.Б., Игумнов П.С. и др. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2013660844 “GEN” от 20 ноября 2013 года / Правообладатель: ФГБНУ “МГНЦ”.

  5. Ельчинова Г.И., Кадышев В.В., Гетоева З.К. и др. Брачная этническая ассортативность и метисация населения Северной Осетии (конец ХХ века) // Вестн. Моск. унив-та. Серия XXIII. Антропология. 2019. № 3. С. 77–81. https://doi.org/10.32521/2074-8132.2019.3.077-081

  6. Ельчинова Г.И., Кадышев В.В., Гетоева З.К. и др. Эндогамность населения Северной Осетии (конец ХХ в.) // Генетика. 2020. Т. 56. № 7. C. 855–860. https://doi.org/10.31857/S0016675820070048

Дополнительные материалы отсутствуют.