1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Генетика
  4. T. 57, № 4, 2021

Генетика, 2021, T. 57, № 4, стр. 420-428

Оценка генетического разнообразия кыргызской породы лошадей с использованием микросателлитных маркеров – расширенное геногеографическое исследование

Ж. Т. Исакова 1, *, М. А. Исаев 2, В. Н. Кипень 3, Л. В. Калинкова 4, К. А. Айтбаев 1, М. А. Арзыбаев 2, С. Б. Мукеева 1, Осмонкул кызы Мээрим 1, Н. М. Алдашева 1

1 Институт молекулярной биологии и медицины
720040 Бишкек, Кыргызстан

2 Кыргызский национальный аграрный университет им. К.И. Скрябина
720005 Бишкек, Кыргызстан

3 Институт генетики и цитологии Национальной академии наук Беларуси
220072 Минск, Республика Беларусь

4 Всероссийский научно-исследовательский институт коневодства
391105 п. Дивово, Рязанская обл., Россия

* E-mail: jainagul@mail.ru

Поступила в редакцию 29.04.2020
После доработки 07.08.2020
Принята к публикации 01.10.2020

Полный текст (PDF)

Аннотация

Современная порода кыргызских лошадей обнаруживает высокий уровень внутрипородной генетической вариабельности. В 17 STR-локусах идентифицировано 154 аллеля, в том числе 59 редких аллелей. Выявлены новые редкие аллели для 15 локусов – AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10. Наибольшее генетическое разнообразие среди четырех исследованных географически изолированных зон в Таласской, Ошской и Нарынской областях отмечено среди лошадей кыргызской породы из села Таш-Башат (Нарынская обл.): среднее количество выявленных аллелей было максимальным среди исследованных групп 8.294 ± 0.561, количество эффективных аллелей – 5.009 ± 0.416, индекс разнообразия Шеннона (I) – 1.745 ± 0.076 и ожидаемая гетерозиготность (He) – 0.773 ± 0.020.

Ключевые слова: кыргызская лошадь, ДНК, микросателлиты, генотипирование.

Кыргызская порода лошадей имеет многосторонний характер хозяйственного использования. Они широко используются в государственных, коллективных, фермерских, крестьянских, а также личных подсобных хозяйствах населения в качестве живой тягловой силы при выполнении разнообразных видов транспортных и сельскохозяйственных работ [1, 2].

Кыргызская лошадь отличается комбинированными продуктивными качествами и хорошей приспособленностью к условиям табунного содержания, что следует рассматривать как положительный фактор при организации мясного и молочного коневодства. Кочевой образ жизни, экстенсивное ведение табунного коневодства препятствовали созданию статной быстроаллюрной лошади. Особи данной породы не характеризуются большой резвостью, но отличается легкостью и хорошей координацией движений, исключительно выносливы и неприхотливы к кормам; они мало восприимчивы к резким переменам погоды, обладают хорошей дистанционностью при работе под седлом.

Перспективным направлением является продуктивное коневодство, которое подразделяется на мясное табунное и молочное. Молочное коневодство предусматривает получение кобыльего молока и производство из него высокоценного пищевого диетического и лечебного продукта – кумыса. Натуральный кумыс, приготовленный из кобыльего молока, является традиционным продуктом питания населения Кыргызстана. В современной медицине кумыс применяется не только для лечения туберкулеза легких, но и желудочно-кишечных, костных и ряда других заболеваний [2].

Племенные коневодческие хозяйства Кыргызстана занимаются разведением племенных лошадей для улучшения массового коневодства (рабоче-пользовательного и продуктивного) и спортивных лошадей для конно-спортивных организаций различного назначения (конноспортивные школы, секции и клубы, пункты верхового и экипажного проката и др.).

В Кыргызстане планируется внедрить новые виды спорта для выхода на международную арену – конные пробеги. Вместе с тем, в силу ряда причин, многогранные резервы коневодства в увеличении производства сельскохозяйственной продукции используются не полностью, а коневодство отстает от мирового уровня. Национальная порода – кыргызская лошадь, пройдя через века, в XX и XXI столетиях оказалась на грани почти полного вырождения, про нее встречаются только отрывочные сведения в научной литературе, а сама же она рассеялась, смешавшись с разными породами. Для сохранения ценных особенностей генофонда кыргызской лошади необходимо проводить генетические исследования, а сохранение и дальнейшее совершенствование породы должно осуществляться под контролем изучения генетической ситуации как в породе в целом, так и в основных племенных хозяйствах, занимающихся разведением чистопородных лошадей.

В настоящее время наиболее эффективными генетическими маркерами для описания генетической структуры популяций разных видов животных, в частности лошадей, являются полиморфные микросателитные локусы ДНК (STR, Short Tandem Repeat), которые имеют кодоминантный характер наследования и служат незаменимым инструментом при исследовании генетических различий не только между животными, но и популяциями одной породы, а также между породами.

Цель исследования – провести расширенное геногеографическое исследование, а также дать оценку генетической структуры и генетического разнообразия кыргызской породы лошадей с использованием 17-ти микросателлитных маркеров.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Биологическим материалом для молекулярно-генетического исследования послужили образцы волос с луковицами, взятые у взрослого поголовья кыргызских лошадей (104 животных), разводимых в высокогорных экспериментальных зонах: в селах Копуро-Базар (№ 1) и Талды-Булак (№ 2) (Таласский р-н, Таласская обл.) – по 20 животных, в с. Чон-Алай (Чон-Алайский р-н, Ошская обл.) – 23 животных (№ 3) и в с. Таш-Башат (Нарынский р-н, Нарынская обл.) – 41 животное (№ 4). Места отбора образцов представлены на рис. 1.

Рис. 1.

Места отбора образцов: 1 – с. Копуро-Базар, Таласский р-н, Таласская обл.; 2 – с. Талды-Булак, Таласский р-н, Таласская обл.; 3 – с. Чон-Алай, Чон-Алайский р-н, Ошская обл.; 4 – с. Таш-Башат, Нарынский р-н, Нарынская обл.

Лошадей для молекулярно-генетического исследования отбирали по признакам экстерьера: рост, масть и фенотип. Для кыргызских лошадей характерны сравнительно большая голова, недлинная шея, низкая холка, прямая спина, спущенный, часто короткий круп, широкая и глубокая грудь и сухие ноги. Особо следует отметить высокую прочность копытного рога, позволяющего передвигаться по каменистому грунту даже с тяжелым грузом на спине. Масть кыргызских лошадей в большинстве случаев гнедая или серая, бывают пегие.

Образцы были генотипированы по 17 микросателлитным локусам, рекомендованным Международным обществом генетики животных (ISAG, International Society for Animal Genetics): AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, LEX3, VHL20. Для обозначения аллелей применялся международный алфавитный код [3]. Статистическую обработку данных проводили с использованием программ GenALEx v. 6.5 [4], STRUCTURE v. 2.3.4 [5] и POPHELPER v. 1.0.10 [6]. С использованием GenALEx v. 6.5 были рассчитаны следующие показатели: среднее число аллелей на локус (Na), эффективное число аллелей (Ne), уровни ожидаемой (He) и наблюдаемой (Ho) гетерозиготностей, значение информационного индекса Шеннона (I), коэффициент FIS [7]. В программе STRUCTURE v. 2.3.4 по методу J.K. Pritchard с соавт. был рассчитан критерий Q, который характеризует принадлежность каждого отдельного животного к соответствующему кластеру. С использованием веб-приложения POPHELPER v. 1.0.10 произведена графическая интерпретация результатов, полученных в STRUCTURE v. 2.3.4.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Современная порода кыргызских лошадей обнаруживает высокий уровень внутрипородной генетической вариабельности – в 17-ти исследованных нами микросателлитных локусах было идентифицировано 154 аллеля, в том числе 59 редких аллелей (с частотой встречаемости менее 5.0%), что составляет 38.3% от общего количества выявленных аллелей: L/M/N/P для локуса AHT4, I – для AHT5, B/C/I/P – для ASB2, D/H/J/K/L/P/Q/T/W – для ASB17, G/M (21 динуклеотидный повтор)/Q/R – для ASB23, F/G/H/I/K – для CA425, N/Q – для HMS1, J/M/O/P/R – для HMS2, G (19 динуклеотидных повторов)/L/S – для HMS3, N/Q – для HMS6, P/Q – для HMS7, J (29 динуклеотидных повторов)/N/P – для HTG4, M/N/P/R (24 динуклеотидных повтора) – для HTG6, L (16 динуклеотидных повторов) – для HTG7, N/P/Q/S/T – для HTG10, G/I/K/O – для LEX3, J – для VHL20 (табл. 1). Также выявлены 22 новых аллеля (14.3% от общего количества всех аллелей), не обнаруженных в нашем предыдущем исследовании [8]. Из них для 15 локусов – AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10 – имеются новые редкие аллели с частотой встречаемости менее 5.0% (табл. 1).

Таблица 1.

Частоты распространенности аллелей в 17 микросателлитных локусах ДНК для лошадей кыргызской породы

Локус Аллели
B C D F G H I J K L
AHT4           0.202 0.058 0.149 0.144 0.043*
AHT5             0.005 0.188 0.260 0.091
ASB2 0.019 0.010         0.010   0.159  
ASB17     0.005 0.038 0.096 0.038 0.091 0.019 0.043 0.034
ASB23         0.010   0.072 0.245 0.173 0.173
CA425       0.005 0.024 0.005 0.024 0.087 0.014 0.077
HMS1             0.063 0.346 0.067 0.053
HMS2           0.293 0.130 0.014 0.173 0.269
HMS3         0.005#   0.096     0.005
HMS6                 0.053 0.101
HMS7               0.111 0.053 0.341
HTG4               0.005 0.163 0.115
HTG6         0.188   0.058 0.154    
HTG7                 0.284 0.005
HTG10             0.063   0.077 0.072
LEX3       0.159 0.005 0.144 0.038   0.029 0.207
VHL20             0.135 0.024   0.067
Локус Аллели
M N O P Q R S T U W
AHT4 0.019 0.024 0.322 0.038            
AHT5 0.091 0.197 0.168              
ASB2 0.178 0.308 0.135 0.024 0.096 0.063        
ASB17 0.063 0.163 0.077 0.010 0.034 0.207 0.053 0.024   0.005
ASB23 0.005       0.005 0.043 0.149 0.014 0.125  
CA425 0.250 0.394 0.120              
HMS1 0.442 0.014     0.014          
HMS2 0.048   0.014 0.010   0.048        
HMS3 0.207 0.091 0.120 0.317 0.058 0.087 0.014      
HMS6 0.264 0.024 0.188 0.361 0.010          
HMS7 0.115 0.149 0.197 0.005 0.029          
HTG4 0.591 0.034 0.053 0.038            
HTG6 0.034 0.005 0.529 0.029   0.005        
HTG7 0.144 0.216 0.351              
HTG10 0.130 0.019 0.260 0.034 0.048 0.245 0.048 0.005    
LEX3 0.207 0.077 0.048 0.087            
VHL20 0.221 0.111 0.120 0.101 0.091 0.130        

Примечание. * – аллели с частотой распространенности <5.0% (редкий аллель); # – новые аллели, не представленные в https://strbase.nist.gov/horseSTRs.htm.

Значение индекса Шеннона для данной породы составляет 1.749 ± 0.066, что указывает на среднюю сложность структуры сообщества исследованных кыргызских лошадей [2].

Для оценки генетической подразделенности исследуемых групп лошадей кыргызской породы в программе STRUCTURE v. 2.3.4 по методу J.K. Pritchard был проведен расчет критерия Q, который характеризует принадлежность каждого отдельного животного к соответствующей группе. Значение Q, равное 75% или выше, подтверждает членство особи в своем кластере. На рис. 2 графически представлены (с использованием веб-приложения POPHELPER v. 1.0.10 [http://pophelper.com/]) результаты анализа, проведенного в STRUCTURE v. 2.3.4 (проведена автоматическая сортировка на основании принадлежности конкретного образца к мажорному кластеру).

Рис. 2.

Результаты анализа генетической структуры изучаемых четырех выборок кыргызской породы лошадей для наиболее вероятного числа кластеров (K) от 3 до 10 (ось X – ID животного, ось Y – доля членства в соответствующем кластере).

В исследовании был использован генетический материал лошадей из четырех географически изолированных высокогорных зон (рис. 1). Уже для K = 5 выделяется три четких кластера, и данная зависимость сохраняется вплоть до значения K = 10. Для всех образцов за пределами данных кластеров наблюдается общая однородность структуры, вклад каждого субкластера становится равноценным. На рис. 3 представлены результаты кластеризации для всех 104 образцов (расположены по порядку, без сортировки по значению Q) в пределах географических зон (K = 4).

Рис. 3.

Результаты анализа генетической структуры изучаемых четырех выборок кыргызской породы лошадей для K = 4 (четыре выборки): № 1 – с. Копуро-Базар, Таласский р-н, Таласская обл.; № 2 – с. Талды-Булак, Таласский р-н, Таласская обл.; № 3 – с. Чон-Алай, Чон-Алайский р-н, Ошская обл.; № 4 – с. Таш-Башат, Нарынский р-н, Нарынская обл. (ось X – ID животного, ось Y – доля членства в соответствующем кластере).

Видно, что для каждой группы (№ 1–4 на рис. 3) имеются особенности: в пределах групп лошадей из с. Талды-Булак (Таласский р-н, Таласская обл.) – № 2 – имеются особи, относящиеся к одному субкластеру (цвет кластера соответствует Cluster 2 на рис. 3); некоторые особи кыргызской породы лошадей из с. Чон-Алай (Чон-Алайский р‑н, Ошская обл.) – № 3, и с. Таш-Башат (Нарынский р-н, Нарынская обл.) – № 4 – также могут быть сгруппированы в один субкластер (цвет кластера соответствует Cluster 3 на рис. 3). Данный факт может быть следствием того, что изучаемые в рамках данного исследования субпопуляции лошадей имеют общих предков (например производителей из других табунов), возможно влияние иных факторов.

На основании анализа генетических дистанций FST, рассчитанных по алгоритму AMOVA для 16 STR-локусов (кроме LEX3), был построен график главных компонент (PCA, principal component analysis), отражающий взаимное сходство или различие исследованных групп лошадей (рис. 4).

Рис. 4.

Результаты анализа главных компонент (по совокупности 16 STR-локусов, кроме LEX3).

Видно, что группа особей из с. Талды-Булак, № 2 (Таласский р-н, Таласская обл.) расположена наиболее удаленно от других исследуемых групп лошадей. Также, несмотря на географическую близость расположения сел Копуро-Базар, № 1 (Таласский р-н, Таласская обл.) и Талды-Булак, № 2 (Таласский р-н, Таласская обл.), наблюдается существенное различие по взаимному расположению их координат на графике главных компонент, на долю которых (первая и вторая компоненты) приходится 97.07% вариации признака. Причина подобных несовпадений в большей степени обусловлена различиями в частоте распространенности аллелей в исследованных STR-локусах, а также наличием в исследованных группах лошадей как редких (частота распространенности менее 5%), так и приватных (встречаются только в одной из исследованных групп) аллелей – табл. 2 и 3 соответственно.

Таблица 2.

Суммарные частоты распространенности редких аллелей в исследованных группах лошадей кыргызской породы (в %)

Локус Группа
1 2 3 4
AHT4 7.50 5.00 10.87 7.32
AHT5 – – – 6.10
ASB2 2.50 2.50 4.35 7.32
ASB17 10.00 5.00 30.44 20.73
ASB23 5.00 – 2.17 1.22
HMS1 – 2.50 21.74 10.98
HMS2 2.50 – 6.52 15.85
HMS3 2.50 – 17.39 2.44
HMS6 5.00 – 4.35 9.76
HTG4 2.50 – 6.52 3.66
HTG6 – 2.50 2.17 1.22
HTG7 2.50 2.50 2.17 13.42
HTG10 5.00 2.50 4.35 3.66
VHL20 2.50 – – –
Сумма* 55.00 30.00 126.09 124.40

* – накопленный суммарный процент редких аллелей.

Таблица 3.

Частоты распространенности приватных аллелей в исследованных группах лошадей кыргызской породы

Группа STR-локус Аллель Частота, %
1 ASB23 G 5.00
ASB23 Q 2.50
HTG6 N 2.50
HTG7 L 2.50
2 ASB17 W 2.50
HMS2 P 5.00
3 ASB17 D 2.20
CA425 H 2.20
HMS6 Q 4.30
HTG6 R 2.20
4 AHT5 I 1.20
ASB23 M 1.20
CA425 F 1.20
HMS1 Q 3.70
HMS3 G 1.20
HMS3 L 1.20
HMS7 P 1.20
HMS7 Q 7.30
HTG4 J 1.20
HTG10 T 1.20

Наибольший накопленный суммарный процент редких аллелей определен для лошадей из с. Чон-Алай (Чон-Алайский р-н, Ошская обл.) – № 4. Минимальное значение данного параметра выявлено для особей из с. Талды-Булак (Таласский р-н, Таласская обл.) – № 2. STR-локус ASB17 отличался наибольшим аллельным разнообразием среди всех исследованных групп. Также имелись и межгрупповые особенности: для локуса HMS2 среди особей из группы № 3 (с. Чон-Алай, Чон-Алайский р-н, Ошская обл.) на долю редких аллелей пришлось 17.39%; для локусов ABS17, HMS1, HTG4 и HTG10 среди особей из группы № 4 (с. Таш-Башат, Нарынский р-н, Нарынская обл.) на долю редких аллелей пришлось 20.73, 15.85, 13.42 и 12.20% соответственно. Для данных групп – № 3 и 4 – имелись также особенности и в количестве выявленных приватных аллелей. Среди лошадей из с. Чон-Алай они определены для четырех локусов – ASB17, CA425, HMS6 и HTG6 – причем для локуса HMS6 аллель Q выявлен в 4.30%. Среди лошадей из с. Таш-Башат приватные аллели выявлены уже для восьми локусов – AHT5, ASB23, CA425, HMS1, HMS3, HMS7, HTG4 и HTG10, – аллель Q для локуса HMS7 был выявлен в 7.30% случаев.

Из 16 STR-локусов – AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10 и VHL20 – расположенных на аутосомах, наибольшим потенциалом по дифференциации исследуемых групп лошадей кыргызской породы обладают те, для которых рассчитанные значения FST являются максимальными – табл. 4.

Таблица 4.

Дифференцирующий потенциал 16 STR-локусов (результаты анализа locus-by-locus AMOVA)

Локус FST* p-уровень Локус FST p-уровень
AHT4 0.044 <0.001 HMS3 0.020 <0.001
AHT5 0.020 <0.001 HMS6 0.014 <0.001
ASB2 0.031 <0.001 HMS7 0.032 <0.001
ASB17 0.029 <0.001 HTG4 0.022 <0.001
ASB23 0.063 <0.001 HTG6 0.028 <0.001
CA425 0.032 <0.001 HTG7 0.010 <0.001
HMS1 0.031 <0.001 HTG10 0.026 <0.001
HMS2 0.035 <0.001 VHL20 0.021 <0.001

FST, коэффициент инбридинга субпопуляций относительно всей популяции, указывает на редукцию гетерозиготности из-за ограничения потока генов (миграции) и генетического дрейфа между субпопуляциями; жирным выделены три STR-локуса с максимальными значениями FST.

Набольшие рассчитанные значения FST показаны для STR-локусов AHT4, ASB23 и HMS7, в целом значения FST для всех локусов невысокие и не превышают 0.1. Информация об аллельном разнообразии и частотах распространенности конкретных аллелей для перечисленных выше STR-локусов представлена в табл. 5.

Таблица 5.

Частоты распространенности аллелей для трех STR-локусов с наибольшим дифференцирующим потенциалом (по результатам FST)

Локус/Аллели Группа
AHT4 1 2 3 4
H 12.50 37.50 10.87 20.73
I 2.50 5.00 10.87 4.88
J 22.50 2.50 19.57 14.63
K 17.50 2.50 21.74 14.63
L 2.50 5.00 2.17 6.10
M 5.00 – 4.35 –
N 2.50 – 4.35 2.44
O 35.00 47.50 19.57 30.49
P – – 6.52 6.10
ASB23 1 2 3 4
G 5.00 – 0.00 0.00
I 5.00 – 8.70 10.98
J 35.00 5.00 32.61 24.39
K 27.50 7.50 19.57 15.85
L 7.50 30.00 19.57 14.63
M – – – 1.22
Q 2.50 – – –
R 2.50 5.00 2.17 6.10
S 5.00 42.50 6.52 10.98
T – – – –
U 10.00 10.00 10.87 15.85
HMS7 1 2 3 4
J 17.50 2.50 17.39 8.54
K 7.50 5.00 – 7.32
L 37.50 22.50 32.61 39.02
M 15.00 25.00 2.17 8.54
N 5.00 15.00 21.74 15.85
O 17.50 30.00 26.09 12.20
P – – – 1.22
Q – – – 7.32

Таким образом, в различных группах превалируют конкретные аллели: в группе № 2 для локуса AHT4 в мажорном состоянии находятся аллели H и O, в то время как для остальных групп наибольшую распространенность получил только аллель O; для локуса ASB23 в группе № 2 суммарная частота распространенности аллелей L (30.0%) и S (42.5%) составила 72.5%, в то время как для других групп аллель S встречался с частотой менее 20.0%, для групп № 1, 3, 4 превалировал аллель J; для локуса HMS7 в группе № 2 мажорным (частота – более 30%) является аллель O, для групп же № 1, 3, 4 – аллель L. В целом для каждой группы имеются индивидуальные различия в профиле распределения частот распространенности аллелей по всем исследуемым STR-локусам.

Для анализа внутрипородной генетической подразделенности кыргызских лошадей, разводимых в четырех географически изолированных высокогорных зонах, необходимо также оценить значения показателей Na, Ne, Ho, He, I и коэффициента FIS – табл. 6.

Таблица 6.

Генетическая характеристика четырех субпопуляций лошадей кыргызской породы по результатам генотипирования 17 STR-локусов

  Группа
1 2 3 4
Na 7.059 ± 0.481 6.059 ± 0.441 7.471 ± 0.543 8.294 ± 0.561
Ne 4.556 ± 0.321 3.898 ± 0.318 4.837 ± 0.362 5.009 ± 0.416
I 1.643 ± 0.073 1.475 ± 0.083 1.695 ± 0.067 1.745 ± 0.076
Ho# 0.791 ± 0.023 0.759 ± 0.038 0.804 ± 0.020 0.765 ± 0.023
He# 0.756 ± 0.020 0.705 ± 0.029 0.773 ± 0.016 0.773 ± 0.020
FIS# –0.052 ± 0.031 –0.075 ± 0.030 –0.041 ± 0.016 0.009 ± 0.021

Примечание. Na – среднее количество выявленных аллелей на локус, Ne – количество эффективных аллелей, I – индекс разнообразия Шеннона, Ho – наблюдаемая гетерозиготность, He – ожидаемая гетерозиготность, FIS – индивидуальный индекс фиксации, # – среднее для 16 STR-локусов (кроме LEX3).

При анализе показателей Na, Ne, Ho, He, I и коэффициента FIS выявлено, что наименьшим генетическим разнообразием среди четырех географически изолированных зон отличаются лошади кыргызской породы из с. Талды-Булак (Таласский р-н, Таласская обл.) – № 2: среднее количество выявленных аллелей Na было минимальным среди исследованных групп – 6.059 ± 0.441, количество эффективных аллелей Ne – 3.898 ± 0.318, индекс разнообразия Шеннона I также оказался наименьшим среди рассчитанных – 1.475 ± 0.083, и ожидаемая гетерозиготность He также оказалась минимальной – 0.705 ± 0.029.

Наибольшее генетическое разнообразие было обнаружено среди лошадей кыргызской породы из с. Таш-Башат (Нарынский р-н, Нарынская обл.), № 4: Na – 8.294 ± 0.561, I – 1.745 ± 0.076.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Современная порода кыргызских лошадей обнаруживает высокий уровень внутрипородной генетической вариабельности. В 17 STR-локусах идентифицировано 154 аллеля, в том числе 59 редких аллелей. Выявлены новые аллели, не обнаруженныe в нашем предыдущем исследовании [8], из них для 15 локусов – AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10, – имеются новые редкие.

При анализе показателей Na, Ne, Ho, He, I и коэффициента FIS выявлено, что наибольшее генетическое разнообразие среди четырех географически изолированных зон – с. Копуро-Базар (Таласский р-н, Таласская обл.), с. Талды-Булак (Таласский р-н, Таласская обл.), с. Чон-Алай (Чон-Алайский р-н, Ошская обл.) и с. Таш-Башат (Нарынский р-н, Нарынская обл.) – отмечено среди лошадей кыргызской породы из с. Таш-Башат: среднее количество выявленных аллелей Na было максимальным среди исследованных групп 8.294 ± ± 0.561, количество эффективных аллелей Ne – 5.009 ± 0.416, индекс разнообразия Шеннона I – 1.745 ± 0.076 и ожидаемая гетерозиготность He – 0.773 ± 0.020.

Исследование было поддержано Федерацией органического движения “БИО-KG” Кыргызстана (договор № 9 от 6 ноября 2019 г).

Все применимые международные, национальные и/или институциональные принципы ухода и использования животных были соблюдены.

Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов.

Список литературы

  1. Абрамзон С.М. Киргизы и их этногенетические и историко-культурные связи. Л.: Наука, 1971. 478 с.

  2. Рипар Ж. Кыргызская лошадь: сохранение и использование, скачки на выносливость и экотуризм. Практическое указание / Под ред. Рипар Ж., Уатто С., Перез С., перевод Илиязова А. Бишкек: 2007. 32 с.

  3. Van De Goor L.H.P. A proposal for standardization in forensic equine DNA typing: Allele nomenclature for 17 equine-specific STR loci // Anim. Genet. 2010. V. 41(2). P. 122–127. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2009.01975.x

  4. Peakall R., Peter E. Smouse. GenAlEx 6.5: Genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research – an update // Bioinformatics. 2012. V. 28. P. 2537–2539. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts460

  5. Pritchard J.K., Stephens M., Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data // Genetics. 2000. V. 155(2). P. 945–959.

  6. Hammer Q., Harper A.T., Ryan P.D. Past: Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis // Palaeontologia Electronica. 2001. V. 4. P. 1–9.

  7. Excoffier L. Analysis of molecular variance inferred from metric distances among dna haplotypes: Application to human mitochondrial dna restriction data // Genetics. 1992. V. 131. P. 479–491.

  8. Исакова Ж.Т., Токтосунов Б.И., Кипень В.Н. и др. Генетический портрет кыргызской лошади // Коневодство и конный спорт. 2018. № 1. С. 21–23.

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Генетика

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал