Кристаллография, 2021, T. 66, № 3, стр. 417-423

Кристаллическая структура N-[2-(4-оксо-4Н-бензо[d][1, 3]-оксазин-2-ил) бензамида и пропионамида и их азотистого аналога N-[2-(4-оксо-3,4-дигидрохиназолин-2-ил)фенил]пропионамида

Л. Г. Кузьмина 1*, С. Ю. Салыкин 2**, С. В. Кулагин 3, К. Е. Меркулов 2, Б. М. Болотин 23***

1 Институт общей и неорганической химии им. Н.С. Курнакова РАН
Москва, Россия

2 Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт” – ИРЕА
Москва, Россия

3 ООО Фирма “ОЛБО”
Москва, Россия

* E-mail: kuzmina@igic.ras.ru
** E-mail: stsalykin@yandex.ru
*** E-mail: bolotin70@yandex.ru

Поступила в редакцию 28.05.2020
После доработки 22.07.2020
Принята к публикации 22.07.2020

Полный текст (PDF)

Аннотация

Особенности молекулярной и кристаллической структуры двух замещенных бензоксазинонов (I и II) и их структурного аналога – хиназолинона (III) – изучены методом рентгеноструктурного анализа. Соединение I существует в двух кристаллических модификациях. Все исследованные молекулы неплоские; характер их непланарности различен. В молекулах I и II замыкается внутримолекулярная водородная связь N–H⋅⋅⋅N, а не потенциально возможная N–H⋅⋅⋅О. В молекуле III также присутствует аналогичная водородная связь. Наличие слабых направленных взаимодействий в кристаллических упаковках (π–π-взаимодействий в I и II и межмолекулярных водородных связей N–Н⋅⋅⋅O в III) приводит к формированию изолированных димерных структур, а не бесконечных образований.

ВВЕДЕНИЕ

Известно, что органические соединения со структурой замещенного бензоксазинона, в которых образуется внутримолекулярная водородная связь (ВС) с орто-заместителем бензольного кольца, несущим “активный” протон, представляют группу органических люминофоров с аномально большим сдвигом Стокса [1]. Особенности их спектрального поведения существенно зависят от способа замыкания внутримолекулярной ВС. Например, в N-[2-(4-оксо-4Н-бензо[d] [1,3]-оксазин-2-ил)бензамиде (I) и N-[2-(4-оксо-4Н-бензо[d] [1,3]-оксазин-2-ил)пропионамиде (II) можно представить два способа замыкания внутримолекулярной ВС:

Согласно [27] в указанной группе соединений с наибольшей вероятностью образуется структура типа А.

Близкие электронные аналоги бензоксазинонов – хиназолиноны – могут характеризоваться большим разнообразием структурных проявлений и, следовательно, иными спектральными свойствами. Действительно, в отличие от бензоксазинонов для хиназолинонов, не содержащих заместителей в положении 3, теоретически возможны три таутомерные формы, две из которых – кето-формы, а третья – енольная форма:

В исследованных к настоящему времени кристаллах хиназолинонов обнаруживается исключительно кето-форма С [811].

Кроме того, в отличие от замещенных бензоксазинонов I и II, где возможно возникновение только одной внутримолекулярной ВС (структуры А или В), в N-[2-(4-оксо-3,4-дигидрохиназолин-2-ил)фенил] пропионамиде (III) и N-[2-(4-оксо-3,4-дигидрохиназолин-2-ил)фенил] бензамиде (IV) присутствует еще один “активный” протон, способный образовывать ВС, а именно атом водорода при втором атоме азота гетероцикла. Исходя из геометрических особенностей этих молекулярных систем, можно заключить, что вторая ВС в них может быть только межмолекулярной, что должно существенным образом повлиять на спектральные характеристики вещества в твердом состоянии.

С целью установления деталей молекулярной геометрии и особенностей кристаллической упаковки проведено рентгеноструктурное исследование соединений I, II и III. Монокристаллы соединения IV вырастить не удалось.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Рентгеноструктурный анализ. Соединение I получено в виде двух кристаллических модификаций – триклинной (Ia) и моноклинной (Ib). Монокристалл каждого соединения – Ia, Ib, II и III – помещали на CCD-дифрактометр Bruker SMART APEX II и под потоком охлажденного азота измеряли кристаллографические параметры и интенсивности экспериментальных отражений (MoKα-излучение, графитовый монохроматор, ω-сканирование). Первичная обработка экспериментальных данных проведена по программе SAINT [12].

Структуры расшифрованы прямыми методами. Их уточнение проведено методом наименьших квадратов по F 2 в анизотропном приближении смещений всех атомов, кроме водорода. Положения атомов водорода рассчитаны геометрически, соответствующие координаты включены в окончательные этапы уточнения по модели наездника. Кристаллографические характеристики и параметры расшифровки и уточнения структур приведены в табл. 1 и 2. Все расчеты выполнены по программам OLEX-2 [13, 14].

Таблица 1.  

Кристаллографические параметры, данные эксперимента и результаты уточнения структур Ia и Ib

Формула C21H14N2O3 (Ia) C21H14N2O3 (Ib)
Сингония, пр. гр., Z Триклинная, P$\bar {1}$, 2 Моноклинная, P21/n, 4
a, b, c, Å 8.4580(9), 9.4046(10), 11.0005(12) 3.8009(6), 19.806(3), 20.933(3)
α, β, γ, град 67.913(4), 83.135(4), 83.400(4) 90, 90.825(5), 90
V, Å3 802.66(15) 1575.7(4)
Dx, г/см3 1.416 1.443
Излучение; λ, Å MoKα; 0.71073
μ, см–1 0.096 0.098
Т, К 100
Размер образца, мм 0.18 × 0.14 × 0.08 0.16 × 0.03 × 0.02
Дифрактометр Bruker SMART Apex-II
Учет поглощения; Тmin, Tmax SADABS; 0.847, 0.971 SADABS; 0.824, 0.970
max, град 54
Пределы h, k, l –10 ≤ h ≤ 10, –11 ≤ k ≤ 12, –14 ≤ l ≤ 14 –4 ≤ h ≤ 4, –25 ≤ k ≤ 25, –26 ≤ l ≤ 24
Число отражений: измеренных/независимых (N1), Rint/c I > 2σ(I) (N2) 8087/3530, 0.0251/2821 4314/3367, 0.0591/3367
Метод уточнения МНК по F 2
Число параметров 235
R1/wR2 по N1 0.0565/0.1113 0.1003/0.1855
R1/wR2 по N2 0.0434/0.1039 0.0742/0.1720
S 1.027 1.050
Δρmin/Δρmax, э/Å3 –0.22/0.30 –0.57/0.63
Программы SAINT [12], Olex-2 [13, 14]
Таблица 2.  

Кристаллографические параметры, данные эксперимента и результаты уточнения структур II и III

Формула C17H14N2O3 (II) C17H15N3O2 (III)
Сингония, пр. гр., Z Моноклинная, P21/c, 4 Моноклинная, C2/c, 8
a, b, c, Å 8.1466(2), 18.5301(6), 9.6669(3) 34.267(2), 5.2991(3), 15.8431(9)
α, β, γ, град 90, 101.5670(10), 90 90, 104.308(2), 90
V, Å3 1429.65(7) 2787.7(3)
Dx, г/см3 1.362 1.398
Излучение; λ, Å MoKα; 0.71073 MoKα; 0.71073
μ, см–1 0.095 0.094
Т, К 100 100
Размер образца, мм 0.54 × 0.42 × 0.38 0.55 × 0.01 × 0.01
Дифрактометр Bruker SMART Apex-II Bruker SMART Apex-II
Учет поглощения; Тmin, Tmax SADABS; 0.8847, 0.9705 SADABS; 0.8835, 0.9705
max, град 54 55
Пределы h, k, l –10 ≤ h ≤ 10, –23 ≤ k ≤ 23, –12 ≤ l ≤ 12 –43 ≤ h ≤ 44, –6 ≤ k ≤ 6, –20 ≤ l ≤ 20
Число отражений: измеренных/независимых (N1), Rint/c I > 2σ(I) (N2) 23 620/3161, 0.0385/2707 21 793/3115, 0.0340/2762
Метод уточнения МНК по F 2 МНК по F 2
Число параметров 200 200
R1/wR2 по N1 0.0630/0.1174 0.0533/0.1219
R1/wR2 по N2 0.0529/0.1125 0.0472/0.1181
S 1.134 1.020
Δρmin/Δρmax, э/Å3 –0.24/0.24 –0.34/0.31
Программы SAINT [12], Olex-2 [13, 14]

Полный набор рентгеноструктурных данных депонирован в Кембриджский банк структурных данных (CCDC № 2007846 (Ia), 2007847 (), 2007848 (II), 2007849 (III) (deposit@ccdc.cam.ac.uk или http://www.ccdc.cam.ac.uk/data_request/cif)).

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

Молекулярная геометрия. Строение молекул бензоксазинонов и II показано на рис. 1. Молекулы двух кристаллических модификаций I имеют близкую структуру. Во всех трех случаях молекула в кристалле присутствует в виде конформера А, структуру которого фиксирует внутримолекулярная ВС N–H⋅⋅⋅N. Однако геометрия молекулы в разных кристаллических модификациях заметно различается. Эти различия в основном касаются двугранных углов между плоскими фрагментами молекулы. В молекуле можно выделить четыре заведомо плоских фрагмента – бензоксазиновый фрагмент (плоскость А), бензольное кольцо С9…С14 (плоскость Б), амидная группа NHCO (плоскость В), бензольное кольцо С16…С21 (плоскость Г). Если в молекуле кристаллической модификации Ia двугранные углы A/Б, Б/B, B/Г и Б/Г составляют 4.06(6)°, 11.04(6)°, 23.57(6)° и 33.19(6)°, то в модификации Ib они равны 28.9(1)°, 24.1(1)°, 15.9(1)° и 8.31(1)° соответственно. Таким образом, молекула I неплоская, и характер этой непланарности в двух кристаллических модификациях различен. Это означает, что, во-первых, π-сопряжение по всему каркасу молекулы незначительно для данного класса соединений, а во-вторых, реальная геометрия молекулы определяется главным образом особенностями кристаллической упаковки. Если исходить из известного эмпирического правила, что энергия сопряжения пропорциональна ${{\cos }^{2}}\tau $ (τ – угол взаимного поворота плоских систем), то потери энергии сопряжения в результате нарушения плоскостности π-системы могут достигать 30%.

Рис. 1.

Строение молекул (а) и II (б); эллипсоиды среднеквадратичных отклонений атомов приведены на уровне вероятности 50%.

Молекула II имеет плоское строение: двугранные углы A/Б и Б/B в ней составляют 7.41(4)° и 8.78(6)°. Молекула хиназолинонового производного III показана на рис. 2. В кристалле эта молекула существует в виде кето-формы С: “активный” атом водорода связан с атомом азота N2. Эта молекула также имеет уплощенное строение – двугранные углы типа A'/Б (A' – плоскость хиназолинона) и Б/B составляют 9.52(4)° и 11.94(6)° соответственно.

Рис. 2.

Строение молекулы III; эллипсоиды среднеквадратичных отклонений атомов приведены на уровне вероятности 50%.

Во всех четырех структурах обнаружена внутримолекулярная ВС N1⋅⋅⋅H–N2/N3, замыкающая шестичленный цикл. Расстояния N…H и N…N, равные 1.95 и 2.68, 2.05 и 2.72, 1.97 и 2.68, 1.91 и 2.64 Å в Ia, Ib, II, III соответственно, отвечают ВС средней силы.

В табл. 3 приведены отдельные длины связей в исследованных структурах. В трех бензоксазиноновых структурах двойная связь N1=C8 практически локализована (1.283(2), 1.295(4) и 1.281(2) Å в Ia, и II соответственно), тогда как в хиназолиноновой структуре она делокализована (1.303(2) Å). Это может служить указанием на большую предрасположенность хинозолиноновых соединений к прототропной таутомерии, чем бензоксазиноновых:

Таблица 3.  

Отдельные длины связей (Å) в структурах Ia, Ib, II и III

Связь Структура
Ia Ib II III
С1–O1 1.198(2) 1.240(3) 1.201(2) 1.23392)
C1–O2/N2 1.392(2) 1.372(4) 1.388(2) 1.379(2)
C1–C2 1.461(2) 1.449(4) 1.451(2) 1.455(2)
C2–C7 1.398(2) 1.406(4) 1.398(2) 1.404(2)
C7–N1 1.398(2) 1.39294) 1.400(2) 1.387(2)
N1–C8 1.283(2) 1.295(4) 1.281(2) 1.303(2)
C8–O2/N2 1.371(2) 1.388(4) 1.374(2) 1.383(2)
C8–C9 1.471(2) 1.483(4) 1.468(2) 1.489(2)
C9–C10 1.404(2) 1.397(4) 1.405(2) 1.402(2)
C10–C11 1.379(2) 1.379(4) 1.378(2) 1.385(2)
C11–C12 1.386(2) 1.384(4) 1.386(2) 1.389(2)
C12–C13 1.389(2) 1.378(4) 1.377(2) 1.380(2)
C13–C14 1.399(2) 1.394(4) 1.401(2) 1.405(2)
C14–C9 1.421(2) 1.408(4) 1.420(2) 1.429(2)
C14–N2/N3 1.400(2) 1.406(4) 1.397(2) 1.393(2)
N2/N3–C15 1.366(2) 1.363(4) 1.370(2) 1.376(2)
C15–O3/O2 1.227(2) 1.220(4) 1.219(2) 1.216(2)

Отметим, что тенденция к перераспределению ближайших с N1–C8 длин связей в соответствии с таутомерной перегруппировкой не обнаруживается.

Остальные приведенные в табл. 3 длины связей в исследованных структурах совпадают в пределах экспериментальных ошибок и не отклоняются от стандартных значений. Систематическое удлинение связи С9–С14 в бензольном кольце, по-видимому, обусловлено эффектом образования внутримолекулярной ВС, замыкающей шестичленный цикл.

Кристаллическая упаковка. В кристаллической упаковке Ia выделяются связанные центром симметрии стопки молекул (рис. 3). Поскольку молекулы в стопке объединены центрами симметрии, соседние пары молекул 1–2 и 2–3 не эквивалентны. На рис. 4 показано взаимное проектирование в парах 1–2 и 2–3. В обеих связанных центром симметрии парах строго параллельно расположены только одноименные фрагменты, поскольку молекула в целом неплоская. В паре 1–2 взаимное перекрывание π-систем наблюдается только в случае бензоксазиноновых фрагментов, причем расстояние между плоскостями бензоксазинонов (3.45 Å) соответствует довольно сильному π–π-взаимодействию. В то же время в паре 2–3 взаимное перекрывание π-систем вообще отсутствует. Следовательно, в кристалле Ia молекулы объединены в центросимметричные димеры за счет π–π-взаимодействий между бензоксазиноновыми фрагментами соседних молекул.

Рис. 3.

Стопки молекул в кристаллической упаковке Ia.

Рис. 4.

Взаимное проектирование молекул 1 и 2 (а), а также 2 и 3 (б) в кристалле Ia.

Кристаллическая упаковка Ib принципиально иная. В ней также выделяются стопки (рис. 5а), но в отличие от кристаллов Ia они связаны трансляцией. Это означает, что геометрия пары 1–2 будет точно такая же, как геометрия пары 2–3, 3–4 и так далее. Строго параллельно расположены в паре одноименные фрагменты соседних молекул. Однако их взаимное проектирование охватывает лишь небольшие участки фрагментов (рис. 5б). Поэтому, хотя межплоскостное расстояние между проектирующимися одноименными фрагментами в этой стопке довольно короткое (~3.45 Å), соответствующее π–π-взаимодействие весьма незначительно.

Рис. 5.

Строение связанных трансляцией стопок молекул в кристаллах Ib (а) и взаимное проектирование пары соседних молекул в стопке (б).

Таким образом, межмолекулярные взаимодействия в двух кристаллических модификациях различны. Этот факт необходимо учитывать при соотнесении спектральных характеристик соединения и его кристаллической структуры. Однако весьма вероятно, что в общей массе кристаллов преимущественно присутствует только одна кристаллическая модификация, а именно Ia, поскольку в ней реализуются более сильные, чем в Ib, π–π-взаимодействия, которые в большей мере стабилизируют кристаллическую упаковку.

Кристаллическая структура II качественно напоминает структуру Ia. В ней также имеются связанные центром симметрии стопки (рис. 6) и реализуются разные типы взаимного проектирования в последовательных парах 1–2 и 2–3 (рис. 7). В паре 1–2 отсутствует π–π-перекрывание ароматических фрагментов, а в паре 2–3 взаимно перекрываются лишь одинаковые участки оксазиновых циклов с межплоскостным расстоянием 3.43 Å. Таким образом, молекулы в кристалле II, так же как и в кристалле Ia, объединены в димеры за счет π–π-взаимодействий соседних оксазиновых циклов.

Рис. 6.

Связанные центром симметрии стопки в кристаллах II.

Рис. 7.

Взаимное проектирование пар молекул 1–2 (а) и 2–3 (б) в последовательной триаде 1–2–3.

В отличие от кристаллических упаковок I и II в упаковке III выделяются центросимметричные димеры, объединенные парами ВС типа N–H⋅⋅⋅O (рис. 8). Никаких иных слабых направленных взаимодействий в данной кристаллической упаковке не наблюдается. Особенности спектрального поведения определяются именно этими взаимодействиями.

Рис. 8.

Строение димера, образованного в кристалле за счет пары водородных связей.

ВЫВОДЫ

Особенности молекулярной и кристаллической структуры двух замещенных бензоксазинонов (I в двух кристаллических модификациях и II) и их структурного аналога – хиназолинона (III) – изучены методом рентгеноструктурного анализа. Все исследованные молекулы являются неплоскими, причем характер непланарности различен для всех молекул, включая молекулы разных кристаллических модификаций. Наличие слабых направленных взаимодействий в кристаллических упаковках (π–π-взаимодействий в I и II и межмолекулярных водородных связей О–Н⋅⋅⋅N в III) приводит к формированию изолированных димерных структур, а не бесконечных образований.

Список литературы

  1. Krasovitskii B.M., Bolotin B.M. Organic Luminescent Materials. Weinheim: VCH Publishers, 1989. 351 p.

  2. Филипенко О.С., Пономарев В.И., Атовмян Л.О., Болотин Б.М. // Кристаллография. 1987. Т. 32. С. 102.

  3. Филипенко О.С., Болотин Б.М., Атовмян Л.О., Пономарев В.И. // Кристаллография. 1979. Т. 24. С. 957.

  4. Филипенко О.С., Болотин Б.М., Атовмян Л.О., Пономарев В.И. // Докл. АН СССР. 1980. Т. 254. С. 365.

  5. Утенышев А.Н., Филипенко О.С., Болотин Б.М., Пономарев В.И. // Кристаллография. 2001. Т. 46. С. 265.

  6. Филипенко О.С., Атовмян Л.О., Болотин Б.М., Пономарев В.И. // Кристаллография. 1981. Т. 26. С. 711.

  7. Tiekink E.R.T., Wardell J.L. // Acta Cryst. E. 2014. V. 70. P. 158.

  8. Болотин Б.М., Михлина Я.А., Архипова С.А., Кузьмина Л.Г. // Кристаллография. 2012. Т. 57. С. 246.

  9. Sayyad N., Cele Z., Aleti R.R. et al. // Eur. J. Org. Chem. 2018. V. 2018. № 39. P. 5382.

  10. Anthony S.P. // Chem. Asian J. 2012. V. 7. P. 374.

  11. Wang K., Chen K., Kassis A.I. // Cryst. Res. Technol. 2006. V. 41. P. 622.

  12. SAINT. (2001). Version 6.02A, Bruker AXS: Madison, W1.

  13. Dolomanov O.V., Bourhis L.J., Gildea R.J. et al. // J. Appl. Cryst. 2009. V. 42. P. 339.

  14. Bourhis L.J., Dolomanov O.V., Gildea R.J. et al. // Acta Cryst. A. 2015. V. 71. P. 59.

Дополнительные материалы отсутствуют.