Микробиология, 2022, T. 91, № 6, стр. 749-762

Антимикробная активность бактерий, выделенных из многоножек Nedyopus dawydoffiae и Orthomorpha sp.

Т. А. Ефименко a*, А. В. Якушев b, А. А. Карабанова a, А. А. Глухова a, М. В. Демьянкова a, Б. Ф. Васильева a, Ю. В. Бойкова a, Н. Д. Малкина a, Л. П. Терехова a, О. В. Ефременкова a

a ФГБНУ Научно-исследовательский институт по изысканию новых антибиотиков им. Г.Ф. Гаузе
119021 Москва, Россия

b Факультет почвоведения, МГУ им. М.В. Ломоносова
119991 Москва, Россия

* E-mail: efimen@inbox.ru

Поступила в редакцию 18.04.2022
После доработки 15.06.2022
Принята к публикации 20.06.2022

Полный текст (PDF)

Аннотация

Из кишечников многоножек видов Nedyopus dawydoffiae и Orthomorpha sp. (класс Diplopoda) и из их кормовых субстратов, представляющих собой растительные остатки, выделено и идентифицировано 72 штамма бактерий 25 родов. Среди исследованных актинобактерий наиболее многочисленной группой являются стрептомицеты, а также присутствуют представители 14 других родов актинобактерий. Отмечено высокое содержание обладающих антимикробной активностью актинобактерий, среди которых обнаружены представители “редких” родов Actinoplanes, Amycolatopsis, Kitasatospora, Lechevalieria, Micromonospora, Nocardiopsis, Saccharopolyspora. Впервые описана антимикробная активность у Kitasatospora saccharophila ИНА 01226 и Nocardiopsis umidischolae ИНА 01230. Показана гетерогенность по признаку антибиотикообразования в популяциях Streptomyces pratensis и S. termitum. Выявлены наиболее перспективные для химического изучения образуемых антибиотиков штаммы бактерий, проявившие активность в отношении метициллинрезистентного штамма Staphylococcus aureus ИНА 00761 (MRSA) и ванкомицинрезистентного штамма Leuconostoc mesenteroides ВКПМ В-4177 (VRLM).

Ключевые слова: бактерии, актинобактерии, стрептомицеты, “редкие” роды, Diplopoda, Nedyopus dawydoffiae, Orthomorpha sp., эндобионты, продуценты антибиотиков, антибиотикорезистентность

Внедрение антибиотиков в медицинскую практику стало революционным событием, однако селективное давление на патогенные микроорганизмы вызвало ответную реакцию – возникновение антибиотикорезистентных форм. По прогнозу Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) данная ситуация может привести к снижению эффективности антибиотиков и превращению инфекционных заболеваний, вызванных патогенными микроорганизмами, в одну из главных причин смертности в мире уже к 2050 г. (O’Neill, 2016). Одним из способов решения проблемы антибиотикорезистентности является поиск новых эффективных антимикробных соединений, которые могли бы пополнить арсенал лекарственных средств. Основными продуцентами антибиотиков являются актинобактерии и грибы, выделенные из сложных многокомпонентных биоценозов, главным образом, из почв (Bérdy, 2005). Это объясняется тем обстоятельством, что в ходе эволюции конкурентная борьба между микроорганизмами привела к выработке у них разнообразных антимикробных веществ как средств защиты. Микробиота кишечников животных также является многокомпонентным биоценозом, который можно рассматривать как источник продуцентов антибиотиков. С другой стороны, малоизученные среды обитания также перспективны в плане изыскания продуцентов новых антибиотиков (Donadio et al., 2007). Учитывая оба обстоятельства, можно предположить, что перспективной экологической системой для выделения бактерий – продуцентов антибиотиков являются кишечники беспозвоночных животных, в том числе многоножек (Kaltenpoth, 2009).

Бактериальное сообщество кишечников многоножек участвует в пищеварении, биосинтезе метана, поддерживает постоянство микробиома. Однако не все бактерии, выделяемые из кишечника многоножек класса Diplopoda, принадлежат к микробиому кишечника, многие из них являются транзиторными видами, поглощенными с кормом. Применение сканирующей электронной микроскопии позволило убедиться, что стенка и кутикула кишечника, а также остатки перитрофической мембраны, колонизированы различными бактериями, в том числе актинобактериями, для которых кишечная среда оказалась благоприятной (Szabo et al., 1992; Полянская и соавт., 1996). На основании этого, можно сделать вывод, что часть высеваемых из кишечника бактерий составляют микробиом многоножек (Бызов и соавт., 1993; Бызов, 2005; König, Varma, 2006).

Представляемое исследование является продолжением нашей работы по изучению антимикробных свойств бактерий, выделенных из кишечника тропической многоножки Nedyopus dawydoffiae (Glukhova et al., 2018).

Целью данной работы было изучение антибиотической активности штаммов, выделенных из кишечников тропических диплопод Nedyopus dawydoffiae и Orthomorpha sp. и их кормовых субстратов.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Объекты исследования. Исследовали бактерии, выделенные из кишечника многоножек Nedyopus dawydoffiae и Orthomorpha sp., принадлежащих к классу Diplopoda, и их кормового субстрата – гнилой древесины и листового опада соответственно (рис. 1). Многоножки были отобраны методом ручного сбора в национальном парке Кат Тьен, расположенном в муссонном коренном тропическом лесу на юге Вьетнама, и содержались в почвенных лабораторных микрокосмах на естественном субстрате, также служившем кормом. Бактерии были выделены в чистые культуры посевом содержимого кишечников и кормовых субстратов на агаризованную среду № 1 Гаузе.

Рис. 1.

Многоножки Nedyopus dawydoffiae (вверху) и Orthomorpha sp. (внизу).

Тест-штаммы. В качестве тест-штаммов для определения антибиотической активности были использованы грамположительные бактерии: метициллинрезистентный Staphylococcus aureus ИНА 00761 (methicillin-resistant Staphylococcus aureus, MRSA), метициллинчувствительный Staphylococcus aureus FDA 209P (methicillin-sensitive Staphylococcus aureus, MSSA), Micrococcus luteus NCTC 8340, Bacillus subtilis ATCC 6633, B. pumilus NCTC 8241, B. mycoides 537, Leuconostoc mesenteroides ВКПМ В-4177, обладающий природной устойчивостью к гликопептидным антибиотикам группы ванкомицина (vancomycin-resistant Leuconostoc mesenteroides, VRLM); грамотрицательные бактерии: Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ); грибы: Aspergillus niger ИНА 00760, Saccharomyces cerevisiae RIA 259.

Питательные среды. Для культивирования исследуемых штаммов использовали агаризованные среды № 1 и № 2 Гаузе, овсяная, соевая. Полноценная питательная модифицированная среда № 2 Гаузе (%): глюкоза – 1.0, пептон – 0.5, NaCl – 0.5, триптон – 0.3, агар – 2.0, вода водопроводная; рН 7.2–7.4; № 1 Гаузе (%): крахмал растворимый – 2.0, KNO3 – 0.1, K2HPO4 – 0.05, MgSO4 – 0.05, NaCl – 0.05, FeSO4 – 0.001, агар – 2.0; pH 7.2–7.4; овсяная (%): овсяная мука – 2.0, агар – 2.0, вода водопроводная; pH 7.2; соевая (%): соевая мука – 2.0, глюкоза – 1.0, NaCl – 0.5, агар – 2.0, вода водопроводная; pH 7.2.

Глубинное культивирование актинобактерий проводили в восьми жидких питательных средах, разработанных для актинобактерий – продуцентов антибиотиков в ФГБНУ “НИИНА”:

(1) СТР (%): глюкоза – 1.0, пептон – 0.5, NaCl – 0.5, триптон – 0.3, вода водопроводная; рН 7.2–7.4;

(2) А4 (%): глюкоза – 1, соевая мука – 1, NaCl – 0.5, CaCO3 – 0.25; pH 6.8;

(3) 6613 (%): крахмал – 2, кукурузный экстракт – 0.3, KNO3 – 0.4, NaCl – 0.5, CaCO3 – 0.5; pH 7.0–7.2;

(4) Сахарозная (%): сахароза – 2, соевая мука – 1, NaCl – 0.3, CaCO3 – 0.3; pH 6.8–7.0;

(5) 2663 (%): глицерин – 3, соевая мука – 1.5, NaCl – 0.3, CaCO3 – 0.3; pH 7.0;

(6) 330 (%): сахароза – 2.1, крахмал – 0.85, гороховая мука – 1.5, CaCO3 – 0.5, NaCl – 0.5, NaNO3 – 0.5; pH 7.0;

(7) 5539 (%): глицерин – 2, соевая мука – 0.5, (NH4)2SO4 – 0.15, NaCl – 0.3, CaCO3– 0.3; pH 6.8;

(8) Ам (%): сахароза – 4, K2HPO4 – 0.1, Na2SO4 – 0.1, NaCl – 0.1, (NH4)2SO4 – 0.2, дрожжевой экстракт сухой – 0.25, FeSO4 ∙ 7H2O – 0.0001, MnCl2 ∙ ∙ 4H2O – 0.0001, NaI – 0.00005, CaCO3 – 0.2; pH 6.5–6.7.

Условия культивирования. Тест-штаммы культивировали в течение 1 сут при температуре 28°С для грибных культур и L. mesenteroides и при 37°С для остальных бактериальных культур. Ферментацию культур актинобактерий проводили в условиях глубинного культивирования в колбах Эрленмейера объемом 750 мл со 150 мл среды на роторной качалке со скоростью 220 об./мин при 28°С в два этапа. На первом этапе для получения посевного материала вырезали кусочек размером 1 см2 овсяной питательной среды с исследуемой культурой и переносили в среду СТР, культивирование длилось 4 сут. На втором этапе 5 мл культуральной жидкости переносили в качестве посевного материала в колбы с семью различными средами.

Видовая идентификация. Видовую идентификацию актинобактерий проводили по морфологическим признакам и на основании анализа последовательности гена 16S рРНК. При морфологическом описании фиксировали строение спороносцев, пигментацию воздушного и субстратного мицелия, выделяемый в среду пигмент (Гаузе и соавт., 1983; Беркли и соавт., 1997). Для выделения ДНК использовали трехдневную биомассу, полученную в жидкой среде СТР. Выделение бактериальной геномной ДНК проводили с использованием набора PowerSoil DNA Kit (“MO BIO”, Карлсбад, Калифорния, США). Амплификацию гена 16S рРНК проводили с использованием набора реагентов PCR Master Mix (“Thermo Scientific”, Фостер-Сити, Калифорния, США) с универсальными бактериальными праймерами 27f (aga gtt tga tcc tgg ctcag) и 1492r (tac ggy tac ctt gtt acg act t). ПЦР проводили на амплификаторе Thermal Cycler 2720 (“Applied Biosystems”, США) по программе: (1) 94°C – 5 мин, (2) 30 циклов с чередующимися температурными интервалами 94°C – 1 мин, 51°C – 1 мин, 72°C –2 мин, (3) 72°C – 7 мин. Анализ продуктов ПЦР проводили методом электрофореза в 1% агарозном геле (с использованием трис-боратного буфера TBE) при напряженности электрического поля 7.6 В/см. Очистку продуктов ПЦР проводили путем переосаждения ДНК в мягких условиях с использованием 0.125 М ацетата аммония в 70% этаноле. Нуклеотидные последовательности определяли методом Сэнгера на автоматическом генетическом анализаторе 3500 (“Applied Biosystems”, Беверли, Массачусетс, США) с использованием универсальных бактериальных праймеров 27f, 341f (cct acg gga ggc agc ag), 519r (gta tta ccg cgg ctg ctg), 785f (ggm tta gat acc tgg tag tcc), 907r (ccg tca att cct ttg agt tt), 1100r (ggg ttg cgc tcg ttg), 1114f (gca acg agc gca acc c), 1392r (acg ggc ggt gtg trc) и 1492r. Для сборки нуклеотидных последовательностей использовалась программа Mega 7. Полученные последовательности сравнивали с нуклеотидными последовательностями гена 16S рРНК типовых штаммов бактерий, полученных из баз данных GenBank (blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) и Ribosomal Database Project (RDP; http:// rdp.cme.msu.edu/).

Определение антибиотической активности. Для определения антибиотической активности в чашках Петри с агаризованной средой № 2 Гаузе, инокулированной тест-микроорганизмами, делали лунки диаметром 9 мм и вносили по 0.1 мл культуральной жидкости исследуемых штаммов. Оценку антибиотической активности в культуральной жидкости проводили на 4 и 7 сут глубинного культивирования актинобактерий и на 2 и 4 сут у бактерий других таксономических групп. Результат представляли в виде диаметра (в мм) зоны подавления роста тест-штамма. Статистическую обработку данных проводили с помощью программы Excel 2016; оценку антибиотической активности в культуральной жидкости анализировали в 5-кратной повторности.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Всего изучено 72 штамма бактерий, представленных в табл. 1 . Среди исследованных актинобактерий преобладали стрептомицеты. Выравнивание полученных нуклеотидных последовательностей гена 16S рРНК проводили с последовательностями типовых штаммов из базы данных RDP. Последовательности, которые совпадали не менее чем на 98%, были депонированы в базу данных GenBank. Видовая идентификация исследованных бактерий показала большое таксономическое разнообразие, а именно, выделены представители 25 родов, 16 из которых принадлежали к классу Actinobacteria.

Актинобактерии преобладают в бактериальном комплексе кишечника многоножек и являются второй по численности группой после γ-протеобактерий (König, Varma, 2006; Knapp et al., 2010). Согласно данным литературы в кишечнике Diplopoda наиболее многочисленным среди актинобактерий является род Streptomyces (Бызов и соавт., 1993). Кишечные актинобактерии многоножек участвуют в гидролизе содержимого кишечника, а их наибольшее скопление наблюдается в заднем отделе (Бызов и соавт., 1993; Звягинцев и соавт., 1996; Полянская и соавт., 1996). Последующие работы показывают большое разнообразие родов актинобактерий. Были выделены представители родов Micromonospora, Actinomadura и Streptosporangium, нокардиоподобные формы (König, Varma, 2006). Полученные нами данные согласуются с этими выводами.

Исследование антибиотической активности показало высокую долю активных штаммов среди исследуемых культур, перечисленных в табл. 1. Антимикробный спектр данных штаммов в отношении коллекционных тест-микроорганизмов представлен в табл. 2.

Таблица 1.

Таксономическая принадлежность выделенных штаммов бактерий на основании анализа последовательности гена 16S рРНК

Род, вид, штамм Длина, п.н. Совпадение, % GenBank
Бактерии, выделенные из кишечника Nedyopus dawydoffiae
Актинобактерии
Streptomyces griseoplanus ИНА 01177 1485 99.2 MH635265
S. hydrogenans ИНА 01173 1116 100 ON231534
S. hydrogenans ИНА 01175 1387 100 ON231535
S. pratensis ИНА 01179 1436 99.4 MH635263
S. pratensis ИНА 01182 1424 98.4 MH635266
S. setonii ИНА 01178 1473 98.7 ON231536
S. setonii ИНА 01181 1493 100 MH635267
S. spororaveus ИНА 01183 1451 100 MH635268
S. turgidiscabies ИНА 01184 1309 96.5
Streptomyces sp. ИНА 01174 551 100 ON231537
Streptomyces sp. ИНА 01176 569 100 ON231538
Streptomyces sp. ИНА 01180 568 99.3 MH635264
Streptomyces sp. ИНА 01185 631 100 ON231539
Бактерии, выделенные из кормового субстрата Nedyopus dawydoffiae (гнилой древесины)
Актинобактерии
Kitasatospora saccharophila ИНА 01226 1338 96.6
Nocardiopsis umidischolae ИНА 01230 1371 100 ON231540
S. gelaticus ИНА 01231 1379 94.2
S. gelaticus ИНА 01233 1361 94.1
S. hydrogenans ИНА 01235 1015 100 ON231541
S. olivochromogenes ИНА 01229 1376 96.0
S. parvulus ИНА 01300 1373 100 ON231544
S. scopuliridis ИНА 01227 1003 95.7
S. scopuliridis ИНА 01232 1320 96.2
S. seoulensis ИНА 01234 985 100 ON231542
S. seoulensis ИНА 01228 1026 100 ON231543
Представители других таксономических групп
Stenotrophomonas rhizophila ИНА 01299 1409 97.7
Бактерии, выделенные из кишечника Orthomorpha sp.
Актинобактерии
Arthrobacter sp. ИНА 01380 1257 98.3 ON231545
Micrococcus aloeverae ИНА 01381 1260 98.8 ON231546
Micromonospora aurantiaca ИНА 01238 1381 98.0 ON231547
Micromonospora tulbaghiae ИНА 01239 1350 98.4 ON231548
Mycobacterium hodleri ИНА 01382 1269 98.3 ON231549
Plantactinospora mayteni ИНА 01241 1412 95.2
Saccharopolyspora dendranthemae ИНА 01240 1373 98.3 ON231550
S. coelicoflavus ИНА 01237 1372 100 ON231551
S. prunicolor ИНА 01236 1391 99.3 ON231552
Представители других таксономических групп
Afipia birgiae ИНА 01383 1234 99.5 ON231553
Afipia birgiae ИНА 01384 1237 100 ON231554
Blastomonas sp. ИНА 01385 1217 99.4 ON231555
Peribacillus simplex ИНА 01386 1452 98.5 ON231556
Sphingopyxis panaciterrae ИНА 01387 1232 96.7
Бактерии, выделенные из кормового субстрата Orthomorpha sp. (листового опада)
Актинобактерии
Actinoplanes capillaceus ИНА 01251 1406 97.1
Agrococcus citreus ИНА 01388 1367 98.5 ON231572
Amycolatopsis bullii ИНА 01250 1368 99.2 ON231557
Arthrobacter pascens ИНА 01389 714 98.1 ON231573
Arthrobacter pascens ИНА 01390 641 100 ON231574
Herbiconiux flava ИНА 01391 1183 96.6
Lechevalieria fradiae ИНА 01246 1349 95.6
Microbacterium oxydans ИНА 01392 1372 97.8
Micrococcus aloeverae ИНА 01393 1279 98.7 ON231575
Mycobacterium chubuense ИНА 01394 779 92.5
Nocardiopsis sp. ИНА 01296 656 93.4
S. albolongus ИНА 01247 1370 99.0 ON231558
S. atratus ИНА 01297 1292 98.7 ON231559
S. cinereoruber ИНА 01242 1360 98.0 ON231560
S. lavendulae ИНА 01243 1359 98.5 ON231561
S. microflavus ИНА 01294 1383 100 ON231562
S. omiyaensis ИНА 01252 1388 99.1 ON231563
S. seoulensis ИНА 01291 1374 100 ON231564
S. seoulensis ИНА 01292 1415 99.5 ON231565
S. seoulensis ИНА 01295 1385 99.5 ON231566
S. termitum ИНА 01244 1375 99.7 ON231567
S. termitum ИНА 01245 1374 99.7 ON231568
S. zaomyceticus ИНА 01248 1373 98.9 ON231569
Streptomyces sp. ИНА 01249 1432 99.5 ON231570
Streptomyces sp. ИНА 01293 1387 100 ON231571
Представители других таксономических групп
Acinetobacter venetianus ИНА 01395 610 98.8 ON231576
Bacillus mycoides ИНА 01396 1301 99.4 ON231577
Bacillus toyonensis ИНА 01397 1409 100 ON231578
Brucella pseudogrignonensis ИНА 01398 1342 99.0 ON231579
Methylobacterium variabile ИНА 01399 1244 100 ON231580
Pseudomonas taiwanensis ИНА 01400 1400 98.5 ON231581
Stenotrophomonas bentonitica ИНА 01401 1411 96.6
Stenotrophomonas rhizophila ИНА 01298 1410 98.1 ON231582

Примечание. Данные по видовой идентификация актиномицетов на основании анализа последовательности гена 16S рРНК согласуются с морфологическими признаками.

Таблица 2.

Спектры антимикробной активности штаммов описываемых бактерий

Штамм Оптимальная среда (сутки)* Тест-культуры
Staphylococcus aureus ИНА 00761 (MRSA) St. aureus FDA 209P Bacillus subtilis
АТСС 6633
B. mycoides 537 B. pumilus NCTC 8241 Leuconostoc mesenteroides
ВКПМ B-4177 (VRLM)
Micrococcus luteus
NCTC 8340
Escherichia coli
ATCC 25922
Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853 (MDR) Saccharomyces cerevisiae RIA 259 Aspergillus niger
ИНА 00760
Бактерии, выделенные из кишечника Nedyopus dawydoffiae
Актинобактерии
Streptomyces griseoplanus ИНА 01177 Сах (7) +++ +++ +++
S. hydrogenans ИНА 01173 Ам (4), 5339 (7) ++++ ++++ ++++ ++ ++++ +++ ++ ++++ ++++
S. hydrogenans ИНА 01175 Ам (4) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
S. pratensis ИНА 01179 Сах (7), 2663 (7) ++ ++ ++ ++ +++ +++
S.pratensis ИНА 01182 Сах (4) ++ ++++ ++++ ++
S. setonii ИНА 01178 Сах (7) +++ +++ ++
S. setonii ИНА 01181 Ам (4), Сах (4) ++ ++++ ++++
S.spororaveus ИНА 01183 Ам (4), 5339 (7) +++ +++ +++ ++++ ++++ ++++ +++ ++++ ++++
S. turgidiscabies ИНА 01184 Сах (4) ++++
Streptomyces sp. ИНА 01174 5539 (4) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
Streptomyces sp. ИНА 01176 Сах (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
Streptomyces sp. ИНА 01180 330 (7) ++ + ++ ++++ ++++ ++ ++
Streptomyces sp. ИНА 01185 330 (4), Ам (7) ++++ ++++ +++
Бактерии, выделенные из кормового субстрата Nedyopus dawydoffiae (гнилая древесина)
Актинобактерии
Kitasatospora saccharophila ИНА 01226 А4 (4), 330 (4) ++++ +++ +++
Nocardiopsis umidischolae ИНА 01230 Ам (7), Сах (7) ++ ++ ++ ++ +++ +++ ++++ ++
S. gelaticus ИНА 01231 А4 (7) ++++ +++ +++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
S. gelaticus ИНА 01233 6613 (7) ++ ++ +++ +++ + +++ ++++ +++ ++++
S. hydrogenans ИНА 01235 Ам (4) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ +++ ++++ ++++ ++++
S. olivochromogenes ИНА 01229 330 (4), Ам (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
S. parvulus ИНА 01300 330 (4, 7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++
S. scopuliridis ИНА 01227 330 (4), А4 (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
S. scopuliridis ИНА 01232 Ам (4), 330 (4, 7) ++ +++ +++ + +++ ++++ +++ ++++
S. seoulensis ИНА 01228 5339(4), Ам (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++
S. seoulensis ИНА 01234 330 (7), 2663 (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ +++ ++++ ++++ +++ +++
Представители других таксономических групп
Stenotrophomonas rhizophila ИНА 01299 А4 (4), Ам (7) ++ +++ +++ +
Бактерии, выделенные из кишечника Orthomorpha sp.
Актинобактерии
Micromonospora aurantiaca ИНА 01238 Ам (4) +++ +++ +++ +++ +++ +++ ++++ ++++
Micromonospora tulbaghiae ИНА 01239 Ам (4) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
Saccharopolyspora dendranthemae
ИНА 01240
Ам (4), Сах (4) ++++ ++++ +
S. coelicoflavus ИНА 01237 330 (4, 7) ++++ ++++ +++ ++++ +++ +
S. prunicolor ИНА 01236 330 (4, 7) +++ +++ ++++ ++++ +++ +++ ++++ +++
Представители других таксономических групп
Peribacillus simplex ИНА 01386 СТР (4) +++
Бактерии, выделенные из кормового субстрата Orthomorpha sp. (листовой опад)
Актинобактерии
Actinoplanes capillaceus ИНА 01251 А4 (4), Ам (7) +++ ++++
Amycolatopsis bullii ИНА 01250 Ам (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
Arthrobacter pascens ИНА 01389 СТР (4) (++)
Lechevalieria fradiae ИНА 01246 5339 (4), 330 (7) +++ +++ ++ ++++
Nocardiopsis sp. ИНА 01296 А4 (4) +
S. albolongus ИНА 01247 330 (7) ++ ++ ++++ ++++ +++ ++ +++ ++ +++
S. atratus ИНА 01297 330 (7)
S. cinereoruber ИНА 01242 330 (4) +++ ++++ ++++ ++++ +++ ++++ ++++ ++++ +++
S. lavendulae ИНА 01243 330 (4, 7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++
S. microflavus ИНА 01294 5339 (7) ++
S. omiyaensis ИНА 01252 330 (4) ++ +++ ++ ++ + +++
S. seoulensis ИНА 01291 6613 (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ +
S. seoulensis ИНА 01292 330 (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ +++ ++++ +
S. seoulensis ИНА 01295 330 (4), 5339 (7) ++++ ++++ ++++ +++ ++++ ++++ +
S. termitum ИНА 01244 330 (7) ++ ++++ ++++ ++++ ++++ ++ +++ ++ ++
S. termitum ИНА 01245 6613 (4), 5339 (7) ++++ ++++ ++++ ++++ ++++ +++ ++
S. zaomyceticus ИНА 01248 Ам (7) ++ ++ ++++ ++++ ++++ ++++
Streptomyces sp. ИНА 01249 330 (4) ++ ++ ++ ++ +++ ++++
Streptomyces sp. ИНА 01293 6613 (7) ++ ++ ++
Представители других таксономических групп
Acinetobacter venetianus ИНА 01395 СТР (4) (++)
Bacillus toyonensis ИНА 01397 СТР (4) +++ +++ ++
Stenotrophomonas rhizophila ИНА 01298 2663 (4) ++++ ++ ++++

Примечание. * Среда оценивалась как оптимальная при наибольшем проявлении антибиотической активности при росте на ней; “─” ‒ нет активности; диаметры зон задержки роста (в мм): “+” ‒ ≤10; “++” ‒ 11‒15; “+++” ‒ 16‒20; “++++” ‒ >20. В скобках указаны зоны неполного подавления роста тест-штамма.

Из представленных в таблицах данных следует, что все выделенные стрептомицеты проявляют антибиотическую активность, что подтверждает накопленный опыт десятилетий золотой эры антибиотиков. Согласно данным, полученным из базы MIBiG (Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster) средняя общая длина генома представителей рода Streptomyces составляет 9 Mb, при этом данный род занимает лидирующее положение по числу обнаруженных кластеров биосинтетических генов (BGCs), а именно, 637 (NCBI (Assembly), www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly; MIBiG, http://mibig.secondarymetabolites.org). Известно, что представители рода Streptomyces являются продуцентами 70–80% вторичных метаболитов, но после них важными продуцентами антибиотиков являются представители “редких” родов актинобактерий (Bérdy, 2005; Ventura et al., 2007; Raja, Prabakarana, 2011). Нами в ходе данного исследования, помимо стрептомицетов, были выделены представители “редких” родов актинобактерий: Actinoplanes, Amycolatopsis, Kitasatospora, Lechevalieria, Micromonospora, Nocardiopsis, Saccharopolyspora, среди которых также обнаружены антибиотически активные штаммы. Обнаружение антимикробной активности у “редких” родов актинобактерий, которые менее исследованы, чем стрептомицеты, повышает вероятность выделения новых антибиотиков (рис. 2).

Рис. 2.

Распределение исследуемых штаммов по группам бактерий. А – кишечник Nedyopus dawydoffiae, Б – кормовой субстрат Nedyopus dawydoffiae (гнилая древесина), В – кишечник Orthomorpha sp., Г – кормовой субстрат Orthomorpha sp. (листовой опад).

Поскольку антибиотики являются вторичными метаболитами, возможны внутривидовые флуктуации по признаку их биосинтеза. В табл. 2 представлены два штамма S. pratensis, отличающиеся антимикробной активностью в отношении трех штаммов бацилл и гриба Aspergillus niger: штамм ИНА 01179 активен в отношении Bacillus subtilis ATCC 6633, B. pumilus NCTC 8241, B. mycoides 537, но не в отношении гриба, и, напротив, штамм ИНА 01182 не активен в отношении указанных бацилл, но проявляет антимикотическую активность. Другим примером являются два выделенных штамма S. termitum: штамм ИНА 01244 активен в отношении грамположительной бактерии Leuconostoc mesenteroides ВКПМ B-4177 и в отношении грамотрицательной бактерии E. coli ATCC 25 922, но штамм ИНА 01245 такой активностью не обладает; в отношении других тестов эти штаммы проявляют равную активность (что свидетельствует о биосинтезе более одного антибиотика представителями данного вида). Ранее нами было показано, что популяция S. antibioticus, выделенная из гнезда черного садового муравья Lasius niger, гетерогенна по признаку образования антибиотиков актиномицинового комплекса (Efimenko et al., 2020). Гетерогенность по признаку антибиотикообразования обусловлена, с одной стороны, наличием конкурентов по биоценозу, с другой стороны – источником питательных веществ. В случае S. termitum при погруженном культивировании в двух средах у двух изолятов из одной популяции (листового опада) наблюдаются различия, как в уровне биосинтеза антибиотических веществ, так и по антимикробному спектру (рис. 3).

Рис. 3.

Гистограммы спектров антибиотической активности штаммов S. termitum на средах 330 и 2663 на 4 и 7 сут культивирования.

При определении антимикробных спектров выявленных продуцентов, особое внимание нами было уделено тест-штаммам Staphylococcus aureus ИНА 00761 (MRSA), E. coli ATCC 25922 и Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, которые относятся к видам, входящим в списки ВОЗ по проблеме антибиотикорезистентности (O’Neill, 2016; Tacconelli, 2017; Ефименко, 2019). В данной работе среди выявленных штаммов “редких” родов актинобактерий обнаружены продуценты антибиотиков, активных в отношении отмеченных выше тест-штаммов, и при этом с ранее не описанной антимикробной активностью. К примеру, вид Kitasatospora saccharophila описан как новый в 2009 г. (Li et al., 2009). Однако анализ литературы не показал наличия описанных для данного вида антибиотиков. В нашем исследовании штамм Kitasatospora saccharophila ИНА 01226 образует антимикробные вещества, активные в отношении Leuconostoc mesenteroides ВКПМ B-4177 (VRLM), Micrococcus luteus NCTC 8340 и гриба Aspergillus niger ИНА 00760. Известно, что вид Nocardiopsis umidischolae выделен впервые в 2001 г. из пыли в помещении школы, пострадавшей от затопления, и описан типовой штамм Nocardiopsis umidischolae 66/93 (=DSM 44362 = NRRL B-24122) (Peltola et al., 2001). Антибиотиков, образуемых у данного вида, по анализу литературы не было выявлено. Штамм Nocardiopsis umidischolae ИНА 01230, выделенный нами из гнилой древесины – кормового субстрата Nedyopus dawydoffiae, обладает активностью в отношении всех используемых в исследовании грамположительных тест-бактерий, включая метициллинрезистентный Staphylococcus aureus ИНА 00761 (MRSA), и в отношении дрожжей Saccharomyces cerevisiae RIA 259. Таким образом, для штаммов Kitasatospora saccharophila ИНА 01226 и Nocardiopsis umidischolae ИНА 01230 впервые описано наличие антимикробной активности, в том числе в отношении резистентных форм патогенных микроорганизмов.

Род Micromonospora является вторым после Streptomyces наиболее часто выделяемыми из природы богатым источником для изыскания продуцентов антибиотиков (Wagman, Weinstein, 1980). Для представителей рода Micromonospora первые сообщения об антибактериальной активности появились в 1942 г., а в 1963 г. был описан аминогликозид гентамицин, выделенный из Micromonospora purpurea (вид переклассифицирован в Micromonospora echinospora Luedemann, Brodsky, 1964), что далее привело к широкому скринингу данного “редкого” рода актинобактерий на наличие антибиотиков (Wagman, Weinstein, 1980). В 2019 г. из ферментационного бульона штамма Micromonospora aurantiaca 110B были выделены и идентифицированы три новых изофлавоноидных гликозида, дайдзеин-4'-(2-дезокси-α-l-фукопиранозид), дайдзеин-7-(2-дезокси-α-l-фукопиранозид) и дайдзеин-4',7-ди-(2-дезокси-α-l-фукопиранозид). Установлено, что три соединения проявляют цитотоксическую активность, но при этом не обладают активностью в отношении Candida albicans, MRSA и E. coli (Wang et al., 2019). В 2020 г. был получен полный геном M. aurantiaca sp. 01, который по анализу гена 16S рРНК имел совпадение с типовым штаммом M. aurantiaca ATCC 27029T – 99.28%. Анализ нуклеотидных последовательностей выявил у штамма M. aurantiaca sp. 01 в геноме 77 кластеров генов, связанных с биосинтезом вторичных метаболитов. Было предсказано, что они участвуют в выработке поликетидов, нерибосомальных пептидов, бактериоцинов и многих других соединений. Среди них 42 кластера генов были аннотированы к 37 известным вторичным метаболитам, включая антибиотики. Из антибиотиков, предсказанных по анализу генома, с помощью направленного MS/MS анализа был обнаружен канамицин, впервые полученный из штамма M. aurantiaca. При этом организация кластеров генов для биосинтеза вторичных метаболитов выявила 21 кластер, кодирующий выработку антибиотиков, что выше, чем у других видов Micromonospora (Hu et al., 2020). В нашем исследовании штамм Micromonospora aurantiaca ИНА 01238, выделенный из кишечника Orthomorpha sp., обладает высокой активностью в отношении всех грамположительных тест-бактерий, включая MRSA, и в отношении дрожжей Saccharomyces cerevisiae RIA 259. Таким образом, антибиотическая активность выделенного штамма отличается от описания активности у выделенных антибиотиков для данного вида, и планируется дальнейшее изучение химической природы антибиотика(ов).

Вид Micromonospora tulbaghiae впервые описан в 2010 г., типовой штамм TVU1T (=DSM 45142= NRRL B-24576T) был выделен из листьев дикого чеснока (Tulbaghia violacea). Для данного штамма описана умеренная активность в отношении штамма Mycobacterium aurum A+ и отсутствие активности в отношении Enterococcus faecium (VanA), E. coli ATCC 25922, и Staphylococcus aureus ATCC 25923 (Kirby, Meyers, 2010). Нами описана активность штамма Micromonospora tulbaghiae ИНА 01239 в отношении всех грамположительных тест-бактерий, включая метициллинрезистентный Staphylococcus aureus ИНА 00761 (MRSA), и в отношении дрожжей Saccharomyces cerevisiae RIA 259, что отличается от вышеописанной активности.

В 2000 г. Fukami и соавт. описали антибиотик, выделенный из Actinoplanes capillaceus и активный в отношении B. subtilis, S. cerevisiae и E. coli (Fukami et al., 2000). Антимикробный спектр выделенного нами штамма A. capillaceus ИНА 01251 отличается от описанного и обладает активностью в отношении Leuconostoc mesenteroides ВКПМ B-4177 (VRLM) и Aspergillus niger ИНА 00760. Соответственно, штамм ИНА 01251 можно рассматривать как перспективный в плане химического изучения образуемого соединения.

Для двух видов “редких” родов актинобактерий Amycolatopsis bullii и Saccharopolyspora dendranthemae, описанных в последнее десятилетие, информация об образовании антибиотиков отсутствует (Zucchi et al., 2012; Zhang et al., 2013). В данной работе показано, что штамм Amycolatopsis bullii ИНА 01250 обладает высокой антибиотической активностью в отношении всех тестируемых грамположительных бактерий и в отношении S. cerevisiae RIA 259, а штамм Saccharopolyspora dendranthemae ИНА 01240 проявляет активность в отношении Leuconostoc mesenteroides ВКПМ B-4177, обладающего природной устойчивостью к гликопептидным антибиотикам группы ванкомицина, и в отношении S. cerevisiae RIA 259.

Среди прокариот других таксономических групп наиболее известными продуцентами являются представители класса Bacilli (Bérdy, 2005). В нашем исследовании наиболее перспективными продуцентами являются штаммы Peribacillus simplex ИНА 01386 и Bacillus toyonensis ИНА 01397, активные в отношении MRSA. Несмотря на то, что Bacilli являются хорошо изученным источником продуцентов антибиотиков, описание новых антимикробных веществ продолжаются (Wang et al., 2020a, 2020b). Два штамма Stenotrophomonas rhizophila (ИНА 01299 и ИНА 01298) выделены из листового опада и гнилой древесины. Эти штаммы отличаются по антимикробной активности: штамм ИНА 01298 обладает активностью в отношении MSSA, а штамм ИНА 01299 активен в отношении VRLM и проявляет незначительную активность в отношении Aspergillus niger ИНА 00760. Ранее нами было показано, что Stenotrophomonas rhizophila ИНА 01137 – эндобионт базидиального гриба Coprinellus micaceus, активен в отношении штаммов золотистого стафилококка и кишечной палочки, а также в отношении Aspergillus niger ИНА 00760 (Ефименко и соавт., 2016). По данным литературы было установлено, что Stenotrophomonas rhizophila образует активные вещества в отношении ряда фитопатогенных грибов и патогена человека Candida albicans (Wolf et al., 2002).

Бактерии, выделенные из кишечников многоножек, а также из их пищевых субстратов, отличаются как большим видовым разнообразием, так и по спектрам антибиотической активности. Среди выделенных штаммов преобладают актинобактерии, относящиеся не только к роду Streptomyces, но и к 14 другим родам класса актинобактерий (Actinoplanes, Agrococcus, Amycolatopsis, Arthrobacter, Herbiconiux, Kitasatospora, Lechevalieria, Microbacterium, Micrococcus, Micromonospora, Mycobacterium, Nocardiopsis, Plantactinospora, Saccharopolyspora). Среди них есть виды, у которых ранее не были описаны антибиотические вещества или которые отличаются по антимикробному спектру. Впервые описано наличие антимикробной активности, в том числе в отношении антибиотикорезистентных форм патогенных микроорганизмов, для видов Amycolatopsis bullii, Kitasatospora saccharophila, Nocardiopsis umidischolae и Saccharopolyspora dendranthemae. Для двух видов рода Micromonospora (Micromonospora aurantiaca и M. tulbaghiae) впервые описана антимикробная активность в отношении метициллинрезистентного штамма Staphylococcus aureus ИНА 00761 (MRSA), а для вида Actinoplanes capillaceus – в отношении ванкомицинрезистентного штамма Leuconostoc mesenteroides ВКПМ B-4177 (VRLM). Активность в отношении антибиотикорезистентных тест-культур метициллинрезистентного штамма S. aureus ИНА 00761 (MRSA) и ванкомицинрезистентного штамма L. mesenteroides ВКПМ В-4177 (VRLM) делает ряд штаммов перспективными для выделения антибиотиков, преодолевающих лекарственную устойчивость.

Высокое число штаммов с антимикробной активностью, выделенных из кишечников многоножек, не уступает по численности активным штаммам, выделенным из разрушающихся растительных остатков, и, по-видимому, не связано с влиянием кишечной среды. Предположительно это обусловлено климатическими условиями среды обитания (Дещеревская и соавт., 2013; Чернов и соавт., 2019). В предшествующих исследованиях показано, что число копий рибосомальных генов в образцах тропических почв под слабонарушенными муссонными лесами заповедника Кат Тьен характеризуются высокой численностью микроорганизмов, сравнимой с наиболее богатыми почвами умеренных широт, например, черноземами (Semenov et al., 2018; Чернов и соавт., 2019). Обилие микроорганизмов способствует их острой конкуренции, в которой биосинтез антибиотиков является важным эволюционным приспособлением (Gause, 1934).

Богатое видовое разнообразие актинобактерий из кишечников тропических диплопод и их кормовых субстратов, а также проявленная ими высокая антибиотическая активность, дают основания для дальнейшего исследования бактерий из данной природной экосистемы. Выделенные и отобранные актинобактерии подлежат дальнейшему химическому изучению как возможные продуценты новых антибиотиков.

Список литературы

  1. Беркли Р., Бок Э., Бун Д., Бреннер Д., Васильева Л.В., Видель Ф., Грант У., Гудфеллоу М., Джоунз Д., Заварзин Г.А., Камминз С., Кастенхольц Р., Кенен Дж., Кениг Г., Коулман Г., Кросс Т., Купс Г.-П., Ларкин Дж., Лешевалье Х., Лоцци Р., Маккарти А., Мэстрохуан Г., Пфенниг Н., Рейхенбах Г., Робертсон Л., Стеттер К. Определитель бактерий Берджи / Под ред. Хоулт Дж., Криг Н., Снит П., Стейли Дж., Уильямс С. М.: Мир, 1997. 800 с.

  2. Бызов Б.А., Зенова Г.М., Бабкина Н.И., Добровольская Т.Г., Третьякова Е.Б., Звягинцев Д.Г. Актиномицеты в пище, кишечнике и экскрементах почвенных многоножек Pahyiulis flavipes C.L. Koch. // Микробиология. 1993. Т. 62. С. 916–927.

  3. Бызов Б.А. Зоомикробные взаимодействия в почве. М.: ГЕОС, 2005. 214 с.

  4. Гаузе Г.Ф., Преображенская Т.П., Свешникова М.Л., Терехова Л.П., Максимова Т.С. Определитель актиномицетов. М.: Наука, 1983. 244 с.

  5. Дещеревская О.А., Авилов В.К., Динь Б.З., Чан К.Х., Курбатова Ю.А. Современный климат национального парка Кат Тьен (Южный Вьетнам): использование климатических данных для экологических исследований // Геофизические процессы и биосфера. 2013. Т. 12. № 2. С. 5–33.

  6. Ефименко Т.А., Маланичева И.А., Васильева Б.Ф., Глухова А.А., Сумарукова И.Г., Бойкова Ю.В., Малкина Н.Д., Терехова Л.П., Ефременкова О.В. Антибиотическая активность бактерий – эндобионтов плодовых тел базидиальных грибов // Микробиология. 2016. Т. 85. С. 740–747.

  7. Efimenko T.A., Malanicheva I.A., Vasil’eva B.F., Glukhova A.A., Sumarukova I.G., Boikova Y.V., Malkina N.D., Terekhova L.P., Efremenkova O.V. Antibiotic activity of bacterial endobionts of basidiomycete fruit bodies // Microbiology (Moscow). 2016. V. 85. P. 752‒758.

  8. Ефименко Т.А., Терехова Л.П., Ефременкова О.В. Современное состояние проблемы антибиотикорезистентности патогенных бактерий // Антибиотики и химиотерапия. 2019. Т. 64. № 5–6. С. 64‒68.

  9. Efimenko T.A., Terekhova L.P., Efremenkova O.V. Current state the problem of antibiotic resistance of pathogens // Antibiot. Chemother. 2019. V. 64. № 5–6. P. 64‒68. (In Russ.)

  10. Звягинцев Д.Г., Полянская Л.М., Зенова Г.М., Бабкина Н.И. Динамика длины актиномицетного мицелия и численности прокариотных клеток в кишечном тракте беспозвоночных животных // Микробиология. 1996. Т. 65. С. 269–276.

  11. Zvyagintsev D.G., Polyanskaya L.M., Zenova G.M., Babkina N.I. Dynamics of the length of actinomycete mycelium and prokaryotic cell number in the invertebrate intestinal tract // Microbiology (Moscow). 1996. V. 65. P. 238‒245.

  12. Полянская Л.М., Бабкина Н.И., Зенова Г.М., Звягинцев Д.Г. Судьба актиномицетов в кишечном тракте почвенных беспозвоночных животных, поедающих споры стрептомицетов // Микробиология. 1996. Т. 65. № 4. С. 493–498.

  13. Polyanskaya L.M., Babkina N.I., Zenova G.M., Zvyagintsev D.G. Fate of actinomycetes in the intestinal tract of soil invertebrates fed on streptomycete spores // Microbiology (Moscow). 1996. V. 65. P. 493‒498.

  14. Чернов Т.И., Железова А.Д., Тхакахова А.К., Бгажба Н.А., Зверев А.О. Микробиомы целинных почв тропических лесов Южного Вьетнама // Микробиология. 2019. Т. 88. С. 479–489.

  15. Chernov T.I., Zhelezova A.D., Tkhakakhova A.K., Bgazhba N.A., Zverev A.O. Microbiomes of virgin soils of Southern Vietnam tropical forests // Microbiology (Moscow). 2019. V. 88. P. 489‒498.

  16. Bérdy J. Bioactive microbial metabolites // J. Antibiot. 2005. V. 58. P. 1–26.

  17. Donadio S., Brandi L., Monciardini P., Sosio M., Gualerzi C.O. Novel assays and novel strains – promising routes to new antibiotics? // Expert Opin. Drug Discov. 2007. V. 2. P. 789–798.

  18. Efimenko T.A., Glukhova A.A., Demiankova M.V., Boykova Y.V., Malkina N.D., Sumarukova I.G., Vasilieva B.F., Rogozhin E.A., Ivanov I.A., Krassilnikov V.A., Efremenkova O.V. Antimicrobial activity of microorganisms isolated from ant nests of Lasius niger // Life. 2020. V. 10. P. 91.

  19. Fukami A., Nakamura T., Kawaguchi K., Rho M.C., Matsumoto A., Takahashi Y., Shiomi K., Hayashi M., Komiyama K., Omura S. A new antimicrobial antibiotic from Actinoplanes capillaceus sp. K95-5561T // J. Antibiot. (Tokyo). 2000. V. 53. P. 1212–1214.

  20. Gause G.F. The Struggle for Existence. Baltimore, 1934. 163 p.

  21. Glukhova A.A., Karabanova A.A., Yakushev A.V., Semenyuk I.I., Boykova Yu.V., Malkina N.D., Efimenko T.A., Ivankova T.D., Terekhova L.P., Efremenkova O.V. Antibiotic activity of Actinobacteria from the digestive tract of millipede Nedyopus dawydoffiae (Diplopoda) // Antibiotics (Basel). 2018. V. 7. № 4. P. 94.

  22. Hu D., Sun C., Jin T., Fan G., Mok K.M., Li K., Lee S.M. Exploring the potential of antibiotic production from rare Actinobacteria by whole-genome sequencing and guided MS/MS analysis // Front. Microbiol. 2020. V. 11. P. 1540.

  23. O’Neill J. The review on antimicrobial resistance. Tackling drug-resistant infections globally: Final report and recommendations. 2016. Available online: https://amr-review. org/sites/default/files/160518_Final%20paper_with% 20cover.pdf

  24. Kaltenpoth M. Actinobacteria as mutualists: general healthcare for insects? // Trends Microbiol. 2009. V. 17. P. 529–535.

  25. Kirby B.M., Meyers P.R. Micromonospora tulbaghiae sp. nov., isolated from the leaves of wild garlic, Tulbaghia violacea // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. V. 60. P. 1328–1333.

  26. Knapp B.A., Seeber J., Rief A., Meyer E., Insam H. Bacterial community composition of the gut microbiota of Cylindroiulus fulviceps (Diplopoda) as revealed by molecular fingerprinting and cloning // Folia Microbiol. 2010. V. 55. P. 489–496.

  27. König H., Varma A. (Eds.) Intestinal Microorganisms of Termites and Other Invertebrates. Berlin Heidelberg: Springer-Verlag, 2006. 484 p.

  28. Li B., Furihata K., Kudo T., Yokota A. Kitasatospora saccharophila sp. nov. and Kitasatospora kazusanensis sp. nov., isolated from soil and transfer of Streptomyces atroaurantiacus to the genus Kitasatospora as Kitasatospora atroaurantiaca comb. nov. // J. Gen. Appl. Microbiol. 2009. V. 55. P. 19–26.

  29. Peltola J.S., Andersson M.A., Kämpfer P., Auling G., Kroppenstedt R.M., Busse H.J., Salkinoja-Salonen M.S., Rainey F.A. Isolation of toxigenic Nocardiopsis strains from indoor environments and description of two new Nocardiopsis Species, N. exhalans sp. nov. and N. umidischolae sp. nov. // Appl. Environ. Microbiol. 2001. V. 67. P. 4293–4304.

  30. Raja A., Prabakarana P. Actinomycetes and drug-an overview // Am. J. Drug Discov. Dev. 2001. V. 1. P. 75–84.

  31. Semenov M.V., Chernov T.I., Tkhakakhova A.K., Zhelezova A.D., Ivanova E.A., Kolganova T.V., Kutovaya O.V. Distribution of prokaryotic communities throughout the Chernozem profiles under different land uses for over a century // Appl. Soil Ecol. 2018. V. 127. P. 8–18.

  32. Szabo I.M., Nasser El-G. A., Striganova B., Rakhmo Y.R., Jager K., Heydrich M. Interactions among Millipedes (Diplopoda) and their Intestinal Bacteria // Berichte des Naturwissen-schaftlich-medizinischen Vereins in Innsbruck, 1990. S. 10. P. 289–296.

  33. Tacconelli E., Carrara E., Savoldi A., Harbarth S., Mendelson M., Monnet D.L., Pulcini C., Kahlmeter G., Kluytmans J., Carmeli Y., Ouellette M., Outterson K., Patel J., Cavaleri M., Cox E.M., Houchens C.R., Grayson M.L., Hansen P., Singh N., Theuretzbacher U., Magrini N. WHO Pathogens Priority List Working Group. Discovery, research, and development of new antibiotics: the WHO priority list of antibiotic-resistant bacteria and tuberculosis // Lancet Infect. Dis. 2018. V. 18. P. 318–327.

  34. Ventura M., Canchaya C., Tauch A., Chandra G., Fitzgerald G.F., Chater K.F., van Sinderen D. Genomics of Actinobacteria: tracing the evolutionary history of an ancient phylum // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2007. V. 71. P. 495–548.

  35. Wagman G.H., Weinstein M.J. Antibiotic from Micromonospora // Annu. Rev. Microbiol. 1980. V. 34. P. 537–557.

  36. Wang R.J., Zhang S.Y., Ye Y.H., Yu Z., Qi H., Zhang H., Xue Z.L., Wang J.D., Wu M. Three new isoflavonoid glycosides from the mangrove-derived actinomycete Micromonospora au-rantiaca 110B // Mar. Drugs. 2019. V. 17. Art. 294.

  37. Wang W., Park K.H., Lee J., Oh E., Park C., Kang E., Lee J., Kang H. A new thiopeptide antibiotic, micrococcin p3, from a marine-derived strain of the bacterium Bacillus stratosphericus // Molecules (Basel, Switzerland). 2020. V. 25. Art. 4383.

  38. Wang T., Lu Q., Sun C., Lukianov D., Osterman I.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A., Hu X., You X., Liu S., Wu G. Hetiamacin E and F, new amicoumacin antibiotics from Bacillus subtilis PJS using MS/MS-based molecular networking // Molecules. 2020. V. 25. Art. 4446.

  39. Wolf A., Fritze A., Hagemann M., Berg G. Stenotrophomonas rhizophila sp. nov., a novel plant-associated bacterium with antifungal properties // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002. V. 52. P. 1937–1944.

  40. Zhang Y.J., Zhang W.D., Qin S., Bian G.K., Xing K., Li Y.F., Cao C.L., Jiang J.H. Saccharopolyspora dendranthemae sp. nov., a halotolerant endophytic actinomycete isolated from a coastal salt marsh plant in Jiangsu, China // Antonie van Leeuwenhoek. 2013. V. 103. P. 1369–1376.

  41. Zucchi T.D., Bonda A.N., Frank S., Kim B.Y., Kshetrimayum J.D., Goodfellow M. Amycolatopsis bartoniae sp. nov. and Amycolatopsis bullii sp. nov., mesophilic actinomycetes isolated from arid Australian soils // Antonie van Leeuwenhoek. 2012. V. 102. P. 91–98.

Дополнительные материалы отсутствуют.