1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Российские нанотехнологии
  4. T. 19, № 3, 2024

Российские нанотехнологии, 2024, T. 19, № 3, стр. 291-294

ВЛИЯНИЕ РАЗМЕРОВ ЯЧЕЙКИ МОДЕЛИРОВАНИЯ НА СТАБИЛЬНОСТЬ ДИМЕРОВ И ГЕКСАМЕРОВ ЛИЗОЦИМА В КРИСТАЛЛИЗАЦИОННОМ РАСТВОРЕ

Ю. В. Кордонская 1, *, И. Ф. Гарипов 1, В. И. Тимофеев 1, М. А. Марченкова 1, Ю. А. Дьякова 2, Ю. В. Писаревский 1, М. В. Ковальчук 1, 2

1 Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”
Москва, Россия

2 Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Москва, Россия

* E-mail: yukord@mail.ru

Поступила в редакцию 11.01.2024
После доработки 11.01.2024
Принята к публикации 21.02.2024

Аннотация

В ходе молекулярно-динамического исследования изучено влияние размера ячейки моделирования на стабильность димеров и гексамеров лизоцима, образующихся в его растворе перед кристаллизацией. Для этого было смоделировано поведение данных олигомеров в ячейках разного размера и оценена их стабильность. Результаты показали, что увеличение ячейки моделирования не приводит к уточнению результатов моделирования. Стабильность димера слабо зависела от размеров ячейки, при этом гексамеры распались во всех рассматриваемых ячейках, что согласуется с данными малоуглового рассеяния. Определено минимальное расстояние между белком и гранью ячейки (1 нм), при котором результаты моделирования поведения олигомеров в кристаллизационных растворах являются достоверными.

Список литературы

  1. Meinhold L., Smith J.C. // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 2007. V. 66. № 4. P. 941. https://doi.org/10.1002/PROT.21246

  2. Meinhold L., Merzel F., Smith J.C. // Phys. Rev. Lett. 2007. V. 99. № 13. P. 138101. https://doi.org/10.1103/PHYSREVLETT.99.138101/FIGURES/4/MEDIUM

  3. Cerutti D.S., Freddolino P.L., Duke R.E., Case D.A. // J. Phys. Chem. B. 2010. V. 114. № 40. P. 12811. https://doi.org/10.1021/JP105813J

  4. Cerutti D.S., Le Trong I., Stenkamp R.E., Lybrand T.P. // Biochem. 2008. V. 47. № 46. P. 12065. https://doi.org/10.1021/BI800894U/SUPPL_FILE/ BI800894U_SI_001.PDF

  5. Schnieders M.J., Fenn T.D., Pande V.S., Brunger A.T. // Acta Cryst. D. 2009. V. 65. № 9. P. 952. https://doi.org/10.1107/S0907444909022707/DZ5164SUP2.PDF

  6. Taudt A., Arnold A., Pleiss J. // Phys. Rev. E. 2015. V. 91. № 3. P. 033311. https://doi.org/10.1103/PHYSREVE.91.033311/FIGURES/16/MEDIUM

  7. Kuzmanic A., Zagrovic B. // Biophys J. 2014. V. 106. № 3. P. 677. https://doi.org/10.1016/J.BPJ.2013.12.022

  8. Kordonskaya Y.V., Marchenkova M.A., Timofeev V.I. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2021. V. 39. № 18. P. 7223. https://doi.org/10.1080/07391102.2020.1803138

  9. Kordonskaya Y.V., Timofeev V.I., Dyakova Y.A. et al. // Crystallography Reports. 2018. V. 63. № 6. P. 947. https://doi.org/10.1134/S1063774518060196

  10. Kovalchuk M.V., Blagov A.E., Dyakova Y.A. et al. // Cryst. Growth Des. 2016. V. 16. № 4. P. 1792. https://doi.org/10.1021/acs.cgd.5b01662

  11. Marchenkova M.A., Volkov V.V., Blagov A.E. et al. // Crystallography Reports. 2016. V. 61. № 1. P. 5.https://doi.org/10.1134/S1063774516010144

  12. Boikova A.S., D’yakova Y.A., Il’ina K.B. et al. // Crystallography Reports. 2017. V. 62. № 6. P. 876. https://doi.org/10.1134/S1063774517060074

  13. El Hage K., Hédin F., Gupta P.K. et al. // Elife. 2018. V. 7. P. e35560. https://doi.org/10.7554/ELIFE.35560

  14. Case D.A., Cheatham T.E., Darden T. et al. // J. Comput. Chem. 2005. V. 26. P. 1668. https://doi.org/10.1002/jcc.20290

  15. Tian C., Kasavajhala K., Belfon K.A.A. et al. // J. Chem. Theory Comput. 2020. V. 16. № 1. P. 528. https://doi.org/10.1021/ACS.JCTC.9B00591/SUPPL_FILE/CT9B00591_SI_002.ZIP

  16. Horn H.W., Swope W.C., Pitera J.W. et al. // J. Chem. Phys. 2004. V. 120. № 20. P. 9665. https://doi.org/10.1063/1.1683075

  17. Pastor R.W., Brooks B.R., Szabo A. // Mol. Phys. 1988. V. 65. № 6. P. 1409. https://doi.org/10.1080/00268978800101881

  18. Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., Van Gunsteren W.F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. V. 81. № 8. P. 3684. https://doi.org/10.1063/1.448118

  19. Åqvist J., Wennerström P., Nervall M. et al. // Chem. Phys. Lett. 2004. V. 384. № 4. P. 288. https://doi.org/10.1016/J.CPLETT.2003.12.039

  20. Essmann U., Perera L., Berkowitz M.L. et al. // J. Chem. Phys. 1995. V. 103. P. 8577. https://doi.org/10.1063/1.470117

  21. Roe D.R., Cheatham T.E. // J. Chem. Theory Comput. 2013. V. 9. № 7. P. 3084. https://doi.org/10.1021/CT400341P/SUPPL_FILE/ CT400341P_SI_001.PDF

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска содержание выпуска

Российские нанотехнологии

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал