1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Биоорганическая химия
  4. T. 49, № 5, 2023

Биоорганическая химия, 2023, T. 49, № 5, стр. 548-552

Альтернативные центры связывания хромофора в нековалентных флуоресцентных комплексах бактериального липокалина

Е. А. Горячева 1, *, И. В. Артемьев 1, С. Ф. Архипова 1, А. В. Россохин 2, А. Р. Гильванов 1, В. З. Плетнев 1, Н. В. Плетнева 1

1 ФГБУН “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН
117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10, Россия

2 Научный центр неврологии, Институт мозга
105064 Москва, пер. Обуха, 5, Россия

* E-mail: goryacheva@ibch.ru

Поступила в редакцию 07.02.2023
После доработки 17.02.2023
Принята к публикации 18.02.2023

Аннотация

Расчетным методом молекулярной механики установлена пространственная организация DiB3 – флуоресцентного нековалентного комплекса генно-инженерного варианта бактериального белка липокалина Blc с синтетическим GFP-подобным хромофором M739. По сравнению с кристаллической структурой родственного комплекса DiB1, в расчетной структуре DiB3 установлено наличие альтернативного центра связывания хромофора М739.

Ключевые слова: хромофор, флуороген-активирующий белок, молекулярная механика

Список литературы

  1. Rothe C., Skerra A. // BioDrugs. 2018. V. 32. P. 233–243. https://doi.org/10.1007/s40259-018-0278-1

  2. Campanacci V., Bishop R.E., Blangy S., Tegoni M., Cambillau C. // FEBS Lett. 2006. V. 580. P. 877−883. https://doi.org/10.1016/j.febslet.2006.07.086

  3. Muslinkina L., Gavrikov A.S., Bozhanova N.G., Mishin A.S., Baranov M.S., Meiler J., Pletneva N.V., Pletnev V.Z., Pletnev S. // ACS Chem. Biol. 2020. V. 15. P. 2456−2465. https://doi.org/10.1021/acschembio.0c00440

  4. Bozhanova N.G., Mikhail S., Baranov M.S., Klementieva N.V., Gavrikov A.S., Sarkisyan K.S., Yampolsky I.V., Zagaynova E.V., Lukyanov S.A., Konstantin A., Lukyanov K.A., Mishin A.S. // Chem. Sci. 2017. V. 8. P. 7138–7142. https://doi.org/10.1039/C7SC01628J

  5. Ghosh S., Yu C.L., Ferraro D.J., Sudha S., Pal S.K., Schaefer W.F., Gibson D.T., Ramaswamy S. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2016. V. 13. P. 11513–11518. https://doi.org/10.1073/pnas.1525622113

  6. Garden D.P., Zhorov B.S. // J. Comput. Aided Mol. Des. 2010. V. 24. P. 91–105. https://doi.org/10.1007/s10822-009-9317-9

  7. Emsley P., Lohkamp B., Scott W.G., Cowtan K. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2010. V. 66. P. 486–501. https://doi.org/10.1107/s0907444910007493

  8. Schiefner A., Chatwell L., Breustedt D.A., Skerra A. // Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2010. V. 66. P. 1308–1315. https://doi.org/10.1107/s0907444910039375

  9. Bozhanova N.G., Calcutt M.W., Beavers W.N., Brown B.P., Skaar E.P., Meiler J. // FEBS Lett. 2021. V. 595. P. 206–219. https://doi.org/10.1002/1873-3468.14001

  10. Li Z., Scheraga H.A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84. P. 6611–6615. https://doi.org/10.1073/pnas.84.19.6611

  11. Weiner J., Kollman P.A., Case D.A., Singh U.C., Chio C., Alagona G., Profeta S., Weiner P.K. // J. Am. Chem. Soc. 1984. V. 106. P. 765–784. https://doi.org/10.1021/ja00315a051

  12. Dewar M.J.S., Zoebisch E.G., Healy E.F., Stewart J.J.P. // J. Am. Chem. Soc. 1985. V. 107. P. 3902–3909. https://doi.org/10.1021/ja00299a024

  13. Stewart J.J.P. // Chem. Prog. Exch. 1990. V. 10. P. 86.

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Биоорганическая химия

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал