1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Биоорганическая химия
  4. T. 49, № 5, 2023

Биоорганическая химия, 2023, T. 49, № 5, стр. 543-547

Видовая идентификация коронавируса SARS-CoV-2 по консервативному участку Е-гена

С. А. Лапа 1, *, А. А. Шингарева 1, Е. Б. Файзулоев 2, Ю. И. Аммур 2, В. Е. Шершов 1, А. В. Чудинов 1

1 Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
119991 Москва, ул. Вавилова, 32, Россия

2 НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
115088 Москва, ул. 1-я Дубровская, 15, Россия

* E-mail: lapa@biochip.ru

Поступила в редакцию 01.11.2022
После доработки 13.12.2022
Принята к публикации 16.12.2022

Аннотация

Появление мутаций в генах, кодирующих поверхностные белки коронавируса нового типа SARS-CoV-2, при его циркуляции в популяции хозяина затрудняет применение моноклональных антител для видовой идентификации данного вируса. В таких случаях выбор консервативных генетических мишеней позволяет осуществлять идентификацию молекулярно-биологическими методами. В настоящей работе проведено тестирование разработанных ранее праймеров, специфичных к фрагменту Е-гена, для выявления коронавируса нового типа на шести изолятах, принадлежащих различным генетическим вариантам SARS-CoV-2 (исходный уханьский геновариант, дельта и омикрон). Выбор консервативного участка Е-гена (E gene, кодирующий малый трансмембранный белок Е) в качестве мишени для обратной транскрипции с последующей амплификацией (ОТ-ПЦР) позволил детектировать коронавирус SARS-CoV-2 вне зависимости от его генетических вариантов, характеризующихся антигенной разнородностью по N- и S-белкам. Показана возможность видового определения различных вариантов возбудителя COVID-19, циркулирующих в России, как в общем реакционном объеме (в пробирке), так и на биологических микрочипах (гелевых и щеточных).

Ключевые слова: ОТ-ПЦР, SARS-CoV-2, видовая идентификация, иммобилизованные праймеры, биологические микрочипы

Список литературы

  1. Randhawa G.S., Soltysiak M.P.M., El Roz H., de Souza C.P.E., Hill K.A., Kari L. // PLoS One. 2020. V. 15. P. e0232391. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0232391

  2. Gorbalenya A.E., Baker S.C., Baric R.S., de Groot R.J., Drosten C., Gulyaeva A.A., Haagmans B.L., Lauber C., Leontovich A.M., Neuman B.W., Penzar D., Perlman S., Poon L.L.M., Samborskiy D.V., Sidorov I.A., Sola I., Ziebuhr J. // Nat. Microbiol. 2020. V. 5. P. 536–544. https://doi.org/10.1038/s41564-020-0695-z

  3. Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Клочихина Е.С., Аммур Ю.И., Благодатских С.А., Шершов В.Е., Заседателев А.С., Чудинов А.В. // Мол. биол. 2021. Т. 55. С. 944–955. [Lapa S.A., Miftakhov R.A., Klochikhina E.S., Ammur Y.I., Blagodatskikh S.A., Shershov V.E., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Mol. Biol. 2021. V. 55. P. 828–838.] https://doi.org/10.1134/S0026893321040063

  4. Lopez L.A., Riffle A.J., Pike S.L., Gardner D., Hogue B.G. // J. Virol. 2008. V. 82. P. 3000–3010. https://doi.org/10.1128/JVI.01914-07

  5. Грачёва А.В., Корчевая Е.Р., Кудряшова А.М., Борисова О.В., Петруша О.А., Смирнова Д.И., Чернышова И.Н., Свитич О.А., Зверев В.В., Файзулоев Е.Б. // Журн. микробиол. эпидемиол. иммунобиол. 2021. Т. 98. С. 253–265. https://doi.org/10.36233/0372-9311-136

  6. Sorokin N.V., Chechetkin V.R., Livshits M.A., Pankov S.V., Donnikov M.Y., Gryadunov D.A., Lapa S.A., Zasedatelev A.S. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2005. V. 22. P. 725–734. https://doi.org/10.1080/07391102.2005.10507039

  7. Artesi M., Bontems S., Göbbels P., Franckh M., Maes P., Boreux R., Meex C., Melin P., Hayette M.P., Bours V., Durkin K. // J. Clin. Microbiol. 2020. V. 58. P. e01598-20. https://doi.org/10.1128/JCM.01598-20

  8. Rubina A.Yu., Pan’kov S.V., Dementieva E.I., Pen’kov D.N., Butygin A.V., Vasiliskov V.A., Chudinov A.V., Mikheikin A.L., Mikhailovich V.M., Mirzabekov A.D. // Anal. Biochem. 2004. V. 325. P. 92–106. https://doi.org/10.1016/j.ab.2003.10.010

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Биоорганическая химия

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал