1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Биоорганическая химия
  4. T. 49, № 6, 2023

Биоорганическая химия, 2023, T. 49, № 6, стр. 649-656

Синтез флуоресцентно-меченых нуклеотидов для маркирования продуктов изотермической амплификации

В. Е. Шершов 1, *, С. А. Лапа 1, А. И. Левашова 1, И. Ю. Шишкин 1, Г. Ф. Штылев 1, Е. Ю. Шекалова 1, В. А. Василисков 1, А. С. Заседателев 1, В. Е. Кузнецова 1, А. В. Чудинов 1

1 ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
119991 Москва, ул. Вавилова, 32, Россия

* E-mail: shershov@list.ru

Поступила в редакцию 09.12.2022
После доработки 13.12.2022
Принята к публикации 15.12.2022

Аннотация

Осуществлен синтез флуоресцентно-меченых нуклеотидов, содержащих цвиттерионный индодикарбоцианиновый краситель, присоединенный через транс-алкеновый спейсер в положении С5 пиримидинового основания, и проверена их субстратная эффективность в условиях рекомбиназной полимеразной амплификации (RPA). В результате RPA образовались полноразмерные целевые продукты фрагмента гена ebpS возбудителя бактериальной пневмонии (Staphylococcus aureus) с высокой плотностью встраивания флуоресцентной метки.

Ключевые слова: флуоресцентно-меченые нуклеотиды, индодикарбоцианиновые красители, изотермическая амплификация, рекомбиназная полимеразная амплификация

Список литературы

  1. Donatin E., Drancourt M. // Med. Mal. Infect. 2012. V. 42. P. 453–459. https://doi.org/10.1016/j.medmal.2012.07.017

  2. Erdmann V.A., Jurga S., Barciszewski J. // RNA DNA Diagnostics. 2015. P. 259–280. https://doi.org/10.1007/978-3-319-17305-4_13

  3. Huang H.-J., Campana R., Akinfenwa O., Curin M., Sarzsinszky E., Karsonova A., Riabova K., Karaulov A., Niespodziana K., Elisyutina O., Fedenko E., Litovkina A., Smolnikov E., Khaitov M., Vrtala S., Schlederer T., Valenta R. // Front. Immunol. V. 11. P. 594978. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.594978

  4. Erickson D., O’Dell D., Jiang L., Oncescu V., Gumus A., Lee S., Mancuso M., Mehta S. // Lab. Chip. 2014. V. 14. P. 3159–3164. https://doi.org/10.1039/C4LC00142G

  5. Temiz Y., Lovchik R.D., Kaigala G.V., Delamarche E. // Microelectronic Engineering. 2015. V. 132. P. 156–175. https://doi.org/10.1016/j.mee.2014.10.013

  6. Allert R.D., Bruckmaier F., Neuling N.R., Freire-Moschovitis F.A., Liu K.S., Schrepel C., Schätzle P., Knittel P., Hermans M., Bucher D.B. // Lab. Chip. 2022. V. 22. P. 4831–4840. https://doi.org/10.1039/D2LC00874B

  7. Zhao Y., Chen F., Li Q., Wang L., Fan C. // Chem. Rev. 2015. V. 115. P. 12491–12545. https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.5b00428

  8. Oliveira B.B., Veigas B., Baptista P.V. // Front. Sens. 2021. V. 2. P. 752600. https://doi.org/10.3389/fsens.2021.752600

  9. Li J., Macdonald J. // Biosens. Bioelectron. 2015. V. 64. P. 196−211. https://doi.org/10.1016/j.bios.2014.08.069

  10. Deng H., Gao Z. // Anal. Chim. Acta. 2015. V. 853. P. 30−45. https://doi.org/10.1016/j.aca.2014.09.037

  11. Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Emelyanova M.A., Guseinov T.O., Lapa S.A., Nasedkina T.V., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Dyes Pigments. 2017. V. 147. P. 199–210. https://doi.org/10.1016/j.dyepig.2017.07.052

  12. Tesler J.K., Cruickshank A.L., Morrison E., Netzel T.L. // J. Am. Chem. Soc. 1989. V. 111. P. 6966–6976. https://doi.org/10.1021/ja00200a011

  13. Gandhi V.V., Samuels D.C. // Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids. 2011. V. 30. P. 317–339. https://doi.org/10.1080/15257770.2011.586955

  14. Ikemoto T., Haze A., Hatano H., Kitamoto Y., Ishida M., Nara K. // Chem. Pharm. Bull. 1995. V. 43 P. 210–215. https://doi.org/10.1248/cpb.43.210

  15. Спицын М.А., Кузнецова В.Е., Шершов В.Е., Лапа С.А., Гусейнов Т.О., Заседателев А.С., Чудинов А.В. // Биоорг. химия. 2017. Т. 43. С. 444–448. [Spitsyn M.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Lapa S.A., Guseinov T.O., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2017. V. 43. P. 471–475.] https://doi.org/10.1134/S1068162017040136

  16. Zasedateleva O.A., Vasiliskov V.A., Surzhikov S.A., Kuznetsova V.E., Shershov V.E., Guseinov T.O., Smirnov I.P., Yurasov R.A., Spitsyn M.A., Chudinov A.V. // Nucleic Acids Res. 2018. V. 46. P. e73. https://doi.org/10.1093/nar/gky247

  17. Reddington M.V., Cunninghan-Bryant D. // Tetrahedron Lett. 2011. V. 52. P. 181–183. https://doi.org/10.1016/j.tetlet.2010.10.137

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Биоорганическая химия

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал