Биоорганическая химия, 2023, T. 49, № 6, стр. 627-640
ТБ-ИЗАТЕСТ: способ дифференциальной диагностики Mycobacterium tuberculosis методом LAMP
Ф. В. Ширшиков 1, 2, *, Ю. А. Беспятых 1, 2
1 ФГБУ “Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины имени академика Ю.М. Лопухина” ФМБА России
119435 Москва, ул. Малая Пироговская, 1А, Россия
2 ФГБОУ ВО “Российский химико-технологический университет имени Д.И. Менделеева”
125047 Москва, Миусская пл., 9, Россия
* E-mail: shrshkv@ya.ru
Поступила в редакцию 21.02.2023
После доработки 10.03.2023
Принята к публикации 11.03.2023
- EDN: EYSSZB
- DOI: 10.31857/S0132342323060131
Полные тексты статей выпуска доступны в ознакомительном режиме только авторизованным пользователям.
Аннотация
Чахотка, белая чума, туберкулез… Лишь относительно недавно это заболевание перестало быть абсолютно смертельным приговором для инфицированных людей, однако проблемы распространения и диагностики этого заболевания по-прежнему актуальны. В данной работе представлены результаты разработки новой тест-системы ТБ-ИЗАТЕСТ для дифференциальной диагностики вида Mycobacterium tuberculosis от нетуберкулезных микобактерий по видоспецифичному гену rv2341 с использованием метода петлевой изотермической амплификации (LAMP). Тест-система применима для количественного анализа целевой геномной ДНК и позволяет выявлять десятикратные различия в концентрации. Впервые приводятся результаты оптимизации амплификации с помощью двухстадийного протокола на основе метода ортогональных матриц Тагути. Предложена теоретическая интерпретация высоких значений эффективности амплификации, наблюдаемых в реакции LAMP. Предел детекции разработанной тест-системы составляет 40 геном-эквивалентов на реакцию, а стадия амплификации требует 15 мин. По совокупности характеристик тест-система ТБ-ИЗАТЕСТ превосходит все известные способы идентификации M. tuberculosis методом LAMP.
Полные тексты статей выпуска доступны в ознакомительном режиме только авторизованным пользователям.
Список литературы
Pai M., Behr M.A., Dowdy D., Dheda K., Divangahi M., Boehme C.C., Ginsberg A., Swaminathan S., Spigelman M., Getahun H., Menzies D., Raviglione M. // Nat. Rev. Dis. Prim. 2016. V. 2. P. 16076. https://doi.org/10.1038/nrdp.2016.76
Bhat Z.S., Rather M.A., Maqbool M., Ahmad Z. // Biomed. Pharmacother. 2018. V. 103. P. 1733–1747. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2018.04.176
Chakaya J., Petersen E., Nantanda R., Mungai B.N., Migliori G.B., Amanullah F., Lungu P., Ntoumi F., Kumarasamy N., Maeurer M., Zumla A. // Int. J. Infect. Dis. 2022. V. 124. P. S26–S29. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2022.03.011
Bagcchi S. // The Lancet Microbe. 2023. V. 4. P. e20. https://doi.org/10.1016/S2666-5247(22)00359-7
Achtman M. // Annu. Rev. Microbiol. 2008. V. 62. P. 53–70. https://doi.org/10.1146/annurev.micro.62.081307.162832
Riojas M.A., McGough K.J., Rider-Riojas C.J., Rastogi N., Hazbón M.H. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2018. V. 68. P. 324–332. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.002507
Gupta R.S., Lo B., Son J. // Front Microbiol. 2018. V. 9. P. 67. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.00067
Meehan C.J., Barco R.A., Loh Y.E., Cogneau S., Rigouts L. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2021. V. 71. P. 004922. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.004922
Johansen M.D., Herrmann J.-L., Kremer L. // Nat. Rev. Microbiol. 2020. V. 18. P. 392–407. https://doi.org/10.1038/s41579-020-0331-1
Galagan J.E. // Nat. Rev. Genet. 2014. V. 15. P. 307–320. https://doi.org/10.1038/nrg3664
Gagneux S. // Nat. Rev. Microbiol. 2018. V. 16. P. 202–213. https://doi.org/10.1038/nrmicro.2018.8
Merker M., Rasigade J.-P., Barbier M., Cox H., Feuerriegel S., Kohl T.A., Shitikov E., Klaos K., Gaudin C., Antoine R., Diel R., Borrell S., Gagneux S., Nikolayevskyy V., Andres S., Crudu V., Supply P., Niemann S., Wirth T. // Nat. Commun. 2022. V. 13. P. 5105. https://doi.org/10.1038/s41467-022-32455-1
Chakravorty S., Simmons A.M., Rowneki M., Parmar H., Cao Y., Ryan J., Banada P.P., Deshpande S., Shenai S., Gall A., Glass J., Krieswirth B., Schumacher S.G., Nabeta P., Tukvadze N., Rodrigues C., Skrahina A., Tagliani E., Cirillo D.M., Davidow A., Denkinger C.M., Persing D., Kwiatkowski R., Jones M., Alland D. // mBio. 2017. V. 8. P. e00812-17. https://doi.org/10.1128/mBio.00812-17
World Health Organization, 2021. WHO Consolidated Guidelines on Tuberculosis. Module 3: Diagnosis. Rapid Diagnostics for Tuberculosis Detection, 2021 Update. Geneva: World Health Organization, 2021. https://www.who.int/publications/i/item/9789240029415
Gryadunov D.A., Shaskolskiy B.L., Nasedkina T.V., Rubina A.Y., Zasedatelev A.S. // Acta Naturae. 2018. V. 10. P. 4–18. https://doi.org/10.32607/20758251-2018-10-4-4-18
Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N., Hase T. // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. e63. https://doi.org/10.1093/nar/28.12.e63
Tomita N., Mori Y., Kanda H., Notomi T. // Nat. Protoc. 2008. V. 3. P. 877–882. https://doi.org/10.1038/nprot.2008.57
Kaboev O.K., Luchkina L.A., Akhmedov A.T., Bekker M.L. // J. Bacteriol. 1981. V. 145. P. 21–26. https://doi.org/10.1128/jb.145.1.21-26.1981
Tanner N.A., Evans T.C. // Curr. Protoc. Mol. Biol. 2014. V. 105. P. 15.14.1–15.14.14. https://doi.org/10.1002/0471142727.mb1514s105
Nagamine K., Hase T., Notomi T. // Mol. Cell. Probes. 2002. V. 16. P. 223–229. https://doi.org/10.1006/mcpr.2002.0415
Yonekawa T., Watanabe H., Hosaka N., Semba S., Shoji A., Sato M., Hamasaki M., Yuki S., Sano S., Segawa Y., Notomi T. // Sci. Rep. 2020. V. 10. P. 5409. https://doi.org/10.1038/s41598-020-62109-5
Moore K.J.M., Cahill J., Aidelberg G., Aronoff R., Bektaş A., Bezdan D., Butler D.J., Chittur S.V., Codyre M., Federici F., Tanner N.A., Tighe S.W., True R., Ware S.B., Wyllie A.L., Afshin E.E., Bendesky A., Chang C.B., Dela Rosa R., Elhaik E., Erickson D., Goldsborough A.S., Grills G., Hadasch K., Hayden A., Her S.Y., Karl J.A., Kim C.H., Kriegel A.J., Kunstman T., Landau Z., Land K., Langhorst B.W., Lindner A.B., Mayer B.E., McLaughlin L.A., McLaughlin M.T., Molloy J., Mozsary C., Nadler J.L., D’Silva M., Ng D., O’Connor D.H., Ongerth J.E., Osuolale O., Pinharanda A., Plenker D., Ranjan R., Rosbash M., Rotem A., Segarra J., Schürer S., Sherrill-Mix S., Solo-Gabriele H., To S., Vogt M.C., Yu A.D., Mason C.E., The gLAMP Consortium // J. Biomol. Tech. 2021. V. 32. P. 228–275. https://doi.org/10.7171/jbt.21-3203-017
Shirshikov F.V., Bespyatykh J.A. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2022. V. 48. P. 1159–1174. https://doi.org/10.1134/S106816202206022X
Iwamoto T., Sonobe T., Hayashi K. // J. Clin. Microbiol. 2003. V. 41. P. 2616–2622. https://doi.org/10.1128/JCM.41.6.2616-2622.2003
Boehme C.C., Nabeta P., Henostroza G., Raqib R., Rahim Z., Gerhardt M., Sanga E., Hoelscher M., Notomi T., Hase T., Perkins M.D. // J. Clin. Microbiol. 2007. V. 45. P. 1936–1940. https://doi.org/10.1128/JCM.02352-06
Rakotosamimanana N., Lapierre S.G., Raharimanga V., Raherison M.S., Knoblauch A.M., Raherinandrasana A.H., Rakotoson A., Rakotonirina J., Rasolofo V. // BMC Infect. Dis. 2019. V. 19. P. 542. https://doi.org/10.1186/s12879-019-4198-6
World Health Organization, 2016. The Use of Loop-Mediated Isothermal Amplification (TB-LAMP) for the Diagnosis of Pulmonary Tuberculosis. Geneva: World Health Organization, 2016. https://apps.who.int/iris/handle/10665/249154
Gray C.M., Katamba A., Narang P., Giraldo J., Zamudio C., Joloba M., Narang R., Paramasivan C.N., Hillemann D., Nabeta P., Amisano D., Alland D., Cobelens F., Boehme C.C. // J. Clin. Microbiol. 2016. V. 54. P. 1984–1991. https://doi.org/10.1128/JCM.03036-15
García-Basteiro A.L., DiNardo A., Saavedra B., Silva D.R., Palmero D., Gegia M., Migliori G.B., Duarte R., Mambuque E., Centis R., Cuevas L.E., Izco S., Theron G. // Pulmonology. 2018. V. 24. P. 73–85. https://doi.org/10.1016/j.rppnen.2017.12.002
Neonakis I.K., Spandidos D.A., Petinaki E. // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2011. V. 30. P. 937–942. https://doi.org/10.1007/s10096-011-1195-0
Yuan L., Li Y., Wang M., Ke Z., Xu W. // J. Infect. Chemother. 2014. V. 20. P. 86–92. https://doi.org/10.1016/j.jiac.2013.07.003
Nagai K., Horita N., Yamamoto M., Tsukahara T., Nagakura H., Tashiro K., Shibata Y., Watanabe H., Nakashima K., Ushio R., Ikeda M., Narita A., Kanai A., Sato T., Kaneko T. // Sci. Rep. 2016. V. 6. P. 39090. https://doi.org/10.1038/srep39090
Nliwasa M., MacPherson P., Chisala P., Kamdolozi M., Khundi M., Kaswaswa K., Mwapasa M., Msefula C., Sohn H., Flach C., Corbett E.L. // PLoS One. 2016. V. 11. P. e0155101. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0155101
Yu G., Shen Y., Zhong F., Ye B., Yang J., Chen G. // PLoS One. 2018. V. 13. P. e0199290. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0199290
Lok K.H., Benjamin W.H., Kimerling M.E., Pruitt V., Lathan M., Razeq J., Hooper N., Cronin W., Dunlap N.E. // Emerg. Infect. Dis. 2002. V. 8. P. 1310–1313. https://doi.org/10.3201/eid0811.020291
Thierry D., Brisson-Noël A., Vincent-Lévy-Frébault V., Nguyen S., Guesdon J.L., Gicquel B. // J. Clin. Microbiol. 1990. V. 28. P. 2668–2673. https://doi.org/10.1128/jcm.28.12.2668-2673.1990
Kechin A., Oscorbin I., Cherednichenko A., Khrapov E., Schwartz Y., Stavitskaya N., Filipenko M. // Arch. Microbiol. 2023. V. 205. P. 71. https://doi.org/10.1007/s00203-023-03410-5
Alonso H., Samper S., Martín C., Otal I. // BMC Genomics. 2013. V. 14. P. 422. https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-422
Zhou L., Ma C., Xiao T., Li M., Liu H., Zhao X., Wan K., Wang R. // Front. Microbiol. 2019. V. 10. P. 1–10. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01887
Goig G.A., Torres-Puente M., Mariner-Llicer C., Villamayor L.M., Chiner-Oms Á., Gil-Brusola A., Borrás R., Comas Espadas I. // Bioinformatics. 2019. V. 36. P. 985–989. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz729
Shirshikov F. V., Pekov Y.A., Miroshnikov K.A. // PeerJ. 2019. V. 7. P. e6801. https://doi.org/10.7717/peerj.6801
Abramovitch R.B., Rohde K.H., Hsu F.-F., Russell D.G. // Mol. Microbiol. 2011. V. 80. P. 678–694. https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2011.07601.x
Gupta A. // FEMS Microbiol. Lett. 2009. V. 290. P. 45–53. https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2008.01400.x
Morero M., Ramirez M.R., Oyhenart J. // Vet. Parasitol. 2021. V. 295. P. 109462. https://doi.org/10.1016/j.vetpar.2021.109462
Shoushtari M., Salehi-Vaziri M., Roohvand F., Arashkia A., Jalali T., Azadmanesh K. // Biotechnol. Lett. 2021. V. 43. P. 2149–2160. https://doi.org/10.1007/s10529-021-03175-1
Wang Y., Li J., Li S., Zhu X., Wang X., Huang J., Yang X., Tai J. // Microchim. Acta. 2021. V. 188. P. 347. https://doi.org/10.1007/s00604-021-04985-w
Schneider L., Blakely H., Tripathi A. // Electrophoresis. 2019. V. 40. P. 2706–2717. https://doi.org/10.1002/elps.201900167
Bio-Rad Laboratories Inc., 2006. Real-Time PCR Applications Guide. Bulletin 5279. P. 4–6. https://www.bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/Bulletin_5279.pdf
Ruijter J.M., Barnewall R.J., Marsh I.B., Szentirmay A.N., Quinn J.C., van Houdt R., Gunst Q.D., van den Hoff M.J.B. // Clin. Chem. 2021. V. 67. P. 829–842. https://doi.org/10.1093/clinchem/hvab052
von Hippel P.H., Johnson N.P., Marcus A.H. // Biopolymers. 2013. V. 99. P. 923–954. https://doi.org/10.1002/bip.22347
Cousins D.V., Bastida R., Cataldi A., Quse V., Redrobe S., Dow S., Duignan P., Murray A., Dupont C., Ahmed N., Collins D.M., Butler W.R., Dawson D., Rodríguez D., Loureiro J., Romano M.I., Alito A., Zumarraga M., Bernardelli A. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003. V. 53. P. 1305–1314. https://doi.org/10.1099/ijs.0.02401-0
Alexander K.A., Laver P.N., Michel A.L., Williams M., van Helden P.D., Warren R.M., Gey van Pittius N.C. // Emerg. Infect. Dis. 2010. V. 16. P. 1296–1299. https://doi.org/10.3201/eid1608.100314
Esteban J., Muñoz-Egea M.C. // Tuberculosis and Nontuberculous Mycobacterial Infections / Ed. David Schlossberg. Washington, DC: ASM Press, 2017. P. 754. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.TNMI7-0021-2016
Ngabonziza J.C.S., Loiseau C., Marceau M., Jouet A., Menardo F., Tzfadia O., Antoine R., Niyigena E.B., Mulders W., Fissette K., Diels M., Gaudin C., Duthoy S., Ssengooba W., André E., Kaswa M.K., Habimana Y.M., Brites D., Affolabi D., Mazarati J.B., de Jong B.C., Rigouts L., Gagneux S., Meehan C.J., Supply P. // Nat. Commun. 2020. V. 11. P. 2917. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16626-6
Panda A., Drancourt M., Tuller T., Pontarotti P. // Sci. Rep. 2018. V. 8. P. 14817. https://doi.org/10.1038/s41598-018-33261-w
Eldholm V., Balloux F. // Trends Microbiol. 2016. V. 24. P. 637–648. https://doi.org/10.1016/j.tim.2016.03.007
Altschul S.F., Gish W., Miller W., Myers E.W., Lipman D.J. // J. Mol. Biol. 1990. V. 215. P. 403–410. https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2
Szklarczyk D., Gable A.L., Lyon D., Junge A., Wyder S., Huerta-Cepas J., Simonovic M., Doncheva N.T., Morris J.H., Bork P., Jensen L.J., von Mering C. // Nucleic Acids Res. 2019. V. 47. P. D607–D613. https://doi.org/10.1093/nar/gky1131
Chitale P., Lemenze A.D., Fogarty E.C., Shah A., Grady C., Odom-Mabey A.R., Johnson W.E., Yang J.H., Eren A.M., Brosch R., Kumar P., Alland D. // Nat. Commun. 2022. V. 13. P. 7068. https://doi.org/10.1038/s41467-022-34853-x
Lu J., Johnston A., Berichon P., Ru K., Korbie D., Trau M. // Sci. Rep. 2017. V. 7. P. 41328. https://doi.org/10.1038/srep41328
Dwight Z., Palais R., Wittwer C.T. // Bioinformatics. 2011. V. 27. P. 1019–1020. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr065
Zuker M. // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 3406–3415. https://doi.org/10.1093/nar/gkg595
Kerpedjiev P., Hammer S., Hofacker I.L. // Bioinformatics. 2015. V. 31. P. 3377–3379. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv372
Popenda M., Szachniuk M., Antczak M., Purzycka K.J., Lukasiak P., Bartol N., Blazewicz J., Adamiak R.W. // Nucleic Acids Res. 2012. V. 40. P. e112. https://doi.org/10.1093/nar/gks339
Sehnal D., Bittrich S., Deshpande M., Svobodová R., Berka K., Bazgier V., Velankar S., Burley S.K., Koča J., Rose A.S. // Nucleic Acids Res. 2021. V. 49. P. W431–W437. https://doi.org/10.1093/nar/gkab314
Shitikov E.A., Bespyatykh J.A., Ischenko D.S., Alexeev D.G., Karpova I.Y., Kostryukova E.S., Isaeva Y.D., Nosova E.Y., Mokrousov I.V., Vyazovaya A.A., Narvs-kaya O.V., Vishnevsky B.I., Otten T.F., Zhuravlev V.Iu., Yablonsky P.K., Ilina E.N., Govorun V.M. // PLoS One. 2014. V. 9. P. e84971. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0084971
Bustin S.A., Benes V., Garson J.A., Hellemans J., Huggett J., Kubista M., Mueller R., Nolan T., Pfaffl M.W., Shipley G.L., Vandesompele J., Wittwer C.T. // Clin. Chem. 2009. V. 55. P. 611–622. https://doi.org/10.1373/clinchem.2008.112797
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Биоорганическая химия