1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Кристаллография
  4. T. 68, № 6, 2023

Кристаллография, 2023, T. 68, № 6, стр. 854-858

Предварительное рентгеновское исследование кристаллов, полученных при сокристаллизации гипоксантин-гуанинфосфорибозилтрансферазы из Escherichia coli и производных пиразин-2-карбоксамида

Ю. А. Абрамчик 1, 2, *, Е. А. Заяц 1, В. И. Тимофеев 2, 3, М. Б. Шевцов 4, М. А. Костромина 1, И. В. Фатеев 1, Д. О. Юровская 1, А. А. Каранов 1, И. Д. Константинова 1, И. П. Куранова 2, 3, Р. С. Есипов 1

1 Институт биоорганической химии РАН
Москва, Россия

2 Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН
Москва, Россия

3 Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Москва, Россия

4 Московский физико-технический институт
Долгопрудный, Россия

* E-mail: ugama@yandex.ru

Поступила в редакцию 24.04.2023
После доработки 24.04.2023
Принята к публикации 22.05.2023

Аннотация

Создан высокоэффективный штамм-продуцент Escherichia coli C3030/pET23d+-EcHGPRT, позволяющий получать рекомбинантную гипоксантин-гуанинфосфорибозилтрансферазу из E. coli (EcHGPRT) в растворимой форме. Разработана методика выделения и очистки рекомбинантного белка. Определена удельная активность в отношении природного субстрата и производных пиразин-2-карбоксамида. Методом встречной диффузии в капилляре выращены кристаллы комплексов EcHGPRT с 3-гидроксипиразин-2-карбоксамидом (T-1105) и с 6-фтор-3-гидроксипиразин-2-карбоксамидом (T-705), пригодные для рентгеноструктурного исследования. Дифракционные наборы до разрешения соответственно 2.4 и 2.5 Å собраны на синхротроне ESRF (Франция, станция ID23-1) при температуре 100 K. Кристаллы относятся к пр. гр. P3(1)21, в независимой части ячейки содержатся две молекулы фермента.

Список литературы

  1. Hucke F.I.L., Bestehorn-Willmann M., Bassetto M. et al. // Virus Genes. 2022. V. 58 (3). P. 188. https://doi.org/10.1007/s11262-022-01892-x

  2. De Vleeschauwer A.R., Lefebvre D.J., Willems T. et al. // Transbound. Emerg. Dis. 2016. V. 63 (2). P. e205. https://doi.org/10.1111/tbed.12255

  3. Hayden F.G., Shindo N. // Curr. Opin. Infect. Dis. 2019. V. 32 (2). P. 176. https://doi.org/10.1097/QCO.0000000000000532

  4. Delang L., Abdelnabi R., Neyts J. // Antiviral Res. 2018. V. 153. P. 85. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2018.03.003

  5. De Clercq E., Li G. // Clin. Microbiol. Rev. 2016. V. 29 (3). P. 695. https://doi.org/10.1128/CMR.00102-15

  6. Furuta Y., Takahashi K., Shiraki K. et al. // Antiviral Res. 2009. V. 82 (3). P. 95. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2009.02.198

  7. Furuta Y., Komeno T., Nakamura T. // Proc. Jpn. Acad. B. Phys. Biol. Sci. 2017. V. 93 (7). P. 449. https://doi.org/10.2183/pjab.93.027

  8. Lu J.W., Chen Y.C., Huang C.K. et al. // Antiviral Res. 2021. V. 195 P. 105188. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2021.105188

  9. Furuta Y., Takahashi K., Fukuda Y. et al. // Antimicrob. Agents Chemother. 2002. V. 46 (4). P. 977. https://doi.org/10.1128/AAC.46.4.977-981.2002

  10. Konstantinova I.D., Andronova V.L., Fateev I.V., Esipov R.S. // Acta Naturae. 2022. V. 14 (2). P. 16. https://doi.org/10.32607/actanaturae.11652

  11. Negru P.A., Radu A.F., Vesa C.M. et al. // Biomed. Pharmacother. 2022. V. 147. P. 112700. https://doi.org/10.1016/j.biopha.2022.112700

  12. Hung D.T., Ghula S., Aziz J.M.A. et al. // Int. J. Infect. Dis. 2022. V. 120. P. 217. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2022.04.035

  13. Garcia-Lledo A., Gomez-Pavon J., Gonzalez Del Castillo J. et al. // Rev. Esp. Quimioter. 2022. V. 35 (2). P. 115. https://doi.org/10.37201/req/158.2021

  14. Naesens L., Guddat L.W., Keough D.T. et al. // Mol. Pharmacol. 2013. V. 84 (4). P. 615. https://doi.org/10.1124/mol.113.087247

  15. Sangawa H., Komeno T., Nishikawa H. et al. // Antimicrob. Agents Chemother. 2013. V. 57 (11). P. 5202. https://doi.org/10.1128/AAC.00649-13

  16. Shannon A., Selisko B., Le N.T. et al. // Nat. Commun. 2020. V. 11 (1). P. 4682. https://doi.org/10.1038/s41467-020-18463-z

  17. Eads J.C., Scapin G., Xu Y. et al. // Cell. 1994. V. 78 (2). V. 325. https://doi.org/10.1016/0092-8674(94)90301-8

  18. Schumacher M.A., Carter D., Roos D.S. et al. // Nat. Struct. Biol. 1996. V. 3 (10). P. 881. https://doi.org/10.1038/nsb1096-881

  19. Guddat L.W., Vos S., Martin J.L. et al. // Protein Sci. 2002. V. 11 (7). P. 1626. https://doi.org/10.1110/ps.0201002

  20. Shi W., Li C.M., Tyler P.C. et al. // Biochemistry. 1999. V. 38 (31). P. 9872. https://doi.org/10.1021/bi990664p

  21. Focia P.J., Craig 3rd S.P., Nieves-Alicea R. et al. // Biochemistry. 1998. V. 37 (43). P. 15066. https://doi.org/10.1021/bi981052s

  22. Shi W., Munagala N.R., Wang C.C. et al. // Biochemistry. 2000. V. 39 (23). P. 6781. https://doi.org/10.1021/bi000128t

  23. Monzani P.S., Trapani S., Thiemann O.H., Oliva G. // BMC Struct. Biol. 2007. V. 7 (59). https://doi.org/10.1186/1472-6807-7-59

  24. Takahashi S., Tsurumura T., Aritake K. et al. // Acta Cryst. F. 2010. V. 66 (7). P. 846. https://doi.org/10.1107/S1744309110020828

  25. Battye T.G., Kontogiannis L., Johnson O. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67 (4). P. 271. https://doi.org/10.1107/S0907444910048675

  26. Huchting J., Winkler M., Nasser H., Meier C. // ChemMedChem. 2017. V. 12 (9). P. 652. https://doi.org/10.1002/cmdc.201700116

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Кристаллография

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал