1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Кристаллография
  4. T. 68, № 6, 2023

Кристаллография, 2023, T. 68, № 6, стр. 971-978

Поиск потенциальных эпитопов в оболочечном белке вируса африканской чумы свиней

И. А. Колесников 1, В. И. Тимофеев 1, 2, А. В. Ермаков 1, А. С. Ивановский 2, *, Ю. А. Дьякова 1, Ю. В. Писаревский 2, 1, М. В. Ковальчук 1, 2

1 Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Москва, Россия

2 Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника РАН”
Москва, Россия

* E-mail: a.1wanowskiy@gmail.com

Поступила в редакцию 19.04.2023
После доработки 23.05.2023
Принята к публикации 09.08.2023

Аннотация

Смоделирована пространственная структура оболочечного белка вируса африканской чумы свиней, рассчитана его топология относительно клеточной мембраны, предсказаны B- и Т-клеточные эпитопы для этого белка, проведена оценка их иммуногенности, аллергенности, токсичности. Изучены вариабельность аминокислот в белке и консервативность найденных эпитопов. Показано, что на основе найденных эпитопов возможна разработка новой пептидной вакцины против африканской чумы свиней.

Список литературы

  1. Mettenleiter T.C., Sobrino F. // Animal Viruses: Molecular Biology. 2008. V. 14. P. 5. https://doi.org/10.3201/eid1405.080077

  2. Anderson E.C., Hutchings G.H., Mukarati N., Wilkinson P.J. // Veterinary Microbiology. 1998. V. 62 (1). P. 1. https://doi.org/10.1016/S0378-1135(98)00187-4

  3. Khomenko S., Beltrán-Alcrudo D., Rozstalnyy A. et al. // Empress Watch. 2013. V. 28. P. 1

  4. Mazur-Panasiuk N., Woźniakowski G., Niemczuk K. // Sci Rep. 2019. V. 9. № 4556. https://doi.org/10.1038/s41598-018-36823-0

  5. Colson P., De Lamballerie X., Yutin N. et al. // Arch Virol. 2013. V. 158. P. 2517. https://doi.org/10.1007/s00705-013-1768-6

  6. Dixon L.K., Chapman D.A., Netherton C.L., Upton C. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 3.

  7. Netherton C.L., Wileman T.E. // Virus Res. 2013. V. 173 (1). P. 76. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2012.12.014

  8. Gaudreault N.N., Madden D.W., Wilson W.C. et al. // Front. Vet. Sci. 2020. V. 7. 215. https://doi.org/10.3389/fvets.2020.00215

  9. Rodríguez J.M., Yáñez R.J., Almazán F. et al. // J. Virol. 1993. V. 67. № 9. P. 5312. https://doi.org/10.1128/jvi.67.9.5312-5320.1993

  10. Ruiz-Gonzalvo F., Rodríguez F., Escribano J.M. // Virology. 1996. V. 218 (1). P. 285. https://doi.org/10.1006/viro.1996.0193

  11. Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomol. Struct. Dynamics. 2021. V. 40 (16). P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387

  12. Araf Y., Moin A.T., Timofeev V.I. et al. // Front. Immunol. 2022. V. 13. 863234. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.863234

  13. Q89501. https://nbgi.ru/

  14. Altschul S.F., Gish W., Miller W. et al. // J. Mol. Biol. 1990. V. 215 (3). P. 403.

  15. Jumper J., Evans R., Pritzel A. et al. // Nature. 2021. V. 596. P. 583. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2

  16. Jeppe H., Trigos K.D., Pedersen M.D. et al. // bioRxiv. 2022. https://doi.org/10.1101/2022.04.08.487609

  17. Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424

  18. http://tools.iedb.org/ellipro/

  19. Ponomarenko J., Bui HH., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2008. V. 9. 514. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-514

  20. Dimitrov I., Bangov I., Flower D.R. et al. // J. Mol. Model. 2014. V. 20 (5). 2278. https://doi.org/10.1007/s00894-014-2278-5

  21. Gupta S., Kapoor P., Chaudhary K. et al. // PLoS ONE. 2020. V. 8 (9). e73957. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0073957

  22. Doytchinova I.A., Flower D.R. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 4. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-4

  23. Bui H., Sidney J.H., Li W. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8 (1). 361. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-361

  24. Larsen M.V., Lundegaard C., Lamberth K. et al. // BMC Bioinformatics. 2007. V. 8. 424. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-424

  25. Choo S.Y. // Yonsei Med J. 2007. V. 48 (1). P. 11. https://doi.org/10.3349/ymj.2007.48.1.11

  26. Potocnakova L., Bhide M., Pulzova L.B. // J. Immunol. Res. 2016. https://doi.org/10.1155/2016/6760830

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Кристаллография

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал