Журнал вычислительной математики и математической физики, 2021, T. 61, № 5, стр. 895-895
Перспективы численного моделирования с использованием тензорных разложений для моделирования коллективной электростатики в многочастичных системах
В. Х. Хоромская 1, *, Б. Н. Хоромский 1, 2, **
1 Max Planck Institute for Mathematics in the Sciences
D-04103 Leipzig, Inselstr. 22–26, Germany
2 Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems
Magdeburg, Germany
* E-mail: vekh@mis.mpg.de
** E-mail: bokh@mis.mpg.de
Поступила в редакцию 24.12.2020
После доработки 24.12.2020
Принята к публикации 14.01.2021
Аннотация
В настоящее время использование структурированных малоранговых тензорных методов привело к прогрессу в задачах численного исследования электростатистических задач многочастичных систем с дальнодействующими взаимодействиями и соответствующими энергиями и силами. В данной статье предлагается обзор перспектив численного моделирования коллективного электростатического потенциала на решетках и в многочастичных системах общего типа с использованием тензорных разложений. Данный подход, исходно предложенный для структурированных по рангу сеточных вычислений потенциалов взаимодействия на трехмерных решетках, обобщается в этой работе для случая многочастичных систем с различными зарядами, расположенными на решетках в многомерных областях вида ${{L}^{{ \otimes d}}}$, дискретизированных на мелких декартовых сетках вида ${{n}^{{ \otimes d}}}$ для произвольных значений размерности $d$. В результате потенциал взаимодействия представляется в параметрическом малоранговом каноническом формате со сложностью $O(dLn)$. Полная энергия взаимодействия далее может быть вычислена за $O(dL)$ операций. Электростатика для больших биомолекулярных систем дискретизируется на мелкой сетке ${{n}^{{ \otimes 3}}}$ с использованием нового тензорного формата с разделением по диапазонам (RS) [3], который поддерживает дальнодействующую часть трехмерного коллективного потенциала многочастичной системы в параметрической малоранговой форме сложности порядка $O(n)$. Демонстририруется, что поле сил можно легко восстановить с использованием предварительно вычисленного электрического поля в малоранговом RS-формате. RS-представление дискретизированной дельты Дирака [4] позволяет построить эффективную консервативную по энергии схему регуляризации для решения трехмерных эллиптических уравнений в частных производных с сильно сингулярными правыми частями, возникающими при научных вычислениях. Основной вывод состоит в том, что методы аппроксимации на основе тензоров с ранговой структурой предоставляют многообещающие численные инструменты для приложений к динамике многих тел в бионауках, докингу белков и задачам классификации, для малопараметрической интерполяции разрозненных данных в науках о данных, а также в машинном обучении во многих измерениях. Библ. 76. Фиг. 9. Табл. 3.
Полный текст статьи печатается в английской версии журнала.
Список литературы отсутствует.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Журнал вычислительной математики и математической физики