1. На главную
  2. Электронные версии
  3. Доклады Российской академии наук. Науки о жизни
  4. T. 513, № 1, 2023

Доклады Российской академии наук. Науки о жизни, 2023, T. 513, № 1, стр. 595-598

Белки CBP и RAD21 связываются на границах форум-доменов в хромосомах человека

Н. А. Чуриков 1, *, И. Р. Алембеков 1, Е. С. Клушевская 1, П. Б. Мейлах 1, А. Н. Кретова 1, О. Д. Манагарова 1, Г. И. Кравацкая 1, Ю. В. Кравацкий 1

1 Институт молекулярной биологии имени В. А. Энгельгардта Российской академии наук
Москва, Россия

* E-mail: tchurikov@eimb.ru

Поступила в редакцию 29.08.2023
После доработки 05.09.2023
Принята к публикации 05.09.2023

Аннотация

Форум-домены – это фрагменты ДНК длиной около 100 kb, ограниченные горячими точками двухцепочечных разрывов ДНК (ДЦР). Они содержат координированно экспрессирующиеся гены. Механизмы, обеспечивающие такую экспрессию, неизвестны. Предполагается, что на границах форум-доменов могут специфически связываться белки, вовлеченные в эпигенетическую регуляцию генов, расположенных в доменах. В настоящей работе мы использовали данные о локализации горячих точек ДЦР и местах связывания десяти ядерных белков в клетках HEK293T для того, чтобы выяснить – есть ли среди них белки, которые связываются именно на границах доменов. Оказалось, что два белка – CBP и RAD24, вовлеченные в эпигенетическую регуляцию экспрессии генов и образование 3D структур хромосом, связываются на границах форум-доменов. Мы предполагаем, что эти белки могут обеспечивать координированную экспрессию генов в доменах.

Ключевые слова: форум-домены, двухцепочечные разрывы ДНК (ДЦР), эпигенетика, CBP, RAD21

Список литературы

  1. Tchurikov N.A., Kretova O.V., Sosin D.V., Zykov I.A., Zhimulev I.F., Kravatsky Y.V. // Genome-wide profiling of forum domains in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 3667–3685.

  2. Tchurikov N., Krasnov A.N., Ponomarenko N.A., Golova Y.B., Chernov B.K. // Forum domain in Drosophila melanogaster cut locus possesses looped domains inside. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3221–3227.

  3. Tchurikov N.A., Kretova O.V., Fedoseeva D.M., Sosin D.V., Grachev S.A., Serebraykova M.V., Romanenko S.A., Vorobieva N.V., Kravatsky Y.V. // DNA Double-Strand Breaks Coupled with PARP1 and HNRNPA2B1 Binding Sites Flank Coordinately Expressed Domains in Human Chromosomes. PloS Genet. 2013. V. 9. P. e1003429.

  4. Dudás A., Chovanec M. // DNA double-strand break repair by homologous recombination. Mutat Res. 2004. V. 566 (2), 131–167.

  5. Vilenchik M.M., Knudson A.G. // Radiation dose-rate effects, endogenous DNA damage, and signaling resonance. Proc. Natl.Acad. Sci. USA 2006, V. 103. P. 17874–17879.

  6. Tchurikov N.A., Yudkin D.V., Gorbacheva M.A., Kulemzina A.I., Grischenko I.V., Fedoseeva D.M., Sosin D.V., Kravatsky Y.V., Kretova, O.V. // Hot spots of DNA double-strand breaks in human rDNA units are produced in vivo. Sci. Rep. 2016. V. 6. P. 25866.

  7. Rinaldi C., Pizzul P., Longhese M.P., Bonetti D. // Sensing R-Loop-Associated DNA Damage to Safeguard Genome Stability. Front. Cell Dev. Biol. 2021. V. 8. P. 618157.

  8. Roos W.P., Kaina B. // DNA damage-induced cell death by apoptosis. Trends Mol Med. 2006. V. 12. № 9. P. 440–50.

  9. Stempor P., Ahringer J. // SeqPlots–Interactive software for exploratory data analyses, pattern discovery and visualization in genomics. Wellcome Open Res. 2016. V. 1. P. 14.

  10. Martire S., Nguyen J., Sundaresan A. et al. // Differential contribution of p300 and CBP to regulatory element acetylation in mESCs. BMC Mol and Cell Biol. 2020 V. 21. P. 55.

  11. Cheng H., Zhang N., Pati D. // Cohesin subunit RAD21: From biology to disease. Gene. 2020. V. 758, 2020. P. 44966.

  12. Hoffmann A., Roeder R.G. // Cloning and characterization of human TAF20/15. Multiple interactions suggest a central role in TFIID complex formation. J. Biol. Chem. 1996. V. 271 (30). P. 18194–18202.

  13. Yu Y., Reed R. // FUS functions in coupling transcription to splicing by mediating an interaction between RNAP II and U1 snRNP. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015. V. 112 (28). P. 8608–8613.

  14. Sun Y., Xu X., Zhao W., Zhang Y., Chen K., Li Y., Wang X., Zhang M., Xue B., Yu W., Hou Y., Wang C., Xie W., Li C., Kong D., Wang S., Sun Y. // RAD21 is the core subunit of the ohesion complex involved in directing genome organization. Genome Biol. 2023. V. 24 (1). P. 155.

  15. Wei S., Li C., Yin Z., Wen J., Meng H., Xue L., Wang J. // Histone methylation in DNA repair and clinical practice: new findings during the past 5-years”. J Cancer. 2018 V. 9 (12). P. 2072–2081.

Дополнительные материалы отсутствуют.

Инструменты

следующая статья выпуска предыдущая статья выпуска содержание выпуска

Доклады Российской академии наук. Науки о жизни

Архивы выпусков Информация о журнале Отправить рукопись в журнал