Физика и химия стекла, 2019, T. 45, № 3, стр. 203-214

Кластерная самоорганизация интерметаллических систем: 108-атомный трехслойный икосаэдрический кластер 0@12(Ga12)@24(Na12Ga12)@72(Rb4Na8Ga60) и 44-атомный двухслойный икосаэдрический кластер 0@12(Ga12)@32(Na20Ga12) для самосборки кристаллической структуры Rb24Na200Ga696-oF920

В. Я. Шевченко 1*, В. А. Блатов 2, Г. Д. Илюшин 23

1 Институт химии силикатов им. И.В. Гребенщикова РАН
199034 Санкт-Петербург, наб. Макарова 2, Россия

2 Международный научно-исследовательский центр по теоретическому материаловедению, Самарский государственный технический университет
443100 Самара, ул. Молодогвардейская, 244, Россия

3 Федеральный научно-исследовательский центр “Кристаллография и фотоника”
119333 Москва, Ленинский пр. 59, Россия

* E-mail: shevchenko@isc.nw.ru

Поступила в редакцию 13.12.2018
После доработки 30.01.2019
Принята к публикации 05.02.2019

Полный текст (PDF)

Аннотация

С помощью компьютерных методов (пакет программ TOPOS) осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование самосборки кристаллической структуры Rb24Na200Ga696-oF920 (пр. гр. Fmmm, V = 17 837 Å3). Число вариантов кластерного представления 3D атомной сетки с числом структурных единиц от 4 до 12 составило 9565 варианта. Установлены два каркас-образующих икосаэдрических кластера ico-K108 и ico-K44. Трехслойный 108-атомный нанокластер ico-K108 имеет химический состав оболочек 0@12(Ga12)@24(Na12Ga12)@72(Rb4Na8Ga60), диаметр 17 Å и симметрию g = mmm. Двухслойный 44-атомный нанокластер ico-K44 имеет химический состав оболочек 0@12(Ga12)@32(Na20Ga12), диаметр 11 Å и симметрию g = 2/m. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры Rb24Na200Ga696–oF920 из нанокластеров-прекурсоров iсo-К108 и ico-K44 в виде: первичная цепь → микрослой → микрокаркас. В больших пустотах 3D каркаса расположены атомы-спейсеры Rb и связанные группы из атомов Ga в виде цепей.

Ключевые слова: самосборка кристаллических структур, структурный тип Rb24 Na200Ga696–oF920, икосаэдрический трехслойный кластер-прекурсор 0@12(Ga12)@24(Na12Ga12)@72(Rb4Na8Ga60), икосаэдрический двухслойный кластер-прекурсор 0@12(Ga12)@32(Na20Ga12)

ВВЕДЕНИЕ

В тройных системах M–Na–Ga [1, 2] где M – K, Rb, установлено образование тройных интерметаллических соединений K24Na78Ga286hR399 с пр. гр. R$\bar {3}$m и V = 8109 Å3 [3, 4], Rb24Na200Ga696–oF920 с пр. гр. Fmmm и V = 18 527 Å3 [5]. По кристаллохимической сложности строения эти соединения сравнимы с двойными интерметаллическими соединениями Na7Ga13hR360 с пр. гр. R$\bar {3}$m и V = 7550 Å3 [6], Na7Ga13-oP240, Pnma и V = 5074 Å3 [7], Na22Ga39–oP244, Pnma и V = 5052 Å3 [8]. Все перечисленные выше двойные и тройные интерметаллические соединения не имеют кристаллохимических аналогов [1, 2, 9, 10].

Для ромбического интерметаллида Rb24Na200Ga696–oF920 [5] предложены простые каркас-образующие структурные единицы: 12-атомные икосаэдрические кластеры ico-Ga12 и 21-атомные кластеры из двух икосаэдров, связанных по грани. Для тригонального интерметаллида Na26K8Ga99hR399 [3, 4] приняты каркас-образующие структурные единицы: икосаэдрические кластеры ico-Ga12 и 28-атомные кластеры из трех икосаэдров, связанных по граням. Пустоты в каркасах занимают атомы Na, K и Rb [35].

В настоящей работе с помощью пакета программ ToposPro [11] проведен геометрический и топологический анализ кристаллической структуры интерметаллида Rb24Na200-Ga696–oF920. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки кристаллической структуры интерметаллида из нанокластеров-прекурсоров iсo-К108 и ico-K44 в виде: первичная цепь → микрослой → микрокаркас.

Работа продолжает исследования [1219] в области моделирования процессов самоорганизации систем на супраполиэдрическом уровне и геометрического и топологического анализа кристаллических структур с применением современных компьютерных методов.

МЕТОДИКИ, ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ПРИ КОМПЬЮТЕРНОМ АНАЛИЗЕ

Геометрический и топологический анализ осуществляли с помощью комплекса программ ToposPro [11], позволяющего проводить многоцелевое исследование кристаллической структуры в автоматическом режиме, используя представление структур в виде “свернутых графов” (фактор-графов). Данные о функциональной роли атомов при образовании кристаллической структуры получены расчетом координационных последовательностей, т.е. наборов чисел {Nk}, где Nk – число атомов в k-ой координационной сфере данного атома.

Полученные значения координационных последовательностей атомов в 3D-сетках приведены в табл. 1, в которой жирным шрифтом выделено число соседних атомов в ближайшем окружении, т.е. в первой координационной сфере атома. Все атомы характеризуются различными наборами координационных последовательностей {Nk}, следовательно, все атомы топологически (и функционально) различны.

Таблица 1.  

Локальное окружение атомов Rb, Na, Ga и значения координационных последовательностей

Атом Локальное
окружение
Координационные последовательности
N1 N2 N3 N4 N5
Na1 5Na + 12Ga 17 55 123 221 352
Na2 2Na + 12Ga 14 42    97    201     329
Na3 3Na + 14Ga + 1Rb 18 53 116 228 357
Na4 4Na + 12Ga 16 52 116 225 355
Na5 4Na + 14Ga 18 54 118 223 362
Na6 4Na + 13Ga 17 51 114 230 366
Na7 3Na + 12Ga + 1Rb 16 48 101 205 351
Na8 3Na + 12Ga 15 44    98    222     350
Na9 4Na + 12Ga 16 48    97    226     370
Ga1 3Na + 6Ga + 2Rb 11 48 112 201 331
Ga2 3Na + 6Ga + 1Rb 10 44 110 201 319
Ga3 3Na + 6Ga + 1Rb 10 44 110 201 320
Ga4 5Na + 6Ga 11 43 112 208 339
Ga5 4Na + 6Ga 10 41 104 189 317
Ga6 4Na + 6Ga 10 45 112 206 316
Ga7 5Na + 6Ga 11 49 114 207 335
Ga8 5Na + 6Ga 11 45 114 213 341
Ga9 3Na + 6Ga + 2Rb 11 48 109 191 325
Ga10 4Na + 6Ga 10 43 104 190 316
Ga11 3Na + 7Ga + 1Rb 11 46 105 196 332
Ga12 6Na + 4Ga 10 53 122 207 344
Ga13 5Na + 5Ga + 1Rb 11 55 125 208 352
Ga14 2Na + 6Ga   8 33    88    182     305
Ga15 3Na + 6Ga   9 37    96    190     321
Ga16 3Na + 6Ga   9 41 119 211 318
Ga17 2Na + 6Ga   8 35    96    181     298
Ga18 2Na + 6Ga + 1Rb   9 46 110 209 328
Ga19 8Ga + 2Rb 10 42 107 190 321
Ga20 6Na + 4Ga 10 51 117 208 331
Ga21 3Na + 6Ga   9 34    92    190     312
Ga22 3Na + 6Ga   9 36 103 195 307
Ga23 6Ga + 3Rb   9 47 116 200 340
Ga24 4Na + 6Ga 10 36    96    183     310
Ga25 5Na + 6Ga 11 50 108 202 346
Ga26 5Na + 6Ga 11 47 111 206 338
Ga27 5Na + 6Ga 11 46 114 203 330
Ga28 4Na + 6Ga 10 40    96    187     306
Ga29 2Na + 7Ga + 2Rb 11 48 101 184 333
Ga30 6Na + 4Ga 10 52 117 210 321
Ga31 2Na + 8Ga 10 40 115 207 298
Rb1 2Na + 15Ga + 1Rb 18 56 118 233 380
Rb2 2Na + 16Ga + 3Rb 21 64 122 238 408

Примечание. Жирным шрифтом выделено КЧ атомов.

Алгоритм разложения в автоматическом режиме структуры любого интерметаллида, представленного в виде свернутого графа, на кластерные единицы основывается на следующих принципах. Структура образуется в результате самосборки из кластеров-прекурсоров. При этом кластеры-прекурсоры образуют каркас структуры, пустоты в котором заполняются кластерами-спейсерами (состоящими из небольшого числа атомов). Кластеры-прекурсоры занимают высокосимметричные позиции. Набор нанокластеров-прекурсоров и кластеров-спейсеров включает в себя все атомы структуры.

Алгоритм реализован в комплексе программ ToposPro [11].

Самосборка кристаллической структуры Rb24Na200Ga696. Использованный метод моделирования кристаллической структуры основан на определении иерархической последовательности ее самосборки в кристаллографическом пространстве [12]. На первом уровне самоорганизации системы определяется механизм формирования первичной цепи структуры из нанокластеров 0-уровня, сформированных на темплатной стадии химической эволюции системы, далее – механизм самосборки из цепи слоя (2рй уровень) и затем из слоя – трехмерного каркаса структуры (3-й уровень).

Кристаллографические данные. Параметры орторомбической ячейки: a = 25.086, b = = 46.036, c = 16.043 Å. V = 18 527 Å3. Последовательность Вайкоффа p17o10n4m7kh2g.

Пространственная группа Fmmm (no. 69) характеризуется элементами с точечной симметрией: g = mmm (4a, 4b), g = 2/m (8c, 8d, 8e), 222 (8f) и др.

В табл. 1 приведено локальное окружение атомов Rb, Na, Ga и значения их координационных последовательностей в 3D атомной сетке. Кристаллическая структура характеризуется большим набором из 42 кристаллографически независимых атомов, из них два атома Rb c КЧ = 18 и 21, девять атомов Na с КЧ = 14, 15, 16, 17, 18 и тридцать один атом Ga с КЧ = 8, 9, 10, 11.

Число вариантов кластерного представления 3D атомной сетки с числом структурных единиц от 4 до12 составило 9565 варианта.

Установлены три икосаэдрических кластера ico-Ga12 (0@12), их центры занимают высокосимметричные позиции 4b, 8c и 8e. Кластеры ico-Ga12 с центрами в позициях 4b и 8с (рис. 1) являются темплатами, на которых происходит образование трехслойных и двухслойных икосаэдрических кластеров ico-K108 и ico-K44 (рис. 2, 3). Кластеры ico-Ga12 с центрами в позициях 8e характеризуют механизм связывания кластеров ico-К108.

Рис. 1.

Кластерные структуры. Числа указывают длины связей атомов в Å.

Рис. 2.

Двухслойный кластер (а) и трехслойный кластер (б).

Рис. 3.

Двухслойный кластер.

Икосаэдрические кластеры ico-К108 (табл. 2) и ico-K44 (табл. 3) являются каркас-образующими кластерами. В больших пустотах каркаса расположены атомы-спейсеры Rb с КЧ = 21 и атомы Ga.

Таблица 2.  

Атомы, формирующие икосаэдрический кластер 0@12 и 24- и 72-атомные оболочки

Кластер 0@12(Ga12)@24(Na12Ga12)@72(Rb4Na8Ga60)
икосаэдрический кластер 0@12 24-атомная оболочка 72-атомная oболочка
4 Ga14 4 Ga17 8 Ga1
4 Ga21 4 Ga22 8 Ga2
4 Ga24 4 Ga28 4 Ga23
  8 Na2 8 Ga3
  4 Na7 8 Ga5
    4 Ga15
    8 Ga9
    8 Ga10
    4 Ga29
    8 Na3
    4 Rb2

Всего 108 атомов

Таблица 3.  

Атомы, формирующие икосаэдрический кластер 0@12 и 32 –атомную оболочку

Кластер 0@12(Ga12)@32(Na20Ga12)
икосаэдрический кластер 0@12 32-атомная оболочка
2 Ga25 4 Ga4
2 Ga26 4 Ga12
4 Ga7 2 Ga27
4 Ga8 2 Ga4
  4 Na1
  4 Na4
  4 Na5
  4 Na6
  2 Na8
  2 Na9

Всего 44 атома

Кластер ico-K08. Трехслойный 108-атомный нанокластер ico-K108 имеет химический состав 0@12(Ga12)@24(Na12Ga12)@72(Rb4Na8Ga60), диаметр 17 Å и симметрию g = mmm. Вторая 24-атомная оболочка имеет химический состав оболочки Na12Ga12, третья – из 72 атомов имеет химический состав оболочки Rb4Na8Ga60. В оболочке 60 атомов Ga расположены, как и атомы углерода C в фуллерене С60. Оболочки Ga60 спонтанно образуются из 12 пятиатомных кольцевых кластеров Ga5 (рис. 3). Позиции над шестиугольниками Ga6 занимают 8 атомов Na и 4 атома Rb, образующие по шесть связей с атомами Ga (рис. 3).

Кластер ico-K44. Двухслойный 44-атомный нанокластер ico-K44 имеет химический состав оболочек 0@12(Ga12)@32(Na20Ga12), диаметр 11 Å и симметрию g = 2/m.

Самосборка кристаллической структуры. Супраполиэдрический кластер. Образован из трех икосаэдрических кластеров iсo-К108 + 2 iсo-К44 (рис. 4).

Рис. 4.

Механизм комплементарного связывания кластеров iсo-K108 + 2 iсo-K44 (две проекции).

Первичная цепь. Самосборка первичных цепей из супракластеров происходит в направлении диагонали a + c (рис. 5).

Рис. 5.

Механизм связывания супракластеров из iсo-K108 + 2 iсo-K44 при образовании первичной цепи.

Слой. Образование слоя ${\text{S}}_{3}^{2}$ происходит при комплементарном связывании первичных цепей со сдвигом (рис. 6). В центре слоя происходит локализация атомов-спейсеров Rb с КЧ = 21 и атомов Ga. Расстояние между центрами супракластеров определяет значение векторов трансляций a = 25.086 и c = 16.043 Å.

Рис. 6.

Механизм связывания первичных цепей при образовании слоя (две проекции).

Самосборка каркаса. 3D каркасная структура ${\text{S}}_{3}^{3}$ формируется при связывании слоев в направлении оси Y (рис. 7). В больших пустотах 3D каркаса расположены атомы-спейсеры Rb и связанные группы из атомов Ga в виде цепей (рис. 1).

Рис. 7.

Механизм связывания слоев при образовании каркаса.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Методом разложения 3D атомной сетки на кластерные структуры установлены два каркас-образующих икосаэдрических кластера ico-К108 и ico-K44. Трехслойный 84-атомный нанокластер ico-К108 имеет химический состав оболочек 0@12(Ga12)@24 (Na12Ga12)@72(Rb12Ga60), диаметр 17 Å и симметрию g = mmm. Двухслойный 44-атомный нанокластер ico-K44 имеет химический состав оболочек 0@12(Ga12)@32(Rb20Ga12) и соответствует кластеру Бергмана с симметрией g = 2/m.

В больших пустотах 3D каркаса расположены атомы-спейсеры Rb и связанные группы из атомов Ga в виде цепей.

Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структур из нанокластеров-прекурсоров iсo-К108 в виде: первичная цепь → микрослой → микрокаркас.

Список литературы

  1. Villars P., Cenzual K. Pearson’s crystal data-crystal structure database for inorganic compounds (PCDIC) ASM international: Materials Park, OH.

  2. Inorganic crystal structure database (ICSD). Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ), Germany and US National Institute of Standard and Technology (NIST), USA. 2018/1.

  3. Belin C., Charbonnel M. A new intermetallic phase K4Na13Ga49.57: Synthesis and X-ray crystal structure // J. Solid State Chem. 1986. V. 64. P. 57–66. doi.org/https://doi.org/10.1016/0022-4596(86)90121-0

  4. Flot D., Vincent L., Tillard-Charbonnel M., Belin C. Na13 K4 Ga47.45: a new sodium potassium gallide phase containing trimeric icosahedral gallium clusters // Acta Crystallographica, Section C: Crystal Structure Communications. 1998. V. 54(2). P. 174–175. doi.org/https://doi.org/10.1107/S0108270197015977

  5. Charbonnel M., Belin C. Synthesis and X-ray crystal structure of the new nonstoichiometric phase Rb0.60Na6.25Ga20.02 // J. Solid State Chemistry. 1987. V. 67. P. 210–218. doi.org/https://doi.org/10.1016/0022-4596(87)90356-2

  6. Frank-Cordier U., Cordier G., Schaefer H. Die Struktur des Na7Ga13 – I und ein Konzept zur bindings – maessigen Deutung. Zeitschrift fuer Naturforschung, Teil B. Anorganische Chemie, Organische Chemie.1986. 1982. V. 37. P. 119–126.

  7. Frank-Cordier U., Cordier G., Schaefer H. Neue Ga-Cluster-Verbaende im Na7Ga13 – II. Zeitschrift fuer naturforschung, Teil B. Anorganische chemie, organische chemie. 1982. V. 37. P. 127–135.

  8. Ling R.G., Belin C. Structure of the intermetallic compound Na22Ga39 (ca. 36.07% Na) // Acta Crystallographica B. 1982. V. 38. P. 1101–1104. doi.org/https://doi.org/10.1107/S0567740882005068

  9. Blatov V.A., Ilyushin G.D., Proserpio D.M. New types of multishell nanoclusters with a frank-kasper polyhedral core in intermetallics // Inorg. Chem. 2011. V. 50. P. 5714–5724. dx.doi.org/https://doi.org/10.1021/ic2005024

  10. Pankova A.A., Akhmetshina T.G., Blatov V.A., Proserpio D.M. A collection of topological types of nanoclusters and its application to icosahedra-based intermetallics // Inorg. Chem. 2015. V. 54. № 13. P. 6616–6630. https://doi.org/10.1021/acs.inorgchem.5b00960

  11. Blatov V.A., Shevchenko A.P., Proserpio D.M. Applied topological analysis of crystal structures with the program package topospro // Cryst. Growth Des. 2014. V. 14. № 7. P. 3576–3585. http://topospro.com/https://doi.org/10.1021/cg500498k.

  12. Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. М.: Едиториал УРСС. 2003. 376 с.

  13. Ilyushin G.D. Modeling of the self-organization processes in crystal-forming systems. Tetrahedral metal clusters and the self-assembly of crystal structures of intermetallic compounds // Crystallography Reports. 2017. V. 62. 5. P. 670–683. https://doi.org/10.1134/S106377451705008X

  14. Ilyushin G.D. Symmetry and topology code of the cluster self-assembly of intermetallic compounds A[16]2B[12]4 of the friauf families Mg2Cu4 and Mg2Zn4 // Crystallogr. Rep. 2018. V. 63. 4. P. 543–552. https://doi.org/10.1134/S1063774518040089

  15. Ilyushin G.D. Modeling of self-organization processes in crystal-forming systems: Symmetry and topology code for the cluster self-assembly of crystal structures of intermetallic compounds // Russ. J. Inorg. Chem. 2017. V. 62. 13. P. 1730–1769. https://doi.org/10.1134/S0036023617130046

  16. Ilyushin G.D. Crystal chemistry of lithium intermetallic compounds: a survey // Russ. J. Inorg. Chem. 2018. V. 63. № 14. P. 1786–1799. https://doi.org/10.1134/S0036023618140024

  17. Blatov V.A., Ilyushin G.D., Proserpio D. M. Nanocluster model of intermetallic compounds with giant unit cells: β, β'-Mg2Al3 polymorphs // Inorg. Chem. 2010. V. 49. № 4. P. 1811–1818. doi https://doi.org/10.1021/ic9021933

  18. Shevchenko V.Ya., Blatov V.A., Ilyushin G.D. Intermetallic compounds of the NaCd2 family perceived as assemblies of nanoclusters // Struct. Chem. 2009. V. 20. № 6. P. 975–982. doi https://doi.org/10.1007/s11224-009-9500-6

  19. Blatov V.A., Ilyushin G.D. New method for computer analysis of complex intermetallic compounds and nanocluster model of the samson phase Cd3Cu4 // Crystallogr. Rep. 2010. V. 55. № 7. P. 1100–1105. https://doi.org/10.1134/S1063774510070023

Дополнительные материалы отсутствуют.