Физика и химия стекла, 2020, T. 46, № 6, стр. 527-535
Кластеры-прекурсоры и самосборка кристаллических структур Li36Ca4Sn24-oS64 и LiMgEu2Sn3-oS28
В. Я. Шевченко 1, *, В. А. Блатов 2, Г. Д. Илюшин 2, 3
1 Институт химии силикатов им. И.В. Гребенщикова РАН
199034 Санкт-Петербург, наб. Макарова, 2, Россия
2 Международный научно-исследовательский центр по теоретическому материаловедению,
Самарский государственный технический университет
443100 Самара, ул. Молодогвардейская, 244, Россия
3 Федеральный научно-исследовательский центр “Кристаллография и фотоника”
119333 Москва, Ленинский пр., 59, Россия
* E-mail: shevchenko@isc.nw.ru
Поступила в редакцию 18.05.2020
После доработки 23.07.2020
Принята к публикации 06.08.2020
Аннотация
С помощью компьютерных методов (пакет программ ToposPro) осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование самосборки кристаллической структуры Li36Ca4Sn24-oS64 (пр. гр. Cmcm, a = 4.640, b = 27.112, c = 11.491 Å, V = = 1445.5 Å3) и LiMgEu2Sn3-oS28 (пр. гр. Cmcm, a = 4.782, b = 20.717, c = 7.743 Å, V = = 767.1 Å3). Для интерметаллида Li36Ca4Sn24 установлен новый тип 11-атомного кластера K11, образованного из сдвоенных пентагональных колец: K11 = = 0@11(Li5)Ca(Sn5). Максимальная симметрия кластера K11 и первичной цепи из трансляционно-связанных кластеров K11 соответствует некристаллографической симметрии 5m. Первичные цепи из связанных кластеров K11, сохраняющие только симметрию m, расположены в направлении [100] и расстояние между центрами кластеров определяет длину вектора a = 4.640 Å. Образование слоя происходит при связывании расположенных антипараллельно первичных цепей. Между первичными цепями располагаются тетраэдрические кластеры K4 = 0@4(Li3Sn), образующие цепи в направлении [100]. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры интерметаллида LiMgEu2Sn3-oS28 из кластеров K4 = 0@4(LiMgEuSn) и K3 = 0@3(Sn2Eu). Образование слоя происходит при связывании расположенных параллельно цепей из K4 + K3.
ВВЕДЕНИЕ
В тройных системах AnBmCk с участием атомов щелочных металлов A число кристаллохимически различных интерметалидов в ряду Li → Na → K, Rb → Cs → последовательно уменьшается: 511 → 176 →135 → 66 → 53 [1, 2]. Если в образовании двойных Li-интерметаллидов принимают участие только 22 химических элемента, то в образовании тройных Li-интерметаллидов принимают участие уже 51 химический элемент. Многочисленные интерметаллиды Li образуются с участием атомов Ge, Sn, Al, Ga, In, Ca, Mg, Zn. Наибольшее число кристаллических структур Li-интерметаллидов характеризуются пр. группами Fm-3m (108 соединений), F‑43m (65), Cmcm (31), Pnma (31) и Fd-3m (27).
В системах Li–Ca–M и Li–Eu–M установлено образование 25 и 11 кристаллохимически различных интерметалидов [1, 2]. Из них только интерметаллиды Li9EuSn6-oS68 [3] и Li9CaSn6-oS68 [3] с пр. группой Cmcm и LiEu2Ge3-oP24 [4] и LiCa2Ge3-oP24 [5] с пр. группой Pnnm являются кристаллохимическими аналогами (табл. 1).
Таблица 1.
Интерметаллид | Группа симметрии |
Параметры ячейки, Å | V, Å3 | Индекс Пирсона |
---|---|---|---|---|
Li2Sm2Ge3 | Cmcm | 4.372, 18.494, 6.840 | 553.1 | oS28 |
Li2Nd2Ge3 | Cmcm | 4.422, 18.658, 6.891 | 568.5 | oS28 |
Li2Pr2Ge3 | Cmcm | 4.443, 18.723, 6.911 | 575.0 | oS28 |
Li2Ce2Ge3 | Cmcm | 4.472, 18.825, 6.942 | 584.5 | oS28 |
Li2La2Ge3 | Cmcm | 4.531, 19.001, 7.008 | 603.4 | oS28 |
LiMgSr2Ge3 | Cmcm | 4.636, 19.703, 7.324 | 669.0 | oS28 |
LiMgEu2Sn3 | Cmcm | 4.782, 20.717, 7.743 | 767.1 | oS28 |
LiMgSr2Sn3 | Cmcm | 4.843, 20.923, 7.805 | 790.9 | oS28 |
Li9CaSn6 | Cmcm | 4.640, 27.112, 11.491 | 1445.5 | oS68 |
Li9EuSn6 | Cmcm | 4.723, 27.125, 11.436 | 1465.1 | oS68 |
LiCa2Ge3 | Pnnm | 11.380, 10.730, 4.430 | 540.9 | oP24 |
LiEu2Ge3 | Pnnm | 10.968, 11.687, 4.548 | 583.0 | oP24 |
Тройные интерметаллиды семейства Li2Ln2Ge3-oS28 (с пр. группой Cmcm и Ln = = La, Ce, Pr, Nd, Sm [6]) имеют кристаллохимические аналоги среди четверных интерметаллидов LiMgSr2Ge3-oS28 [7], LiMgEu2Sn3-oS28 [3], LiMgSr2Sn3-oS28 [3] (табл. 1).
В настоящей работе с помощью пакета программ ToposPro [8] проведен геометрический и топологический анализ кристаллических структур интерметаллидов Li36Ca4Sn24-oS64 и LiMgEu2Sn3-oS28. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры Li36Ca4Sn24-oS64 из кластеров-прекурсоров K4 = 0@Li3Sn и K11 = 0@11(Li5)Ca(Sn5) и LiMgEu2Sn3-oS28 из кластеров K4 = = 0@4(LiMgEuSn) и K3 = 0@3(Sn2Eu) в виде: первичная цепь → слой → каркас. Работа продолжает исследования [9–17] в области моделирования процессов самоорганизации систем на супраполиэдрическом уровне и геометрического и топологического анализа кристаллических структур с применением современных компьютерных методов.
МЕТОДИКИ, ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ПРИ КОМПЬЮТЕРНОМ АНАЛИЗЕ
Геометрический и топологический анализ осуществляли с помощью комплекса программ ToposPro [8], позволяющего проводить многоцелевое исследование кристаллической структуры в автоматическом режиме, используя представление структур в виде “свернутых графов” (фактор-графов). Данные о функциональной роли атомов при образовании кристаллической структуры получены расчетом координационных последовательностей, т.е. наборов чисел {Nk}, где Nk – число атомов в k-ой координационной сфере данного атома.
Полученные значения координационных последовательностей атомов в 3D-сетках, приведены в табл. 2 и 3, в которых жирным шрифтом выделено число соседних атомов в ближайшем окружении, т.е. в первой координационной сфере атома. Все атомы характеризуются различными наборами координационных последовательностей {Nk}, следовательно, все атомы топологически (и функционально) различны.
Таблица 2.
Атом | Локальное окружение | Координационные последовательности | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
N1 | N2 | N3 | N4 | N5 | ||
Li1 | 8Li + 6Sn | 14 | 47 | 105 | 190 | 290 |
Li2 | 8Li + 4Sn | 12 | 41 | 96 | 176 | 294 |
Li3 | 5Li + 1Ca + 6Sn | 12 | 47 | 106 | 187 | 299 |
Li4 | 6Li + 1Ca + 5Sn | 12 | 42 | 94 | 186 | 302 |
Li5 | 8Li + 4 Sn4 | 12 | 42 | 98 | 174 | 306 |
Li6 | 6Li + 1Ca +5Sn | 12 | 45 | 100 | 186 | 295 |
Ca1 | 5Li +10Sn | 15 | 44 | 108 | 183 | 304 |
Sn1 | 8Li + 2Ca + 2Sn | 12 | 49 | 111 | 192 | 300 |
Sn2 | 6Li + 2Ca + 2Sn | 10 | 44 | 101 | 183 | 283 |
Sn3 | 8Li + 2Ca + 2Sn | 12 | 45 | 96 | 191 | 301 |
Sn4 | 9Li9 | 9 | 38 | 92 | 169 | 284 |
Таблица 3.
Атом | Локальное окружение |
Координационные последовательности | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
N1 | N2 | N3 | N4 | N5 | ||
Mg1 | 3Mg + 4Sn + 5Eu | 12 | 44 | 98 | 178 | 262 |
Sn1 | Mg + 2Sn + 6Eu | 9 | 45 | 90 | 168 | 281 |
Sn2 | 6Mg +3 Eu3 | 9 | 41 | 96 | 165 | 269 |
Eu1 | 4Mg + 9Sn +1Eu | 14 | 42 | 98 | 184 | 270 |
Eu2 | 6Mg + 6Sn + 1Eu | 13 | 41 | 102 | 161 | 287 |
Алгоритм разложения в автоматическом режиме структуры любого интерметаллида, представленного в виде свернутого графа, на кластерные единицы реализован в комплексе программ ToposPro [8].
САМОСБОРКА КРИСТАЛЛИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ Li36Ca4Sn24-oS64 И LiMgEu2Sn3-oS28
Использованный нами метод моделирования кристаллической структуры основан на определении иерархической последовательности ее самосборки в кристаллографическом пространстве [9–11]. На первом уровне самоорганизации системы определяется механизм формирования первичной цепи структуры из нанокластеров 0-уровня, сформированных на темплатной стадии химической эволюции системы, далее – механизм самосборки из цепи слоя (2-ой уровень) и затем из слоя – трехмерного каркаса (3-й уровень).
Кристаллографические данные Li36Ca4Sn24-oS64
В элементарной ячейке все атомы находятся в частных позициях пространственной группы Cmcm (no. 63) в двух плоскостях (100) на высоте 0 и 0.5. Из них в позиции 4b (2/m) – атом Li1, в позиции 4с (m2m) – Li1, Li4, Ca1, Sn1, Sn4, в позиции 8f (m) – Li2, Li3, Li6, Sn2, Sn3.
В табл. 1 приведено локальное окружение атомов Ca, Li, Sn и значения их координационных последовательностей в 3D атомной сетке. Атомы Ca характеризуются КЧ = 15, атомы Li – 12 (пять атомов) и 14, атомы Sn – 9, 10 и 12 (два атома).
Супраполиэдрический кластер-прекурсор K11. Полиэдрический кластер-прекурсор K11 = 0@11(Li5CaSn5) с симметрией m и центром в позиции 8g (1/4, 0.86, 1/4) представляет собой пентагональную пирамиду CaSn5, на каждой грани которой расположены атомы Li, связанные в 5-ные кольца, лежащие в одной плоскости с атомами Ca (рис. 1а). Максимальная симметрия кластера K11 соответствует некристаллографической симметрии 5m.
Полиэдриический кластер-прекусор K4. Кластер K4 = 0@4(Li3Sn) с симметрией m представляет собой тетраэдр (рис. 1). Центр кластера K4 находится в позиции 8g (3/8, 0.58, 1/4).
Самосборка кристаллической структуры Li36Ca4Sn24-oS64. Самосборка первичных цепей ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{1}}}$ из кластеров K11 происходит в направлении [100] (рис. 2). Расстояние между центрами кластеров K11 определяет длину наименьшей трансляции a = 4.640 Å.
Образование слоя ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{2}}}$ происходит при связывании расположенных антипараллельно первичных цепей ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{1}}}$ + ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{1}}}$ (g = –1, позиция 8d (1/4, 3/4, 1/2) (рис. 2). Между первичными цепями располагаются тетраэдрические кластеры Li3Sn, образующие цепи в направлении [100]. Каркасная структура ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{3}}}$ формируется при связывании слоев в направлении [001] (рис. 3). Расстояние между эквивалентными 2D слоями определяет длину вектора c = 11.490 Å.
Кристаллографические данные LiMgEu2Sn3-oS28
В элементарной ячейке атомы находятся в частных позициях пространственной группы Cmcm в двух плоскостях (100) на высоте 0 и 0.5. Из них в позиции 4с – Eu1, Eu2, Sn2; в позиции 8f – (Li + Mg), Sn1. В табл. 3 приведено локальное окружение атомов Mg, Eu, Sn и значения их координационных последовательностей в 3D атомной сетке. Атомы Eu характеризуются КЧ = 13 и 14, атом Mg (Li) – КЧ = 12, атомы Sn – КЧ = 9.
Кластеры-прекурсоры K4 и К3. Полиэдрический кластер-прекусор K4 = = 0@4(LiMgEuSn) с симметрией m представляет тетраэдр (рис. 4). Центр кластера K4 находится в позиции 8g (3/8, 0.76, 1/4). Кластер-прекурсор K3 = 0@3(Sn2Eu) имеет форму треугольника и также занимает позиции 8g (3/8, 0.76, 1/4) и (1/6, 0.52, 1/4).
Самосборка кристаллической структуры LiMgEu2Sn3-oS28. Самосборка первичной цепи ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{1}}}$-A из кластеров K4 + K4 co связанностью Рс = 7 происходит в направлении [001] (рис. 5). Вторичная цепь ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{1}}}$-B из кластеров K3 + K3 формируется при их связывании с тетраэдрами первичной цепи (с Рс = 8) (рис. 5).
Образование каркаса ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{3}}}$ происходит при связывании слоев ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{2}}}$ в направлении [100] (рис. 5) и затем в направлении [010] (рис. 6).
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование кластерной самосборки кристаллической структуры Li36Ca4Sn24-oS64 из полиэдрических кластеров-прекурсоров K11 = 0@11(CaSn5Li5) с симметрией m, образованного из сдвоенных пентагональных колец. Максимальная симметрия кластера K11 и первичной цепи из трансляционно связанных кластеров K11 соответствует некристаллографической симметрии 5m. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры из кластеров-прекурсоров K11 и K4 в виде: первичная цепь ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{1}}}$ → → микрослой ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{2}}}$ → микрокаркас ${\text{S}}_{{\text{3}}}^{{\text{3}}}.$ Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры интерметаллида LiMgEu2Sn3-oS28 из кластеров K4 = 0@4(LiMgEuSn) и K3 = 0@3(Sn2Eu). Образование слоя происходит при связывании расположенных параллельно цепей из K4 + K3.
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ № 19-02-00636) и Министерства науки и высшего образования в рамках выполнения работ по Государственному заданию ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН.
Список литературы
Inorganic crystal structure database (ICSD). Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ), Germany and US National Institute of Standard and Technology (NIST), USA.
Villars P., Cenzual K. Pearson’s Crystal Data–Crystal Structure Database for Inorganic Compounds (PCDIC) ASM International: Materials Park, OH.
Todorov I., Sevov S.C. Heavy–metal aromatic and conjugated species: rings, oligomers, andchains of tin in Li(9 –x)EuSn(6 +x), Li(9 –x)CaSn(6 +x), Li5Ca7Sn11, Li6Eu5Sn9, LiMgEu2Sn3, and LiMgSr2Sn3 // Inorg. Chem. 2005 V. 44. P. 5361–5369.
Xie Q.-X., Nesper R. Crystal structure of dieuropium monolithium trigermanide, Eu2LiGe3 // Z. Kristallogr. – New Cryst. Struct. 2004 V. 219. P. 79–80.
Mueller W., Schaefer H., Weiss A. Die Struktur der Phasen Ca2LiSi3 und Ca2LiGe3 // Zeitschrift fuer Naturforschung, Teil B. Anorganische Chemie, Organische Chemie. 1971. V. 26. P. 5–7.
Guo Shengping, You Taesoo, Bobev S. Closely related rare–earth metal germanides RE2 Li2 Ge3 and RE3Li4Ge4 (RE = La – Nd, Sm): synthesis, crystal chemistry, and magnetic properties // Inorganic Chemistry. 2012. V. 51. P. 3119–3129.
Xie Q.-X., Nesper R. Crystal structure of dieuropium and distrontium di(lithium, magnesium) trigermanide, M2 Li(x) Mg(2 – x) Ge3 (M = Eu, x = 1.16; M = Sr, x = 0.94) // Z. Kristallogr. New Cryst. Struct. 2004. V. 219. P. 83–84.
Blatov V.A., Shevchenko A.P., Proserpio D.M. Applied Topological Analysis of Crystal Structures with the Program Package ToposPro // Cryst. Growth Des. 2014. V. 14. № 7. P. 3576–3585.
Shevchenko V.Ya., Blatov V.A., Ilyushin G.D. Cluster Self–Organization of Intermetallic Systems: New Two–Layer Cluster–Precursor K46 = 0 @8(Ca2Hg6)@38(Hg6 + CaHg6)2(Ca6Hg6) for Self–Assembly of the Crystal Structure of Ca11Hg54–hP65 // Glass Physics and Chemistry. 2020. V. 46. P. 1–5.
Shevchenko V.Ya., Blatov V.A., Ilyushin G.D. Cluster Self–Organization of Intermetallic Systems: New Precursor Cluster 0@8(Sr2Au6) for Self–Assembly of the Crystal Structure of (Sr2Au6)(Ga3)–hR66 // Glass Physics and Chemistry. 2020. V. 46. P. 6–12.
Илюшин Г.Д. Интерметаллиды LikMn (М – Ag, Au, Pt, Pd, Ir, Rh): геометрический и топологический анализ, тетраэдрические кластерные прекурсоры и самосборка кристаллических структур // Кристаллография. 2020. Т. 65. Вып. 2. С. 202–210.
Илюшин Г.Д. Интерметаллиды NakMn (М = K, Cs, Ba, Ag, Pt, Au, Zn, Bi, Sb)): геометрический и топологический анализ, тетраэдрические кластерные прекурсоры и самосборка кристаллических структур // Кристаллография. 2020. Т. 65. С. 428–434.
Ковальчук М.В., Алексеева О.А., Благов А.Е., Илюшин Г.Д. Исследование структуры кристаллообразующих растворов дигидрофосфата калия K(H2PO4) (тип KDP) на основе моделирования кластеров прекурсоров и по данным малоуглового рассеяния // Кристаллография. 2019. Т. 64. Вып. 1. С. 10–14.
Shevchenko V.Ya., Blatov V.A., Ilyushin G.D. Symmetrical and Topological Self–Assembly Code of the Crystalline Structure of a New Aluminosilicate Zeolite ISC–1 from Templated t–plg Suprapolyhedral Precursors // Glass Physics and Chemistry. 2019. V. 45. № 2. P. 85–90.
Ilyushin G.D. Crystal Chemistry of Lithium Intermetallic Compounds: A Survey. Russian // J. Inorganic Chemistry. 2018. V. 63. Iss. 14. P. 1786–1799.
Ilyushin G.D. Modeling of the Self–Organization ProSesses in Crystal–Forming Systems. Tetrahedral Metal Clusters and the Self–Assembly of Crystal Structures of Intermetallic Compounds // Crystallography Reports. 2017. V. 62. 5. P. 670–683.
Илюшин Г.Д. Кластерная самоорганизация интерметаллических систем:124 атомный кластер 0@ Ga12@ (Li20Ga12)@(Li4Na16 Ga60) и 44-атомный кластер 0@Ga12@ (Li2Na18Ga12) для самосборки кристаллической структуры Li48Na80 Ga332 – oF920 // Кристаллография. 2019. Т. 64. № 6. С. 857–861.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Физика и химия стекла