Вопросы ихтиологии, 2022, T. 62, № 2, стр. 210-210

Амплификация и секвенирование полной митохондриальной ДНК горчака Acheilognathus longipinnis (Cyprinidae), находящегося под угрозой исчезновения, с использованием экологической ДНК, выделенной из аквариумной воды

Р. Какехаши 1, С. Ито 1, К. Ясуи 1, Ч. Камбаяши 1, Ш. Канао 2, А. Курабаяши 13*

1 Институт биологических наук и технологий Нагахамы
Нагахама, Япония

2 Музей озера Бива
Кусацу, Япония

3 Северо-Западный университет
Потчефструм, Южная Африка

* E-mail: kuraba@nagahama-i-bio.ac.jp

Поступила в редакцию 24.06.2021
После доработки 01.10.2021
Принята к публикации 04.10.2021

Аннотация

Горчак Acheilognathus longipinnis Regan, 1905 из семейства карповых является исчезающим пресноводным видом рыб, эндемичным для Японии. В связи с его признанием японским памятником природы исследования образцов A. longipinnis строго ограничены законом. В этом исследовании мы дополняем существующую генетическую информацию и предоставляем ресурсы для будущих исследований с ограниченным доступом к биоматериалам этого охраняемого вида. Используя экологическую ДНК, выделенную из аквариумной воды, мы амплифицировали перекрывающиеся фрагменты митохондриальной ДНК длиной от 4.9 до > 8.0 т. п. н., чтобы получить полный митохондриальный геном A. longipinnis. Кольцевой геном 16 772 п. н. содержит 37 генов и две некодирующие области, обычно встречающиеся в митохондриальной ДНК позвоночных. Полученная митохондриальная ДНК обладает высоким нуклеотидным сходством с таковой родственных видов. Более того, последовательности генов 12S рРНК и nd2 митохондриальной ДНК были идентичны тем, о которых сообщалось ранее для A. longipinnis, и указывают на то, что митохондриальная ДНК, амплифицированная из экологической ДНК, соответствует митохондриальной ДНК A. longipinnis. Это исследование представляет собой новое использование музейных и аквариумных ресурсов для получения данных о митохондриальной ДНК охраняемого вида. Процедуры, примененные нами в экспериментах, могут расширить потенциальные возможности для получения длинных генетических последовательностей от очень редких и/или охраняемых организмов, для которых желательно разработать неинвазивную методику исследования с использованием экологической ДНК.

Ключевые слова: Acheilognathus longipinnis, вымирающий вид, экологическая ДНК, митохондриальная ДНК, полимеразная цепная реакция длинных фрагментов.

Дополнительные материалы отсутствуют.