Биология моря, 2019, T. 45, № 2, стр. 86-96

Грибы в донных грунтах Чукотского моря

Е. Н. Бубнова 1*, О. П. Коновалова 1

1 Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
119234 Москва, Россия

* E-mail: katya.bubnova@wsbs-msu.ru

Поступила в редакцию 24.02.2018
После доработки 21.06.2018
Принята к публикации 18.10.2018

Полный текст (PDF)

Аннотация

Впервые определена численность и изучено таксономическое разнообразие микобиоты в донных грунтах Чукотского моря. В ходе работ по программе “RUSALCA-2012” в конце августа–начале сентября 2012 г. с глубины 44–110 м были отобраны 22 образца грунта. Грибы из образцов выделяли в чистую культуру на агаризованные питательные среды (соленость – 35‰, температура – 6°С). Виды идентифицировали с помощью морфолого-культуральных и молекулярно-генетических методов на основе нуклеотидных последовательностей ITS1-ITS2 рДНК. Всего выделено 128 колоний мицелиальных грибов; из каждого образца объемом 1 см3 получено от 0 до 22 колоний. Общее морфологическое разнообразие составило 48 морфотипов, относящихся к 32 родам из 15 порядков аскомицетов и базидиомицетов. Аскомицеты преобладали как по численности, так и по разнообразию. Многие выделенные виды обнаружены в морских экосистемах впервые. Применение молекулярных методов позволило установить таксономическое положение стерильных изолятов, доля которых составила 13%. Среди них высоким разнообразием отличались порядки Pleosporales и Helotiales из аскомицетов.

Ключевые слова: морские грибы, аскомицеты, базидиомицеты, разнообразие, молекулярные методы, ITS, арктические моря, Чукотское море, донные грунты

В последнее время морская микология довольно активно и быстро развивается, но грибам арктических морей до сих пор уделяется мало внимания. С середины 19 века опубликовано немногим более 30 работ, в которых приведены результаты изучения грибов в морях Северного Ледовитого океана (Rämä et al., 2017). Исследования проводились в основном в европейском секторе Арктики. Для прибрежных морей Сибири известны лишь три работы: в одной опубликованы сведения о грибах в воде арктических морей, в том числе Карского и Лаптевых (Кирцидели и др., 2012), а в двух других – в донных грунтах отдельных районов Баренцева и Карского морей (Bubnova, 2010; Бубнова, Никитин, 2017). Культивируемая микобиота грунтов арктических морей обладает рядом характерных черт: низкой численностью грибных пропагул, большой долей неспороносящих культур, а также видов из родов Tolypocladium, Penicillium и Cladosporium (Bubnova, 2010; Бубнова, Никитин, 2017; Rämä et al., 2017). Доля стерильных изолятов таксономическое положение которых нельзя установить обычными морфолого-культуральными методами, может достигать 30–40%. Для их идентификации необходим молекулярно-генетический анализ, который в работах по исследованию разнообразия микобиоты в донных грунтах арктических морей не использовался.

Цель настоящей работы – изучение разнообразия микобиоты в донных грунтах не исследованного ранее Чукотского моря с применением морфолого-культурального и молекулярно-генетического методов идентификации.

МАТЕРИАЛ И МЕТОДИКА

Материалом для исследования послужили 22 образца донных грунтов, отобранных с 30 августа по 13 сентября 2012 г. в Чукотском море в ходе рейса судна “Профессор Хромов” по программе “RUSALCA-2012” (рис. 1). Образцы отбирали на глубине от 44 до 110 м в двух районах: к северо-востоку от островов Врангеля и Геральд, а также в южной части моря ближе к Берингову проливу. Изученные грунты были представлены илами. Чукотское море характеризуется суровостью условий, относительно небольшим пресным стоком и заметным влиянием двух океанов – Северного Ледовитого и Тихого (Зенкевич, 1963; Marchenko, 2012).

Рис. 1.

Расположение точек отбора образцов.

Образцы для исследования отбирали из верхнего односантиметрового слоя донного грунта. Стерильным шприцем 3 раза брали по 1 см3 грунта, который помещали в стерильный бумажный пакет; пакеты с образцами подсушивали при комнатной температуре. Посев проводили через 60 сут после заключительного отбора. Для выделения грибов весь грунт в образце перемешивали, затем высевали по 1 см3 грунта от каждого образца. Посевы проводили по методу Варкупа (Carlile et al., 2001) на среду сусло–агар (общее содержание сахаров – 0.2%, соленость – 35‰, ампициллин – 1 г/л). Образцы 2 мес. инкубировали при температуре 6°С, после этого выделяли чистые культуры.

Первоначальную идентификацию проводили по морфолого-культуральным признакам в чистой культуре (Carlile et al., 2001). Кроме идентифицированных таким образом культур в исследованных образцах довольно многочисленными были стерильные и не подходящие под описания известных видов морфотипы.

Для молекулярно-генетического анализа использованы представители всех неидентифицированных по морфолого-культуральным признакам морфотипов. Образцы ДНК выделяли из 40 чистых культур с помощью набора Diatom Pro (Isogen, Moscow). Полимеразную цепную реакцию области ITS1-5.8S-ITS2 проводили с использованием набора ScreenMix (Evrogen, Москва), а также праймеров ITS1-F и ITS4 (http://lutzonilab.org/nuclear-ribosomal-dna/) на термоцикле Verity thermocycler (Applied Biosystems, США). Продукты амплификации секвенировали в двух направлениях по протоколу BigDye с использованием секвенатора ABI Prism 3500 (Applied Biosystems, США). Для обработки результатов секвенирования, выравнивания и построения филогенетических деревьев использовали пакет программ CodonCodAligner (www.codoncod.org). Принадлежность полученных последовательностей определяли с помощью программы BLAST (blast.ncbi.nih.gov). В GenBank депонировано 12 последовательностей ITS1-5.8S-ITS2 изолятов, идентифицированных до уровня вида; им присвоены номера с KP739870 по KP739881. Принадлежность остальных последовательностей определяли с помощью построения филогенетических деревьев: два варианта для области ITS1-ITS2, соответственно для Ascomycota и Basidiomycota, были построены с помощью MUSCLE (Edgar, 2004) со статистической поддержкой методом Neighbor-Joining (Felsenstein, 1985) в программе MEGA 6.0 (Tamura et al., 2004, 2013).

РЕЗУЛЬТАТЫ

Численность выделенных грибов

Всего было выделено 128 колоний мицелиальных грибов (табл. 1). Из одного образца получено от 0 до 22 колоний, из большинства образцов – не более 10 колоний, а из нескольких образцов – по одной колонии.

Таблица 1.  

Таксономический состав выделенных грибов

Морфологическая идентификация Генетическая идентификация BLAST Количество
колоний образцов
ASCOMYCOTA
PEZIZOMYCOTINA
Incertae sedis
Mycelia sterilia 14 Slimacomyces isiolus (R.T. Moore) G.Z. Zhao 99 1 1
DOTHIDEOMYCETES
Botryosphaeriales
Botryosphaeriaceae
Ascomycete gen. sp. 3 Lasiodiplodia pseudotheobromae A.J.L. Phillips   1 1
Capnodiales
Cladosporiaceae
Cladosporium cladosporioides (Fresen.) G.A. de Vries     6 4
C. macrocarpum Preuss     6 3
Pleosporales
Mycelia sterilia 5 Fungal sp. MG20Sn7L3x 89 1 1
Phoma cf. eupyrena Uncultured fungus clone CMH252 100 1 1
Mycelia sterilia 10 Uncultured fungus clone S238 99 1 1
Mycelia sterilia 11 Uncultured fungus clone S352 100 1 1
Mycelia sterilia 12 Uncultured soil fungus clone RS5M5c23P 94 1 1
Didymellaceae
Phoma sp. Phoma herbarum Westend. 100 1 1
Lophiostomataceae
Mycelia sterilia 9 Lophiostoma cynaroidis Marincowitz, M.J. Wingf. & Crous 99 1 1
Pleosporaceae
Alternaria cf. alternata Alternaria alternata (Fr.) Keissl. 99, 100 2 2
Dothideomycetes Incertae sedis
Pseudoperisporiaceae
Mycelia sterilia 3 Nematostoma parasiticum (R. Hartig) M.E. Barr 96 2 1
EUROTIOMYCETES
Eurotiales
Trichocomaceae
Aspergillus flavus Link     8 3
Penicillium atramentosum Thom     1 1
P. aurantiogriseum Dierckx     13 9
P. chermesinum Biourge     1 1
P. dierckxii Biourge     1 1
P. glabrum (Wehmer) Westling     21 10
P. nalgiovense Laxa     6 4
P. thomii Maire     1 1
LEOTIOMYCETES
Thelebolales
Thelebolaceae
Ascomycete gen. sp. 1 Thelebolus microsporus (Berk. & Broome) Kimbr.   1 1
Ascomycete gen. sp. 2 Thelebolusstercoreus Tode 98 1 1
Helotiales
Mycelia sterilia 2 Cadophora sp. 92 1 1
Mycelia sterilia 8 Cyathicula sp. 94 2 1
Mycelia sterilia 16 Hymenoscyphus sp. FC-2727 99 1 1
Mycelia sterilia 13 Helotiales sp. WMM-2012c isolate 24m 96 1 1
Mycelia sterilia 15 Lachnum sp. FR-F3 95, 96 5 2
Mycelia sterilia 7 Uncultured Lachnum clone R2_17 96 1 1
Mycelia sterilia 4 Helotiales sp. MU-2009-3 94, 97 1 1
Leotiomycetes Incertae sedis
Myxotrichaceae
Pseudogymnoascus pannorum (Link) Minnis & D.L. Linder     1 1
Pseudeurotiaceae
Pseudeurotium hygrophilum (Sogonov, W. Gams, Summerb. Schroers) Minnis D.L. Linder     1 1
SORDARIOMYCETES
Coniochaetales
Coniochaetaceae
Anamorphic gen. sp. 2 Coniochaetaligniaria (Grev.) Massee   1 1
Hypocreales
Cordycipitaceae
Lecanicillium lecanii (Zimm.) Zare & W. Gams     1 1
Hypocreaceae
Trichodermaviride Pers.     1 1
Nectriaceae
Fusicollaaquaeductuum (Radlk. & Rabenh.) Gräfenhan, Seifert & Schroers     1 1
Ophiocordicipitaceae
Tolypocladiumcylindrosporum W. Gams     2 2
T. inflatum W. Gams     1 1
Microascales
Microascaceae
Wardomyces sp. 1 Pseudoscopulariopsishibernica (A. Mangan) Sandoval-Denis, Gené & Cano 97, 98 7 3
Hypocreales Incertae sedis
Acremonium-like anam. sp. 2 Acremoniumcharticola (Lindau) W. Gams 90 1 1
Sordariales
Chaetomiaceae
Chaetomium sp. Chaetomiumglobosum Kunze ex Fr. 91, 95, 98 3 3
Ascomycete gen. sp. 4 Chaetomium sp. E02 87, 91, 94 3 3
Ascomycete gen. sp. 5 Chaetomium sp. 6/97–55 94 1 1
Xylariales
Acremonim-like anam. sp. 1 Xylariales sp. 1 91 3 2
BASIDIOMYCOTA
AGARICOMYCETES
Agaricales
Mycelia sterilia 6 Psilocybe sp. KR22 95 1 1
Cantharellales
Beauveria-like anam. sp. 1 Sistotremaraduloides (P. Karst.) Donk 99 1 1
Polyporales
Mycelia sterilia 1 Bjerkanderaadusta (Willd.) P. Karst. 99 5 3
Anamorphic gen. sp. 1 Trametesversicolor (L.) Lloyd 99 1 1

Примечание. BLAST – % сходства полученных последовательностей с наиболее близкими последовательностями из базы GenBank (sequence similarity).

Морфологическое разнообразие

По морфологическим критериям выделено 48 морфотипов (табл. 1). Из них идентифицированы 17: большинство было представлено анаморфными спороношениями аскомицетов из родов Penicillium, Cladosporium, Tolypocladium, Aspergillus, Fusicolla, Pseudogymnoascus, Lecanicillium и Trichoderma; только вид Pseudeurotium hygrophilum образовывал телеоморфное спороношение. К идентифицированным этим методом морфотипам относились 72 выделенных изолята. Самым частым и обильным был род Penicillium – 44 колонии в 19 образцах. Чаще других встречались P. glabrum (21 колония в 10 образцах), P. aurantiogriseum (13 колоний в девяти образцах) и P. nalgiovense (6 колоний в четырех образцах). Видов рода Cladosporium (C. cladosporioides и C. macrocarpum) выделено 12 колоний в шести образцах, вида Aspergillus flavus – 8 колоний в трех образцах. Остальные виды встречались реже, а 11 из них – лишь как единичные колонии в отдельных образцах.

Остальные 56 изолятов относились к 31 неидентифицированному морфотипу (табл. 1). Из них 16 были стерильными; у шести обнаружены половые спороношения аскомицетов, у двух – анаморфные пикнидиальные спороношения и у семи – спороношения, похожие на анаморфы гифомицетного типа. Несмотря на то, что численность неидентифицированных изолятов была ниже, чем известных видов, их морфологическое разнообразие было выше.

Молекулярная идентификация и таксономическое разнообразие

С помощью молекулярно-генетических методов идентифицировано 40 культур, относящихся к 31 сомнительному морфотипу. Соответствия в GenBank на уровне вида были найдены только для 14 (рис. 2, 3). Большинство идентифицированных до вида культур, кроме плеоспорового аскомицета Nematostoma parasiticum (Herpotrichia parasitica) и полипорового базидиомицета Bjerkandera adusta, имели какие-либо спороношения (табл. 1). Для 17 морфотипов соответствие найдено только на уровне рода или даже порядка. В некоторых случаях обнаружены соответствия филотипам, неизвестным ранее в виде морфотипов. Морфологически неидентифицированные морфотипы, как правило, были представлены единичными колониями в отдельных образцах, но иногда – несколькими колониями в 2–3 образцах. Чаще других встречались анаморфный аскомицет Pseudoscopulariopsis hibernica (7 колоний в трех образцах), базидиомицет B. adusta (5 колоний в трех образцах), Lachnum sp. FR-F3 (5 колоний в двух образцах), а также два вида рода Chaetomium (C. globosum и Chaetomium sp. E02) – всего 6 колоний в пяти образцах.

Рис. 2.

Филогенетическое древо базидиомицетов, построенное для исследованных изолятов по последовательностям генов ITS1-5.8S-ITS2.

Рис. 3.

Филогенетическое древо аскомицетов, построенное для исследованных изолятов по последовательностям генов ITS1-5.8S-ITS2.

ОБСУЖДЕНИЕ

Численность выделенных грибов

Полученные нами значения численности пропагул грибов приблизительно соответствуют данным, известным для удаленных от берега районов Северного Ледовитого океана (Bubnova, 2010; Бубнова, Никитин, 2017). Ближе к берегу численность пропагул грибов обычно выше (Bubnova, 2010), как и в донных морских грунтах более теплых областей (Согонов, Марфенина, 1999; Худякова и др., 2000; Пивкин и др., 2005; Бубнова, 2009). Большая численность пропагул грибов в океане связана с близостью к берегу и с наличием постоянного пресного стока. Образцы для нашего исследования были отобраны на некотором удалении от берега, а пресный сток в Чукотское море меньше, чем в другие арктические моря. Поэтому низкая численность грибных пропагул была предполагаемой. Неожиданным стало отсутствие заметного градиента численности грибных пропагул в направлении север–юг. Мы полагали, что южный район будет богаче за счет обмена с Тихим океаном через Берингов пролив (Зенкевич, 1963; Johansen, Hytteborn, 2001). Известно, что моря умеренной зоны Тихого океана богаты грибами (Худякова и др., 2000; Пивкин и др., 2005). Но, вероятно, принос материала, в частности спор грибов, в южный район Чукотского моря не столь значителен, как предполагалось. Другим объяснением может служить низкая выживаемость приносимых с юга грибных пропагул в суровых условиях Арктики.

Таксономическое разнообразие микобиоты

В целом картина идентифицированной морфологическими методами микобиоты характерна для донных грунтов северных морей (Согонов, Марфенина, 1999; Бубнова, 2009; Bubnova, 2010; Бубнова, Никитин, 2017), в том числе присутствие большого количества стерильных и сомнительных культур (Rämä et al., 2017).

С помощью морфолого-культуральных и молекулярных методов обнаружено 32 вида грибов. В таксономической структуре выделенной микобиоты присутствовали представители двух отделов: базидиомицеты (3 порядка из одного класса) и аскомицеты (11 порядков из четырех классов), а также одна группа неясного таксономического положения. Аскомицеты преобладали как по числу выделенных изолятов, так и по количеству морфотипов. Наиболее обильными были виды порядка Eurotiales, незначительно уступали им виды порядков Helotiales и Pleosporales. По разнообразию также лидировал порядок Eurotiales, заметное разнообразие демонстрировали порядки Helotiales и Pleosporales, а также Hypocreales и Sordariales. Обнаружение высокого разнообразия плеоспоровых и хелоциевых, к которым относится большое число стерильных и неидентифицированных изолятов, связано с применением молекулярных методов. Вероятно, хелоциевые играют значительную, но пока недооцененную роль в арктических морских экосистемах. Они, как правило, редки в морфолого-культуральных исследованиях, но применение молекулярных методов показывает их относительно высокое таксономическое разнообразие и численность (Zhang et al., 2015; Rämä et al., 2017). Представители отдела Basidiomycota – минорный компонент общего видового комплекса, обнаруженный лишь с помощью молекулярных методов.

Аутэкология выделенных грибов

Все обнаруженные нами грибы можно разделить на две большие группы: это обычные в различных морских экотопах и упоминаемые в многочисленных публикациях по исследованию морской микобиоты виды, а также странные “гости”, впервые найденные в океане. К первой группе относятся в основном обильно спороносящие анаморфы аскомицетов, идентифицированные по морфологическим признакам. Все они типичные обитатели почв и других субстратов (Domsch et al., 1993), часто встречаются и в морских экотопах (Согонов, Марфенина, 1999; Худякова и др., 2000; Пивкин и др., 2005; Бубнова, 2009; Bubnova, 2010; Кирцидели и др., 2012); некоторые из них выявлены молекулярными методами (Nagano et al., 2010; Rämä et al., 2017). Интересно, что большинство этих грибов не имеет явной приуроченности к холодным областям, возможно, их поступление связано не с речным стоком, а с течением из Тихого океана.

Вторая группа – это грибы, выделенные в основном в виде стерильных изолятов и идентифицированные молекулярными методами (табл. 2). Информация о большинстве из них скудна, а география распространения широкая и неоднородная; некоторые ранее были известны только в виде филотипов из молекулярных исследований. Многие из этих грибов связаны с высшими растениями – как ксилотрофы, паразиты или эндофиты (табл. 2). Возможно, именно растительные остатки (от фрагментов древесины до микроскопических обрывков травы и листьев) обеспечивают возможность столь дальних путешествий данных грибов через Тихий океан, от Антарктики и Австралии до Арктики. Скорее всего, именно Тихий океан мог стать источником этих интересных видов. В настоящее время слишком мало информации о биоразнообразии микобиоты в разных географических точках и много изолятов, не соответствующих ни одному из описанных видов, поэтому ареалы обнаруженных грибов кажутся разорванными.

Таблица 2.  

Сведения о грибах, идентифицированных с помощью молекулярных методов

Вид Распространение Литература Номер в GenBank
ASCOMYCOTA
Slimacomyces isiolus Растительные остатки (Новая Гвинея, Китай) Moore, 1957; Zhao et al., 2007 AB597208
Сосновый опад (Хоккайдо, Япония) GenBank, не опубликовано (Hirose D., Tokumasu S., Ogawa Y.) AB620068
Lasiodiplodia pseudotheobromae Паразит на различных деревьях: цитрусовые, акация, кофе (Нидерланды, Коста-Рика); Grevillea robusta, Кения Alves et al., 2008; GenBank, не опубликовано (Njuguna J.W., Barklund P., Ihrmark K., Stenlid J.) FJ904834
Nematostoma parasiticum Паразит на хвойных (Северная Африка, Польша, Германия) Rossman et al., 2002; Kowalski, Andruch, 2010 AF525676
Lophiostoma cynaroidis Паразит цветковых в кустарниковых экосистемах типа “финбош” (Южная Африка) Marincowitz et al., 2008 EU552138
Fungal sp. MG20Sn7L3x Эндофит гипсофильных растений Porras-Alfaro et al., 2011 KF752699
Uncultured fungus clone CMH252 Внутренняя среда помещений (Канзас, США) Rittenour et al., 2014 KF800343
Uncultured fungus clone S238 Воздушная пыль Fröhlich-Nowoisky et al., 2009 FJ820726
Uncultured fungus clone S352 Воздушная пыль Fröhlich-Nowoisky et al., 2009 FJ820839
Uncultured soil fungus clone RS5M5c23P Почва полузасушливых лугов Porras-Alfaro et al., 2011 EU479983
Cadophora sp. AU_BD06 Неизвестно GenBank, не опубликовано (Griffith G.) JN995648
Cyathicula sp. 34_100A Озимая пшеница Triticum aestivum GenBank, не опубликовано (M. Grudzinska-Sterno, A. Djurle, J. Yuen, J. Stenlid) KC989059
Hymenoscyphus sp. FC-2727 Неизвестно GenBank, не опубликовано (Zhao Y.J., Hosoya T., Baral H.O., Hosaka K., Kakishima K.) AB705232
Helotiales sp. WMM-2012c isolate 24m Плато Цинхай-Тибет, психрофильные сообщества GenBank, не опубликовано (Wang M.) JX001621
Lachnum sp. FR-F3 Deschampsia flexuosa, субарктические острова GenBank, не опубликовано (Poosakkannu A., Nissinen R., Kytoviita M.-M.) KJ529001
Uncultured Lachnum clone R2_17 Озимая пшеница Triticum aestivum GenBank, не опубликовано (Grudzinska-Sterno M., Djurle A., Yuen J., Stenlid J.) KC753434
Helotiales sp. MU-2009-3 Листья бука Fagus sylvatica Unterseher, Schnittler, 2010 FN548161
Thelebolus microsporus Птичий помет, птичьи базары, вероятно, паразит. Психрофил (Антарктика) Leotta et al., 2002; De Hoog et al., 2005 AY942191.1
Thelebolus stercoreus Птичий помет, птичьи базары. Психрофил (Антарктика) De Hoog et al., 2005 AY942194
Scopulariopsis hibernica Почвы различных регионов Sandoval-Denis et al., 2016 FJ946484
Chaetomium sp. E02 Семена Puccinellia distans GenBank, не опубликовано KC867277
Chaetomium sp. 6/97–55 Корни, стебли, листья обыкновенного тростника Phragmites australis Wirsel et al., 2001 AJ279466
Coniochaeta lignaria Паразит или эндофит древесины Damm et al., 2010 AJ496242
BASIDIOMYCOTA
Psilocybe sp. KR22 Корни Pinus sylvestris Menkis, Vasaitis, 2011 HM036648
Sistotrema raduloides Сапротроф на древесине (Финляндия) Kotiranta, Larsson, 2013 KF218969
Bjerkandera adusta Обычный в почве и на древесине; обнаружен в антарктических почвах Thorn et al., 1996; GenBank, не опубликовано (Vasilenko et al.) MF120203

Примечание. Сведения об идентифицированных видах приведены по статьям, ссылка на которые имеется в GenBank. Кроме того, если о распространении вида есть обзорные сведения в литературе, то они также приводятся. Для филотипов, идентифицированных на уровне рода или порядка, приведены сведения только из GenBank.

Таким образом, в результате проведенного исследования установлено, что микобиота донных грунтов сурового арктического Чукотского моря несет в себе черты, характерные для изученных ранее арктических морей. Это крайне низкая численность грибных пропагул, обилие представителей рода Penicillium и неспороносящих изолятов. С помощью молекулярно-генетических методов определено систематическое положение неспороносящих и других сомнительных культур, что существенно расширило представление о таксономической структуре изученной микобиоты. В частности, были обнаружены представители групп Basidiomycota, а также Pleosporales и Helotiales из аскомицетов, которые были весьма разнообразны. Интересно, что заметная часть идентифицированных грибов известна из разных местообитаний от Антарктиды и Австралии до Китая и Японии, но неизвестна из Арктики. Исходя из этого, можно предположить, что течение из Тихого океана оказывает влияние на микобиоту арктических морей, обогащая ее. Некоторые из принесенных видов могут сохраняться и, возможно, развиваться в условиях Арктики.

Авторы выражают глубокую признательность коллегам, собравшим материал для этой работы: к. г. н., н. с. А. Босину и н. с. А. Колеснику из Тихоокеанского океанологического института ДВО РАН (Владивосток), а также д. б. н., с. н. с. К. Кособоковой из Института океанологии РАН (Москва).

Работа выполнена при поддержке РФФИ (грант № 15-04-02722а, морфологическая идентификация культур, частично – молекулярная идентификация и обработка) и РНФ (проект 14-50-00029, частично – молекулярная идентификация и обработка).

Список литературы

  1. Бубнова Е.Н. Грибы донных грунтов Кандалакшского залива Белого моря // Микология и фитопатология. 2009. Т. 43. Вып. 4. С. 4–11.

  2. Бубнова Е.Н., Никитин Д.А. Грибы в донных грунтах Баренцева и Карского морей // Биол. моря. 2017. Т. 43. № 5. С. 366–371.

  3. Зенкевич Л.А. Биология морей СССР. М.: Изд-во АН СССР. 1963. 739 с.

  4. Кирцидели И.Ю., Власов Д.Ю., Баранцевич Е.П. и др. Распространение терригенных микромицетов в водах арктических морей // Микология и фитопатология. 2012. Т. 46. Вып. 5. С. 306–310.

  5. Пивкин М.В., Худякова Ю.В., Кузнецова Т.А. и др. Грибы аквапочв прибрежных акваторий Японского моря в южной части Приморского края // Микология и фитопатология. 2005. Т. 39. Вып. 6. С. 50–61.

  6. Согонов М.В., Марфенина О.Е. Особенности микобиоты приморских маршей Кандалакшского залива Белого моря // Вестн. МГУ. Сер. 16 (Биология). 1999. № 3. С. 42–47.

  7. Худякова Ю.В., Пивкин М.В., Кузнецова Т.А., Светашев В.И. Грибы грунтов Японского моря (российское побережье) и их биологически активные метаболиты // Микробиология. 2000. Т. 69. № 5. С. 722–726.

  8. Alves A., Crous P.W., Correia A., Philips A.J.L. Morphological and molecular data reveal cryptic speciation in Lasiodiplodia theobromae // Fungal Diversity. 2008. V. 28. P. 1–13.

  9. Bubnova E.N. Fungal diversity in bottom sediments of the Kara Sea // Bot. Mar. 2010. V. 53. № 6. P. 595–600.

  10. Carlile M.J., Watkinson S.C., Gooday G.W. The fungi: 2nd ed. Academic Press. 2001. 603 p.

  11. Damm U., Fourie P.H., Crous P.W. Coniochaeta (Lecythophora), Collophora gen. nov. and Phaeomoniella species associated with wood necroses of Prunus trees // Persoonia. 2010. V. 24. P. 60–80.

  12. De Hoog G.S., Göttlich E., Platas G. et al. Evolution, taxonomy and ecology of the genus Thelebolus in Antarctica // Stud. Mycol. 2005. V. 51. P. 33–76.

  13. Domsch K.H., Gams W., Anderson T.-H. Compendium of soil fungi. Eching: IHW-Verlag. 1993. 1007 p.

  14. Edgar R.C. MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput // Nucleic Acids Res. 2004. V. 32. № 5. P. 1792–1797.

  15. Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap // Evolution. 1985. V. 39. P. 783–791.

  16. Fröhlich-Nowoisky J., Pickersgill D.A., Després V.R., Pöschl U. High diversity of fungi in air particulate matter // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009. V. 106. № 31. P. 12 814–12 819.

  17. Johansen S., Hytteborn H. A contribution to the discussion of biota dispersal with drift ice and driftwood in the North Atlantic // J. Biogeogr. 2001. V. 28. P. 105–115.

  18. Kotiranta H., Larsson K.-H. Sistotrema luteoviride sp. nov. (Cantharellales, Basidiomycota) from Finland // Acta Mycol. 2013. V. 48. № 2. P. 219–225.

  19. Kowalski T., Andruch K. Herpotrichia needle browning on Abies alba in the Lesko forest district stands: disease intensity and associated fungi // Phytopathologia. 2010. V. 55. P. 21–34.

  20. Leotta G.A., Paré J.A., Sigler L. et al. Thelebolus microsporus mycelial mats in the trachea of wild brown skua (Catharacta antarctica lonnbergi) and South Polar skua (C. maccormicki) carcasses // J. Wildl. Dis. 2002. V. 38. № 2. P. 443–447.

  21. Marchenko N. Russian arctic seas: navigation conditions and accidents. Berlin; Heidelberg: Springer-Verlag. 2012. 251 p.

  22. Marincowitz S., Crous P.W., Groenewald J.Z., Wingfield M.J. Microfungi occurring in Proteaceae in the fynbos // CBS Biodiversity Ser. Utrecht, The Netherlands. 2008. V. 7. P. 1–166.

  23. Menkis A., Vasaitis R. Fungi in roots of nursery grown Pinus sylvestris: ectomycorrhizal colonisation, genetic diversity and spatial distribution // Microb. Ecol. 2011. V. 61. № 1. P. 52–63.

  24. Moore R.T. Index to the Helicosporae: addenda // Mycologia. 1957. V. 49. № 4. P. 580–587.

  25. Nagano Y., Nagahama T., Hatada Y. et al. Fungal diversity in deep-sea sediments – the presence of novel fungal groups // Fungal Ecol. 2010. V. 3. P. 316–325.

  26. Porras-Alfaro A., Herrera J., Natvig D.O. et al. Diversity and distribution of soil fungal communities in a semiarid grassland // Mycologia. 2011. V. 103. № 1. P. 10–21.

  27. Rämä T., Hassett B.T., Bubnova E. Arctic marine fungi: from filaments and flagella to operational taxonomic units and beyond // Bot. Mar. 2017. V. 60. № 4. P. 433–452.

  28. Rittenour W.R., Ciaccio C.E., Barnes C.S. et al. Internal transcribed spacer rRNA gene sequencing analysis of fungal diversity in Kansas City indoor environments // Environ. Sci.: Processes Impacts. 2014. V. 16. № 1. P. 33–43.

  29. Rossman A.Y., Farr D.F., Castlebury L.A. et al. Setomelanomma holmii (Pleosporales, Phaeosphaeriaceae) on living spruce twigs in Europe and North America // Can. J. Bot. 2002. V. 80. № 11. P. 1209–1215.

  30. Sandoval-Denis M., Gené J., Sutton D.A. et al. Redefining Microascus, Scopulariopsis and allied genera // Persoonia. 2016. V. 36. P. 1–36.

  31. Tamura K., Nei M., Kumar S. Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004. V. 101. P. 11 030–11 035.

  32. Tamura K., Stecher G., Peterson D. et al. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. V. 30. P. 2725–2729.

  33. Thorn R.G., Reddy C.A., Harris D., Paul E.A. Isolation of saprophytic basidiomycetes from soil // Appl. Environ. Microbiol. 1996. V. 62. № 11. P. 4288–4292.

  34. Unterseher M., Schnittler M. Species richness analysis and ITS rDNA phylogeny revealed the majority of cultivable foliar endophytes from beech (Fagus sylvatica) // Fungal Ecol. 2010. V. 3. № 4. P. 366–378.

  35. Wirsel S.G.R., Leibinger W., Ernst M., Mendgen K.W. Genetic diversity of fungi closely associated with common reed // New Phytol. 2001. V. 149. № 3. P. 589–598.

  36. Zhang T., Wang N.F., Zhang Y.Q. et al. Diversity and distribution of fungal communities in the marine sediments of Kongsfjorden, Svalbard (High Arctic) // Sci. Rep. 2015. Vol. 5. № 14524. P. 1–11.

  37. Zhao G.Z., Liu X.Z., Wu W.P. Helicosporous hyphomycetes from China // Fungal Diversity. 2007. V. 26. P. 313–524.

Дополнительные материалы отсутствуют.