Физика и химия стекла, 2020, T. 46, № 1, стр. 12-19
Кластерная самоорганизация интерметаллических систем: новый кластер-прекурсор 0@8(Sr2Au6) для самосборки кристаллической структуры (Sr2Au6)(Ga3)–hR66
В. Я. Шевченко 1, *, В. А. Блатов 2, Г. Д. Илюшин 2, 3
1 Институт химии силикатов им. И.В. Гребенщикова РАН
199034 Санкт-Петербург, наб. Макарова, 2, Россия
2 Международный научно-исследовательский центр по теоретическому материаловедению,
Самарский государственный технический университет
443100 Самара, ул. Молодогвардейская, 244, Россия
3 Федеральный научно-исследовательский центр “Кристаллография и фотоника”
119333 Москва, Ленинский пр., 59, Россия
* E-mail: shevchenko@isc.nw.ru
Поступила в редакцию 24.08.19
После доработки 04.10.19
Принята к публикации 08.10.19
Аннотация
С помощью компьютерных методов (пакет программ ToposPro) осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование самосборки кристаллической структуры (Sr2Au6)(Ga3)–hR66 (пр. гр. R-3c, a = b = 8.419, c = 21.911 Å, V = 1345 Å3). Установлен новый геометрический тип полиэдрического кластера-прекурсора K8 = 0@8(Sr2Au6), в основании которого кольца Au6, а вершины – атомы Sr. Симметрия кластера K8 соответствует –3, а центр кластера занимает позицию 6b. Другой кластер K3 = 0@Ga3 также обладает высокой симметрией 32 и центр кластера занимает позицию 6a. Образование первичной цепи $S_{3}^{1}$ происходит при связывании димеров [(Sr2Au6)(Ga3)]2. Расстояние между центрами димеров определяет значения модуля вектора трансляции a = 8.419 Å. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры из кластеров-прекурсоров K8 и K3.
ВВЕДЕНИЕ
В работах [1–3] определены геометрические типы металлокластеров-прекурсоров для наиболее распространенных типов кристаллических структур интерметаллидов [4, 5] с использованием алгоритмов разложения структурных графов на кластерные структуры (пакет программ ToposPro [6]). Было установлено, что в типичных кристаллических структурах интерметаллидов металлокластерами-прекурсорами являются в основном тетраэдрические металлокластеры K4 = 0@4, октаэдрические металлокластеры K6 = 0@6 и икосаэдрические металлокластеры K12 = 0@12 и K13 = 1@12. Эти полиэдры характеризуются максимальным числом связей каждого атома с соседними атомами и относятся к семейству дельтаэдров (полиэдров с треугольными гранями).
Новый тип дельтаэдра в виде гексагональной бипирамиды K8 = 0@8 впервые был установлен в сложных по составу интерметаллидах K23Na8Cd12In48–hP91 [7, 8], Na26Cd141–hP168 [9, 10] и Ca11Hg54–hP65 [11, 12]. Два химически различных кластера-прекурсора K8 = 0@8(Na2In6) и K8 = 0@8(K2In6) найдены в кристаллической структуре K23Na8Cd12In48–hP91. Кластеры Na2In6 являлись темплатами, на поверхности которых происходило образование атомных оболочек из 36 атомов. Химический состав супраполиэдрического кластера K44 – 0@8(Na2In6)@36(In6Cd6K6)2. Самосборка каркасной 3D структуры K23Na8Cd12In48 из супраполиэдрических прекурсоров K44 происходит с участием полиэдрических кластеров K2Cd6.
Поиск в базе данных кристаллический структур интерметаллидов содержащих локальные кластерные структуры в виде гексагональных бипирамид K8 = A2B6 и их топологических аналогов со связанностью вершин в бипирамиде 2764 (со связями атомов А–А, A–B и B–B) и 2664 (со связями атомов A–B и B–B) показал их присутствие в двойных и тройных интерметаллидах. Представители открытого в 2013 г. кристаллохимического семейства тройных интерметаллидов (A2Au6)(B3)–hR66, где A = Sr, Ba, Eu, B = Al, Zn, Ga, Cd, In с ромбоэдрической пр. группой R-3c и Sr2Au6(AuZn2)-mC44 и (Sr2Au6)(Au1.33Al1.67)-mC44 с моноклинной пр. группой C2/c [5, 13–15] приведены в табл. 1.
Таблица 1.
Соединение | Пространственная группа | Параметры ячейки (Å) и углы (град) |
V, Å3 |
---|---|---|---|
(Eu2Au6)Al3 | R-3c | 8.380, 8.380, 21.771 | 1324.0 |
(Eu2Au6)Zn3 | R-3c | 8.377, 8.377, 21.845 | 1327.6 |
(Eu2Au6)Ga3 | R-3c | 8.381, 8.381, 21.917 | 1333.2 |
(Sr2Au6)Al3 | R-3c | 8.444, 8.444, 21.689 | 1339.4 |
(Sr2Au6)(Au1.33Al1.67) | C2/c | 14.956, 8.564, 8.672, 90.00, 123.86, 90.00 |
922.3 |
(Sr2Au6)Zn3 | R-3c | 8.416, 8.416, 21.915 | 1344.3 |
Sr2Au6(AuZn2) | C2/c | 14.701, 8.463, 8.700, 90.00, 123.21, 90.00 |
905.6 |
(Sr2Au6)Ga3 | R-3c | 8.419, 8.419, 21.911 | 1345.0 |
Ba2Au6(Au0.40Zn2.60) | R-3c | 8.639, 8.639, 21.963 | 1419.4 |
Ba2Au6(Au1.11Zn1.89) | R-3c | 8.675, 8.675, 22.004 | 1434.0 |
Ba2Au6(Au1.89Zn1.11) | R-3c | 8.676, 8.676, 22.238 | 1449.7 |
Ba2Au6(Au1.97Zn1.03) | R-3c | 8.665, 8.665, 22.325 | 1451.5 |
Ba2Au6(AuGa2) | R-3c | 8.719, 8.719, 21.816 | 1436.1 |
Ba2Au6(AuCd2) | R-3c | 8.835, 8.835, 22.510 | 1521.7 |
Ba2Au6(AuIn2) | R-3c | 8.848, 8.848, 22.487 | 1524.5 |
В настоящей работе проведен геометрический и топологический анализ кристаллической структуры интерметаллида (Sr2Au6)(Ga3)–hR66. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры (Sr2Au6)(Ga3)–hR66 из кластеров-прекурсоров 0@8(Sr2Au6) и 0@Ga3.
Работа продолжает исследования [1–3, 7, 9, 11, 16–19] в области моделирования процессов самоорганизации систем на супраполиэдрическом уровне и геометрического и топологического анализа кристаллических структур с применением современных компьютерных методов.
МЕТОДИКИ, ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ПРИ КОМПЬЮТЕРНОМ АНАЛИЗЕ
Геометрический и топологический анализ осуществляли с помощью комплекса программ ToposPro [6], позволяющего проводить многоцелевое исследование кристаллической структуры в автоматическом режиме, используя представление структур в виде “свернутых графов” (фактор-графов). Данные о функциональной роли атомов при образовании кристаллической структуры получены расчетом координационных последовательностей, т.е. наборов чисел {Nk}, где Nk – число атомов в k-ой координационной сфере данного атома.
Полученные значения координационных последовательностей атомов в 3D-сетках приведены в табл. 2, в которой выделено число соседних атомов в ближайшем окружении, т.е. в первой координационной сфере атома. Атомы, которые характеризуются различными наборами координационных последовательностей {Nk}, топологически (и функционально) различны.
Таблица 2.
Атом | Локальное окружение |
Координационные последовательности | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
N1 | N2 | N3 | N4 | N5 | ||
(Sr2Au6) Ga3–hR66 | ||||||
Sr1 | 3Ga + Sr + 12Au | 16 | 48 | 112 | 215 | 313 |
Au1 | 3Ga + 4Sr + 4Au | 11 | 48 | 105 | 192 | 325 |
Ga1 | 2Ga +2Sr + 6Au | 10 | 42 | 102 | 182 | 310 |
Sr2Au6(AuZn2)–mC44 | ||||||
Sr1 | 3Zn + 12Au | 15 | 46 | 112 | 210 | 308 |
Au1 | 3Zn + 4Sr + 4Au | 11 | 47 | 102 | 190 | 321 |
Au2 | 3Zn + 4Sr + 4Au | 11 | 47 | 102 | 190 | 321 |
Au3 | 3Zn + 4Sr + 4Au | 11 | 47 | 102 | 190 | 321 |
Au5 | 2Zn + 2Sr + 6Au | 10 | 42 | 102 | 180 | 306 |
Zn1 | 2Zn +2Sr + 6Au | 10 | 42 | 102 | 180 | 306 |
Алгоритм разложения в автоматическом режиме структуры любого интерметаллида, представленного в виде свернутого графа, на кластерные единицы основывается на следующих принципах: структура образуется в результате самосборки из кластеров-прекурсоров. При этом кластеры-прекурсоры образуют каркас структуры, пустоты в котором заполняются кластерами-спейсерами (состоящими из небольшого числа атомов), нанокластеры-прекурсоры не имеют общих внутренних атомов, но они могут иметь общие атомы на поверхности, кластеры-прекурсоры занимают высокосимметричные позиции, набор нанокластеров-прекурсоров и кластеров-спейсеров включает в себя все атомы структуры.
Алгоритм реализован в комплексе программ ToposPro [6].
САМОСБОРКА КРИСТАЛЛИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ (Sr2Au6)(Ga3)–hR66
Использованный нами метод моделирования кристаллической структуры основан на определении иерархической последовательности ее самосборки в кристаллографическом пространстве [16–19]. На первом уровне самоорганизации системы определяется механизм формирования первичной цепи структуры из нанокластеров 0-уровня, сформированных на темплатной стадии химической эволюции системы, далее – механизм самосборки из цепи слоя (2-ой уровень) и затем из слоя – трехмерного каркаса структуры (3-й уровень).
Кристаллографические данные семейства A2Au6B3–hR66. Пространственная группа R‑3c c элементами точечной симметрией: g = 32 (6a), –3 (6b), 3 (12с), –1 (18d), и 2 (18e). Последовательность Вайкоффа fec.
В табл. 1 приведено локальное окружение атомов Sr, Au, Ga в кристаллической структуре (Sr2Au6)(Ga3)–hR66 и значения их координационных последовательностей. Атомы Ga имеют КЧ = 10, атомы Au – КЧ = 11 и атомы Sr – КЧ = 16.
Кластер-прекурсор K8. Полиэдрический кластер K8 в кристаллических структурах A2Au6B3–hR66 представляет собой бипирамиду, в основании которой лежит кольцо Au6, а в вершинах – связанные атомы A – Sr, Ba, Eu (рис. 1). Максимальная симметрия кластера K8 соответствует 6/mmm. В кластерах A2Au6 значения длин связей A–Au в кристаллических структурах семейства A2Au6B3, как и двойном интерметаллиде Sr(Sr2Au6)–oI12 [20], несколько различаются (рис. 1). Симметрия кластеров A2Au6 в A2Au6B3–hR66 и Sr(Sr2Au6)–oI12 соответствует –3 и 2/m.
Кластер-прекурсор K3. Кластеры K3 состава Al3, Zn3, Ga3 в кристаллических структурах (Sr2Au6)(B3)–hR66 сохраняют высокую симметрию 32 (центр кластера занимает позиции 6a).
Кристаллическая структура (Sr2Au6)(Zn2Ga)–mC44 с моноклинной пр. группой C2/c и последовательностью Вайкоффа f 5e [14] характеризуется упорядоченным расположением атомов Zn в кластере K3 (общие позиции 8f) и атомов Ga (частная позиции 4e с симметрией 2). Симметрия кластера Sr2Au6 соответствует –1 (позиции 4d). Уменьшение КЧ атомов Sr c 16 до 15 связано с разрывом связи Sr–Sr в кластере Sr2Au6 (табл. 2).
Димер [(Sr2Au6)(Ga3)]2. При образовании димера (Sr2Au6)(Ga3) + (Sr2Au6)(Ga3) число связей между мономерами равно 11 (рис. 2а). Симметрия димера соответствует 2, центр находится в позиции 18e (1/6, 5/6, 0.58).
Тетрамер [(Sr2Au6)(Ga3)]4. При образовании тетрамера [(Sr2Au6)(Ga3)]2 + + [(Sr2Au6)(Ga3)]2 число связей между димерами равно 11 (рис. 2б). Симметрия тетрамера [(Sr2Au6)(Ga3)]4 соответствует 2. Расстояние между центрами димеров в тетрамере определяет значения модуля вектора трансляции a = 8.419 Å (рис. 2б).
Октамер [(Sr2Au6)(Ga3)]8. 3D-каркасная структура [(Sr2Au6)(Ga3)]4 формируется при связывании тетрамеров [(Sr2Au6)(Ga3)]4 + [(Sr2Au6)(Ga3)]4 со сдвигом (рис. 3).
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование самосборки кристаллической структуры (Sr2Au6)(Ga3)–hR66. Установлен новый геометрический тип полиэдрического кластера-прекурсора K8 = 0@8(Sr2Au6), в основании которого находятся кольца Au6, а вершины заняты атомами Sr. Симметрия кластера K8 соответствует –3 и центр кластера занимает позиции 6b. Другой кластер K3 = 0@Ga3 также обладает высокой симметрией 32 и центр кластера занимает позиции 6a. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D-структуры из кластеров-прекурсоров K8 и K3 в виде: димер-тетрамер → октамер.
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ № 19-02-00636) и Министерства науки и высшего образования в рамках выполнения работ по Государственному заданию ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН.
Список литературы
Ilyushin G.D. Modeling of the Self–Organization Processes in Crystal-Forming Systems. Tetrahedral Metal Clusters and the Self–Assembly of Crystal Structures of Intermetallic Compounds // Crystallogr. Rep. 2017. V. 62. P. 670–683.
Ilyushin G.D. Modeling of Self-Organization Processes in Crystal-Forming Systems: Symmetry and Topology Code for the Cluster Self-Assembly of Crystal Structures of Intermetallic Compounds // Russ. J. Inorg. Chem. 2017. V. 62. 13. P. 1730.
Ilyushin G.D. Symmetry and Topology Code of the Cluster Self–Assembly of Intermetallic Compounds ${\text{A}}_{2}^{{[16]}}{\text{B}}_{4}^{{[12]}}$ of the Friauf Families Mg2Cu4 and Mg2Zn4 // Crystallogr. Rep. 2018. V. 63. 4. P. 543–552.
P. Villars, K. Cenzual. Pearson’s Crystal Data-Crystal Structure Database for Inorganic Compounds (PCDIC) ASM International: Materials Park, OH.
Inorganic crystal structure database (ICSD). Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ), Germany and US National Institute of Standard and Technology (NIST), USA.
Blatov V.A., Shevchenko A.P., Proserpio D.M. Applied Topological Analysis of Crystal Structures with the Program Package ToposPro // Cryst. Growth Des. 2014. V. 14. № 7. P. 3576–3585. http://topospro.com/
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. Новый двухслойный кластер-прекурсор K44 = = 0@8(Na2In6)@36(In6Cd6K6)2 для самосборки кристаллической структуры K23Na8Cd12In48–hP91 // Физ. и хим. стекла. 2019. Т. 45. в печати.
Flot D.M., Tillard-Charbonnel M., Belin C.H.E. Na8K23Cd12In48: A Zintl phase containing icosahedral and triangular indium units and displaying a remarkable condensed metal fullarene stuffed with a tubular cluster. Synthesis and crystal and electronic structures // J. Amer. Chem. Soc. 1996. V. 118. P. 5229–5235.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. Новые двухслойные кластеры-прекурсоры 0@(Na2Cd6)@(Na12Cd26) и 0@(Na3Cd6)@(Na6Cd35) для самосборки кристаллической структуры Na26Cd141–hP168 // Физ. и хим. стекла. 2019. Т. 45. в печати.
Todorov E., Sevov S.C. Intermetallic frameworks: Synthesis, characterization, and bonding of K0.4Cd2 and Na26Cd141 // Inorg. Chem. 1998. V. 37. P. 6341–6345.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Кластерная самоорганизация интерметаллических систем. Новый двухслойный кластер-прекурсор K46 = 0@8(Ca2Hg6)@38 (Hg6 + CaHg6)2(Ca6Hg6) для самосборки кристаллической структуры Ca11Hg54–hP65 // Физ. и хим. стекла. 2019. Т. 45. в печати.
Tkachuk A.V., Mar A. Alkaline-earth metal mercury intermetallics A(11 –x) Hg(54 +x) (A = Ca, Sr) // Inorg. Chem. 2008. V 47(4). P. 1313–1318.
Lin Qisheng, Mishra Trinath, Corbett John D. Hexagonal-diamond-like gold lattices, Ba and (Au, T)3 interstitials, and delocalized bonding in a family of intermetallic phases Ba2 Au6(Au, T)3 (T = Zn, Cd, Ga, In or Sn) // J. Amer. Chem. Soc. 2013. V. 135. P. 11023–11031
Mishra Trinath, Lin Qisheng, Corbett John D. Gold network structures in rhombohedral and monoclinic Sr2 Au6 (Au, T)3 (T = Zn, Ga). A transition via relaxation // Inorg. Chem. 2013. V. 52. P. 13623–630.
Gerke Birgit, Poettgen Rainer. Sr2 Au6 Al3 and Eu2 Au6 Al3 – First representatives of the Sr2 Au6Zn3 type with aluminum triangles // Z. Naturforsch. V. 69b. P. 121–124.
Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. М.: Едиториал УРСС. 2003. 376 с.
Blatov V.A., Ilyushin G.D., Proserpio D.M. Nanocluster model of intermetallic compounds with giant unit cells: β, β'-Mg2Al3 polymorphs // Inorg. Chem. 2010. V. 49. № 4. P. 1811–1818.
Ilyushin G.D. The Crystal Chemistry of Intermetallic Lithium Compounds. A review // Russ. J. Inorg. Chem. 2018. V. 63. № 14. P. 1786–1799.
Shevchenko V.Ya., Blatov V.A., Il’yushin G.D. Cluster Self-Organization of Intermetallic Systems. New Cluster Precursor (InNa5)(AuAu5) and Primary Chain with the 5 m Symmetry for the Self-Assembly of the Na32Au44In24-oP100 Crystal Structure // Glass Phys. Chem. 2019. V. 45. P. 245–250.
Zachwieja U. Synthesis and structure of Ca Au2 and Sr Au2 // J. Alloys Compd. 1996. V. 235. P. 12–14
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Физика и химия стекла