Физика и химия стекла, 2020, T. 46, № 1, стр. 20-26
Кластерная самоорганизация интерметаллических систем. Новый двухслойный кластер-прекурсор K46 = 0@8(Ca2Hg6)@38(Hg6 + CaHg6)2(Ca6Hg6) для самосборки кристаллической структуры Ca11Hg54–hP65
В. Я. Шевченко 1, *, В. А. Блатов 2, Г. Д. Илюшин 2, 3
1 Институт химии силикатов им. И.В. Гребенщикова РАН
199034 Санкт-Петербург, наб. Макарова, 2, Россия
2 Международный научно-исследовательский центр по теоретическому материаловедению,
Самарский государственный технический университет
443100 Самара, ул. Молодогвардейская, 244, Россия
3 Федеральный научно-исследовательский центр “Кристаллография и фотоника”
119333 Москва, Ленинский пр., 59, Россия
* E-mail: shevchenko@isc.nw.ru
Поступила в редакцию 11.07.19
После доработки 04.10.19
Принята к публикации 08.10.19
Аннотация
С помощью компьютерных методов (пакет программ ToposPro) осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование самосборки кристаллической структуры Ca11Hg54–hP65 (a = b = 17.114 Å, c = 10.442 Å, гексагональная пр. группа P-6). Установлены 184 варианта кластерного представления 3D атомной сетки с числом структурных единиц 3–7. Определены полиэдрические кластеры K8 = 0@Ca2Hg6, представляющие собой гексагональные бипирамиды, полиэдрические кластеры K11 = 0@Ca3Hg8 и полиэдрические кластеры с центральным Hg-атомом K12 = Hg(Ca3Hg8). Центры кластеров Ca2Hg6, 0@Ca3Hg8 и Hg(Ca3Hg8) занимают высокосимметричные позиции 1с, 1b, и 1f с симметрией –6. Кластеры-прекурсоры Ca2Hg6 являются темплатами, на поверхности которых происходит образование атомных оболочек из 38 атомов. Состав двухслойного темплатированного кластера K46 = 0@8(Ca2Hg6)@38(Hg6 + CaHg6)2(Ca6Hg6). Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры из нанокластеров-прекурсоров K46 с участием полиэдрических кластеров 0@Ca3Hg8 и Hg(Ca3Hg8).
ВВЕДЕНИЕ
Кристаллохимическое семейство двойных Hg-интерметаллидов насчитывает около 200 соединений [1]. Образование Hg-интерметаллидов установлено в 45 системах A–Hg. Наибольшее число кристаллохимически различных интерметаллидов (одиннадцать) установлено в двойной системе Ca–Hg, с широкой областью изменения соотношения атомов Hg : A от 11 до 0.33 (табл. 1, [2–6]).
Таблица 1.
Соединение | Hg/Ca | Струк- турный тип |
Число соединений [1] |
Пространственная группа | Класс Пирсона |
Параметры ячейки, Å | V, Å3 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Ca3Hg [2] | 0.33 | Fe3C | 194 | Pnma (62) | oP16 | 8.161, 10.150, 6.828 | 565.6 |
Ca3Hg [3] | 0.33 | Cu3Au | 1827 | Pm-3m (221) | cP4 | 4.920, 4.920, 4.920 | 119.1 |
Ca2Hg [2] | 0.5 | Co2Si | 43 | Pnma (62) | oP12 | 7.860, 4.890, 9.870 | 379.4 |
Ca5Hg3 [2] | 0.6 | Cr5B3 | 183 | I4/mcm (140) | tI32 | 8.189, 8.189, 14.701 | 985.8 |
Ca3Hg2 [2] | 0.66 | U3Si2 | 142 | P4/mbm (127) | tP10 | 8.476, 8.476, 4.197 | 301.5 |
Ca2Hg2 [2] | 1 | CsCl | 1797 | Pm-3m (221) | cP2 | 3.759, 3.759, 3.759 | 53.1 |
CaHg2 [2] | 2 | AlB2 | 43 | P-3m 1(164) | hP3 | 4.894, 4.894, 3.571 | 74.1 |
Ca4Hg9 [4] | 2.25 | Cu9Al4 | 47 | P-43m (215) | cP52 | 11.130, 11.130, 11.130 | 1378.8 |
CaHg3 [2] | 3 | Mg3Cd | 356 | P63/mmc (194) | hP8 | 6.635, 6.635, 5.020 | 191.4 |
Ca11Hg54 [5] | 4.90 | Ca11Hg54 | 3 | P-6 (174) | hP65 | 13.389, 13.389, 9.615 | 1492.7 |
CaHg11 [6] | 11 | BaHg11 | 13 | Pm-3m (221) | cP36 | 9.600, 9.600, 9.600 | 884.7 |
Кристаллические структуры шести Hg-интерметаллидов входят в кристаллохимические семейства наиболее распространенных типов кристаллических структур, насчитывающие по несколько сотен представителей; три Hg-интерметаллида принадлежат кристаллохимическим семействам с более чем сорока представителями (табл. 1). В работе [7, 8] проведено моделирование кластерной самосборки распространенных типов кристаллических структур, установленных для Hg-интерметаллидов.
Наиболее кристаллохимически сложное семейство интерметаллидов Ca11Hg54–hP65 включает в себя еще два соединения: Sr11Hg54–hP65 [5] и Yb11Hg54–hP65 [9]. Кристаллическая структура интерметаллида Ca11Hg54–hP65 [5] с пр. группой P-6 (no. 174) и V = = 1492.7 Å3 характеризуется 18 кристаллографически независимыми атомами с последовательностью Вайкоффа l6k3j4ihgfa. Для атомов Hg установлен широкий спектр значений КЧ = 11 (5 атомов), 12 (8 атомов) и 13 (1 атом). Атомы Ca имеют КЧ = 14 (1 атом), 15 (2 атома), 16 (1 атом).
В настоящей работе с помощью пакета программ ToposPro [10] проведен геометрический и топологический анализ кристаллической структуры интерметаллида Ca11Hg54–hP65. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структуры из кластеров-прекурсоров K46 в виде: первичная цепь → → микрослой → микрокаркас.
Работа продолжает исследования [7, 8, 11–16] в области моделирования процессов самоорганизации систем на супраполиэдрическом уровне и геометрического и топологического анализа кристаллических структур с применением современных компьютерных методов.
МЕТОДИКИ, ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ПРИ КОМПЬЮТЕРНОМ АНАЛИЗЕ
Геометрический и топологический анализ осуществляли с помощью комплекса программ ToposPro [10], позволяющего проводить многоцелевое исследование кристаллической структуры в автоматическом режиме, используя представление структур в виде “свернутых графов” (фактор-графов). Данные о функциональной роли атомов при образовании кристаллической структуры получены расчетом координационных последовательностей, т.е. наборов чисел {Nk}, где Nk – число атомов в k-ой координационной сфере данного атома.
Полученные значения координационных последовательностей атомов в 3D-сетках приведены в табл. 2, в которой выделено число соседних атомов в ближайшем окружении, т.е. в первой координационной сфере атома. Все атомы характеризуются различными наборами координационных последовательностей {Nk}, следовательно, все атомы топологически (и функционально) различны.
Таблица 2.
Атом | Локальное окружение |
Координационные последовательности | ||||
---|---|---|---|---|---|---|
N1 | N2 | N3 | N4 | N5 | ||
Ca1 | 14Hg | 14 | 47 | 106 | 189 | 312 |
Ca2 | 15Hg | 15 | 48 | 104 | 190 | 312 |
Ca3 | 15Hg | 15 | 47 | 105 | 200 | 310 |
Ca4 | 1Ca + 15Hg | 16 | 46 | 104 | 193 | 310 |
Hg2 | 4Ca + 8Hg | 12 | 47 | 106 | 189 | 294 |
Hg3 | 3Ca + 8Hg | 11 | 46 | 104 | 187 | 290 |
Hg4 | 2Ca + 11Hg | 13 | 47 | 108 | 188 | 297 |
Hg5 | 3Ca + 9Hg | 12 | 47 | 108 | 189 | 302 |
Hg6 | 3Ca + 9Hg | 12 | 47 | 103 | 190 | 299 |
Hg7 | 4Ca + 8Hg | 12 | 48 | 104 | 192 | 302 |
Hg8 | 4Ca + 8Hg | 12 | 47 | 109 | 193 | 309 |
Hg9 | 1Ca + 11Hg | 12 | 46 | 106 | 192 | 303 |
Hg10 | 3Ca + 9Hg | 12 | 46 | 105 | 194 | 316 |
Hg11 | 3Ca + 9Hg | 12 | 44 | 109 | 194 | 313 |
Hg12 | 3Ca + 8Hg | 11 | 44 | 101 | 188 | 302 |
Hg13 | 3Ca + 8Hg | 11 | 47 | 107 | 191 | 299 |
Hg14 | 3Ca + 8Hg | 11 | 44 | 107 | 182 | 305 |
Hg15 | 11Hg | 11 | 47 | 107 | 188 | 302 |
Алгоритм разложения в автоматическом режиме структуры любого интерметаллида, представленного в виде свернутого графа, на кластерные единицы основывается на следующих принципах: структура образуется в результате самосборки из кластеров-прекурсоров. При этом кластеры-прекурсоры образуют каркас структуры, пустоты в котором заполняются кластерами-спейсерами (состоящими из небольшого числа атомов), нанокластеры-прекурсоры не имеют общих внутренних атомов, но они могут иметь общие атомы на поверхности, кластеры-прекурсоры занимают высокосимметричные позиции, набор нанокластеров-прекурсоров и кластеров-спейсеров включает в себя все атомы структуры.
Алгоритм реализован в комплексе программ ToposPro [10].
САМОСБОРКА КРИСТАЛЛИЧЕСКОЙ СТРУКТУРЫ Ca11Hg54–hP65
Использованный нами метод моделирования кристаллической структуры основан на определении иерархической последовательности ее самосборки в кристаллографическом пространстве [11]. На первом уровне самоорганизации системы определяется механизм формирования первичной цепи структуры из нанокластеров 0-уровня, сформированных на темплатной стадии химической эволюции системы, далее – механизм самосборки из цепи слоя (2-ой уровень) и затем из слоя-трехмерного каркаса (3-й уровень).
Кристаллографические данные. Параметры гексагональной ячейки: a = b = 13.389, c = 9.615 Å.
Пространственная группа P-6 (no. 174) c элементами точечной симметрией: g = –6 (1a, 1b, 1c, 1d, 1e, 1f), 3 (2g, 2h, 2i), m (3j, 3k). Порядок группы равен 6.
Полиэдрические кластеры K8, K11 и K12. Установлены 184 варианта кластерного представления 3D атомной сетки с числом структурных единиц от 3 до 7.
Определены полиэдрические кластеры K8 = 0@Ca2Hg6 представляющие собой гексагональные бипирамиды, полиэдрические кластеры K11 = 0@Ca3Hg8 и полиэдрические кластеры с центральным Hg-атомом K12 = Hg(Ca3Hg8) (рис. 1).
Центры кластеров Ca2Hg6, 0@Ca3Hg8 и Hg(Ca3Hg8) занимают наиболее высокосимметричные позиции 1с, 1b, и 1f с симметрией –6.
Супраполиэдрические кластеры-прекурсоры K46. Кластеры Ca2Hg6 являются темплатами, на поверхности которых происходит образование атомных оболочек из 38 атомов (рис. 2). Состав двухслойного кластера K46 = 0@8(Ca2Hg6)@38(Hg6 + CaHg6)2(Ca6Hg6).
Самосборка кристаллической структуры. Первичная цепь. Образование первичных цепей $S_{3}^{1}$ происходит при связывании кластеров K46 тройными кольцами Hg3 в направлении [001]. Расстояние между центрами кластеров K46 в первичной цепи определяет значение вектора трансляции c = 9.818 Å.
2D слой. Образование слоя $S_{3}^{2}$ происходит при связывании первичных цепей $S_{3}^{1}$ в направлении [100] (рис. 3). Расстояние между осями первичных цепей определяет значение вектора трансляции a = 13.602 Å. Пустоты в каркасе занимают полиэдрические кластеры 0@Ca3Hg8 и Hg(Ca3Hg8) и атомы-спейсеры Hg(14) (рис. 3).
Самосборка каркаса. 3D каркасная структура $S_{3}^{3}$ формируется при связывании 2D слоев (со сдвигом) в направлении [010] (рис. 3). В 3D каркасе расстояние между эквивалентными 2D слоями определяет значение вектора b = 13.602 Å.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Осуществлен комбинаторно-топологический анализ и моделирование кластерной самосборки кристаллической структуры Ca11Hg54–hP65.
Определены полиэдрические кластеры K8 = 0@Ca2Hg6, представляющие собой гексагональные бипирамиды, полиэдрические кластеры K11 = 0@Ca3Hg8 и полиэдрические кластеры с центральным Hg-атомом K12 = Hg(Ca3Hg8).
Кластеры Ca2Hg6 являются темплатами, на поверхности которых происходит образование атомных оболочек из 38 атомов. Состав двухслойного темплатированного кластера K46 = 0@8(Ca2Hg6)@38(Hg6 + CaHg6)2(Ca6Hg6).
Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки 3D структур из нанокластеров-прекурсоров K46 в виде “первичная цепь → слой → каркас”. Пустоты между первичными цепями занимают полиэдрические кластеры 0@Ca3Hg8 и Hg(Ca3Hg8), а также атомы-спейсеры Hg.
Работа выполнена при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ № 19-02-00636) и Министерства науки и высшего образования в рамках выполнения работ по Государственному заданию ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН.
Список литературы
Villars P., Cenzual K. Pearson’s Crystal Data-Crystal Structure Database for Inorganic Compounds (PCDIC) ASM International: Materials Park, OH.
Bruzzone G., Merlo F. The calcium-mercury system // J. Less-Common Met. 1973. V. 32. P. 237–241.
Cenzual K., Gelato L.M., Penzo M., Parthé E. Inorganic Structure Types with Revised Space Groups. I. // Acta Crystallogr. B .1991. V. 47. P. 433–439.
Puselj M., Ban Z. Ternäre Gamma-Messing Phasen in den Systemen Calcium-M(Ib/IIb)-Quecksilber // Z. Naturforsch. B. 1980. V. 35. P. 1594–1595.
Tkachuk A.V., Mar A. Alkaline-earth metal mercury intermetallics A(11 – x) Hg(54 + x) (A = Ca, Sr) // Inorganic Chemistry. 2008. V. 47(4). P. 1313–1318.
Puselj M., Ban Z. Beitrag zur Kenntnis des Systems Quecksilber-Calcium // Croatica Chemica Acta. 1978. V. 51(1). P. 75–79.
Ilyushin G.D. Modeling of self-organization processes in crystal forming systems: the symmetry and topological code of cluster self-assembly for intermetallics // Russian J. Inorganic Chemistry. 2017. V. 62. Issue 13. P. 1730–1769.
Ilyushin G.D. Modeling of the Self-OrInnization Processes in Crystal-Forming Systems. Tetrahedral Metal Clusters and the Self-Assembly of Crystal Structures of Intermetallic Compounds // Crystallography Reports. 2017. V. 62. 5. P. 670–683.
Tambornino Frank, Hoch Constantin. The simplest representative of a complex series. The Hg-rich amalgam Yb11Hg54. Zeitschrift fuer Kristallographie – Crystalline Materials. 2017. V. 232. P. 557–565.
Blatov V.A., Shevchenko A.P., Proserpio D.M. Applied Topological Analysis of Crystal Structures with the Program Package ToposPro // Cryst. Growth Des. 2014. V. 14. № 7. P. 3576–3585. https://topospro.com/
Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. М.: Едиториал УРСС. 2003. 376 с.
Blatov V.A., Ilyushin G.D., Proserpio D.M. Nanocluster model of intermetallic compounds with giant unit cells: β, β'-Mg2Al3 polymorphs // Inorg. Chem. 2010. V. 49. № 4. P. 1811–1818.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Симметрийный и топологический код (программа) кластерной самосборки икосаэдрических структур семейства NaZn13-cF112 и TRB66-cF1944 // Физика и химия стекла. 2015. V. 41. № 4. P. 341–351.
Ilyushin G.D. The Crystal Chemistry of Intermetallic Lithium Compounds. A review // Russian J. Inorganic Chemistry. 2018. V. 63. № 14. P. 1786–1799.
Шевченко В.Я., Блатов В.А., Илюшин Г.Д. Моделирование процессов самоорганизации в кристаллообразующих системах. Новые двухслойные кластеры-прекурсоры 0@(Na2Cd6)@(Na12Cd26) и 0@(Na3Cd6)@(Na6Cd35) для самосборки кристаллической структуры Na26Cd141–hP168 // Физика и химия стекла. 2019. V. 45. № 4. P. @.
Ilyushin G.D. Symmetry and Topology Code of the Cluster Self-Assembly of Intermetallic Compounds ${\text{A}}_{2}^{{[16]}}$ ${\text{B}}_{4}^{{[12]}}$ of the Friauf Families Mg2Cu4 and Mg2Zn4 // Crystallography Reports. 2018. V. 63. 4. P. 543–552.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Физика и химия стекла