Генетика, 2022, T. 58, № 2, стр. 206-218
Молекулярно-генетическая идентификация безымянных захоронений первой половины XVI в. из некрополя Вознесенского собора Московского Кремля
И. В. Корниенко 1, 2, 4, *, Т. Д. Панова 3, Т. Г. Фалеева 1, 2, 4, 5, О. Ю. Арамова 1, 2, 4, Ю. С. Сидоренко 1, 6
1 Южный научный центр Российской академии наук
344006 Ростов-на-Дону, Россия
2 Калмыцкий научный центр Российской академии наук
358000 Элиста, Россия
3 Государственный историко-культурный музей-заповедник “Московский Кремль”
103132 Москва, Россия
4 Южный федеральный университет, Академия биологии и биотехнологии им. Д.И. Ивановского
344090 Ростов-на-Дону, Россия
5 111 Главный государственный центр судебно-медицинских и криминалистических экспертиз, филиал № 2
344000 Ростов-на-Дону, Россия
6 Национальный медицинский исследовательский центр онкологии
344037 Ростов-на-Дону, Россия
* E-mail: ikornienko@yandex.ru
Поступила в редакцию 08.06.2021
После доработки 15.07.2021
Принята к публикации 29.07.2021
- EDN: ONZYCF
- DOI: 10.31857/S0016675822020072
Аннотация
Некрополь русских великих княгинь и цариц, погребенных в период 1407–1731 гг. в Вознесенском соборе Московского Кремля, претерпел значительные разрушения, многие саркофаги оказались безымянными, что привело к затруднениям в установлении личности находящихся в нем скелетов. Настоящая работа посвящена идентификации неустановленных останков, предположительно принадлежащих потомкам великой княгини Московской Софьи Палеолог (1455–1503), – ее дочери Евдокии Ивановне и внучке Анастасии Петровне. В исторических летописях сохранились сведения о захоронении в этом храме в первой половине XVI в. двух представительниц великокняжеской семьи. Генетический анализ позволил успешно выполнить непрямую идентификацию двух захоронений периода русского Средневековья из некрополя Вознесенского монастыря Московского Кремля и установить родственные взаимосвязи погребенных. Исследование полиморфных микросателлитных локусов аутосомной ДНК, а также гипервариабельных сегментов митохондриальной ДНК (мтДНК) трех женских скелетов позволило выявить их близкую родственную связь. Анализ гипервариабельных локусов мтДНК показал, что все три скелета, включая останки великой княгини Софьи Палеолог, относятся к одной митогруппе – HV0, которая наиболее распространена среди европейских популяций. Результаты настоящей работы стали крайне важной составляющей для реконструкции истории формирования в XVI в. одной из двух самых престижных усыпальниц Московского Кремля. Полученные данные могут помочь в реконструкции семейных захоронений высшей знати средневекового Русского государства.
Проект по изучению захоронений некрополя русских великих княгинь и цариц Вознесенского монастыря Московского Кремля стал заметным явлением в российской исторической науке [1]. Вознесенский собор служил местом погребения жен и дочерей московских великих князей и русских царей в период с 1407 по 1731 г. (рис. 1). Постройки этой обители и ее храм-усыпальница были разобраны в 1929–1931 гг. Сотрудникам музея “Оружейная палата” удалось спасти и сохранить белокаменные саркофаги с останками представительниц правящих династий России: они находятся в Кремле, в подземной палате возле южной стены Архангельского собора. Но внезапное уничтожение этого женского монастыря стало причиной возникновения многих вопросов, которые приходится решать при реконструкции его истории.
Рис. 1.
“Кремленаград”. Вознесенский монастырь на плане Московского Кремля начала XVII в. (под № 26). Музеи Московского Кремля.
Это относится и к захоронениям некрополя Вознесенского собора. Так, при исследовании группы безымянных саркофагов XVI в. (это были взрослые и детские погребения) выяснилось, что все они компактно размещались возле южных дверей храма-усыпальницы. Об этом свидетельствовали данные “Дневника вскрытия”, который вели осенью 1929 г. сотрудники музеев Кремля, фотоматериалы и некоторые зарисовки архитектора П.Н. Максимова того же года (рис. 2).
Рис. 2.
План части некрополя Вознесенского собора с захоронениями. Архитектор П.Н. Максимов. 1929 г. Государственный научно-исследовательский музей архитектуры им. А.В. Щусева.
Схематические планы П.Н. Максимова показывают, что саркофаги XVI в. помещались на значительной глубине, так как сверху позднее были совершены захоронения XVII столетия. Это хорошо видно и на ряде фотографий, сделанных в 1929 г. (рис. 3).
Рис. 3.
Погребения некрополя Вознесенского собора в ходе разборки храма. Фотография 1929 г. Видны саркофаги XVII в. (сверху) и под ними – погребения XVI столетия. Музей Московского Кремля.
Среди этих безымянных саркофагов три взрослых относятся к первой половине XVI в. (в одном из них скелет почти полностью утрачен). Крышки этих гробов не имеют эпитафий, что позволяет исключить их из числа захоронений великих княгинь и цариц. Тем более что погребения всех первых лиц государства XVI в. присутствуют в некрополе Вознесенского собора, места их могил известны, а крышки их каменных гробов начиная с 1538 г. (захоронение великой княгини Елены Глинской) снабжены надписями. Следовательно, безымянные погребения должны быть отнесены к числу женщин второго ряда – это великие княжны или удельные княгини.
В письменных источниках сохранились сведения о захоронении в этом храме в первой половине XVI в. двух представительниц великокняжеской семьи. В 1513 г. в феврале “преставися благоверная великая княжна Евдокея, Петра царевича жена, в вторник на Федоровой недели; и положиша тело еа в церкви Възнесения на Москве внутри града” [2]. Речь в летописи идет о дочери великого князя Ивана III Васильевича и его второй жены гречанки Софьи Палеолог. Эта девочка родилась в семье московского государя в 1483 г. [1], хотя в исторической литературе приводится иногда и другая дата – 1492 г. В январе 1506 г. великую княжну Евдокию выдали замуж за крещеного в православие казанского царевича Кудайкула, принявшего имя Петр. В семье, просуществовавшей недолго, родились две дочери, но точные даты их появления на свет остаются неизвестными.
Под 1540 г. (иногда под 1541 г.) в русских летописях отмечены смерть и погребение в некрополе Вознесенского собора внучки великого князя Ивана III Анастасии Петровны – дочери великой княжны Евдокии Ивановны. Она умерла “лета 7049… тое же осени, декабря в 17 ден, в пяток… а положена внутри града на Москве у Вознесения, возле матери ея” [3]. Эта княжна родилась между 1506 и 1513 гг., но неизвестно, была ли она старшей или младшей дочерью великой княжны Евдокии (сестру ее звали Анной). Когда был заключен брак Анастасии с выходцем из Литвы служилым князем Федором Михайловичем Мстиславским мы не знаем: муж ее скончался летом 1540 года [4].
Учитывая возможную близкородственную связь типа “мать–дочь”, потребовалась идентификация захоронений этих двух женщин, с именами которых на первом этапе предположительно связали безымянные саркофаги, условно обозначенные как “ПН-36” и “ПН-48”. Сразу отметим, что на других участках усыпальницы Вознесенского собора безымянных захоронений XV–первой половины XVI в. не было. Поэтому в ходе исследований стало ясно, что упомянутые в хрониках могилы двух представительниц великокняжеской семьи были размещены в наиболее престижной части некрополя и входят в группу безымянных саркофагов, попытка идентификации которых и была предпринята в ходе настоящего исследования.
Для уточнения датировки безымянных саркофагов ПН-36 и ПН-48 в первую очередь уделили внимание их форме. Они отличались от белокаменных гробов XV столетия, так как не имели сужений в ножной части – это имитировало форму человеческого тела (рис. 4). Важно также отметить, что остальные саркофаги XVI столетия (начиная с 1538 г.) имели резные эпитафии на крышках и поэтому проблем с их идентификацией не было. При изучении погребальных сооружений изначально предположили, что саркофаг ПН-48 относится к началу XVI столетия, а гроб ПН-36 может датироваться временем ближе к середине этого века.
Рис. 4.
Белокаменные саркофаги XV и XVI в. Планы и разрезы. Рисунок Т.Д. Пановой. а – саркофаг предположительно великой княжны Евдокии Ивановны; б – саркофаг предположительно великой княжны Анастасии Петровны.
Далее для определения принадлежности этих двух захоронений выбрали два метода исследования останков – антропологический и генетический анализ. Для их осуществления были привлечены также костные останки великой княгини Софьи Палеолог, так как она являлась матерью великой княжны Евдокии Ивановны и бабушкой Анастасии Петровны.
Антропологический метод показал, что обе женщины, погребенные в них, умерли в возрасте до тридцати лет: они прожили на свете от двадцати трех до двадцати пяти или чуть более лет. При этом анализе костных останков важные признаки родственных связей между женщинами из двух безымянных саркофагов и великой княгиней Софьей Палеолог выявила одонтолог Н.И. Халдеева. В своем заключении она отметила высокую степень сходства по формам зубных дуг на нижних челюстях великой княгини Софьи Палеолог и индивида из саркофага ПН-36, предварительно определенного как княжна Анастасия Петровна [5]. О сходстве верхних зубов индивидов из гробов ПН-48 (Евдокия Ивановна) и ПН-36 (Анастасия Петровна) также свидетельствуют особенности некоторых элементов на верхних первых правых премолярах, верхних вторых правых премолярах и других зубах [6]. В работе С.В. Васильева и соавт. [5] отмечены одновременные редкие одонтологические элементы на зубах рассмотренных останков. Все эти наблюдения позволяют предположить возможные генетические связи всех трех женщин – великой княгини Софьи Палеолог, ее дочери и внучки.
В итоге комплекс косвенных свидетельств (наблюдения за формой саркофагов и общей топографией некрополя Вознесенского собора), а также натурные исследования антропологических материалов позволили предположительно идентифицировать два безымянных захоронения и восстановить состав могил возле южных дверей храма-усыпальницы русских великих княгинь и цариц. Однако эти предварительные выводы потребовали дополнительного подтверждения. Таким важным и убедительным доводом могли стать результаты молекулярно-генетических идентификационных исследований останков, что и было проведено в настоящей работе.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Для генетического исследования Государственным историко-культурным музеем-заповедником “Московский Кремль” были предоставлены левая бедренная и правая большеберцовая кости скелета великой княгини Софьи Палеолог (год смерти 1503), обозначенного как “ПН-6”; правая бедренная кость скелета предположительно великой княжны Евдокии Ивановны (год смерти 1513), обозначенного как “ПН-48”; правая бедренная кость скелета предположительно великой княжны Анастасии Петровны (год смерти 1541), обозначенного как “ПН-36” (рис. 5).
Рис. 5.
Внешний вид костей скелетов ПН-6, ПН-48 и ПН-36. а – левая бедренная кость великой княгини Софьи Палеолог; б – правая большеберцовая кость великой княгини Московской Софьи Палеолог; в – правая бедренная кость скелета предположительно великой княжны Евдокии Ивановны; г – правая бедренная кость скелета предположительно великой княжны Анастасии Петровны.
Подготовка помещения для работы с костными объектами
Пробоподготовку костных объектов проводили в помещении, которое в течение двух дней непрерывно подвергали облучению с помощью пятилампового облучателя-рециркулятора закрытого типа “Дезар-7” (суммарная мощность излучения составляла 100 Вт). Далее полы и стены помещения обрабатывали 10%-ным коммерческим раствором “Белизна”, содержащим активный хлор в виде гипохлорита натрия, и оставляли еще на одни сутки с включенным облучателем-рециркулятором “Дезар-7”.
Пробоподготовка костных объектов и выделение ДНК
Пробоподготовку костных объектов и фенол-органическую экстракцию ДНК из полученного костного порошка проводили согласно протоколу, описанному ранее [7]. Выделение ДНК из образцов № ПН-6 (левая бедренная кость), ПН-6 (правая большеберцовая кость), ПН-48 и ПН-36 проводили в двух независимых параллелях.
Исследование STR-локусов аутосомной ДНК по системе IdentifilerPlus
Генотипирование образцов ДНК проводили с использованием тест-системы AmpFLSTR Identifiler Plus PCR Amplification Kit (ThermoFisher Scientific, Applied Biosystems), включающей в себя 15 микросателлитных локусов: D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D18S51, D5S818 и FGA. Амплификацию участков ДНК осуществляли методом ПЦР с помощью термоциклера GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems) в режиме эмуляции 1°С/с в течение 30 циклов. Электрофорез образцов проводили с помощью ДНК-анализатора ABI PRISM 3130xl (Applied Biosystems). Инжекция образцов осуществлялась при напряжении 2.0 кВ в течение 20 с. Обработку результатов электрофореза и идентификацию аллелей проводили с помощью программ Gene Mapper ID (версия 3.2) и Gene Mapper ID-X (версия 1.5).
Типирование препаратов ДНК, полученных в ходе независимых экстракций из костных порошков, проводили в четырех параллелях для объектов № ПН-48 и ПН-36, а для объекта № ПН-6 (левая бедренная и правая большеберцовая кости) – в трех параллелях.
Для оценки специфичности реакции амплификации проводили типирование положительного (проба с ДНК 9947А) и отрицательного (проба без ДНК) контролей.
Идентификацию аллелей проводили относительно размерного стандарта LIZ-600 и аллельного леддера, прилагаемого к тест-системе AmpFlSTR PCR Identifiler Plus Amplification Kit.
Исследование STR-локусов аутосомной ДНК по системе GlobalFiler
Генотипирование образцов ДНК проводили с использованием тест-системы GlobalFiler PCR Amplification Kit (ThermoFisher Scientific, Applied Biosystems), включающей в себя 21 микросателлитный локус: D3S1358, vWA, D16S539, CSF1PO, TPOX, D8S1179, D21S11, D18S51, D2S441, D19S433, TH01, FGA, D22S1045, D5S818, D13S317, D7S820, SE33, D10S1248, D1S1656, D12S391, D2S133. Амплификацию участков ДНК осуществляли методом ПЦР с помощью термоциклера GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems), используя режим эмуляции “Max ramping mode”, в течение 30 циклов. Электрофорез образцов проводили с помощью ДНК-анализатора ABI PRISM 3500 (Applied Biosystems). Инжекция образцов осуществлялась при напряжении 2.0 кВ в течение 18 с. Обработку результатов электрофореза и идентификацию аллелей проводили с помощью программы Gene Mapper ID-X (версия 1.5). Типирование всех препаратов ДНК проводили в трех параллелях.
Для оценки специфичности реакции амплификации проводили типирование положительного (проба с ДНК 007) и отрицательного (проба без ДНК) контролей.
Идентификацию аллелей проводили относительно размерного стандарта LIZ-600 и аллельного леддера, прилагаемого к тест-системе GlobalFiler PCR Amplification Kit.
Вероятностные расчеты степени родства по результатам типирования аутосомных микросателлитных локусов
В расчетах были использованы численные значения аллельных частот, выложенные на электронном ресурсе https://strbase.nist.gov [8]. Отношения правдоподобия (likelihood ratio, LR) для таких сценариев непрямой идентификации, как родство типа “мать–дочь” и родство типа “бабушка–внучка”, рассчитывались отдельно для каждого STR-локуса на основе стандартных алгоритмов [9] с использованием соответствующих компьютерных программ EasyPA_In_1_Minute и EasyPAnt_In_1_Minute [10–12]. Далее, предполагая независимое наследование аллелей для исследованных полиморфных аутосомных STR-локусов (отсутствие сцепления), отношения правдоподобия были перемножены и рассчитан комбинированный индекс родства (Combined Kinship Index, CKI).
Амплификация участков митохондриальной (мт) ДНК
Энзиматическую амплификацию гипервариабельных (HV1 и HV2) участков мтДНК исследуемых объектов проводили в двух параллелях с помощью минипраймеров, представленных в табл. 1.
Таблица 1.
Минипраймеры, используемые для энзиматической амплификации гипервариабельных (HV1 и HV2) участков мтДНК исследуемых объектов
| Локус | Наименования праймеров | Последовательности минипраймеров |
|---|---|---|
| MPS1A | F15989 | 5'-CCCAAAGCTAAGATTCTAAT-3' |
| R16158 | 5'-TACTACAGGTGGTCAAGTAT-3' | |
| MPS1B | F16112 | 5'-CACCATGAATATTGTACGGT-3' |
| R16251 | 5'-GGAGTTGCAGTTGATGT-3' | |
| MPS2A | F16190 | 5'-CCCCATGCTTACAAGCAAGT-3' |
| R16322 | 5'-TGGCTTTATGTACTATGTAC-3' | |
| MPS2B | F16268 | 5'-CACTAGGATACCAACAAACC-3' |
| R16410-M19 | 5'-GAGGATGGTGGTCAAGGGA-3' | |
| MPS3A | F34 | 5'-GGGAGCTCTCCATGCATTTGGTA-3' |
| R159 | 5'-AAATAATAGGATGAGGCAGGAATC-3' | |
| MPS3B | F109 | 5'-GCACCCTATGTCGCAGTATCTGTC-3' |
| R240 | 5'-TATTATTATGTCCTACAAGCA-3' | |
| MPS4A | F151 | 5'-CTATTATTTATCGCACCT-3' |
| R292 | 5'-ATTTTTTGTTATGATGTCT-3' | |
| MPS4B | F220 | 5'-TGCTTGTAGGACATAATAAT-3' |
| R389 | 5'-CTGGTTAGGCTGGTGTTAGG-3' |
Конечные концентрации MgCl2 и SynTaq ДНК-полимеразы (Синтол) в ПЦР-смеси составляли соответственно 2 мМ и 0.2 ед./мкл. Энзиматическую амплификацию проводили при помощи термоциклера GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems) в режиме эмуляции скорости нагрева-охлаждения, равной 1°С/с. Условия ПЦР приведены в табл. 2.
Таблица 2.
Условия энзиматических амплификаций гипервариабельных участков мтДНК исследуемых объектов
| Локус мтДНК | Параметры ПЦР | ||
|---|---|---|---|
| этап 1, предварительная инкубация | этап 2, параметры цикла | число циклов | |
| MPS1A | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 50°С 30 с, 72°С 30 с | 38 |
| MPS1B | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 50°С 30 с, 72°С 30 с | 42 |
| MPS2A | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 46°С 30 с, 72°С 30 с | 38 |
| MPS2B | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 48°С 30 с, 72°С 30 с | 42 |
| MPS3A | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 54°С 30 с, 72°С 30 с | 38 |
| MPS3B | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 46°С 30 с, 72°С 30 с | 42 |
| MPS4A | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 45°С 30 с, 72°С 30 с | 38 |
| MPS4B | 95°С 300 с | 95°С 20 с, 46°С 30 с, 72°С 30 с | 42 |
Продукты амплификации очищали от избытка дезоксинуклеотидтрифосфатов и праймеров с помощью набора реактивов на магнитных частицах CleanMag DNA (Евроген).
Секвенирование локусов MPS1A, MPS1B, MPS2A, MPS2B, MPS3A, MPS3B, MPS4A, MPS4B
Циклическое секвенирование амплифицированных участков мтДНК исследуемых объектов проводили с помощью тест-набора для секвенирования DNA Sequencing Kit, BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction, версии 1.1 (Applied Biosystems) с одним из вышеуказанных праймером (табл. 1) с помощью термоциклера GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystems). Продукты секвенирования очищали на колонках CentriSep (Applied Biosystems). Идентификацию ампликонов проводили с помощью ДНК-анализатора ABI PRISM 3130xl (Applied Biosystems). Инжекция образцов осуществлялась при напряжении 1.5 кВ в течение 20 с. Обработку результатов секвенирования проводили с помощью программы Sequencing Analysis (версия 5.3). Завершающий этап анализа нуклеотидных последовательностей мтДНК выполняли с помощью программы BioEdit Sequence Alignment Editor (версия 7.0.5.2). Полиморфизм нуклеотидных последовательностей MPS1A, MPS1B, MPS2A, MPS2B, MPS3A, MPS3B, MPS4A, MPS4B определяли в сравнении с Кембриджской референсной последовательностью (CRS) [13].
Статистический анализ выявленных митотипов проводили с использованием базы данных The EDNAP Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP) (https://empop.online/). Вероятность принадлежности митотипов к одной матрилинии рассчитывали по формуле
где LR = 1/pm, где pm – частота митотипа по базе EMPOP.РЕЗУЛЬТАТЫ
Результаты исследования аутосомных STR-локусов скелетов великой княгини Софьи Палеолог (условное обозначение ПН-6), предположительно великой княжны Евдокии Ивановны (условное обозначение ПН-48) и предположительно великой княжны Анастасии Петровны (условное обозначение ПН-36) приведены в табл. 3.
Таблица 3.
Обобщенные результаты типирования 21 STR-локуса аутосомной ДНК костей скелетов ПН-6, ПН-48 и ПН-36 (тест системы Identifiler Plus и GlobalFiler)
| Локус | ПН-6 | ПН-48 | ПН-36 |
|---|---|---|---|
| D8S1179 | 9, 10 | 10, 13 | 10, 13 |
| D21S11 | 29, 31.2 | 31.2, ? | 30, 31 |
| D7S820 | – | 11, 11 | 11, 12 |
| CSF1PO | 9, 10 | 10, 10 | 10, 11 |
| D3S1358 | 15, 17 | 17, 18 | 17, 18 |
| TH01 | 9.3, 9.3 | 8, 9.3 | 7, 8 |
| D13S317 | 8, 11 | 8, 12 | 8, 12 |
| D16S539 | 11, ? | 11, ? | 9, 11 |
| D2S1338 | – | 24, ? | 18, 25 |
| D19S433 | 14, 15.2 | 13, 15.2 | 13, 15.2 |
| vWA | 17, 17 | 16, 17 | 14, 17 |
| TPOX | – | 8, 9 | 9, 9 |
| D18S51 | – | 16, 17 | 16, 18 |
| D5S818 | 11, 12 | 11, 12 | 12, 13 |
| FGA | 23, ? | – | 22, 23 |
| D2S441 | 10, 11 | 10, 11 | 10, 14 |
| D22S1045 | – | 15, ? | 15, 16 |
| SE33 | – | – | 17, 25.2 |
| D10S1248 | – | 13, 15 | 15, 16 |
| D1S1656 | 15, ? | – | 15, 16 |
| D12S391 | – | 23, ? | 20, 23 |
| Amelogenin | X, X | X, X | XX |
Результаты типирования локуса Amelogenin подтвердили женский пол всех трех скелетов (табл. 3).
Практически все полученные препараты ДНК имели признаки деградации. Только для одного из трех скелетов – ПН-36 (предположительно великой княжны Анастасии Петровны) удалось получить полный генетический профиль по всем микросателлитным локусам.
В ходе энзиматической амплификации ряда локусов матричная активность ДНК объектов ПН-6 и ПН-48 либо отсутствовала, либо наблюдались невоспроизводимые в параллелях аллельные варианты. В связи с низкой концентрацией активной ДНК-матрицы устойчивые результаты генотипирования скелетов ПН-6 и ПН-48 получены соответственно только по 10 и 13 аутосомным STR-локусам (табл. 3). Сравнительный анализ результатов типирования этих аутосомных микросателлитных локусов показал, что по девяти из них (D8S1179, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D19S433, vWA, D5S818 и D2S441) выявлены совпадения в аллельных парах ПН-6 и ПН-48 (табл. 4). Совпадение генетических признаков не исключает родства типа “мать–дочь” скелетов ПН-6 и ПН-48, а вероятность такого типа родства составляет 99.84% (табл. 4).
Таблица 4.
Расчет комбинированного индекса и вероятности материнства великой княгини Софьи Палеолог по отношению к женщине, чей скелет исследован под условным обозначением ПН-48
| Локус | ПН-6 | ПН-48 | Частоты совпадающих аллелей | Формула расчета родства типа “мать–дочь” | Индекс родства KI (LR) |
|---|---|---|---|---|---|
| D3S1358 | 15, 17 | 17, 18 | p17 = 0.2105 | 1/(4 × p17) | 1.1876 |
| vWA | 17, 17 | 16, 17 | p17 = 0.2839 | 1/(2 × p17) | 1.7612 |
| CSF1PO | 9, 10 | 10, 10 | p10 = 0.2202 | 1/(2 × p10) | 2.2707 |
| D8S1179 | 9, 10 | 10, 13 | p10 = 0.1025 | 1/(4 × p10) | 2.4390 |
| D2S441 | 10, 11 | 10, 11 | p10 = 0.2105, p11 = 0.3435 | 1/(4 × p10) + 1/(4 × p11) | 1.9155 |
| D19S433 | 14, 15.2 | 13, 15.2 | p15.2 = 0.0360 | 1/(4 × p15.2) | 6.9444 |
| TH01 | 9.3, 9.3 | 8, 9.3 | p9.3 = 0.3449 | 1/(2 × p9.3) | 1.4497 |
| D5S818 | 11, 12 | 11, 12 | p11 = 0.3560, p12 = 0.3878 | 1/(4 × p11) + 1/(4 × p12) | 1.3469 |
| D13S317 | 8, 11 | 8, 12 | p8 = 0.1205 | 1/(4 × p8) | 2.0747 |
| Совокупный индекс родства СКI | 624.16 | ||||
| Оценка вероятности родства | 99.84% | ||||
Следующим этапом нашей работы была проверка гипотезы о наличии близких родственных отношений между скелетами ПН-48 и ПН-36, что косвенно бы указывало на принадлежность скелета ПН-36 великой княжне Анастасии Петровне, дочери великой княжны Евдокии Ивановны и внучки великой княгини Софьи Палеолог. Для этого был проведен сравнительный анализ генотипов, который показал совпадение генетических признаков объектов ПН-48 и ПН-36, как минимум, по одному из пары аллелей по 13 аутосомным STR-локусам (D8S1179, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D19S433, vWA, TPOX, D18S51, D5S818, D2S441 и D10S1248) (табл. 3). Таким образом, было установлено, что генетический материал ПН-36 мог быть получен по наследству от ПН-48. Относительно высокая вероятность родства (99.994%) подтверждает материнство объекта ПН-48 (предположительно Евдокии Ивановны) в отношении объекта ПН-36 (предположительно Анастасии Петровны) (табл. 5).
Таблица 5.
Расчет комбинированного индекса и вероятности материнства объекта ПН-48 (предположительно Евдокии Ивановны) по отношению к объекту ПН-36 (предположительно Анастасии Петровны)
| Локус | ПН-48 | ПН-36 | Частоты совпадающих аллелей | Формула расчета родства типа “мать–дочь” | Индекс родства KI (LR) |
|---|---|---|---|---|---|
| D3S1358 | 17, 18 | 17, 18 | p17 = 0.2105, p18 = 0.1510 | 1/(4 × p17) + 1/(4 × p18) | 2.8433 |
| vWA | 16, 17 | 14, 17 | p17 = 0.2839 | 1/(4 × p17) | 0.8806 |
| CSF1PO | 10, 10 | 10, 11 | p10 = 0.2202 | 1/(2 × p10) | 2.2707 |
| TPOX | 8, 9 | 9, 9 | p9 = 0.1274 | 1/(2 × p9) | 3.9246 |
| D8S1179 | 10, 13 | 10, 13 | p10 = 0.1025, p13 = 0.3296 | 1/(4 × p10) + 1/(4 × p13) | 3.1975 |
| D18S51 | 16, 17 | 16, 18 | p16 = 0.1468 | 1/(4 × p16) | 1.7030 |
| D2S441 | 10, 11 | 10, 14 | p10 = 0.2105 | 1/(4 × p10) | 1.1876 |
| D19S433 | 13, 15.2 | 13, 15.2 | p13 = 0.2548, p15.2 = 0.0360 | 1/(4 × p13) + 1/(4 × p15.2) | 7.9256 |
| TH01 | 8, 9.3 | 7, 8 | p8 = 0.0956 | 1/(4 × p8) | 2.6151 |
| D5S818 | 11, 12 | 12, 13 | p12 = 0.3878 | 1/(4 × p12) | 0.6447 |
| D13S317 | 8, 12 | 8, 12 | p8 = 0.1205, p12 = 0.2687 | 1/(4 × p8) + 1/(4 × p12) | 3.0051 |
| D7S820 | 11, 11 | 11, 12 | p11 = 0.2050 | 1/(2 × p11) | 2.4390 |
| D10S1248 | 13, 15 | 15, 16 | p15 = 0.1967 | 1/(4 × p15) | 1.2710 |
| Совокупный индекс родства СPI | 17951.5 | ||||
| Оценка вероятности родства | 99.994% | ||||
Результаты исследования гипервариабельных локусов мтДНК показали, что все три скелета относятся к одной митогруппе – HV0 (табл. 6).
Таблица 6.
Результаты исследования гипервариабельных регионов (HV1 и HV2) мтДНК представленных образцов
| Скелет | Локусы мтДНК | Частоты митотипов в базе EMPOP | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| HV2 (72–340) | HV1 (16024–16365) | Европа | Азия | Америка | Африка | |
| ПН-6 | 72C 263G 315.1C | 16298C | 1.219 × 10–2 | 6.130 × 10–4 | 3.446 × 10–3 | 2.002 × 10–3 |
| ПН-48 | 72C 263G 315.1C | 16298C | 1.219 × 10–2 | 6.130 × 10–4 | 3.446 × 10–3 | 2.002 × 10–3 |
| ПН-36 | 72C 263G 315.1C | 16298C | 1.219 × 10–2 | 6.130 × 10–4 | 3.446 × 10–3 | 2.002 × 10–3 |
Митотип, представленный в табл. 6, в основном встречается среди европейских популяций (https://empop.online/), где его средняя частота составляет 1.22% (доверительный интервал по методу Клоппера–Пирсона – от 1.03 до 2.14%). Наиболее широко митотип (16298C 72C 263G 315.1C) распространен в Польше (2.24%), Швеции (1.89%), Греции (1.71%) и Испании (1.70%).
Таким образом, вероятность события, что все три скелета (ПН-6, ПН-48 и ПН-36) действительно относятся к одной материнской линии, а не случайно подходят к ней по своему профилю мтДНК, составляет 98.79% (1/(1 + 1/LR) × 100%, где LR = 1/0.0122).
Учитывая независимый характер наследования аутосомных и митохондриальных ДНК-маркеров для каждой пары (ПН-6 и ПН-48, ПН-48 и ПН-36), был рассчитан совокупный индекс родства типа “мать–дочь”, как произведение индексов родства, рассчитанных отдельно для аутосомных STR-локусов и митотипов [14].
Для пары скелетов ПН-6 и ПН-48 совокупный индекс родства составил (LRa × LRm) 624.16 × 81.97 = = 51 152.4; где LRa – комбинированный индекс родства, рассчитанный для аутосомных STR-маркеров (табл. 4), LRm – индекс родства, рассчитанный по частоте совпадающих митотипов (16298C 72C 263G 315.1C) в базе EMPOP (табл. 6). Полученные результаты с высокой вероятностью (99.998%) указывают на наличие родства типа “мать–дочь” между великой княгиней Софьей Палеолог и объектом ПН-48, что также косвенно подтверждает принадлежность скелета, обозначенного как ПН-48, великой княжне Евдокии Ивановне, дочери великой княгини Софьи Палеолог.
Величина вероятности материнства объекта ПН-48 по отношению к объекту ПН-36, рассчитанная через совокупный индекс родства (1 471 434) составила 99.99993%, что подтверждает первоначальную гипотезу о принадлежности скелета ПН-36 великой княжне Анастасии Петровне. Костные останки ПН-36 по сравнению с ПН-48 визуально имели значительно лучшую сохранность [15], что согласуется с результатами ДНК-исследования всех скелетов (табл. 3).
ОБСУЖДЕНИЕ
В процессе генетического исследования установлено, что скелет ПН-48 с высокой долей вероятности принадлежит дочери великого князя Московского Ивана III (1440–1505) и великой княгини Московской Софьи Палеолог (1455–1503) – великой княжне Евдокии Ивановне (год смерти 1513). Также была показана принадлежность скелета ПН-36 великой княжне Анастасии Петровне (год смерти 1541), дочери великой княжны Евдокии Ивановны (1492–1513) и казанского царевича Петра Кудайкула (?–1523).
В результате исследований впервые в российской науке с помощью комплексного молекулярно-генетического анализа полиморфных участков аутосомной и митохондриальной ДНК проведена непрямая идентификация двух захоронений периода русского Средневековья из некрополя Вознесенского монастыря Московского Кремля и установлены родственные взаимосвязи погребенных.
В ходе анализа данных письменных источников (летописей) и архивных материалов 1929 г. из фондов московских музеев удалось определить точное место могил великой княжны Евдокии Ивановны и ее дочери Анастасии Петровны [16]. Сегодня их саркофаги (и захоронения в целом) перешли из разряда безымянных, не несущих эпитафий на крышках, в число имеющих точную принадлежность. Это делает биологический материал из погребений великой княжны Евдокии Ивановны и ее дочери Анастасии важным объектом при изучении антропологического типа представительниц русской правящей династии начала XVI столетия, наследственных семейных патологий высшей знати средневекового Русского государства.
Полученные генетические результаты стали крайне важной составляющей для реконструкции истории формирования в XVI в. одной из двух самых престижных усыпальниц Московского Кремля. Результаты комплексного изучения останков великой княгини Софьи Палеолог, ее дочери Евдокии и внучки Анастасии, полученные в настоящей работе, представят значительный интерес для специалистов разных направлений в российской науке.
Пробоподготовка биологических образцов, исследование мтДНК, а также аутосомных STR-локусов по системе Identifiler Plus выполнены в рамках реализации госзадания ЮНЦ РАН, № гр. Проекта 01201363186. Исследование аутосомных микросателлитных локусов по системе GlobalFiler выполнено при финансовой поддержке гранта Правительства Российской Федерации № 075-15-2019-1879 “От палеогенетики до культурной антропологии: комплексное интердисциплинарное исследование традиций народов трансграничных регионов: миграции, межкультурное взаимодействие и картина мира”.
Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с использованием в качестве объекта животных.
Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с участием в качестве объекта людей.
Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов.
Список литературы
Панова Т.Д. Предполагаемое захоронение великой княжны Евдокии Ивановны. 1513 год. Биографический очерк. Некрополь русских великих княгинь и цариц в Вознесенском монастыре Московского Кремля: Материалы исследований. В 4 томах. Т. 3. Погребения XVI–начала XVII века. Часть 1. М.: Музеи Московского Кремля, 2018. С. 66–68.
Русские летописи. Т. 3: Воскресенская летопись. Рязань: Узорочье, 1998. Т. 3. С. 334.
Русские летописи. Т. 4: Львовская летопись. Рязань: Узорочье, 1999. Т. 4. С. 500.
Панова Т.Д. Предполагаемое захоронение великой княжны Анастасии Петровны. 1541 год. Биографический очерк. Некрополь русских великих княгинь и цариц в Вознесенском монастыре Московского Кремля: Материалы исследований. В 4 томах. Т. 3. Погребения XVI–начала XVII века. Часть 1. М.: Музеи Московского Кремля, 2018. С. 204–205.
Васильев С.В., Боруцкая С.Б., Халдеева Н.И. Предполагаемое захоронение великой княжны Евдокии Ивановны. 1513 год. Антропологическое исследование останков. Некрополь русских великих княгинь и цариц в Вознесенском монастыре Московского Кремля: Материалы исследований. В 4 томах. Т. 3. Погребения XVI–начала XVII века. Часть 1. М.: Музеи Московского Кремля, 2018. С. 54–55.
Васильев С.В., Боруцкая С.Б., Халдеева Н.И. Предполагаемое захоронение великой княжны Евдокии Ивановны. 1513 год. Антропологическое исследование останков. Некрополь русских великих княгинь и цариц в Вознесенском монастыре Московского Кремля: Материалы исследований. В 4 томах. Т. 3. Погребения XVI–начала XVII века. Часть 1. М.: Музеи Московского Кремля, 2018. С. 56.
Корниенко И.В., Фалеева Т.Г., Шурр Т.Г. и др. Y-гаплогруппы костных останков из курганных погребений хазарского времени на территории юга России // Генетика. 2021. Т. 57. № 4. С. 464–477. https://doi.org/10.31857/S0016675821040044
https://strbase.nist.gov/NISTpop.htm (NIST 1036 Revised U.S. Population Dataset (July 2017)), Excel file of 1036 revised Allele Frequencies.
Evett I.W., Weir B.S. Interpreting DNA Evidence: Statistical Genetics for Forensic Scientists. Sunderland, MA: Sinauer Associates, Inc., 1998. 278 p.
Fung W.K. User-friendly programs for easy calculations in paternity testing and kinship determinations // Forensic Sci. Int. 2003. V. 136. P. 22–34. https://doi.org/10.1016/S0379-0738(03)00218-4
Fung W.K., Hu Y.Q., Chung Y.K. On statistical analysis of forensic DNA: Theory, methods and computer programs // Forensic Sci. Int. 2006. V. 162. P. 17–23. https://doi.org/10.1016/j.forsciint.2006.06.025
Fung W.K., Hu Y.Q. Statistical DNA Forensics: Theory, Methods and Computation. Sussex, U.K.: John Wiley & Sons, Ltd., 2008. 240 p.
Anderson S., Bankier A.T., Barrell B.G. et al. Sequence and organization of the human mitochondrial genome // Nature. 1981. V. 290. P. 457–465. https://doi.org/10.1038/290457a0
Корниенко И.В., Вакуленко М.Ю., Фалеева Т.Г. и др. Успешный опыт генетической идентификации останков военнослужащего Красной Армии времен Второй мировой войны // Генетика. 2018. Т. 54. № 4. С. 480–486. https://doi.org/10.7868/S0016675818040100
Васильев С.В., Боруцкая С.Б., Халдеева Н.И. Предполагаемое захоронение великой княжны Анастасии Петровны. 1541 год. Антропологическое исследование останков. Некрополь русских великих княгинь и цариц в Вознесенском монастыре Московского Кремля: Материалы исследований. В 4 томах. Т. 3. Погребения XVI–начала XVII века. Часть 1. М.: Музеи Московского Кремля, 2018. С. 180.
Панова Т.Д. Топография некрополя Вознесенского собора в XVI–начале XVII века. Некрополь русских великих княгинь и цариц в Вознесенском монастыре Московского Кремля: Материалы исследований. В 4 томах. Т. 3. Погребения XVI–начала XVII века. Часть 1. М.: Музеи Московского Кремля, 2018. С. 12–13.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Пн.-пт.: 10.00-19.00