Кристаллография, 2020, T. 65, № 4, стр. 546-552
Интерметаллиды NakMn (М = K, Cs, Ba, Ag, Pt, Au, Zn, Bi, Sb): геометрический и топологический анализ, кластерные прекурсоры и самосборка кристаллических структур
1 Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН
Москва, Россия
* E-mail: gdilyushin@gmail.com
Поступила в редакцию 05.07.2019
После доработки 05.07.2019
Принята к публикации 20.07.2019
Аннотация
С помощью компьютерных методов (пакет программ ToposPro) осуществлен геометрический и топологический анализ и проведено моделирование самосборки кристаллических структур интерметаллидов, образующихся в системах Na–М, где M = K, Cs, Ba, Ag, Pt, Au, Zn, Bi, Sb. Металлокластеры-прекурсоры кристаллических структур NakMn определены с использованием алгоритмов разложения структурных графов на кластерные структуры и построения базисной сетки структуры в виде графа, узлы которого соответствуют положению центров кластеров. Установлены тетраэдрические металлокластеры M4, образующие упаковки в кристаллических структурах Na3Bi-hP8, Na2Bi2-tP4, Na2Sb2-mP16, тетраэдрические металлокластеры M4 и спейсеры для каркасных структур Na2(Au4)-cF24 и Ba2(Na4)-hP12, октаэдрические кластеры M6 для Na4Au2-tI12, октаэдрические M6 и тетраэдрические M4 металлокластеры для Na2(Na4)(Ba6)-cF96 и Au2(In4)(Na6)-cF96 и икосаэдрические металлокластеры M13 для Na(Zn13)-cF116. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки кристаллических структур интерметаллидов NakMn из металлокластеров-прекурсоров S30 в виде: цепь $S_{3}^{1}$ → микрослой $S_{3}^{2}$ → микрокаркас $S_{3}^{3}$.
ВВЕДЕНИЕ
В двойных системах A–B с участием атомов щелочных металлов A = Li, Na установлено образование 130 интерметаллидов LinMk и 79 интерметаллидов NanMk [1, 2]. В [3] проведен геометрический и топологический анализ интерметаллидов лития, образующихся в системах Li–М с атомами d-элементов М = Ag, Au, Pt, Pd, Ir, Rh. Из 13 установленных структурных типов интерметаллидов лития для 11 определены тетраэдрические типы металлокластеров-прекурсоров $S_{3}^{0}$ и реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки кристаллических структур интерметаллидов. Алгоритм определения кластеров-прекурсоров $S_{3}^{0}$ реализован в комплексе программ TOPOS [4].
Кристаллизация Na-интерметаллидов установлена в 18 системах Na–M [1, 2]. В пяти системах Na–M с атомами M = K, Cs, Ag, Pt, Zn образуется только по одному интерметаллиду, в четырех системах с атомами M = Ba, Au, Bi, Sb – по два интерметаллида. Наибольшее число интерметаллидов – 6, 7 и 10 – образуется в системах с атомами M = Ge, Hg, Sn.
В настоящей работе осуществлен геометрический и топологический анализ и проведено моделирование самосборки кристаллических структур интерметаллидов, образующихся в системах Na–М, где M = K, Cs, Ba, Ag, Pt, Au, Zn, Bi, Sb. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки кристаллических структур интерметаллидов из металлокластеров-прекурсоров $S_{3}^{0}$ в виде: цепь $S_{3}^{1}$ → микрослой $S_{3}^{2}$ → микрокаркас $S_{3}^{3}$.
Работа продолжает исследования [3, 5–9] в области моделирования процессов самоорганизации систем на супраполиэдрическом уровне и геометрического и топологического анализа кристаллических структур с применением компьютерных методов (пакета программ ToposPro [4]).
МЕТОДИКИ, ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ ПРИ КОМПЬЮТЕРНОМ АНАЛИЗЕ
Геометрический и топологический анализ осуществляли с помощью комплекса программ ToposPro, позволяющего проводить исследование кристаллической структуры в автоматическом режиме, используя представление структур в виде “свернутых графов” (фактор-графов).
Алгоритм разложения в автоматическом режиме структуры любого интерметаллида, представленного в виде свернутого графа, на кластерные единицы основывается на следующих принципах: структура образуется в результате самосборки из кластеров-прекурсоров; кластеры-прекурсоры образуют каркас структуры, пустоты в котором заполняют спейсеры; многослойные нанокластеры-прекурсоры не имеют общих внутренних атомов, но они могут иметь общие атомы на поверхности; кластеры-прекурсоры занимают высокосимметричные позиции; набор нанокластеров-прекурсоров и кластеров-спейсеров включает в себя все атомы структуры.
Кристаллохимические и топологические данные для Na-интерметаллидов представлены в табл. 1. Параметры и объемы элементарных ячеек представителей кристаллохимических семейств Na-интерметаллидов приведены в табл. 2–7. На рис. 1 даны длины связей атомов в кластерах-прекурсорах кристаллических структур металлов, на рис. 2 и 3 – в кластерах-прекурсорах кристаллических структур интерметаллидов.
Таблица 1.
Структурный тип | Группа симметрии, последовательность Уайкова | Атом | Локальное окружение | Координационные последовательности | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
N1 | N2 | N3 | N4 | N5 | ||||
Na3Bi-hP8 | P63/mmc (194), fcb | Na1 | 6Na + 3Bi | 9 | 33 | 92 | 155 | 237 |
Na2 | 7Na + 4Bi | 11 | 38 | 89 | 158 | 242 | ||
Bi1 | 11Na | 11 | 41 | 86 | 155 | 245 | ||
Na2Bi2-tP4 | P4/mmm (123), eca | Na1 | 4Na + 8Bi | 12 | 42 | 92 | 162 | 252 |
Bi1 | 8Na + 4Bi | 12 | 42 | 92 | 162 | 252 | ||
Bi2 | 8Na + 4Bi | 12 | 42 | 92 | 162 | 252 | ||
Na2Sb2-mP16 | P21/c (14), e4 | Na1 | 4Na + 6Sb | 10 | 37 | 81 | 150 | 236 |
Na2 | 5Na + 6Sb | 11 | 37 | 83 | 148 | 233 | ||
Sb1 | 6Na + 2Sb | 8 | 32 | 78 | 41 | 226 | ||
Sb2 | 6Na + 2Sb | 8 | 33 | 79 | 40 | 230 | ||
Na4Au2-tI12 | I4/mcm (140), ha | Na1 | 7Na+ 4Au | 11 | 42 | 95 | 170 | 263 |
Au1 | 8Na+ 2Au | 10 | 38 | 86 | 158 | 258 | ||
Na2(Na4)(Ba6)-cF96 | Fd$\bar {3}$m (227), fed | Na1 | 6Na + 6Ba | 12 | 43 | 111 | 196 | 328 |
Na2 | 6Na + 6Ba | 12 | 44 | 114 | 210 | 330 | ||
Ba1 | 6Na + 8Ba | 14 | 53 | 115 | 218 | 352 | ||
Au2(In4)(Na6)-cF96 | Fd$\bar {3}$m (227), fed | In1 | 6Na + 6Ba | 12 | 43 | 111 | 196 | 328 |
Au1 | 6Na + 6Ba | 12 | 44 | 114 | 210 | 330 | ||
Na1 | 6Na + 8Ba | 14 | 53 | 115 | 218 | 352 | ||
Ba2Na4-hP12 | P63/mmc (194), hfa | Ba1 | 4Ba + 12Na | 16 | 52 | 125 | 232 | 358 |
Na1 | 6Ba + 6Na | 12 | 50 | 120 | 230 | 374 | ||
Na2 | 6Ba + 6Na | 12 | 50 | 110 | 212 | 348 | ||
Na2Au4-cF24 | Fd$\bar {3}$m (227), da | Na1 | 12Ag +4Na | 16 | 52 | 130 | 244 | 380 |
Au1 | 6Ag +6Na | 12 | 50 | 110 | 216 | 356 | ||
NaZn13-cF112 | Fm$\bar {3}$c (226), iba | Na1 | 24Zn | 24 | 62 | 132 | 254 | 384 |
Zn1 | 12Zn | 12 | 32 | 126 | 188 | 330 | ||
Zn2 | 2Na + 10Zn | 12 | 55 | 129 | 239 | 376 |
СИММЕТРИЙНЫЙ И ТОПОЛОГИЧЕСКИЙ КОД (ПРОГРАММА) САМОСБОРКИ КРИСТАЛЛИЧЕСКИХ СТРУКТУР ИНТЕРМЕТАЛЛИДОВ
При моделировании кристаллической структуры интерметаллидов определяется иерархическая последовательность ее самосборки в кристаллографическом пространстве XYZ, т.е. восстанавливается симметрийный и топологический код формирования макроструктуры в виде последовательности значимых элементарных событий, характеризующих самую короткую (быструю) программу кластерной самосборки из тетраэдрических металлокластеров $S_{3}^{0}$ в виде: первичная цепь $S_{3}^{1}$ → микрослой $S_{3}^{2}$ → микрокаркас $S_{3}^{3}$.
Структурный тип Na3Bi-hP8 [10]. Кристаллохимическое семейство состоит из 16 интерметаллидов [1, 2]. К семейству щелочных интерметаллидов относятся восемь соединений (табл. 2). В локальном окружении атомов Na1 и Na2 находятся 9 и 11 атомов, атома Bi – 11 атомов (табл. 1). Металлокластер-прекурсор M4 представляет собой тетраэдр Na3Bi с симметрией m (рис. 2). Длины связей Na–Bi и Na–Na равны 3.152 и 3.542 и 3.231 и 3.542 Å соответственно. Для кластеров M4 установлена базовая 2D-сетка 36.
Первичная цепь $S_{3}^{1}$ формируется в результате связывания металлокластеров Na3Bi с индексом связанности Pс = 4 (рис. 4). Расстояние между тетраэдрами вдоль оси X определяет модуль вектора трансляции a = 5.459 Å. Слой $S_{3}^{2}$ образуется в процессе связывания параллельно расположенных цепей со сдвигом. Расстояние между тетраэдрами вдоль оси Y определяет модуль вектора трансляции b = 5.4598 Å. Каркас структуры $S_{3}^{3}$ формируется при упаковке слоев со сдвигом. Расстояние между слоями в направлении оси Z соответствует длине вектора трансляции c = 9.657 Å.
Структурный тип Na2Bi2-tP4 [11]. Кристаллохимическое семейство включает 47 интерметаллидов. К семейству щелочных интерметаллидов относятся два соединения (табл. 3). Металлокластер-прекурсор представляет собой тетраэдр Na2Bi2 (рис. 2) с симметрией m. Длины связей Na–Bi = 3.436, Na–Na = 3.472 и Bi–Bi = 3.436 Å. Для металлокластеров установлена базовая 2D-сетка 44. Первичная цепь $S_{3}^{1}$ формируется в результате связывания (Pс = 4) тетраэдрических кластеров-прекурсоров Na2Bi2. Расстояние между центрами кластеров определяет длину вектора трансляции b (рис. 4). Слой $S_{3}^{2}$ образуется вдоль оси Y в результате связывания параллельно расположенных цепей с индексом Pc = 10. Каркас структуры $S_{3}^{3}$ формируется при упаковке слоев $S_{3}^{2}$. Расстояние между осями первичных цепей из соседних слоев соответствует периоду трансляции a.
Структурный тип Na2Sb2-mP16. К семейству Na-интерметаллидов относятся Na2Sb2 [12], Na2As2 [13] (табл. 4). Металлокластер-прекурсор представляет собой тетраэдр Na2As2 (рис. 2). Длины связей Na–Sb равны 4.124 и 4.152 Å, Na–Na – 3.707 и 3.542 Å, Sb–Sb – 2.485 Å. Для кластеров M4 установлена базовая 2D-сетка 44. Первичная цепь $S_{3}^{1}$ формируется в результате связывания (Pс = 8) тетраэдрических металлокластеров Na2As2 осью симметрии 21 (рис. 4). Удвоенное расстояние между тетраэдрами в направлении оси Y определяет период трансляции b = 6.340 Å. Образование слоя $S_{3}^{2}$ происходит в ходе связывания параллельно расположенных цепей (рис. 4). Удвоенное расстояние между осями первичных цепей вдоль оси Z равно длине вектора трансляции c = 12.480 Å. Каркас структуры $S_{3}^{3}$ формируется при связывании слоев. Расстояние между слоями в направлении оси X соответствует модулю вектора трансляции a = 6.800 Å.
Структурный тип Na2(Au4)-cF24 [14]. Число представителей в кристаллохимическом семействе 224. К Na-интерметаллидам относятся Na2(Au4), Na2(Ag4), Na2(Pt4) (табл. 5). Металло-кластер-прекурсор представляет собой тетраэдр с симметрией $\bar {4}$3m (рис. 3). В тетраэдрах длины связей Pt–Pt = 2.645, Au–Au = 2.762, Ag–Ag = 2.801 Å соответствуют длинам связей атомов в кристаллических структурах Pt-cF4, Ag-cF4, Au-cF4 (рис. 1). Для металлокластеров установлена базовая 2D-сетка 44. Самосборка первичных цепей $S_{3}^{1}$ из кластеров Au4 происходит в направлении диагонали в плоскости XY (рис. 5). Образование слоя $S_{3}^{2}$ происходит при связывании параллельно расположенных первичных цепей в плоскости XY. Расстояния между центрами тетраэдров Au4 из соседних цепей в направлении осей X и Y соответствуют периодам трансляции a = b = 7.812 Å. Каркас структуры $S_{3}^{3}$ формируется при связывании (со сдвигом) слоев $S_{3}^{2}$. Расстояние между слоями $S_{3}^{2}$ определяет половину периода трансляции c = = 7.812 Å.
Структурный тип Ba2(Na4)-hP12 [15]. Число представителей в кристаллохимическом семействе 59. К Na-интерметаллидам относятся Ba2(Na4), K2(Na4), Cs2(Na4) (табл. 6). Металлокластер-прекурсор представляет собой тетраэдр Na4 с симметрией 3m (рис. 2). Длины связей Na–Na в тетраэдрах равны 3.712 и 3.786, 3.747 и 3.754, 3.930 и 3.976 Å для Ba-, K-, Cs-соединений соответственно. Для металлокластеров установлена базовая 2D-сетка 36. Самосборка первичных цепей $S_{3}^{1}$ происходит параллельно оси Х в плоскости XY (рис. 5). Расстояние между кластерами Na4 соответствует длине вектора трансляции a = 7.393 Å. Слой $S_{3}^{2}$ образуется при связывании (со сдвигом) цепей $S_{3}^{1}$ параллельно оси Y. Расстояние между осями первичных цепей (проходящими через центры тяжести кластеров Na4) равно модулю вектора трансляции b = 7.393 Å. Каркас структуры $S_{3}^{3}$ формируется при связывании слоев со сдвигом. Расстояние между слоями определяет половину периода трансляции c = 11.999 Å.
Структурный тип Na4Au2-tI12 [14]. Число представителей в кристаллохимическом семействе 49. К щелочным соединениям относится только интерметаллид Na4Au2. Металлокластер-прекурсор представляет собой октаэдр Na4Au2 (рис. 3) с симметрией 4/m. Расстояния Au–Au 2.761 Å соответствуют длинам связей в Au-cF4 (рис. 1). Для металлокластеров Na4Au2 установлена базовая 2D-сетка 36. Самосборка первичных цепей $S_{3}^{1}$ происходит в результате связывания кластеров Na4Au2 с индексом Pc = 5 (рис. 4). Слой $S_{3}^{2}$ образуется при связывании параллельно расположенных цепей со сдвигом. Расстояние между центрами кластеров Na4Au2 равно модулю вектора трансляции c = 5.522 Å. Каркас структуры $S_{3}^{3}$ формируется при упаковке (со сдвигом) слоев $S_{3}^{2}$. Расстояние между первичными цепями вдоль осей Х и Y соответствует периодам трансляций a = = b = 7.415 Å.
Структурный тип Na2(Na4)(Ba6)-cF96. К семейству Na-интерметаллидов относятся Na2(Na4)(Ba6) [16] и Au2(In4)(Na6) [17] (табл. 7). Центры октаэдрических Ba6 и Na6 и тетраэдрических Na4 и In4 кластеров (рис. 3) находятся в позициях 8a и 8b с симметрией m$\bar {3}$m соответственно. В кластерах Na6 и Na4 все длины связей Na–Na равны 3.87 Å. Первичная цепь $S_{3}^{1}$ кристаллической структуры Na2(Na4)(Ba6) формируется в результате связывания кластеров Na4 и Ba6 с участием атомов-спейсеров Na (рис. 5). Первичная цепь $S_{3}^{1}$ Au2(In4)(Na6) образуется при связывании кластеров In4 и Na6 и атомов-спейсеров Au, слой $S_{3}^{2}$ – при связывании (со сдвигом) первичных цепей. Каркас структуры $S_{3}^{3}$ формируется в процессе связывания слоев $S_{3}^{2}$.
Структурный тип NaZn13–cF116 [18]. Общее число представителей в кристаллохимическом семействе 46. Установлено, что интерметаллиды AZn13 образуются с атомами A = Li, Na, K, Rb, Ba [1, 2]. Параметры кубической ячейки NaZn13: a = = 12.273 Å, V = 1848 Å3. Кластер-прекурсор представляет собой икосаэдр из 12 атомов Zn с атомом Zn в центре, который занимает позицию 8b с наивысшей возможной кристаллографической симметрией m$\bar {3}$. Для металлокластеров M13 установлена 2D-сетка 44. Самосборка первичных цепей $S_{3}^{1}$ происходит в направлении оси X (рис. 5). Расстояние между центрами кластеров Zn13 соответствует длине вектора трансляции a = 12.273 Å. При связывании икосаэдров Рс = 8. Микрослой $S_{3}^{2}$ образуется при связывании параллельно расположенных коротких цепей $S_{3}^{1}$, микрокаркас $S_{3}^{3}$ – при упаковке микрослоев. Атом Na находится в центре полости и образует 24 связи Na–Zn (по три с каждым из восьми икосаэдров).
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Проведен геометрический и топологический анализ кристаллических структур интерметаллидов, образующихся в системах Na–М с атомами M = K, Cs, Ba, Ag, Pt, Au, Zn, Bi, Sb. С использованием алгоритмов разложения структурных графов на кластерные структуры для интерметаллидов определены металлокластеры-прекурсоры в виде тетраэдров, октаэдров и икосаэдров. Реконструирован симметрийный и топологический код процессов самосборки кристаллических структур из металлокластеров-прекурсоров $S_{3}^{0}$ в виде: первичная цепь $S_{3}^{1}$ → микрослой $S_{3}^{2}$ → микрокаркас $S_{3}^{3}$.
Автор выражает благодарность В.А. Блатову за предоставление для расчетов пакета программ ТороsPro.
Работа выполнена при поддержке Министерства науки и высшего образования РФ в рамках государственного задания ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН и Российского фонда фундаментальных исследований (грант № 19-02-00636).
Список литературы
Villars P., Cenzual K. Pearson’s Crystal Data-Crystal Structure Database for Inorganic Compounds (PCDIC) ASM International: Materials Park, OH.
Inorganic Crystal Structure Database (ICSD). Fachinformationszentrum Karlsruhe (FIZ), Germany and US National Institute of Standard and Technology (NIST), USA.
Ilyushin G.D. // Crystallography Reports. 2020. V. 65. № 2. P. 202.
Blatov V.A., Shevchenko A.P., Proserpio D.M. // Cryst. Growth Des. 2014. V. 14. P. 3576.
Pankova A., Blatov V., Ilyushin G., Proserpio D. // Inorg. Chem. 2013. V. 52. P. 13094.
Blatov V.A., Ilyushin G.D., Proserpio D. M. // Chem. Mater. 2013. V. 25. P. 412.
Ilyushin G.D. // Crystallography Reports. 2017. V. 62. 5. P. 670.
Ilyushin G.D. // Crystallography Reports. 2018. V. 63. 4. P. 543.
Ковальчук М.В., Алексеева О.А., Благов А.Е., Илюшин Г.Д. и др. // Кристаллография. 2019. Т. 64. № 1. С. 10.
Brauer G., Zintl E. // Z. Phys. Chem. B. 1937. V. 37. P. 323.
Zintl E., Dullenkopf W. // Z. Phys. Chem. B. 1932. V. 16. P. 183.
Cromer D.T. // Acta Cryst. 1959. V. 12. P. 41.
Burtzlaff S., Holynska M., Dehnen S. // Z. Anorg. Allg. Chem. 2010. B. 636. S. 1691.
Haucke W. // Naturwissenschaften. 1937. B. 25. S. 61.
Snyder G.J., Simon A. // Z. Naturforschung B: Chem. Sci. 1994. B. 49. S. 189.
Smetana V. // Dissertation Universitaet Freiburg/Breisgau. 2009.
Li B., Corbett J.D. // Inorgan. Chem. 2005. V. 44. P. 6515.
Wendorff M., Roehr C. // J. Alloys Compd. 2006. V. 421. P. 24.
Дополнительные материалы отсутствуют.
Инструменты
Кристаллография