Кристаллография, 2020, T. 65, № 6, стр. 896-899

Получение, кристаллизация и предварительные рентгеновские исследования кристаллов мутанта карбоксипептидазы Т с карманом первичной специфичности и петлей активного центра карбоксипептидазы В

В. Х. Акпаров 1*, Г. Е. Константинова 1, В. И. Тимофеев 12**, И. П. Куранова 12, И. Г. Халиуллин 3

1 Национальный исследовательский центр “Курчатовский Институт”
Москва, Россия

2 Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН
Москва, Россия

3 Московский физико-технический институт
Долгопрудный, Россия

* E-mail: valery@akparov.ru
** E-mail: tostars@mail.ru

Поступила в редакцию 15.05.2020
После доработки 28.05.2020
Принята к публикации 28.05.2020

Аннотация

Мутантная форма карбоксипептидазы Т из Thermoactinomyces vulgaris КПТ11QG, содержащая замены G215S, A251G, T257A, D260G, T262D, L254I и вставку ins253T, закристаллизована в условиях микрогравитации методом встречной диффузии в капилляре. Кристаллы принадлежали пр. гр. P31, что отличается от пространственной группы кристаллов фермента дикого типа (P6322). От выращенных кристаллов на синхротроне SPring-8 собран рентгенодифракционный набор, позволяющий определить структуру при разрешении 2.45 Å.

DOI: 10.31857/S0023476120060053

Список литературы

  1. Perez-Silva J.G., Espanol J., Velasco G., Quesada V. // Nucleic Acids Res. 2016. V. 44. № D1. P. D351.

  2. Turk B., Turk D., Turk V. // EMBO J. 2012. V. 31. № 7. P. 1630.

  3. Turk B. // Nat. Rev. Drug Discovery. 2006. V. 5. № 9. P. 785.

  4. Teplyakov A., Polakov K., Obmolova G. et al. // Eur. J. Biochem. 1992. V. 208. № 2. P. 281.

  5. Edge M., Forder S., Hennam J. et al. // Protein Eng. 1998. V. 11. № 12. P. 1229.

  6. Garcia-Guerrero M.C., Garsia-Prado J., Beringuer E. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2018. V. 115. № 17. P. E3932.

  7. Akparov V., Timofeev V., Khaliullin I. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2018. V. 36. № 4. P. 956.

  8. Grishin A.M., Akparov V.K., Chestukhina G.G. // Protein Eng. Des. Sel. 2008. V. 21. № 9. P. 545.

  9. Акпаров В.Х., Гришин А.М., Юсупова М.П. и др. // Биохимия. 2007. Т. 72. № 4. С. 515.

  10. Akparov V., Timofeev V., Kuranova I., Rakitina T. // Acta Cryst. F. 2018. V. 74. № 10. P. 638.

  11. Гришин А.М., Акпаров В.Х., Честухина Г.Г. // Биохимия. 2008. Т. 73. № 10. С. 1422.

  12. Novagen pET System Manual TB055 7th Ed. // Novagen Madison W.I. 1997.

  13. Trachuk L., Letarov A., Kudelina I. et al. // Protein Expr. Purif. 2005. V. 40. № 1. P. 51.

  14. Cueni L.B., Bazzone T.J., Riordan J.F. // Anal. Biochem. 1980. V. 107. № 2. P. 341.

  15. Bradford M.M. // Anal. Biochem. 1976. V. 72. P. 248.

  16. Laemmli U.K. // Nature. 1970. V. 227. № 5259. P. 680.

  17. Takahashi S., Tsurumura T., Aritake K. et al. // Acta Cryst. F. 2010. V. 66. № 7. P. 846.

  18. Куранова И.П., Смирнова Е.А., Абрамчик Ю.А. и др. // Кристаллография. 2011. Т. 56. № 5. С. 944.

  19. Battye T., Kontogiannes L., Johnson O., Powel H. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. Pt 4. P. 271.

  20. Mattews B.W. // J. Mol. Biol. 1968. V. 33. P. 491.

  21. Winn M.D., Ballard C.C., Kowtan K.D. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. № 4. P. 235.

  22. Akparov V.K., Timofeev V.I., Konstantinova G.E. et al. // PLOS One. 2019. V. 14. № 12. P. 1.

  23. Akparov V.Kh., Timofeev V.I., Khaliullin I.G. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2018. V. 36. № 15. P. 3958.

  24. Акпаров В.Х., Тимофеев В.И., Халиуллин И.Г. и др. // Биохимия. 2019. Т. 84. № 1. С. 53.

  25. Акпаров В.Х., Гришин А.М., Тимофеев В.И., Куранова И.П. // Кристаллография. 2010. Т. 55. № 5. С. 851.

Дополнительные материалы отсутствуют.