Кристаллография, 2020, T. 65, № 6, стр. 907-913

Кристаллографические исследования мутантных форм и комплексов олигопептидазы В из Serratia proteamaculans

Д. Е. Петренко 1*, А. Ю. Николаева 1, В. А. Лазаренко 1, П. В. Дороватовский 1, В. И. Тимофеев 12, А. В. Власкина 1, Д. А. Корженевский 1, А. Г. Михайлова 3, К. М. Бойко 4, Т. В. Ракитина 13**

1 Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Москва, Россия

2 Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН
Москва, Россия

3 Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Москва, Россия

4 Институт биохимии им. А.Н. Баха, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии”
Москва, Россия

* E-mail: dmitry.e.petrenko@gmail.com
** E-mail: taniarakitina@yahoo.com

Поступила в редакцию 04.06.2020
После доработки 04.06.2020
Принята к публикации 11.06.2020

Аннотация

Выполнены структурные исследования бактериальной олигопептидазы В (ОрВ), принадлежащей к наименее исследованной группе ферментов семейства пролилолигопептидаз. С целью получения пространственных структур OpB из Serratia proteamaculans (PSP), находящейся на разных стадиях каталитического цикла, осуществлен подбор условий кристаллизации мутантных форм фермента, его комплексов с пептидами, имитирующими субстраты и продукты катализа, а также комплекса с ингибитором – аналогом переходного состояния. Проведены наработка кристаллов, рентгеноструктурные эксперименты и предварительный анализ дифракционных наборов. Собранные дифракционные наборы позволяют получить структурные данные, необходимые для описания каталитического цикла бактериальных ОpB.

DOI: 10.31857/S0023476120060259

Список литературы

  1. Fulop V., Bocskei Z., Polgar L. // Cell. 1998. V. 94. P. 161.

  2. Kaushik S., Sowdhamini R. // BMC Genomics. 2014. V. 15. P. 985.

  3. Coetzer T.H., Goldring, J.P., Huson L.E. // Biochimie. 2008. V. 90. P. 336.

  4. Motta F., Azevedo C., Neves B. et al. // Biochimie. 2019. V. 167. P. 207.

  5. Mattiuzzo M., De Gobba C., Runti G. et al. // J. Microbiol. Biotechnol. 2014. V. 24. № 2. P. 160.

  6. McLuskey K., Paterson N.G., Bland N.D. et al. // J. Biol. Chem. 2010. V. 285. № 50. P. 39249.

  7. Canning P., Rea D., Morty R.E., Fülöp V. // PLOS ONE. 2013. V. 8. № 11. e79349.

  8. Михайлова А.Г., Некрасов А.Н., Зинченко А.А. и др. // Биохимия. 2015. Т. 80. № 11. С. 1606.

  9. Mikhailova A.G., Rakitina T.V., Timofeev V.I. et al. // Biochimie. 2017. V. 139. P. 125.

  10. Petrenko D.E., Mikhailova A.G., Timofeev V.I. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2019. https://doi.org/10.1080/07391102.2019.1692694

  11. Агапова Ю.К., Талызина А.А., Зейфман Ю.С. и др. // Кристаллография. 2019. Т. 64. № 5. С. 747.

  12. Петренко Д.Е., Николаева А.Ю., Лазаренко В.А. и др. // Кристаллография. 2020. Т. 65. № 2. С. 266.

  13. Михайлова А.Г., Лихарева В.В., Хайруллин Р.Ф. и др. // Биохимия. 2006. Т. 71. № 5. С. 697.

  14. Хайруллин Р.Ф., Михайлова А.Г., Себякина Т.Ю. и др. // Биохимия. 2009. Т. 74. № 10. С. 1427.

  15. Михайлова А.Г., Хайруллин Р.Ф., Демидюк И.В. и др. // Биохимия. 2011. Т. 76. № 4. С. 591.

  16. Михайлова А.Г., Хайруллин Р.Ф., Коломийцева Г.Я. и др. // Биохимия. 2012. Т. 77. № 3. С. 384.

  17. Mikhailova A.G., Khairullin R.F., Demidyuk I.V. et al. // Protein Exp. Purif. 2014. V. 93. P. 63.

  18. Ovchinnikova M.V., Mikhailova A.G., Karlinsky D.M. et al. // Acta Naturae. 2018. V. 10. № 2. P. 65.

  19. Winn M.D., Ballard C.C., Cowtan K.D. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. № 4. P. 235.

  20. Aertgeerts K., Ye S., Tennant M.G. et al. // Protein Sci. 2004. V. 13. P. 412.

  21. Lu D., Fütterer K., Korolev S. et al. // J. Mol. Biol. 1999. V. 292. № 2. P. 361.

Дополнительные материалы отсутствуют.