Кристаллография, 2020, T. 65, № 6, стр. 914-920

Предварительные структурные исследования инактивированного вируса желтой лихорадки

Е. Б. Пичкур 12, В. Р. Самыгина 12*, А. Л. Иванова 3, А. Ю. Федотов 3, А. П. Иванов 3, Е. В. Хватов 3, А. А. Ишмухаметов 34, М. Ф. Ворович 34

1 Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”
Москва, Россия

2 Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова, ФНИЦ “Кристаллография и фотоника” РАН
Москва, Россия

3 Федеральный научный центр исследований и разработки иммунобиологических препаратов им. М.П. Чумакова РАН
Москва, Россия

4 Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский университет)
Москва, Россия

* E-mail: lera@crys.ras.ru

Поступила в редакцию 17.06.2020
После доработки 25.06.2020
Принята к публикации 25.06.2020

Аннотация

Разработана методика выделения и очистки инактивированного вируса желтой лихорадки для определения структуры высокого разрешения методом криоэлектронной микроскопии (криоЭМ). Для получения структуры вируса методом криоЭМ его концентрация в образце должна составлять не менее 1012 частиц/мл. Использовано сочетание нескольких методов оценки концентрации образца, таких как бляшкообразование, спектрофотометрический метод, электрофорез белков в поли-акриламидном геле. Чистота образца подтверждена электрофоретически и просвечивающей электронной микроскопией. Собран набор данных криоЭМ, проведена 2D-классификация частиц.

DOI: 10.31857/S0023476120060260

Список литературы

  1. Barrows N.J., Campos R.K., Liao K. et al. // Chem. Rev. 2018. V. 118. P. 4448.

  2. Monath T.P. // Antiviral Res. 2008. V. 78. P.116.

  3. Pugachev K.V., Guirakhoo F., Trent D.W., Monath T.P. // Int. J. Parasitol. 2003. V. 33. P. 567.

  4. CDC. Yellow fever maps; 2018 [accessed on April 17, 2019]. https://www.cdc.gov/yellowfever/maps/index.html.

  5. Paules C., Fauci A.S. // New Engl. J. Med. 2017. V. 376. P. 1397.

  6. Monath T.P., Lee C.K., Julander J.G. et al. // Vaccine. 2010. V. 14. P. 3827.

  7. Barrett A.D., Teuwen D.E. // Curr. Opin. Immunol. 2009. V. 21. P. 308.

  8. Martin M., Tsai T.F., Cropp C.B. et al. // Lancet. 2001. V. 358. P. 98.

  9. Vasconcelos P.F., Luna E.J., Galler R. et al. // Lancet. 2001. V. 358. P. 91.

  10. Chan R.C., Penney D.J., Little D. et al. // Lancet. 2001. V. 358. P. 121.

  11. Pato T.P., Souza M.C.O., Mattos D.A. et al. // Vaccine. 2019. V. 37. P. 3214.

  12. Ruzek D., Avšič Ž.T., Borde J. et al. // Antiviral Res. 2019. V. 164. P. 23.

  13. Zhang X., Jia R., Shen H. et al. // Viruses. 2017. V. 9. P. 338.

  14. Brecher M., Chen H., Liu B. et al. // PloS One. 2015. V. 10. e0130062.

  15. Bollati M., Alvarez K., Assenberg R. et al. // Antiviral Res. 2010. V. 87. P. 125.

  16. Ray F.A., Stiasny K., Vaney M.Ch. et al. // EMBO Reports. 2018. V. 19. P. 206.

  17. Egelman E.H. // Biophys. J. 2016. V. 110. P. 1008.

  18. Zhang Y., Corver J., Chipman P.R. et al. // EMBO J. 2003. V. 22. P. 2604.

  19. Stass R., Ng W.M., Kim Y.Ch. et al. // Adv. Virus Res. 2019. V. 105. P. 35.

  20. Sevvana M., Long F., Miller A.S. et al. // Structure. 2018. V. 26. P. 1169.

  21. Chambers T.J., Diamond M.S. // Adv. Virus Res. 2003. V. 60. P. 273.

  22. Reed L.J., Muench H. //Am. J. Epidemiol. 1938. V. 27. P. 493.

  23. Иванов А.П., Клеблеева Т.Д., Иванова О.Е. // Вопросы вирусологии. 2020. Т. 65. С. 21.

  24. Trauchessec M., Lambert O., Bonnafous P. et al. // Vaccine. 2019. V. 37. P. 3580.

  25. Tegunov D., Cramer P. // Nat. Methods. 2019. V. 16. P. 1146.

  26. Zivanov J., Nakane T., Forsberg B. et al. // eLife., 2018. V.7. P. e42166.

  27. Pereira R.C., Silva A.N.M.R., Souza M.C. et al. // Vaccine. 2015. V. 33. P. 4261.

  28. Coelho Sh.V.A., Neris S.R.L., Papa M.P. et al. // J. Virological Methods. 2017. V. 246. P. 65.

  29. Toriniwa H., Komiya T. // Biologicals. 2007. V. 35. P. 221.

  30. Mittereder N., March K.L., Trapnell B.C. // J. Virology. 1996. V. 70. P. 7498.

Дополнительные материалы отсутствуют.